genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.90.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28848767--28848833	34	1.9	36	85	11	95	50	1	0	47	1.10
28853690--28853726	15	2.4	16	86	13	51	21	8	0	70	1.13
28857451--28857512	26	2.4	25	79	15	65	56	0	3	40	1.15
28859275--28859322	16	3.3	15	85	8	64	85	0	10	4	0.73
28860053--28860093	14	2.9	14	85	7	57	12	0	4	82	0.81
28860048--28860088	13	3.1	13	82	6	55	12	2	2	82	0.86
28860387--28860432	24	1.9	24	86	8	67	30	4	6	58	1.43
28862198--28862257	30	2.0	30	86	0	84	58	11	1	28	1.43
28863848--28863906	31	1.9	31	82	6	75	44	8	13	33	1.74
28867280--28867330	20	2.7	19	82	14	54	41	0	21	37	1.54
28868659--28868830	63	2.8	62	78	6	186	45	15	22	16	1.85
28868676--28868841	42	4.0	42	78	6	131	43	15	23	17	1.86
28868732--28868848	41	2.8	41	81	2	117	44	13	22	19	1.86
28868657--28868848	21	9.3	21	71	10	119	43	16	22	17	1.87
28888242--28888279	20	1.9	20	88	0	58	52	10	2	34	1.50
28892589--28892782	50	3.9	50	82	6	241	27	19	29	23	1.98
28892597--28892823	100	2.3	98	85	3	285	27	19	29	22	1.98
28904645--28904829	40	4.7	40	79	6	198	25	22	26	25	2.00
28904694--28904862	79	2.2	79	79	7	184	28	19	26	26	1.99
28914359--28914542	50	3.8	50	78	9	177	27	18	29	23	1.98
28931075--28931133	30	2.0	30	93	0	100	37	20	1	40	1.63
28931199--28931228	14	2.1	14	93	0	51	33	6	13	46	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28934158--28934390	48	4.8	48	83	1	304	24	28	18	27	1.98
28934158--28934390	96	2.4	98	90	3	364	24	28	18	27	1.98
28935891--28935942	25	2.1	24	85	3	68	15	21	21	42	1.89
28938910--28939023	43	2.7	43	84	1	158	21	16	29	32	1.95
28938982--28939094	51	2.2	51	88	0	163	23	14	28	33	1.94
28940650--28940708	30	2.0	30	93	0	100	25	1	13	59	1.44
28940828--28940860	11	3.1	11	86	8	50	69	0	0	30	0.88
28944674--28944710	20	1.9	18	89	10	56	43	0	21	35	1.53
28949183--28949313	48	2.6	50	80	3	140	32	15	20	32	1.94
28952476--28952847	40	9.3	40	79	3	358	25	26	21	26	2.00
28961363--28961629	48	5.6	48	74	8	206	25	18	26	29	1.98
28968551--28968641	39	2.3	39	84	3	121	35	20	23	20	1.96
28970367--28970418	27	2.0	26	84	3	68	17	25	23	34	1.96
28977700--28977792	48	1.9	48	91	0	150	24	22	24	27	2.00
28979747--28979787	21	1.9	22	85	14	59	41	19	7	31	1.79
28981127--28981283	43	3.7	42	77	12	140	33	24	17	24	1.96
28983501--28983645	71	2.0	71	81	2	166	36	20	13	28	1.91
28985798--28985900	27	3.8	28	82	10	133	36	22	24	16	1.94
28986006--28986070	28	2.3	28	92	5	105	29	6	29	35	1.82
28986318--28986348	8	3.9	8	91	0	53	3	22	25	48	1.66
28992815--28993073	40	6.6	41	84	7	315	24	23	26	25	2.00
28992815--28993069	120	2.2	119	87	5	365	24	23	25	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29001002--29001261	40	6.6	40	84	2	319	25	23	25	26	2.00
29001002--29001261	120	2.2	119	88	2	371	25	23	25	26	2.00
29005269--29005380	27	4.1	27	82	7	129	37	21	24	16	1.94
29005269--29005380	54	2.1	54	84	3	145	37	21	24	16	1.94
29005486--29005550	28	2.3	28	92	5	105	29	7	29	33	1.85
29010715--29010753	18	2.2	18	86	9	53	61	0	7	30	1.24
29013849--29013896	24	2.0	24	100	0	96	50	4	12	33	1.59
29017422--29017474	18	2.8	18	75	18	54	60	0	9	30	1.28
29018765--29018901	56	2.4	56	80	8	143	29	19	22	28	1.98
29025602--29025680	28	2.9	27	84	5	97	43	16	24	16	1.87
29025603--29025691	28	3.2	27	78	10	92	42	16	23	16	1.88
29028637--29028787	48	3.2	47	67	20	136	30	20	23	25	1.98
29028685--29028832	44	3.3	44	68	17	140	29	22	21	26	1.99
29028636--29028854	92	2.4	92	94	0	393	30	21	22	26	1.99
29029704--29029760	26	2.3	26	79	14	66	28	8	26	36	1.86
29034264--29034332	27	2.6	27	97	0	129	34	17	18	28	1.94
29036161--29036331	43	4.0	43	75	13	156	34	25	16	23	1.95
