genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.82.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25748037--25748190	58	2.7	57	85	6	195	53	2	0	43	1.14
25752898--25752975	27	2.9	27	86	7	97	20	24	21	33	1.97
25757375--25757461	27	3.2	27	77	9	97	17	21	22	37	1.93
25759008--25759104	44	2.3	43	87	7	135	23	20	25	29	1.99
25763425--25763463	9	4.3	9	100	0	78	12	76	0	10	1.01
25768016--25768191	48	3.6	49	89	3	237	28	27	18	25	1.98
25771418--25771442	12	2.1	12	100	0	50	16	8	16	60	1.58
25776175--25776219	22	2.0	22	91	0	72	44	15	20	20	1.87
25785272--25785331	30	2.0	30	90	0	93	38	8	25	28	1.84
25793495--25793653	43	3.7	43	77	7	171	23	19	27	30	1.98
25804573--25804628	24	2.3	25	81	6	71	66	7	0	26	1.18
25804585--25804649	25	2.9	23	80	15	66	66	4	0	29	1.12
25805818--25805986	58	2.9	58	93	1	295	37	11	27	22	1.89
25805814--25805980	29	5.8	29	86	1	237	38	11	28	22	1.88
25812684--25812840	43	3.7	42	84	5	199	34	26	15	24	1.95
25812650--25812840	43	4.4	43	79	12	198	33	26	15	25	1.95
25812650--25812847	86	2.3	86	83	6	251	33	25	15	25	1.95
25825716--25825798	25	3.4	25	79	11	82	28	18	20	32	1.96
25825846--25825912	20	3.3	20	95	4	118	34	19	10	35	1.86
25825832--25825912	40	2.0	39	84	13	103	34	18	11	35	1.86
25825846--25825901	11	5.5	11	75	16	66	33	19	10	35	1.87
25825846--25825918	9	7.4	10	73	17	64	35	19	9	35	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25833160--25833243	26	3.4	25	82	8	100	27	23	21	27	1.99
25833169--25833244	25	3.0	26	79	7	95	28	21	22	27	1.99
25833291--25833337	20	2.3	20	92	7	78	34	17	10	38	1.84
25836893--25837016	27	4.6	27	86	6	144	41	20	7	29	1.79
25836893--25837033	54	2.6	54	82	7	155	41	21	7	29	1.79
25837061--25837194	27	5.0	27	81	0	151	35	17	21	25	1.95
25837583--25837647	22	3.0	22	82	8	87	20	24	23	32	1.98
25837805--25837911	27	4.0	26	83	6	88	20	21	18	39	1.93
25839563--25839649	34	2.6	34	83	3	95	25	26	22	25	2.00
25857179--25857292	48	2.4	49	83	2	133	21	14	30	32	1.94
25860272--25860351	25	3.2	25	87	0	106	33	20	17	28	1.95
25864155--25864186	16	2.0	16	100	0	64	18	6	25	50	1.70
25865193--25865261	34	2.0	34	97	0	129	24	11	17	46	1.81
25871153--25871246	25	3.8	25	78	0	98	30	20	20	28	1.97
25877051--25877167	45	2.6	45	79	5	128	35	14	23	26	1.93
25877057--25877145	23	3.9	22	76	14	83	35	14	23	25	1.93
25879416--25879556	49	2.8	49	85	2	192	26	19	24	29	1.98
25879411--25879556	51	2.9	51	83	2	206	26	19	26	28	1.98
25881315--25881399	42	2.0	42	95	0	152	21	11	16	50	1.76
25884822--25884881	27	2.2	27	96	0	111	31	8	16	43	1.78
25885130--25885327	50	4.0	50	82	1	227	26	17	26	28	1.98
25891400--25891440	20	2.0	20	86	9	57	41	19	2	36	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25892784--25892888	45	2.3	47	82	11	128	40	12	20	26	1.87
25892788--25892865	23	3.5	22	73	7	59	39	12	20	26	1.89
25892824--25892877	23	2.4	22	69	6	54	46	9	20	24	1.79
25894390--25894476	43	2.0	43	93	0	147	24	31	19	25	1.98
25894641--25894688	20	2.4	21	82	10	64	68	6	2	22	1.23
25898342--25898441	29	3.4	29	90	6	148	24	2	2	72	1.06
25898330--25898442	23	5.1	22	82	7	140	25	1	1	70	1.06
25898349--25898459	7	15.4	7	75	12	73	22	1	2	72	1.06
25898334--25898435	8	13.4	8	85	8	124	25	1	1	70	1.08
25898330--25898435	15	7.1	15	82	10	128	26	1	1	69	1.09
25898986--25899036	15	3.5	15	72	5	50	47	27	1	23	1.63
25899290--25899575	41	7.0	41	85	1	340	20	24	20	34	1.97
25902934--25903159	114	2.0	114	84	5	296	36	21	12	29	1.90
25904272--25904305	18	1.9	17	88	5	50	41	23	5	29	1.78
25935285--25935461	67	2.6	67	81	7	173	31	16	29	22	1.96
25935309--25935492	67	2.9	63	77	8	192	28	16	30	23	1.97
25946689--25946755	34	2.0	34	96	0	125	35	2	22	38	1.70
