genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.68.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20940037--20940335	133	2.2	133	85	1	402	31	17	21	30	1.96
20940391--20940474	44	1.9	44	80	9	100	35	16	22	25	1.95
20940170--20940490	178	1.8	178	84	1	446	31	17	20	30	1.96
20940487--20940808	44	7.3	44	64	14	162	32	22	24	21	1.98
20940467--20940853	88	4.4	88	90	0	603	33	21	22	22	1.97
20941889--20941934	15	2.9	15	87	6	56	23	10	2	63	1.38
20941869--20941962	29	3.3	29	75	17	83	27	11	1	59	1.39
20942176--20942235	26	2.3	25	77	8	66	26	10	3	60	1.45
20944265--20944307	13	3.1	14	84	12	54	60	0	0	39	0.97
20948385--20948411	12	2.2	12	100	0	54	22	18	7	51	1.70
20949097--20949166	7	9.7	7	82	10	54	61	0	4	34	1.16
20950567--20950616	20	2.6	19	87	6	82	36	32	0	32	1.58
20970474--20970791	48	6.6	48	85	2	397	30	20	26	22	1.98
20970474--20970791	96	3.3	96	88	1	485	30	20	26	22	1.98
20970515--20970825	48	6.5	47	80	8	175	31	19	26	22	1.98
20970515--20970822	144	2.1	144	83	2	386	32	19	25	22	1.98
20970515--20970897	144	2.7	144	81	7	370	31	20	25	22	1.98
20978317--20978447	49	2.7	48	76	4	120	32	15	29	23	1.95
20984320--20984374	26	2.2	25	83	9	67	58	12	1	27	1.45
20986855--20986887	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
20993670--20993710	17	2.4	17	95	0	73	19	24	2	53	1.57
20996027--20996404	48	7.9	48	79	4	350	26	30	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20996024--20996391	144	2.6	143	82	1	439	25	31	17	25	1.97
21003865--21004132	48	5.6	48	74	7	211	24	30	18	27	1.98
21003867--21004144	144	1.9	144	84	0	367	24	30	17	26	1.98
21007617--21007678	29	2.1	30	84	3	81	37	25	3	33	1.72
21014132--21014195	30	2.1	31	82	2	76	26	17	6	50	1.69
21017818--21017899	26	3.2	26	100	0	164	35	26	7	30	1.84
21020997--21021049	25	2.1	25	89	0	79	62	0	0	37	0.96
21022582--21022651	10	7.0	10	72	25	51	57	4	2	35	1.33
21026967--21027274	154	2.0	154	96	0	562	45	14	13	26	1.82
21028314--21028395	8	9.9	8	83	10	94	32	0	3	63	1.12
21028314--21028395	23	3.3	23	80	14	76	32	0	3	63	1.12
21028314--21028369	15	3.7	15	88	7	78	30	0	3	66	1.09
21028544--21028603	28	2.1	28	81	6	68	25	3	23	48	1.66
21028618--21028679	14	4.4	14	76	10	54	14	1	43	40	1.55
21028678--21028768	22	4.2	22	65	18	64	24	1	28	46	1.60
21028734--21028858	66	1.9	66	86	3	180	27	2	25	44	1.66
21029428--21029619	41	4.7	40	85	3	267	26	26	17	29	1.97
21029428--21029654	81	2.8	81	85	1	303	27	25	15	30	1.96
21029428--21029654	40	5.6	40	86	2	283	27	25	15	30	1.96
21030534--21030563	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
21031276--21031325	26	2.0	24	88	7	73	64	6	0	30	1.18
21031296--21031354	21	2.8	21	78	12	59	69	8	0	22	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21034628--21034679	25	2.1	25	89	7	79	21	25	17	36	1.94
21034803--21034884	37	2.2	38	93	2	139	42	8	13	35	1.75
21053353--21053383	15	2.1	15	94	5	55	25	0	0	74	0.82
21056468--21056521	26	2.1	25	86	3	72	50	7	0	42	1.30
21058665--21058702	19	2.0	19	94	0	67	34	10	23	31	1.89
21059031--21059055	13	1.9	13	100	0	50	84	0	0	16	0.63
21059587--21059626	19	2.0	20	86	13	57	77	2	5	15	1.04
21059965--21061233	44	29.4	44	88	2	1724	22	31	16	29	1.96
21059965--21061233	604	2.1	598	87	3	1846	22	31	16	29	1.96
21061197--21061418	88	2.5	88	88	0	320	30	26	16	27	1.97
21059985--21061326	516	2.6	504	84	5	1745	22	30	16	29	1.96
21061528--21061650	61	2.0	64	88	7	191	38	12	16	33	1.85
21073528--21073565	19	2.0	19	94	0	67	34	10	23	31	1.89
21074449--21074488	19	2.0	20	86	13	57	77	2	5	15	1.04
21076290--21076347	24	2.4	25	82	8	75	68	3	3	24	1.20
21083546--21083597	23	2.3	23	93	0	86	21	25	21	32	1.98
