genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.109.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36025397--36025573	77	2.3	77	90	4	266	27	28	24	19	1.98
36033088--36033223	24	5.6	24	75	7	105	27	30	15	27	1.96
36044812--36044859	13	3.6	13	75	13	53	52	10	14	22	1.72
36049202--36049249	24	2.0	24	100	0	96	33	16	25	25	1.96
36053202--36053254	27	2.0	27	85	7	72	32	18	20	28	1.97
36059690--36059905	40	5.4	40	91	3	298	24	22	27	25	2.00
36059690--36059905	79	2.7	80	88	5	298	24	22	27	25	2.00
36067616--36067829	40	5.4	40	90	5	289	23	22	27	25	2.00
36070835--36070912	42	2.0	37	85	12	102	21	19	28	30	1.97
36073629--36073673	24	2.0	23	86	8	65	22	13	33	31	1.92
36085444--36085590	40	3.7	40	83	5	120	25	27	21	25	2.00
36085490--36085670	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
36085487--36085670	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
36089386--36089548	60	2.7	60	71	14	145	26	23	20	28	1.99
36089541--36089580	20	2.0	20	85	9	55	27	25	20	27	1.99
36090941--36090995	25	2.3	22	76	14	56	63	0	34	1	1.05
36092020--36092082	25	2.5	25	100	0	126	15	23	42	17	1.88
36093306--36093400	29	3.3	29	89	1	147	24	14	31	29	1.95
36093387--36093842	227	2.0	227	96	0	849	25	16	25	32	1.96
36101219--36101313	29	3.3	29	89	1	147	24	14	31	29	1.95
36102375--36102408	18	1.9	18	88	5	52	41	11	17	29	1.85
36110832--36110865	17	2.0	17	100	0	68	35	11	23	29	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36112237--36112367	55	2.4	55	89	0	199	23	32	21	22	1.98
36113119--36113335	49	4.6	49	76	13	179	22	30	20	26	1.98
36113121--36113344	46	4.7	47	77	13	201	22	29	20	27	1.98
36113120--36113335	99	2.3	99	81	7	243	22	30	20	26	1.98
36113730--36113786	30	1.9	30	92	0	96	28	24	14	33	1.94
36126437--36126509	38	1.9	38	88	5	112	28	15	19	36	1.92
36130212--36130369	48	3.3	47	77	10	142	27	28	17	25	1.98
36130232--36130375	48	3.0	48	85	0	207	27	30	18	23	1.97
36138579--36138611	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
36139678--36139742	28	2.3	28	86	0	85	33	27	9	29	1.88
36139848--36139936	26	3.2	28	78	13	96	17	23	25	32	1.97
36145882--36146137	40	6.4	38	84	6	262	24	22	26	26	2.00
36145882--36146137	120	2.1	120	83	7	317	24	22	26	26	2.00
36156461--36156645	79	2.3	82	82	7	220	24	27	23	24	2.00
36156442--36156645	40	5.1	40	80	8	220	24	27	23	25	2.00
36158401--36158435	14	2.5	14	95	0	61	37	11	22	28	1.89
36159039--36159071	12	2.6	13	85	9	50	9	45	0	45	1.35
36160138--36160202	28	2.3	28	91	0	103	32	27	9	30	1.88
36160308--36160397	27	3.2	28	81	7	112	18	24	24	32	1.97
36160318--36160408	27	3.2	28	81	4	94	20	26	20	31	1.98
36160308--36160422	55	2.1	56	82	8	137	18	24	22	34	1.96
36170484--36170539	28	2.0	28	89	6	87	26	17	19	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36173937--36173996	27	2.3	26	88	2	84	36	18	21	23	1.95
36177575--36177638	33	2.0	32	84	3	83	23	26	14	35	1.93
36182986--36183094	6	17.8	6	73	14	89	47	14	17	20	1.82
36183009--36183104	31	3.1	31	92	0	147	46	13	18	20	1.83
36183043--36183113	31	2.6	26	74	21	72	50	14	15	19	1.77
36183257--36183354	27	3.7	26	83	5	115	37	20	21	20	1.94
36183513--36183571	22	2.7	22	81	0	64	32	22	25	20	1.98
36183899--36184260	27	13.4	27	85	0	438	26	17	19	36	1.94
36184241--36184317	27	2.9	27	88	0	109	32	7	18	41	1.79
36184314--36184434	27	4.5	27	87	0	170	40	9	23	27	1.84
36184267--36184447	81	2.2	81	77	0	200	35	7	22	34	1.83
36184314--36184458	54	2.7	54	85	0	173	38	8	22	29	1.85
36188012--36188071	27	2.3	26	82	2	66	23	21	21	33	1.97
36189068--36189110	16	2.8	15	75	6	50	37	0	23	39	1.55
36194418--36194452	18	1.9	18	94	0	61	54	8	0	37	1.31
36194424--36194465	17	2.4	17	84	11	50	50	9	0	40	1.35
