genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   

This is table  78  of  311  ( 37258 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24393805--24394279	54	8.8	54	81	4	539	28	22	8	40	1.83
24394296--24394483	27	7.0	27	80	0	189	37	18	19	25	1.93
24394297--24394456	81	2.0	81	86	3	225	38	18	18	25	1.93
24394539--24394612	27	2.8	27	85	6	89	17	24	21	36	1.95
24394730--24394837	6	17.8	6	78	16	116	19	17	13	49	1.80
24394730--24394837	30	3.6	30	91	6	173	19	17	13	49	1.80
24394730--24394858	30	4.3	30	86	6	163	19	17	13	48	1.80
24395501--24395731	50	4.6	50	78	3	230	26	20	24	27	1.99
24398436--24398472	18	2.1	18	100	0	74	40	27	16	16	1.89
24400694--24401025	182	1.8	182	86	1	477	38	7	17	36	1.79
24406756--24406811	26	2.2	25	80	6	58	32	26	10	30	1.90
24406763--24406820	26	2.2	27	87	6	84	22	27	10	39	1.86
24409761--24410073	49	6.6	49	73	12	199	23	26	20	29	1.99
24409809--24410072	93	2.8	92	78	10	234	23	26	20	29	1.99
24409707--24410076	142	2.6	144	77	10	384	24	27	19	29	1.98
24409903--24410076	94	1.8	94	84	8	237	23	28	20	28	1.99
24410265--24410351	42	2.1	42	100	0	174	35	24	6	33	1.82
24411822--24412084	47	5.6	47	77	12	231	24	29	19	26	1.98
24412789--24412813	13	1.9	13	100	0	50	64	16	4	16	1.44
24418908--24419085	49	3.6	49	80	4	223	25	29	19	25	1.98
24418905--24419083	99	1.8	99	92	0	304	25	29	19	26	1.99
24419047--24419167	46	2.6	45	79	8	138	23	26	21	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24418905--24419249	99	3.6	93	77	11	254	24	27	20	28	1.99
24419964--24419988	13	1.9	13	100	0	50	64	16	4	16	1.44
24435426--24435549	23	5.3	23	72	12	92	34	18	22	24	1.96
24437036--24437174	27	5.1	27	85	3	172	40	21	17	20	1.92
24438563--24438667	53	2.0	54	88	1	158	42	21	17	18	1.89
24438561--24438695	27	5.0	27	83	1	155	40	23	17	19	1.91
24440412--24440482	29	2.5	28	83	2	79	26	16	29	26	1.97
24444676--24444721	24	1.9	24	95	0	83	54	19	17	8	1.68
24444835--24444870	18	1.9	19	88	5	56	22	19	41	16	1.90
24444961--24445026	28	2.4	28	79	5	71	34	13	28	22	1.92
24445640--24445919	43	6.6	43	78	1	285	34	28	12	23	1.92
24446402--24446503	23	4.4	23	86	4	152	41	18	2	37	1.66
24446400--24446503	46	2.3	46	91	0	172	42	18	2	36	1.65
24449730--24449775	21	2.2	21	96	0	83	41	8	26	23	1.83
24450446--24450594	71	2.1	73	84	2	194	49	4	35	10	1.57
24451151--24451349	7	27.9	7	67	13	57	44	33	1	21	1.59
24451171--24451276	14	7.4	14	72	7	70	46	36	0	16	1.48
24451310--24451354	14	3.2	14	80	0	54	46	31	0	22	1.52
24451735--24451880	40	3.7	40	76	0	148	26	19	24	29	1.98
24451720--24452074	193	1.8	194	81	4	448	27	18	20	34	1.96
24458747--24458953	43	4.9	42	84	2	270	27	24	17	30	1.97
24458747--24458943	85	2.3	85	100	0	394	27	23	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24466763--24466814	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
24466744--24466887	73	2.1	67	82	10	164	20	27	21	31	1.98
24470687--24470755	16	4.2	16	94	3	120	23	0	37	39	1.55
24470687--24470755	33	2.1	32	94	2	120	23	0	37	39	1.55
24485867--24486049	40	4.6	40	93	2	289	25	26	22	24	2.00
24494041--24494223	40	4.6	40	91	4	273	25	26	22	25	2.00
24497228--24497276	25	2.0	25	84	8	64	42	0	40	16	1.48
24506637--24506696	26	2.2	26	85	5	75	35	25	10	30	1.88
24506805--24506916	27	4.2	26	80	7	116	17	23	21	37	1.94
24506805--24506916	54	2.1	54	88	3	163	17	23	21	37	1.94
24507884--24507915	16	2.0	16	93	0	55	59	12	3	25	1.48
24511868--24512052	41	4.5	41	93	0	298	18	19	24	37	1.94
24512040--24512064	12	2.1	12	100	0	50	16	16	32	36	1.90
24511958--24512310	84	4.0	94	82	11	408	19	19	24	36	1.95
24511999--24512105	53	2.0	53	92	0	178	19	18	25	36	1.95
24512052--24512347	41	7.1	41	88	4	434	18	19	24	36	1.95
