genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.271.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89591568--89592149	73	8.0	73	80	10	613	31	15	19	33	1.93
89591568--89592143	222	2.6	219	87	6	791	31	15	19	33	1.93
89591568--89592149	147	4.0	144	83	6	621	31	15	19	33	1.93
89592220--89592252	14	2.4	14	94	0	57	18	12	6	63	1.48
89592076--89592594	179	2.9	173	79	9	519	27	16	19	36	1.93
89592163--89592557	92	4.4	89	82	10	398	29	16	18	35	1.93
89593276--89593404	30	4.3	30	91	0	204	25	49	6	18	1.70
89593879--89593910	15	2.1	15	94	0	55	28	0	0	71	0.86
89593884--89593929	25	1.9	24	91	8	76	34	2	0	63	1.07
89593959--89594027	25	2.8	24	71	18	61	39	4	2	53	1.36
89594009--89594102	25	3.8	24	76	13	75	31	6	6	55	1.51
89594164--89594219	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
89597129--89597235	26	4.2	26	91	2	180	36	24	6	32	1.81
89597129--89597235	51	2.1	52	94	1	189	36	24	6	32	1.81
89601150--89601202	26	2.0	26	82	7	63	26	15	20	37	1.92
89602689--89602746	26	2.2	26	90	0	89	36	22	6	34	1.81
89603832--89603876	3	15.0	3	90	0	72	28	0	4	66	1.11
89603702--89604017	158	2.0	157	82	6	388	29	5	6	58	1.44
89604555--89604632	23	3.3	22	71	18	59	29	7	6	56	1.52
89605005--89605051	23	1.9	24	83	12	60	36	8	4	51	1.52
89605038--89605082	17	2.6	17	83	10	65	35	2	8	53	1.45
89616222--89616304	43	1.9	43	92	0	139	45	13	24	16	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89616222--89616335	43	2.7	43	83	8	117	50	14	20	15	1.78
89618755--89618796	14	3.0	14	79	10	50	64	7	0	28	1.20
89620346--89620407	30	2.1	30	90	6	99	41	29	9	19	1.83
89620431--89620591	88	1.8	88	83	2	216	36	19	18	25	1.94
89620556--89620772	77	2.7	78	84	5	258	34	17	18	29	1.94
89620673--89620844	93	1.8	93	83	2	229	31	19	21	27	1.97
89620179--89621016	253	3.4	243	81	9	769	35	18	17	28	1.94
89620766--89621120	79	4.7	75	86	5	430	32	19	17	31	1.94
89620770--89621120	151	2.3	146	84	5	441	32	19	17	31	1.95
89621074--89621169	49	2.0	49	97	0	183	32	20	16	30	1.95
89621242--89621347	54	1.9	55	83	5	135	39	19	14	26	1.90
89621346--89621441	49	2.0	49	91	0	156	34	21	16	27	1.95
89621395--89621619	72	3.0	72	84	10	283	33	18	17	30	1.94
89620848--89621619	272	2.8	271	73	17	791	34	18	16	30	1.94
89621583--89621688	54	1.9	55	84	5	144	38	19	14	27	1.90
89621668--89621701	13	2.5	13	90	4	50	58	8	11	20	1.59
89621539--89622306	140	5.5	140	97	0	1421	37	20	17	25	1.93
89622003--89622108	54	1.9	54	85	9	144	37	19	15	27	1.92
89622144--89622248	54	1.9	54	84	9	142	38	20	15	26	1.92
89622239--89622404	72	2.3	71	87	4	235	42	20	15	22	1.89
89622279--89622525	122	2.0	124	87	3	356	40	21	13	25	1.89
89622404--89622578	71	2.5	71	81	5	187	34	22	13	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89632635--89632682	19	2.5	20	78	18	57	54	4	8	33	1.50
89633331--89633377	21	2.2	21	84	0	58	4	0	29	65	1.11
89635195--89635243	14	3.6	14	70	25	50	75	10	4	10	1.17
89635197--89635253	27	2.1	27	100	0	114	75	10	7	7	1.19
89637346--89637381	16	2.2	16	90	0	54	22	0	2	75	0.94
89637694--89637731	19	2.0	19	94	0	67	31	23	10	34	1.89
89638958--89639244	100	2.9	100	90	0	450	41	14	11	32	1.82
89640194--89640245	23	2.2	24	86	10	81	69	0	0	30	0.89
89640194--89640246	22	2.3	23	90	3	81	69	0	0	30	0.88
89640338--89640391	20	2.7	20	80	5	65	61	0	1	37	1.07
89640358--89640419	24	2.6	23	82	12	72	66	0	0	33	0.92
89641860--89641917	29	2.1	27	83	6	71	43	5	3	48	1.42
89642773--89642814	21	2.0	21	82	13	52	45	7	4	42	1.52
89643373--89643466	23	4.1	23	85	0	134	47	4	25	22	1.69
89647880--89647973	23	4.1	23	85	0	134	47	4	25	22	1.69
89653631--89653660	15	2.0	15	100	0	60	33	6	40	20	1.78
