genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17334791--17334830	4	10.0	4	86	0	53	67	2	2	27	1.16
17335147--17335243	25	4.3	22	77	13	76	56	10	2	30	1.44
17335192--17335242	21	2.4	22	90	3	77	58	7	1	31	1.37
17335952--17335984	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
17336574--17336610	19	1.9	19	88	0	56	16	0	45	37	1.47
17340837--17340879	23	1.9	22	85	4	59	13	9	11	65	1.48
17345013--17345187	46	3.8	46	76	13	196	29	29	20	21	1.98
17345020--17345191	93	1.8	93	93	0	299	28	29	20	21	1.98
17352120--17352291	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
17352113--17352288	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
17357548--17357604	27	2.1	27	86	0	78	38	17	5	38	1.72
17369215--17369377	65	2.5	66	83	3	204	32	20	11	35	1.89
17369215--17369377	33	5.0	33	85	1	202	32	20	11	35	1.89
17369370--17369496	29	4.4	29	93	0	218	22	29	13	34	1.92
17375004--17375190	40	4.7	40	91	0	284	32	27	20	18	1.96
17385258--17385344	27	3.2	28	83	6	117	33	25	22	18	1.97
17386955--17387062	26	4.2	26	95	0	198	37	25	6	30	1.81
17402077--17402345	143	1.9	143	93	1	468	28	23	13	34	1.93
17408994--17409049	21	2.8	20	78	13	53	25	1	7	66	1.27
17423101--17423229	65	2.0	65	96	0	240	25	14	17	42	1.87
17424963--17425136	46	3.8	44	80	9	188	21	30	20	28	1.98
17424874--17425135	94	2.8	92	77	12	239	23	29	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17431268--17431368	44	2.3	43	81	6	107	33	21	18	25	1.97
17442377--17442428	26	2.0	26	88	11	79	25	25	19	30	1.98
17452499--17452646	57	2.6	57	79	4	147	29	21	18	31	1.97
17453650--17453689	15	2.6	16	84	4	55	30	10	2	57	1.45
17456633--17456659	12	2.2	12	100	0	54	55	37	0	7	1.28
17478095--17478162	34	2.0	34	85	5	93	20	26	23	29	1.99
17484821--17484859	15	2.6	16	84	8	55	53	15	17	12	1.72
17485263--17485296	18	1.9	18	88	5	52	55	0	11	32	1.36
17486472--17486602	52	2.5	52	83	3	147	25	17	29	27	1.97
17493021--17493229	53	3.9	53	76	3	202	21	23	17	37	1.94
17498787--17498827	10	4.4	10	79	17	52	60	2	19	17	1.46
17499081--17499155	26	2.9	26	79	0	87	38	14	18	28	1.90
17506811--17507125	48	6.6	48	77	7	311	24	28	20	26	1.99
17506811--17507125	143	2.2	144	83	6	408	24	28	20	26	1.99
17506811--17507142	96	3.5	95	81	6	361	25	28	20	26	1.99
17508998--17509037	21	1.9	21	84	0	53	45	10	15	30	1.78
17511144--17511310	46	3.6	46	82	5	167	23	26	19	29	1.98
17514857--17515142	131	2.2	131	85	3	394	33	16	19	31	1.93
17517798--17518232	44	9.9	44	87	0	573	27	28	14	28	1.96
17529823--17530190	131	2.8	129	78	7	372	34	17	18	29	1.94
17534936--17535057	43	2.9	43	87	1	183	22	29	22	26	1.99
17540262--17540292	14	2.2	14	94	0	53	61	6	0	32	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17545760--17545980	27	8.2	27	84	0	244	30	20	6	42	1.77
17545746--17545980	54	4.4	54	87	1	310	32	20	6	41	1.77
17546216--17546267	27	2.0	26	88	3	77	17	21	21	40	1.91
17546197--17546372	67	2.6	67	92	0	298	18	27	21	31	1.97
17546551--17546669	6	19.3	6	67	17	66	20	18	12	48	1.80
17546582--17546648	25	2.7	25	92	0	107	19	20	11	47	1.81
17546551--17546648	31	3.4	29	76	16	96	20	19	12	47	1.81
17553039--17553286	81	3.1	81	88	1	345	32	22	4	39	1.75
17553039--17553286	27	9.2	27	85	0	298	32	22	4	39	1.75
17553505--17553678	67	2.6	67	88	0	276	19	27	21	31	1.97
17553886--17553952	25	2.7	25	88	0	107	20	19	10	49	1.77
17553855--17553952	31	3.4	30	76	16	107	21	18	11	48	1.78
17556844--17556874	3	10.7	3	93	6	55	70	0	0	29	0.87
17559709--17559884	47	3.6	47	71	13	147	37	15	21	25	1.93
17559574--17559881	101	3.2	93	78	14	249	35	17	23	23	1.96
17559709--17560155	108	4.3	100	86	5	375	35	16	23	24	1.95
