genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21639622--21639663	21	2.0	20	86	13	59	64	4	4	26	1.33
21655607--21655638	12	2.7	12	90	0	55	18	25	25	31	1.98
21656312--21656343	15	2.1	15	94	0	55	90	0	9	0	0.45
21658138--21658201	20	3.1	19	78	13	65	50	4	0	45	1.22
21658138--21658187	20	2.5	20	87	6	66	52	6	0	42	1.26
21667012--21667070	10	5.8	10	75	13	50	23	1	20	54	1.54
21670132--21670199	28	2.4	29	75	5	66	69	2	20	7	1.26
21673747--21673806	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
21679134--21679209	37	2.1	37	100	0	152	14	47	11	26	1.79
21681297--21681356	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
21690804--21690834	13	2.4	13	94	0	53	19	35	29	16	1.93
21701111--21701140	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
21709865--21709910	18	2.6	17	81	18	58	78	2	4	15	1.01
21709872--21709922	6	8.2	6	93	6	84	80	1	1	15	0.89
21711749--21711973	79	2.8	78	80	9	249	24	26	21	26	2.00
21711749--21711973	119	1.9	120	81	9	282	24	26	21	26	2.00
21711749--21711973	40	5.7	39	84	9	228	24	26	21	26	2.00
21714824--21714875	15	3.4	15	86	7	70	76	0	5	17	0.97
21722081--21722140	30	2.0	30	90	0	93	58	13	1	26	1.45
21722785--21722831	10	4.5	11	79	17	55	72	2	23	2	1.06
21729083--21729124	21	2.0	22	85	4	59	28	2	14	54	1.52
21731677--21731701	13	1.9	13	100	0	50	32	0	12	56	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21739334--21739365	14	2.3	14	100	0	64	40	6	25	28	1.79
21748412--21748515	38	2.7	38	85	2	138	30	25	24	20	1.98
21755851--21755881	14	2.1	15	94	5	55	38	6	3	51	1.44
21757022--21757047	11	2.4	11	100	0	52	92	0	0	7	0.39
21758522--21758565	13	3.3	13	84	9	54	81	0	15	2	0.78
21758520--21758574	21	2.6	21	86	8	76	83	0	12	3	0.77
21758533--21758571	13	2.9	13	85	14	53	79	0	15	5	0.90
21759444--21759625	44	4.1	44	75	8	190	31	16	23	28	1.96
21759449--21759616	88	1.9	87	84	3	221	30	16	23	28	1.96
21759615--21760208	119	5.0	119	94	0	990	33	17	18	30	1.94
21760132--21760313	85	2.2	83	90	3	292	32	19	19	27	1.96
21764700--21764783	42	2.0	42	95	0	150	50	20	1	28	1.56
21765584--21765693	57	1.9	58	86	1	159	30	28	18	23	1.98
21767367--21767540	38	4.5	38	86	1	231	33	25	21	19	1.97
21777785--21777884	51	2.0	51	82	7	123	32	29	18	21	1.96
21777843--21777929	43	2.0	43	84	0	111	26	28	19	25	1.99
21780454--21780758	155	2.0	155	92	0	511	32	13	34	19	1.91
21785757--21785812	27	2.1	27	90	6	87	30	28	14	26	1.95
21785783--21786040	46	5.6	44	73	13	157	25	29	16	28	1.97
21785832--21786043	46	4.6	47	77	11	199	25	29	16	28	1.97
21788646--21789133	245	2.0	245	87	1	710	26	19	18	36	1.94
21791010--21791098	29	3.1	29	86	1	126	24	13	31	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21796087--21796313	49	4.5	49	87	6	303	28	29	13	27	1.94
21800204--21800333	27	4.8	27	83	3	154	31	23	6	38	1.80
21800332--21800515	27	6.8	27	78	4	174	42	20	8	28	1.81
21800365--21800513	81	1.8	81	85	2	210	43	20	6	28	1.77
21800471--21800574	27	3.8	28	75	11	88	45	18	5	30	1.73
21800631--21800695	27	2.4	27	82	5	78	36	15	24	23	1.93
21801501--21801570	25	2.8	25	86	4	88	28	21	22	27	1.99
21804087--21804227	27	5.3	27	84	6	155	29	25	7	38	1.82
21804087--21804227	53	2.7	54	82	5	155	29	25	7	38	1.82
21804217--21804403	52	3.6	52	79	7	157	40	21	9	28	1.84
21804231--21804378	27	5.7	26	83	7	104	41	20	9	28	1.84
21804258--21804404	27	5.7	26	84	7	174	42	21	6	29	1.79
21804258--21804402	79	1.8	78	88	4	220	42	21	6	28	1.78
21804382--21804466	27	3.1	27	77	15	86	38	16	9	35	1.81
21804255--21804480	108	2.1	105	80	5	249	40	19	9	31	1.83
21805393--21805462	25	2.8	25	88	0	104	27	27	21	24	1.99