25955809--25955868	27	2.3	27	85	2	77	20	23	20	36	1.95
25959899--25959925	9	3.0	9	100	0	54	22	0	0	77	0.76
25968682--25968714	16	2.1	16	88	5	50	21	0	0	78	0.75
25980471--25980647	97	1.8	97	84	9	245	24	28	22	25	1.99
25980471--25980647	49	3.7	47	82	8	198	24	28	22	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25985731--25985902	46	3.7	46	77	13	199	28	27	21	22	1.99
25985736--25985906	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	22	1.99
25997951--25998119	46	3.7	44	86	6	216	24	29	17	28	1.97
25997925--25998119	92	2.1	93	83	9	238	24	29	17	29	1.97
26003604--26003689	26	3.3	26	96	0	163	31	5	26	36	1.80
26003674--26003705	16	2.0	16	100	0	64	31	12	18	37	1.88
26003648--26003727	42	1.9	42	97	0	151	30	8	23	37	1.85
26010648--26010729	26	3.2	26	94	0	146	30	8	26	34	1.86
26015441--26015492	25	2.1	25	85	0	68	38	9	15	36	1.80
26017012--26017124	43	2.7	43	80	12	133	30	27	17	24	1.97
26017012--26017148	43	3.2	44	72	18	117	32	27	16	24	1.96
26020669--26021015	47	7.4	47	92	0	523	33	8	30	27	1.86
26024480--26024694	40	5.5	40	81	7	219	23	23	27	25	2.00
26024480--26024668	79	2.4	79	84	7	226	22	23	28	25	1.99
26032571--26032760	39	4.8	40	80	6	181	22	23	28	25	1.99
26032613--26032760	40	3.8	40	82	6	160	22	22	29	25	1.99
26032571--26032760	79	2.4	79	83	6	217	22	23	28	25	1.99
26032615--26032785	39	4.3	40	81	5	136	25	23	26	25	2.00
26032621--26032786	79	2.1	79	81	6	185	24	23	26	25	2.00
26044101--26044152	25	2.1	25	92	0	86	36	13	15	34	1.87
26045355--26045407	16	2.9	17	76	17	54	37	0	18	43	1.51
26045852--26045903	23	2.3	23	89	0	77	21	13	23	42	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26045865--26045936	23	3.3	23	80	5	69	15	18	25	41	1.89
26048760--26048784	11	2.3	11	100	0	50	8	28	0	64	1.22
26050038--26050088	25	2.0	25	88	0	75	37	7	15	39	1.77
26050094--26050127	17	2.0	17	94	0	59	67	11	2	17	1.34
26051387--26051435	20	2.4	21	80	10	57	36	22	2	38	1.66
26051629--26051784	43	3.6	42	78	11	147	32	25	17	25	1.97
26053025--26053059	18	1.9	18	88	0	52	28	22	8	40	1.84
26054159--26054188	10	3.1	10	95	4	53	20	40	0	40	1.52
26057833--26057883	26	2.0	26	88	3	77	64	1	0	33	1.05
26062937--26063108	93	1.8	93	92	2	292	29	29	19	22	1.98
26062930--26063105	46	3.8	46	76	14	191	30	28	18	21	1.97
26066649--26066688	21	1.9	21	84	0	53	35	5	40	20	1.74
26071027--26071250	104	2.2	104	93	1	378	17	19	31	31	1.95
26071169--26071320	71	2.1	72	92	1	252	23	17	29	30	1.97
26078579--26078802	104	2.2	104	93	1	378	17	19	31	31	1.95
26078721--26078872	71	2.1	72	92	1	252	23	17	29	30	1.97
26081867--26081907	21	2.0	20	86	13	57	48	0	4	46	1.23
26084750--26084935	91	2.1	90	98	1	363	33	19	12	33	1.89
26086285--26086322	8	4.8	8	90	9	60	39	0	0	60	0.97
26086279--26086320	8	5.6	7	91	8	57	40	0	0	59	0.97
26086277--26086329	15	3.4	16	78	19	58	41	0	0	58	0.98
26086915--26086976	31	1.9	33	81	12	76	58	11	3	27	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26102638--26102681	23	2.0	22	86	13	63	40	18	15	25	1.90
26102721--26102893	27	6.4	26	86	6	152	21	17	18	42	1.89
26102722--26102904	81	2.3	81	84	3	226	22	16	18	42	1.89
26102767--26102904	54	2.5	53	83	4	170	23	14	18	43	1.87
26102884--26103144	27	9.7	27	85	2	337	41	16	12	29	1.85
26102802--26102918	54	2.2	54	80	0	135	26	14	16	42	1.86
26107916--26107967	26	2.0	26	96	0	95	32	25	3	38	1.74
26112621--26112674	21	2.7	19	78	10	54	37	5	0	57	1.22
26112636--26112703	26	2.8	24	80	12	70	35	4	1	58	1.27
26118592--26118639	20	2.4	20	96	0	87	29	18	4	47	1.67

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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