genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.257.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85631083--85631383	131	2.3	131	88	2	451	28	21	23	25	1.99
85631083--85631422	131	2.6	131	84	2	380	28	22	23	26	1.99
85631764--85632007	44	5.6	44	73	6	149	29	18	22	29	1.97
85633617--85633687	25	2.8	26	77	16	85	29	8	1	60	1.35
85633704--85633730	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
85633868--85633956	26	3.4	26	80	10	67	31	3	3	61	1.28
85637205--85637235	15	2.1	15	93	0	53	48	6	3	41	1.45
85637769--85637954	94	2.0	93	81	6	214	38	7	5	48	1.54
85639740--85639876	68	2.0	66	92	2	229	24	10	16	47	1.79
85640724--85640901	89	2.0	89	100	0	356	28	25	12	33	1.92
85641900--85641941	11	3.9	11	84	3	50	30	2	47	19	1.62
85646380--85646421	11	3.8	11	93	0	66	30	4	47	16	1.67
85646372--85646421	22	2.3	21	86	3	64	28	4	48	20	1.67
85647681--85647731	25	2.2	25	86	10	72	52	1	1	43	1.23
85650652--85650703	23	2.2	24	80	13	63	51	0	7	40	1.30
85650659--85650711	23	2.3	23	83	6	63	45	0	11	43	1.40
85652267--85652321	18	2.8	20	78	16	69	36	23	16	23	1.94
85656593--85656651	30	2.0	30	93	0	100	30	3	10	55	1.49
85663794--85663870	38	2.0	38	100	0	154	36	15	11	36	1.84
85665640--85665773	24	5.7	23	71	17	96	14	25	20	38	1.91
85670607--85670663	23	2.7	19	76	10	51	36	3	5	54	1.40
85670996--85671026	14	2.2	14	94	0	53	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85671776--85671800	13	1.9	13	100	0	50	72	0	12	16	1.13
85673242--85673346	47	2.2	47	93	0	174	26	20	12	40	1.88
85673348--85673391	18	2.4	18	88	0	61	31	11	18	38	1.86
85679300--85679329	14	2.1	14	93	0	51	46	36	0	16	1.47
85695109--85695151	19	2.3	18	84	15	52	37	18	0	44	1.50
85696093--85696118	5	5.2	5	100	0	52	0	42	57	0	0.98
85696199--85696228	10	2.8	11	90	10	53	26	0	0	73	0.84
85698087--85698193	44	2.5	44	79	8	114	22	19	24	33	1.97
85699487--85699515	13	2.2	13	100	0	58	0	20	37	41	1.53
85700260--85700370	45	2.4	45	84	3	141	37	19	20	21	1.94
85700267--85700370	22	4.6	22	77	11	95	38	20	19	22	1.94
85700304--85700429	23	5.3	24	75	14	102	34	18	22	24	1.96
85700260--85700386	45	2.8	45	80	5	123	39	18	20	21	1.93
85704259--85704303	23	1.9	24	82	13	58	64	4	2	28	1.25
85705155--85705330	88	2.0	88	97	0	334	46	10	10	32	1.74
85705956--85705998	18	2.4	18	92	0	68	23	25	6	44	1.78
85709503--85709757	126	2.0	126	90	0	402	30	20	15	33	1.94
85710296--85710357	19	3.4	19	78	14	76	41	20	0	37	1.53
85710303--85710356	16	3.1	17	82	15	65	42	22	0	35	1.54
85710459--85710496	14	2.6	15	79	8	51	47	34	0	18	1.49
85710466--85710496	14	2.2	14	100	0	62	48	32	0	19	1.49
85710929--85710987	29	2.0	30	83	3	75	28	5	11	54	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85711364--85711474	55	2.0	54	92	1	186	14	31	6	47	1.69
85716766--85716826	32	1.9	32	89	0	95	27	6	18	47	1.73
85718079--85718125	13	3.5	13	77	11	58	59	0	0	40	0.97
85718074--85718129	28	2.0	29	96	3	105	60	1	0	37	1.07
85718082--85718129	16	3.2	16	68	31	52	58	0	0	41	0.98
85718629--85718676	22	2.2	22	92	3	80	31	4	4	60	1.35
85718629--85718713	22	4.1	21	75	15	79	31	4	2	61	1.29
85718620--85718724	19	5.3	19	71	10	68	31	4	2	60	1.32
85718649--85718730	39	2.2	37	84	8	103	29	3	1	65	1.17
85725944--85725984	15	2.8	16	85	14	61	51	0	0	48	1.00
85728340--85728384	22	2.1	22	84	12	58	57	2	0	40	1.11
85736127--85736305	78	2.3	78	90	1	281	24	24	24	26	2.00
85736127--85736323	38	5.1	38	89	2	277	23	23	24	28	2.00
85736676--85736783	45	2.5	42	85	8	128	23	24	26	25	2.00
85739365--85739404	18	2.2	18	86	8	55	25	0	2	72	0.97
85742342--85742376	2	18.0	2	94	5	63	51	0	0	48	1.00
85744250--85744440	18	10.6	18	77	10	167	34	12	16	37	1.85