21083546--21083609	23	2.8	23	87	0	74	21	23	21	32	1.98
21091142--21091215	20	3.8	20	75	16	66	60	6	0	32	1.23
21091108--21091228	50	2.4	49	80	15	126	57	6	0	35	1.31
21091035--21091213	59	3.1	59	71	20	153	58	6	0	34	1.29
21091011--21091216	9	21.2	9	67	22	57	56	6	1	35	1.36
21091149--21091217	31	2.3	31	85	7	90	57	5	0	36	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21091190--21091231	18	2.3	18	84	8	50	64	2	2	30	1.19
21091212--21091250	21	1.9	21	85	15	55	64	0	5	30	1.15
21091765--21091839	38	2.0	37	82	10	89	29	1	8	61	1.33
21091793--21091874	29	2.8	29	75	14	80	36	2	3	57	1.30
21091917--21092016	18	5.2	20	71	18	88	34	1	4	61	1.22
21091908--21091965	10	5.9	10	73	18	50	36	0	5	58	1.20
21091931--21091963	9	3.7	9	88	11	50	42	0	3	54	1.15
21091907--21092047	37	3.7	36	73	16	108	34	0	3	60	1.19
21113208--21113335	55	2.3	55	78	7	143	27	28	25	18	1.98
21117731--21117771	13	3.2	13	92	0	64	21	29	31	17	1.96
21122144--21122184	13	3.2	13	92	0	64	21	29	31	17	1.96
21126559--21126599	13	3.2	13	92	0	64	21	29	31	17	1.96
21130973--21131013	13	3.2	13	92	0	64	21	29	31	17	1.96
21135388--21135428	13	3.2	13	92	0	64	21	29	31	17	1.96
21141349--21141392	22	2.0	22	82	8	54	52	0	6	40	1.28
21143249--21143451	103	2.0	103	93	0	343	25	24	22	28	1.99
21144699--21144807	56	1.9	55	83	7	139	11	26	22	39	1.88
21161280--21161402	44	2.8	44	85	2	160	25	28	20	26	1.99
21169309--21169352	22	2.0	22	82	8	54	52	0	6	40	1.28
21179867--21179897	15	2.1	14	94	5	53	32	25	22	19	1.97
21183547--21183629	42	2.0	43	81	11	100	27	27	18	26	1.98
21186324--21186396	38	1.9	38	94	0	128	27	19	21	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21187185--21187223	20	2.0	20	94	0	69	20	41	25	12	1.88
21196656--21196829	48	3.6	48	70	6	147	29	16	27	27	1.97
21196845--21196970	49	2.6	49	79	2	146	29	20	26	23	1.99
21198155--21198209	28	1.9	29	85	3	76	14	18	45	21	1.85
21200462--21200625	42	3.7	42	84	8	186	28	26	15	29	1.96
21200532--21200715	49	3.8	49	81	10	175	30	26	14	28	1.95
21200737--21200885	31	4.8	31	91	0	235	26	28	18	26	1.98
21200861--21200989	50	2.5	51	92	2	215	24	23	17	34	1.95
21205865--21205902	20	1.9	20	88	0	58	36	7	2	52	1.45
21207425--21207573	72	2.1	72	88	0	217	22	28	22	26	1.99
21212458--21212504	17	2.8	17	90	0	67	31	25	19	23	1.98
21214449--21214665	49	4.4	49	77	3	227	29	25	18	27	1.98
21214452--21214576	50	2.5	49	85	1	160	30	28	15	25	1.96
21219977--21220073	48	2.0	48	100	0	194	30	12	20	36	1.90
21225883--21225920	18	2.2	16	90	9	58	21	7	0	71	1.11
21230060--21230106	18	2.8	17	80	6	51	59	8	2	29	1.39
21230517--21230638	3	41.0	3	66	11	63	58	2	9	30	1.42
21230746--21230922	3	59.7	3	69	17	61	62	5	2	29	1.31
21230603--21231473	145	6.2	141	77	15	678	60	5	3	29	1.36
21230606--21231479	148	6.3	142	82	13	940	60	5	4	29	1.37
21231036--21231508	3	154.7	3	66	21	104	61	4	3	30	1.32
21231210--21231266	25	2.2	25	78	9	62	71	3	1	22	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21230996--21231502	136	3.8	130	78	16	438	60	5	3	30	1.34
21231141--21231467	125	2.5	127	82	13	384	60	5	2	31	1.34
21234026--21234187	86	1.9	86	93	0	279	34	20	14	30	1.92
21234111--21234273	75	2.2	75	87	2	240	34	19	14	30	1.92
21233903--21234367	161	2.9	160	79	9	530	36	19	14	28	1.92
21242796--21242830	16	2.2	16	90	5	54	74	11	0	14	1.08
21243624--21243670	18	2.8	17	80	6	51	59	8	2	29	1.39
21243851--21243877	13	2.1	13	100	0	54	62	7	7	22	1.46
21244080--21244201	3	41.0	3	66	11	63	58	2	9	29	1.43
21244309--21244480	3	57.7	3	70	17	67	62	5	2	29	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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