genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.40.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11279223--11279276	19	2.8	20	75	8	58	31	7	5	55	1.51
11279396--11279429	15	2.3	14	90	10	50	29	0	5	64	1.17
11279396--11279429	8	4.5	8	96	3	54	29	0	5	64	1.17
11279396--11279436	16	2.6	15	88	7	55	29	0	4	65	1.13
11287721--11287893	67	2.5	70	83	6	194	28	15	23	32	1.94
11287897--11288217	67	4.7	69	82	8	363	27	15	21	34	1.94
11287897--11288167	137	2.0	138	86	7	381	28	16	21	33	1.95
11287893--11288171	70	4.1	68	82	11	320	27	16	20	35	1.94
11288198--11288389	95	1.9	102	83	13	256	29	14	21	34	1.93
11288335--11288467	72	1.9	70	92	3	221	28	17	21	33	1.96
11288666--11288894	73	3.1	71	76	14	209	31	16	17	33	1.93
11288666--11288844	71	2.5	70	83	10	202	31	16	17	34	1.92
11290395--11290569	85	2.0	87	82	5	212	26	15	21	37	1.93
11290631--11290660	15	2.0	15	93	0	51	16	20	6	56	1.62
11339137--11339170	17	2.0	17	88	11	52	67	0	0	32	0.91
11339459--11339495	19	1.9	19	100	0	74	35	16	10	37	1.83
11339462--11339503	19	2.3	19	88	8	61	38	11	14	35	1.83
11340028--11340066	15	2.5	15	80	19	53	43	5	2	48	1.38
11344906--11344981	26	2.8	27	82	4	82	27	13	22	36	1.91
11346429--11346535	26	4.2	26	91	2	180	36	24	6	32	1.81
11346429--11346535	51	2.1	52	94	1	189	36	24	6	32	1.81
11352678--11352778	50	2.0	50	100	0	202	13	13	7	64	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11352742--11352791	20	2.5	19	77	9	55	12	6	10	72	1.28
11353006--11353165	3	52.7	3	70	17	82	30	6	1	61	1.33
11355383--11355412	14	2.1	14	93	0	51	50	23	0	26	1.50
11355530--11355587	21	2.9	21	80	10	59	15	3	37	43	1.64
11356034--11356265	90	2.5	91	88	2	322	31	13	15	39	1.86
11359451--11359507	28	2.0	28	100	0	114	33	17	21	28	1.96
11362208--11362250	21	2.0	22	86	4	61	16	2	9	72	1.21
11363277--11363519	130	1.9	129	82	8	305	35	17	13	33	1.89
11364691--11364731	21	2.0	21	85	9	57	56	0	2	41	1.13
11367395--11367423	14	2.1	14	100	0	58	37	6	13	41	1.72
11368651--11368704	26	2.1	26	100	0	108	48	25	5	20	1.71
11374123--11374162	21	1.9	21	84	0	53	42	0	2	55	1.13
11374341--11374399	31	1.9	31	85	0	82	40	11	11	35	1.79
11383505--11383542	19	2.0	19	100	0	76	36	10	21	31	1.87
11384401--11384610	104	2.0	104	100	0	420	31	13	14	40	1.84
11389035--11389075	21	2.0	21	100	0	82	41	9	19	29	1.83
11393423--11393543	46	2.6	45	82	11	140	28	19	28	23	1.99
11394823--11394862	21	2.0	21	90	5	64	12	40	27	20	1.88
11395502--11395575	21	3.5	22	77	5	73	39	2	2	55	1.28
11395554--11395578	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
11396569--11396607	18	2.1	18	85	9	51	43	0	17	38	1.50
11396581--11396619	18	2.2	18	86	4	53	38	0	25	35	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11398208--11398277	25	2.8	25	91	0	104	24	21	25	28	1.99
11398308--11398338	16	1.9	16	93	0	53	35	16	19	29	1.93
11399086--11399150	27	2.4	27	82	5	78	21	24	18	35	1.96
11399184--11399390	27	7.6	27	77	7	118	29	7	21	41	1.81
11399412--11399509	27	3.7	27	80	4	85	41	9	19	29	1.82
11399422--11399509	27	3.3	27	85	0	122	43	9	20	27	1.82
11403219--11403245	12	2.2	12	100	0	54	55	14	18	11	1.68
11403278--11403311	18	1.9	18	94	5	61	32	0	14	52	1.42
11408352--11408376	13	1.9	13	100	0	50	68	0	0	32	0.90
11421326--11421474	23	6.3	23	78	9	108	30	18	22	28	1.97
11421347--11421475	46	2.8	45	81	6	152	31	17	23	27	1.97
11421326--11421482	46	3.4	45	76	15	140	30	18	22	28	1.97
11425276--11425361	25	3.4	25	80	0	100	32	17	25	24	1.97
11428962--11429002	16	2.5	17	88	4	57	63	2	0	34	1.08
11429403--11429432	12	2.5	12	88	0	51	90	0	10	0	0.47
11431749--11431805	30	1.9	30	82	13	73	35	5	0	59	1.20