89663663--89663752	45	2.0	45	97	0	171	33	21	8	36	1.84
89663760--89663875	23	5.0	23	75	8	92	46	33	5	14	1.67
89664023--89664071	24	2.0	23	81	14	55	28	24	0	46	1.53
89665161--89665211	20	2.4	22	83	9	61	50	1	0	47	1.12
89671211--89671272	23	2.7	23	89	0	97	50	37	1	11	1.48
89671421--89671475	24	2.3	24	82	14	62	29	23	0	47	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89672632--89672682	20	2.4	22	83	9	61	50	1	0	47	1.12
89676678--89676719	18	2.3	18	84	12	59	54	0	4	40	1.21
89676688--89676729	17	2.2	20	88	12	63	47	0	4	47	1.23
89680876--89680961	43	2.0	43	95	0	154	53	16	12	17	1.73
89689204--89689290	44	2.0	44	95	0	156	39	18	8	34	1.80
89695199--89695253	20	2.8	19	86	5	74	14	29	36	20	1.92
89695485--89695528	19	2.4	17	85	14	52	47	18	4	29	1.68
89696055--89696214	52	3.1	51	74	9	144	31	25	15	27	1.95
89702274--89702494	40	5.6	40	79	2	232	24	25	23	26	2.00
89705986--89706102	38	3.0	38	91	2	180	29	26	23	19	1.98
89712483--89712535	23	2.4	22	76	20	56	9	18	1	69	1.25
89724837--89724862	6	4.3	6	100	0	52	0	46	0	53	1.00
89727844--89727890	15	3.3	15	76	11	62	14	6	12	65	1.44
89727844--89727901	15	4.0	15	75	8	57	15	6	13	63	1.49
89733813--89734437	44	14.4	44	88	2	897	23	31	16	28	1.96
89733813--89734437	172	3.6	173	91	3	929	23	31	16	28	1.96
89735659--89735769	47	2.4	47	81	6	136	26	15	22	36	1.94
89742873--89742983	47	2.4	47	83	6	145	26	16	22	35	1.95
89744114--89744966	44	19.8	44	85	4	1179	22	32	17	28	1.96
89744114--89744971	84	10.0	85	87	4	1158	22	32	17	28	1.96
89744114--89744966	128	6.6	129	84	6	1088	22	32	17	28	1.96
89750464--89750710	132	1.9	132	85	0	341	36	20	17	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89751444--89751477	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
89751742--89751781	16	2.6	15	88	7	62	70	0	5	25	1.08
89751823--89751852	13	2.3	13	94	0	51	70	13	3	13	1.30
89753279--89753371	39	2.4	39	96	0	168	24	22	30	22	1.99
89753279--89753403	39	3.2	39	89	1	142	24	21	28	24	1.99
89756756--89756819	25	2.6	25	79	0	74	32	21	23	21	1.98
89767319--89767353	17	2.1	17	100	0	70	34	22	28	14	1.93
89767541--89767745	45	4.6	45	94	0	365	25	8	47	17	1.76
89773883--89773963	40	2.0	40	85	0	108	62	9	2	24	1.38
89773983--89774030	6	8.0	6	92	0	60	75	0	0	25	0.81
89773984--89774032	24	2.0	24	88	0	71	73	0	0	26	0.83
89773994--89774026	16	2.0	17	88	5	50	75	0	0	24	0.80
89775190--89775271	23	3.5	24	80	11	80	60	0	0	39	0.96
89775200--89775264	17	3.7	17	73	24	55	56	0	0	43	0.99
89775191--89775262	6	12.3	6	74	20	55	58	0	0	41	0.98
89777053--89777170	48	2.5	48	98	0	227	39	17	0	42	1.50
89778770--89778797	5	5.6	5	100	0	56	60	0	0	39	0.97
89779459--89779517	11	5.4	11	83	0	73	49	38	10	1	1.47
89779443--89779517	11	6.8	11	82	0	69	52	33	10	4	1.55
89788284--89788316	17	1.9	17	88	11	50	57	6	3	33	1.38
89788448--89788491	15	3.0	14	83	6	52	47	4	0	47	1.22
89790021--89790112	37	2.5	37	87	1	130	32	20	19	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89791051--89791091	19	2.1	20	86	13	59	2	21	0	75	0.92
89791052--89791089	15	2.5	15	87	12	51	2	18	0	78	0.86
89791148--89791197	15	3.5	15	68	15	52	42	4	0	54	1.19
89795312--89795355	24	1.9	24	81	9	56	50	9	15	25	1.74
89795453--89795514	26	2.3	27	75	13	65	56	6	8	29	1.53
89796776--89796917	39	3.6	39	92	1	205	26	29	21	22	1.99
89799746--89799817	37	1.9	37	94	0	126	27	30	19	22	1.98
89799936--89800749	48	16.7	48	95	2	1439	29	26	6	36	1.81
89807777--89807919	39	3.7	39	90	3	200	25	30	22	21	1.99
89807795--89807919	39	3.2	39	93	2	207	27	30	20	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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