17559873--17560163	108	2.7	108	92	0	465	35	17	24	23	1.96
17559863--17560163	55	5.6	54	82	5	358	35	17	24	23	1.95
17560282--17560315	16	2.1	17	88	5	52	32	5	20	41	1.76
17574978--17575027	21	2.4	21	96	0	91	8	32	18	42	1.79
17575315--17576553	23	54.1	23	74	10	910	37	23	6	32	1.80
17575310--17575956	183	3.5	182	79	9	577	37	23	6	32	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17575476--17576474	229	4.4	230	88	2	1266	37	23	6	32	1.80
17575729--17576397	183	3.7	183	85	3	814	37	23	6	32	1.80
17577442--17577495	18	3.1	16	73	17	54	35	22	3	38	1.72
17578851--17578910	7	8.6	7	90	0	84	36	0	0	63	0.95
17578843--17578911	14	4.9	14	85	1	84	34	0	1	63	1.03
17578837--17578937	7	12.9	8	81	15	72	34	0	3	61	1.15
17579358--17579434	22	3.6	22	71	16	63	55	27	0	16	1.41
17579573--17579693	50	2.4	50	81	2	127	42	33	0	22	1.59
17579659--17579688	15	2.0	15	93	0	51	43	36	0	20	1.52
17579659--17579727	22	3.2	21	72	13	59	44	28	1	24	1.62
17595742--17595807	33	2.0	33	93	0	114	42	18	3	36	1.66
17598369--17598418	17	2.9	17	74	14	57	32	0	4	64	1.12
17608646--17608675	15	2.0	15	100	0	60	33	13	13	40	1.83
17609918--17609994	38	2.0	38	94	0	136	45	18	7	28	1.77
17614320--17614504	40	4.7	40	82	9	211	24	22	27	25	2.00
17614320--17614504	79	2.3	81	84	8	229	24	22	27	25	2.00
17614321--17614537	79	2.7	79	81	7	210	26	21	27	24	1.99
17617585--17617619	11	3.0	12	87	8	54	54	8	20	17	1.68
17622019--17622203	79	2.3	81	83	9	229	24	22	27	25	2.00
17622020--17622203	40	4.6	39	81	11	189	25	22	27	25	2.00
17622020--17622236	79	2.7	79	80	9	194	26	22	27	24	2.00
17626506--17626553	19	2.6	19	80	9	55	35	2	14	47	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17626567--17626702	43	3.2	43	95	2	238	27	5	14	51	1.65
17629702--17629739	19	2.0	20	85	15	53	39	23	0	36	1.55
17629968--17630138	93	1.8	93	93	0	297	28	28	21	21	1.98
17629963--17630135	46	3.7	46	79	10	208	29	27	20	21	1.98
17638324--17638371	19	2.6	19	80	9	55	35	2	14	47	1.56
17638385--17638477	43	2.2	43	90	3	143	27	6	12	52	1.64
17639490--17639524	19	1.9	17	88	11	52	34	0	17	48	1.47
17639597--17639691	30	3.2	30	69	7	95	48	3	21	27	1.65
17639597--17639726	59	2.2	60	84	4	183	47	3	23	25	1.66
17640078--17640108	15	2.1	15	93	0	53	48	35	16	0	1.46
17640424--17640450	7	3.9	7	100	0	54	29	0	40	29	1.57
17650557--17650597	16	2.5	17	88	7	59	51	4	26	17	1.65
17652069--17652190	64	1.9	64	98	0	235	35	18	15	31	1.92
17661636--17661672	18	2.1	18	94	0	65	13	29	24	32	1.93
17663025--17663101	21	3.5	23	73	21	67	48	7	1	42	1.40
17667693--17668018	48	6.7	48	81	4	325	25	27	20	26	1.99
17667696--17668070	96	3.9	95	79	6	337	25	26	21	27	1.99
17667695--17668070	144	2.6	145	83	4	456	25	26	21	27	1.99
17676369--17676410	22	2.0	21	90	4	66	16	26	45	11	1.82
17677686--17677820	49	2.8	47	86	5	189	24	31	17	26	1.97
17687450--17687497	10	4.7	10	78	2	51	33	2	16	47	1.58
17693113--17693207	20	4.8	20	85	5	115	36	9	18	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17693132--17693189	11	5.6	11	68	15	52	39	10	17	32	1.83
17693121--17693207	40	2.2	40	89	4	131	36	10	19	33	1.86
17693257--17693354	26	3.8	26	95	1	171	26	26	21	25	1.99
17694981--17695016	18	2.0	18	88	0	54	55	19	2	22	1.56
17698746--17698905	27	5.9	27	80	1	162	40	18	8	31	1.81
17698744--17698902	81	2.0	81	82	7	198	41	19	8	30	1.81
17698829--17698916	27	3.3	27	88	0	131	42	14	13	29	1.84
17699326--17699413	32	2.8	32	82	0	113	29	20	18	31	1.96
17700329--17700367	20	2.0	20	89	0	60	38	0	15	46	1.46
17700967--17701009	22	2.0	22	95	0	77	13	34	0	51	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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