11436054--11436111	19	3.1	19	73	9	64	51	0	1	46	1.11
11437044--11437099	26	2.2	26	87	6	78	39	1	1	57	1.20
11437061--11437108	12	3.8	12	81	10	60	39	0	2	58	1.10
11437121--11437167	18	2.6	17	78	18	51	48	0	0	51	1.00
11441310--11441386	38	2.0	38	100	0	154	23	18	25	32	1.97
11442044--11442081	12	3.2	12	82	10	51	52	2	0	44	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11442044--11442093	26	2.0	24	84	7	64	54	6	0	40	1.25
11448032--11448066	18	1.9	18	88	0	52	40	17	25	17	1.90
11448050--11448156	45	2.4	45	90	3	171	41	19	18	20	1.91
11448038--11448171	45	2.7	50	77	15	154	38	20	21	19	1.93
11448136--11448162	6	4.5	6	100	0	54	48	14	18	18	1.82
11448927--11448971	17	2.6	17	96	3	81	31	24	0	44	1.54
11449544--11449615	26	2.8	26	81	8	85	58	1	1	38	1.15
11449552--11449606	20	2.7	20	81	16	67	56	1	1	40	1.21
11454971--11455027	20	2.8	20	82	15	71	54	1	1	42	1.21
11457287--11457311	5	5.0	5	100	0	50	60	0	0	40	0.97
11462471--11462524	25	2.2	25	90	3	83	29	3	16	50	1.63
11463187--11463231	23	2.0	23	86	0	63	37	6	17	37	1.76
11463759--11463808	17	2.9	17	82	8	57	36	6	16	42	1.72
11463800--11463835	17	2.1	17	94	0	63	30	13	13	41	1.84
11463800--11463855	17	3.2	17	82	7	60	28	16	12	42	1.84
11474347--11474582	75	3.1	74	78	7	199	31	18	11	38	1.86
11474694--11474725	12	2.7	12	95	0	55	21	0	28	50	1.49
11474937--11474966	2	15.0	2	100	0	60	50	50	0	0	1.00
11484525--11484549	13	1.9	13	100	0	50	64	0	16	20	1.30
11486765--11487084	37	8.7	37	83	0	365	41	25	14	18	1.88
11488450--11488482	9	3.7	9	84	15	50	12	21	0	66	1.23
11490578--11490611	17	2.0	17	88	0	50	35	8	26	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11493873--11493907	7	5.0	7	100	0	70	14	42	0	42	1.45
11498258--11498309	26	2.0	26	100	0	104	26	19	19	34	1.95
11509068--11509381	49	6.5	49	75	11	247	27	18	29	24	1.98
11509067--11509337	142	1.9	142	85	4	377	26	18	29	25	1.98
11509068--11509381	98	3.3	95	79	9	309	27	18	29	24	1.98
11510593--11510634	22	2.0	22	85	4	59	14	45	23	16	1.84
11513444--11513486	8	5.5	8	91	2	70	0	11	2	86	0.67
11516173--11516361	59	3.2	57	68	19	152	41	3	4	50	1.37
11516200--11516398	66	3.2	64	68	19	186	41	3	6	49	1.42
11516162--11516459	120	2.5	120	91	2	483	42	3	4	50	1.38
11516235--11516422	61	3.1	61	69	17	183	42	2	6	49	1.40
11516287--11516338	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
11516673--11516740	16	4.2	16	96	0	127	39	35	0	25	1.56
11519537--11519576	20	2.0	20	85	14	55	80	0	12	7	0.91
11520970--11521023	24	2.3	23	84	12	65	51	3	5	38	1.43
11523120--11523156	20	1.9	20	88	5	58	40	0	8	51	1.32
11525321--11525639	46	7.0	46	88	2	392	39	15	23	21	1.91
11525321--11525593	137	2.0	137	86	2	388	38	15	24	21	1.92
11525382--11525666	137	2.1	136	84	3	358	41	16	22	20	1.90
11525336--11525666	183	1.8	182	81	6	409	40	15	22	20	1.91
11527444--11527497	24	2.2	24	87	9	74	79	0	14	5	0.90
11527438--11527490	18	2.8	18	85	8	61	77	1	16	3	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11527444--11527498	25	2.2	25	84	12	69	80	0	14	5	0.89
11527444--11527498	13	4.4	13	84	11	71	80	0	14	5	0.89
11536509--11536828	46	7.0	46	90	0	453	22	22	15	40	1.91
11538956--11539004	3	17.3	3	76	19	52	69	0	2	28	1.00
11538962--11539000	11	3.5	11	92	0	69	69	0	2	28	1.02
11538963--11539004	19	2.2	19	87	8	59	71	0	2	26	0.98
11538974--11539049	20	3.7	21	77	10	68	59	6	1	32	1.32
11546114--11546145	14	2.4	13	90	10	55	18	6	12	62	1.50
11546848--11546913	27	2.4	27	85	10	80	34	0	40	24	1.55
11547746--11547793	23	2.1	22	85	11	62	52	4	8	35	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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