24512052--24512347	84	3.6	82	89	4	434	18	19	24	36	1.95
24512052--24512347	125	2.4	125	91	2	479	18	19	24	36	1.95
24518879--24519098	41	5.3	41	89	4	327	16	19	25	38	1.93
24518879--24519098	84	2.7	82	90	4	327	16	19	25	38	1.93
24522711--24522886	46	3.8	46	76	10	178	30	28	19	21	1.98
24522718--24522891	93	1.9	94	90	1	278	29	28	20	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24525272--24525327	15	3.7	15	83	9	78	58	12	16	12	1.62
24530757--24530812	14	4.0	14	75	15	62	60	14	16	8	1.57
24533716--24533893	46	3.8	46	77	11	193	28	27	21	22	1.99
24533723--24533895	93	1.9	93	90	2	276	27	28	21	22	1.99
24538647--24538710	26	2.4	26	84	5	74	32	23	12	31	1.92
24538818--24538920	27	3.8	26	83	10	118	16	25	23	34	1.95
24538818--24538927	54	2.0	54	84	6	143	15	23	23	37	1.93
24547309--24547519	46	4.6	44	78	10	183	26	29	17	26	1.97
24547399--24547514	47	2.5	47	81	6	137	25	30	18	25	1.98
24550407--24550432	11	2.4	11	100	0	52	42	15	7	34	1.75
24563589--24563630	14	3.1	13	89	3	57	69	2	9	19	1.28
24567353--24567425	37	2.0	37	94	0	128	20	21	20	36	1.95
24571689--24571746	25	2.3	25	80	11	66	24	24	20	31	1.98
24572117--24572212	48	2.0	48	97	0	183	34	8	11	45	1.70
24574115--24574230	43	2.7	42	76	9	117	31	12	26	30	1.92
24575780--24575805	9	2.9	9	100	0	52	34	11	34	19	1.88
24575888--24575974	28	3.1	29	83	3	124	29	14	27	27	1.96
24575891--24575999	28	3.9	28	79	7	105	27	13	30	28	1.94
24583889--24584104	47	4.7	45	76	13	190	25	28	18	28	1.98
24583837--24584191	94	3.8	92	76	10	280	24	29	18	27	1.98
24589046--24589123	40	2.0	40	86	0	111	30	21	14	33	1.93
24592798--24592839	21	2.0	21	90	0	66	26	16	26	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24603482--24603747	27	9.9	27	86	1	311	42	19	15	22	1.88
24603475--24603747	54	5.1	54	85	1	343	42	19	15	22	1.88
24615080--24615368	50	5.7	50	80	3	294	25	16	25	32	1.97
24615131--24615320	101	1.9	101	91	0	308	26	18	24	30	1.98
24615573--24615602	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
24620931--24621053	49	2.6	47	84	5	149	27	32	15	24	1.95
24620925--24621334	46	8.7	46	70	16	213	24	30	18	26	1.97
24623719--24623943	47	4.8	49	83	8	249	22	31	18	27	1.97
24623719--24623985	47	5.7	46	80	9	215	23	30	18	27	1.98
24623811--24623985	94	1.9	91	84	8	237	22	30	20	26	1.98
24623719--24623980	139	1.9	140	83	5	343	23	30	18	27	1.98
24633827--24634010	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
24633827--24634007	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
24633908--24634057	40	3.8	38	80	10	131	25	22	28	24	1.99
24641656--24641839	40	4.6	40	82	6	196	23	20	27	28	1.99
24641656--24641836	80	2.3	81	83	9	221	23	20	27	27	1.99
24641737--24641886	40	3.8	38	80	10	131	25	22	28	24	1.99
24650867--24650994	39	3.4	40	78	17	166	23	19	29	27	1.98
24658983--24659163	40	4.5	40	92	1	292	22	18	29	29	1.98
24661962--24662003	20	2.2	18	84	16	50	14	28	35	21	1.92
24671320--24671410	43	2.1	42	82	6	103	31	26	16	25	1.96
24675288--24675371	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24675184--24675428	49	4.9	49	86	4	339	26	17	26	29	1.98
24675341--24675421	26	3.2	26	63	16	71	27	16	25	30	1.96
24678469--24678501	15	2.2	15	94	0	57	18	12	12	57	1.64
24681246--24681470	49	4.5	49	82	4	238	25	16	27	30	1.97
24684833--24684979	40	3.7	40	83	5	120	25	27	21	25	2.00
24684879--24685059	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
24684876--24685059	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
24692672--24692818	40	3.7	40	83	5	120	25	27	21	25	2.00
24692718--24692898	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
24692715--24692898	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311