29046926--29047149	40	5.6	39	87	4	263	25	21	27	25	2.00
29046926--29047168	79	3.1	78	81	7	276	25	21	27	25	2.00
29046939--29047182	40	6.2	40	82	8	184	27	20	26	25	1.99
29054851--29055035	40	4.8	38	85	9	200	25	20	28	25	1.99
29054799--29055016	40	5.6	39	83	10	236	24	21	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29054799--29055023	75	2.9	78	80	11	214	25	20	28	25	1.99
29058792--29058829	14	2.9	13	88	7	51	0	21	0	78	0.74
29058905--29059078	55	3.1	56	97	1	325	22	22	9	44	1.81
29060272--29060447	46	3.8	46	77	14	182	21	19	28	30	1.98
29060269--29060439	93	1.8	93	91	2	281	21	20	28	29	1.98
29067487--29067589	50	2.1	50	90	0	161	32	0	37	30	1.58
29067677--29067714	15	2.6	15	95	4	69	5	26	18	50	1.68
29069349--29069412	34	1.9	32	84	6	83	29	20	21	28	1.98
29072981--29073037	26	2.2	26	83	3	69	26	19	19	35	1.95
29080869--29080924	26	2.1	26	83	9	69	28	19	16	35	1.93
29083507--29083556	23	2.2	23	88	0	73	48	4	26	22	1.68
29084250--29084351	44	2.3	43	81	5	107	26	15	24	33	1.95
29087328--29087361	16	2.1	17	88	5	52	11	0	11	76	1.02
29090063--29090238	46	3.8	45	79	10	212	21	20	28	28	1.98
29090059--29090230	93	1.8	93	94	0	308	21	20	29	27	1.98
29093191--29093246	15	3.7	15	88	7	87	12	16	10	60	1.58
29095173--29095348	46	3.8	45	79	10	212	21	20	28	28	1.98
29095169--29095340	93	1.8	93	94	0	308	21	20	29	27	1.98
29107381--29107584	40	5.1	40	82	4	243	22	25	27	24	1.99
29107377--29107584	80	2.6	80	89	3	303	23	25	27	24	2.00
29112905--29112935	15	2.1	15	100	0	62	22	0	32	45	1.53
29113463--29113600	44	3.2	44	79	11	119	29	16	23	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29126619--29126658	15	2.6	15	84	4	53	77	2	5	15	1.04
29134394--29134494	41	2.5	41	83	6	132	21	17	26	33	1.96
29144911--29145116	47	4.3	47	80	8	184	29	28	16	25	1.97
29146897--29147118	40	5.5	40	78	7	209	25	22	26	25	2.00
29146897--29147157	80	3.3	80	79	5	242	25	22	26	25	2.00
29151455--29151666	27	7.9	27	85	0	271	34	17	21	26	1.95
29152022--29152082	27	2.3	27	83	8	79	26	21	22	29	1.99
29156464--29156523	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
29160852--29160880	13	2.2	13	100	0	58	31	0	13	55	1.39
29169628--29169653	13	2.0	13	100	0	52	38	0	15	46	1.46
29172880--29173112	40	5.8	40	93	1	371	22	23	28	25	1.99
29181027--29181139	40	2.8	40	88	4	149	24	22	28	24	1.99
29194796--29195033	49	4.8	50	78	6	268	28	26	18	26	1.98
29194809--29195032	101	2.3	98	85	5	290	28	26	18	26	1.98
29195688--29195747	30	2.0	30	83	6	77	30	26	5	38	1.78
29199261--29199313	13	4.1	13	100	0	106	15	32	37	15	1.88
29201626--29201650	11	2.3	11	100	0	50	52	24	0	24	1.48
29202493--29202574	21	3.9	21	76	6	94	17	26	15	40	1.89
29202493--29202573	42	1.9	42	85	5	110	17	27	16	39	1.90
29206295--29206438	40	3.6	40	80	9	125	26	27	22	23	1.99
29211920--29211974	27	2.1	27	93	6	96	16	18	23	41	1.89
29213394--29213619	40	5.8	40	88	6	313	26	28	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29213394--29213619	118	1.9	118	86	5	323	26	28	21	23	1.99
29221439--29221667	40	5.8	40	90	4	342	25	27	22	24	2.00
29225310--29225437	43	3.0	43	85	0	175	32	14	18	33	1.92
29227991--29228166	47	3.7	47	92	0	280	32	7	31	28	1.86
29237748--29237812	26	2.6	25	76	11	71	26	20	24	29	1.99
29237793--29237894	23	4.4	23	80	8	109	35	18	23	22	1.96
29241504--29241598	39	2.4	39	89	0	136	17	33	16	31	1.93
29246729--29246764	16	2.2	16	100	0	72	41	27	11	19	1.85
29253412--29253483	20	3.7	19	83	14	85	31	0	6	61	1.23
29256828--29256875	10	4.8	10	82	10	53	25	6	2	66	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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