85744238--85744440	72	2.8	73	80	9	204	34	11	15	37	1.85
85744474--85744529	18	3.1	18	76	0	58	37	7	12	42	1.70
85745237--85745282	19	2.4	18	79	10	56	21	21	13	43	1.86
85751190--85751294	44	2.4	42	87	7	156	31	16	23	28	1.96
85751190--85751327	43	3.2	43	81	12	149	33	15	22	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85751231--85751759	177	3.0	177	90	1	828	30	17	22	29	1.97
85753058--85753099	19	2.2	19	87	8	59	23	0	2	73	0.94
85766495--85766539	20	2.3	20	80	3	56	46	17	2	33	1.61
85768877--85768910	17	2.0	17	94	0	59	50	0	0	50	1.00
85773822--85773853	5	6.6	5	96	3	57	18	0	0	81	0.70
85774590--85774630	21	2.0	21	85	0	55	36	12	0	51	1.40
85778334--85778379	22	2.0	25	87	12	71	47	6	6	39	1.55
85782722--85782836	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
85782722--85782855	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
85790704--85790742	20	2.0	20	95	5	71	41	5	2	51	1.38
85792596--85792653	29	2.0	29	100	0	116	62	13	6	17	1.52
85800613--85800670	21	2.8	21	89	0	80	24	12	22	41	1.87
85811442--85811938	250	2.0	251	98	0	969	44	21	10	23	1.82
85814165--85814358	96	2.0	96	98	0	379	36	15	6	41	1.73
85821584--85821612	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
85822791--85822951	38	4.2	38	88	4	227	32	25	22	19	1.98
85825127--85825164	20	1.9	20	84	10	51	42	10	0	47	1.38
85825646--85825686	18	2.3	18	87	8	57	29	21	0	48	1.50
85826818--85826848	12	2.6	12	94	0	53	0	25	0	74	0.82
85833196--85833258	29	2.2	29	100	0	126	49	20	0	30	1.49
85843232--85843486	46	5.5	46	92	0	386	21	24	15	38	1.92
85843467--85843502	16	2.2	16	100	0	72	16	27	16	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85843418--85843548	62	2.1	62	94	0	235	22	26	15	35	1.93
85847276--85847556	47	5.9	47	90	0	418	32	8	30	28	1.87
85847285--85847556	141	1.9	142	93	1	465	32	8	30	28	1.86
85850767--85850793	5	5.4	5	100	0	54	59	0	0	40	0.98
85856072--85856125	28	2.0	27	82	10	65	42	24	5	27	1.76
85857340--85857381	5	8.4	5	89	0	66	59	4	0	35	1.19
85859409--85859440	2	16.0	2	100	0	64	0	50	0	50	1.00
85863846--85863883	4	9.5	4	100	0	76	26	0	23	50	1.50
85867995--85868050	22	2.6	21	83	10	69	73	1	5	19	1.12
85867994--85868063	25	2.8	25	78	18	67	71	1	5	21	1.15
85869653--85869695	15	2.7	15	85	7	59	37	0	9	53	1.33
85874677--85874707	12	2.6	12	94	0	53	0	25	0	74	0.82
85882243--85882273	12	2.6	12	94	0	53	0	25	0	74	0.82
85884964--85885114	43	3.6	42	83	2	196	28	14	26	30	1.95
85885290--85885319	15	1.9	16	93	6	53	36	0	23	40	1.55
85891541--85891677	20	6.3	21	83	12	179	35	0	2	61	1.16
85891541--85891677	21	6.3	21	81	17	138	35	0	2	61	1.16
85891527--85891677	44	3.4	45	90	6	231	34	1	3	60	1.21
85895193--85895378	73	2.5	73	97	0	354	40	24	6	28	1.79
85895890--85895998	50	2.1	50	83	9	132	39	11	19	29	1.87
85897247--85897405	79	2.0	79	82	2	194	37	23	18	20	1.94
85906677--85906727	24	2.1	24	96	0	93	37	3	17	41	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85906988--85907053	21	3.3	20	75	12	64	56	4	0	39	1.20
85906978--85907045	20	3.5	20	75	13	70	55	2	0	41	1.15
85906978--85907048	18	3.6	21	74	12	69	54	2	0	42	1.14
85908489--85908529	21	2.0	21	85	9	57	29	14	26	29	1.95
85916799--85916887	41	2.2	41	83	2	108	33	23	23	19	1.97
85916816--85916894	41	1.9	41	92	0	131	32	24	22	20	1.97
85916880--85917028	41	3.6	41	93	0	253	25	20	28	25	1.99
85917659--85917690	14	2.3	14	94	0	55	15	0	28	56	1.40
85917862--85917912	20	2.6	19	75	9	57	21	0	31	47	1.51
85918115--85918148	18	1.9	18	88	5	52	50	2	2	44	1.32

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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