36197143--36197260	43	2.7	43	76	2	121	28	22	15	33	1.94
36198310--36198353	19	2.3	19	92	0	70	36	36	9	18	1.82
36206124--36206161	15	2.5	16	79	12	53	71	7	13	7	1.31
36209798--36209828	14	2.2	14	94	0	53	12	29	41	16	1.85
36219940--36219993	22	2.5	22	77	17	58	31	46	1	20	1.61
36222957--36223446	244	2.0	244	95	0	890	36	14	24	24	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36225469--36225539	36	2.0	36	97	0	133	26	22	12	38	1.90
36225602--36225664	26	2.5	26	92	2	101	38	11	11	39	1.76
36232681--36232710	16	1.9	16	93	6	53	30	0	20	50	1.49
36242693--36242742	20	2.6	19	84	9	57	42	0	22	36	1.54
36243326--36243507	49	3.7	49	77	5	172	28	20	26	24	1.99
36248593--36248803	67	3.1	65	65	22	153	46	4	5	43	1.48
36248579--36248792	71	3.1	71	65	24	173	45	4	5	44	1.46
36248566--36249122	138	4.0	138	88	3	789	46	5	7	41	1.53
36253111--36253267	43	3.7	43	77	13	164	30	26	19	23	1.98
36260699--36260846	43	3.5	42	78	8	140	30	22	18	28	1.98
36260699--36260846	42	3.5	42	77	8	138	30	22	18	28	1.98
36264151--36264220	30	2.3	30	90	4	106	37	15	27	20	1.93
36264202--36264400	29	6.7	30	71	9	131	40	15	24	20	1.90
36264151--36264461	119	2.6	119	89	1	460	38	14	24	22	1.92
36264389--36264460	30	2.4	30	83	0	90	38	9	23	27	1.86
36266910--36267044	50	2.7	50	81	1	162	28	27	18	25	1.98
36273143--36273558	138	3.0	137	89	4	599	45	6	7	41	1.57
36282651--36282846	40	4.9	40	83	5	243	23	27	25	24	2.00
36282639--36282846	80	2.6	79	90	3	301	23	26	25	24	2.00
36289643--36289722	15	5.4	15	77	7	83	10	18	13	57	1.64
36289634--36289721	30	3.0	30	80	11	92	10	18	15	55	1.68
36312365--36312549	40	4.6	40	79	6	212	24	23	27	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36320441--36320625	40	4.6	40	79	6	203	24	23	27	24	2.00
36321028--36321090	31	2.0	31	100	0	126	19	26	38	15	1.92
36324036--36324106	25	2.9	25	95	2	126	32	22	21	23	1.98
36324029--36324145	25	4.7	25	82	4	121	34	20	21	23	1.97
36331125--36331210	42	2.0	42	95	0	154	41	16	4	37	1.69
36338173--36338303	38	3.2	38	70	17	118	32	23	12	30	1.92
36338218--36338322	47	2.2	48	84	1	140	31	20	16	32	1.94
36344575--36344750	56	3.1	56	99	0	343	44	9	23	22	1.81
36345880--36346104	40	5.7	40	86	5	296	24	22	28	25	2.00
36345880--36346127	119	2.1	119	82	7	290	25	21	27	25	2.00
36350032--36350109	36	2.1	37	90	2	122	25	30	19	24	1.98
36350228--36350536	47	6.6	47	91	3	496	29	30	8	32	1.86
36357098--36357217	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
36358343--36358567	40	5.7	40	86	5	296	24	22	28	25	2.00
36358343--36358600	119	2.2	119	81	6	292	25	21	27	25	1.99
36362430--36362614	38	4.3	40	71	19	126	30	23	15	30	1.95
36362448--36362588	48	3.0	48	86	1	203	31	21	15	31	1.94
36366166--36366268	45	2.3	45	100	0	206	28	24	21	26	1.99
36367295--36367339	21	2.1	21	95	0	81	24	11	17	46	1.81
36368615--36368827	48	4.4	48	86	5	229	29	28	15	27	1.96
36368597--36368827	96	2.4	94	84	7	288	28	28	16	26	1.97
36373635--36373702	30	2.3	29	87	5	91	23	38	22	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36374827--36374971	48	3.0	48	84	1	175	26	24	21	27	1.99
36378948--36379008	17	3.6	17	70	16	54	45	0	1	52	1.10
36383005--36383074	27	2.6	27	90	0	113	21	21	12	44	1.85
36388800--36388868	30	2.3	30	92	2	111	33	15	10	40	1.81
36396025--36396128	43	2.5	42	82	6	113	30	15	22	31	1.95
36400664--36400793	54	2.4	54	81	2	145	29	25	10	34	1.90
36400697--36400820	27	4.6	27	87	0	176	28	23	9	38	1.86
36400799--36400991	27	7.2	27	77	8	178	39	20	9	30	1.84
36400799--36400993	81	2.4	81	89	0	284	39	21	9	30	1.84
36400861--36401019	54	2.9	54	78	10	150	40	20	9	29	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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