21805678--21805791	31	3.7	31	94	2	196	28	17	25	28	1.98
21808013--21808156	27	5.3	27	84	6	103	28	25	6	38	1.82
21808013--21808156	54	2.7	54	83	2	164	28	25	6	38	1.82
21808148--21808340	27	7.1	27	79	8	126	37	22	11	28	1.89
21808188--21808364	54	3.3	53	81	4	212	41	20	8	29	1.82
21808188--21808337	81	1.9	81	84	5	205	40	21	9	28	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21808188--21808365	27	6.6	27	84	6	152	41	21	8	29	1.82
21808188--21808366	81	2.2	80	82	5	200	40	21	8	29	1.82
21809355--21809449	25	3.8	25	90	2	138	26	26	25	22	2.00
21809355--21809476	25	5.0	23	87	6	86	27	24	24	22	2.00
21809669--21809845	31	5.7	31	96	0	320	28	16	25	28	1.97
21828491--21828530	19	2.0	20	90	4	64	70	12	2	15	1.28
21837861--21837937	29	2.7	29	89	4	111	25	28	18	27	1.98
21839441--21839479	16	2.4	17	91	4	62	10	5	35	48	1.59
21848986--21849108	48	2.6	48	90	0	192	30	21	26	22	1.99
21849085--21849258	49	3.7	47	76	8	149	25	19	28	26	1.99
21856847--21857012	48	3.5	48	86	6	189	29	21	25	23	1.99
21862331--21862432	20	5.2	19	64	13	55	29	14	36	19	1.92
21862285--21862451	39	4.3	39	79	1	156	32	16	32	17	1.93
21868691--21868914	50	4.5	49	84	2	234	26	17	25	29	1.97
21871510--21871592	35	2.4	34	80	4	103	26	24	25	24	2.00
21884283--21884417	55	2.5	55	77	0	144	29	31	24	14	1.95
21897596--21897817	118	1.9	119	84	6	299	25	27	22	24	2.00
21897594--21897817	40	5.7	40	85	7	287	25	27	22	24	2.00
21903744--21903915	46	3.7	46	74	13	172	31	26	18	22	1.97
21903750--21903919	93	1.8	93	93	2	297	31	27	18	22	1.97
21903742--21903935	46	4.2	46	72	20	138	31	27	18	23	1.97
21912239--21912361	48	2.6	45	79	13	142	29	18	27	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21912239--21912408	46	3.7	46	80	7	157	27	18	28	25	1.98
21929187--21929351	46	3.6	45	76	12	129	29	18	28	23	1.98
21929227--21929350	46	2.6	49	81	8	150	28	18	30	22	1.97
21936989--21937207	46	4.7	47	79	8	200	26	19	29	25	1.99
21955204--21955253	24	2.0	25	88	3	75	64	0	2	34	1.05
21955269--21955489	3	71.0	3	65	23	59	60	1	4	33	1.28
21955343--21955403	25	2.4	25	78	13	72	62	3	1	32	1.21
21955319--21955434	50	2.4	46	79	15	126	61	1	2	34	1.20
21955362--21955437	30	2.5	29	82	6	89	61	1	2	34	1.18
21955446--21955489	10	4.5	10	78	16	56	65	0	2	31	1.05
21955276--21955420	18	7.9	18	76	14	95	61	2	2	33	1.22
21957047--21957605	210	2.7	210	86	4	715	29	21	17	31	1.96
21965737--21965763	14	1.9	14	100	0	54	44	0	7	48	1.31
21969385--21969463	26	3.0	25	71	8	68	58	1	3	36	1.24
21969740--21969857	19	6.0	18	69	21	60	60	2	1	35	1.21
21969711--21969795	21	4.1	20	76	22	77	60	1	4	34	1.25
21969761--21969946	7	27.1	7	65	20	72	59	1	2	36	1.22
21969716--21969857	43	3.4	43	73	17	113	59	2	2	35	1.24
21969766--21969857	33	2.9	33	71	19	79	60	2	1	35	1.16
21969778--21969856	31	2.5	33	79	6	92	62	2	1	34	1.17
21969760--21969919	26	6.5	26	69	21	66	60	1	3	35	1.20
21969816--21969953	67	2.1	66	81	10	156	60	1	2	35	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21988862--21988969	54	2.0	54	88	0	162	38	12	22	25	1.90
22001231--22001296	32	2.1	32	91	0	105	24	19	33	22	1.97
22002070--22002191	61	2.0	61	100	0	244	32	16	19	31	1.94
22017599--22017666	30	2.3	30	100	0	136	44	2	32	20	1.67
22018819--22019339	48	10.9	48	96	0	898	33	6	28	31	1.83
22019480--22019619	37	3.8	37	88	0	217	22	18	32	26	1.97
22020984--22021056	23	3.4	23	63	27	61	24	23	27	24	2.00
22020905--22021179	40	6.8	40	87	3	338	23	20	29	26	1.99
22023814--22026154	48	48.9	48	96	0	4024	33	6	27	31	1.82
22026295--22026434	37	3.8	37	96	0	235	24	18	31	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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