genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.65.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19798303--19798339	19	1.9	19	100	0	74	21	5	13	59	1.54
19798304--19798346	19	2.3	19	91	0	68	20	4	9	65	1.40
19802858--19803165	38	8.1	38	92	0	499	21	22	24	31	1.98
19803163--19803244	43	1.9	43	89	0	128	13	25	32	28	1.93
19808629--19808903	38	7.2	38	93	0	451	21	22	25	30	1.98
19808896--19808977	43	1.9	43	92	0	137	12	25	34	28	1.92
19814359--19814633	38	7.2	38	92	0	424	22	22	25	30	1.99
19814605--19814707	43	2.5	42	83	3	136	14	24	33	28	1.94
19818378--19818427	3	16.7	3	100	0	100	68	0	0	32	0.90
19844715--19844760	23	2.0	23	83	8	58	41	4	17	36	1.69
19844729--19844774	21	2.1	23	84	8	60	36	4	15	43	1.66
19846058--19847055	496	2.0	496	86	3	1400	25	27	14	33	1.94
19856500--19856706	67	3.1	64	76	10	195	32	16	28	22	1.96
19857004--19857156	28	5.6	27	72	12	123	30	15	27	26	1.96
19857086--19857189	28	3.7	28	77	10	97	29	21	25	24	1.99
19857003--19857181	56	3.2	56	80	10	224	29	17	27	25	1.97
19861034--19861210	96	1.8	96	89	2	275	24	25	20	28	1.99
19868321--19868349	6	4.8	6	100	0	58	13	0	0	86	0.58
19869924--19870094	93	1.8	93	94	0	306	27	29	21	21	1.98
19869916--19870091	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
19872471--19872559	30	3.0	30	80	8	101	57	15	16	10	1.65
19872471--19872550	15	5.4	15	80	7	92	58	13	17	10	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19872482--19872559	15	5.2	15	78	9	79	56	15	16	11	1.67
19875471--19875641	93	1.8	93	94	0	306	27	29	21	21	1.98
19875463--19875638	46	3.8	46	81	10	214	28	29	21	21	1.98
19895627--19895684	30	1.9	30	82	3	71	25	22	12	39	1.89
19904598--19904629	16	1.9	17	93	6	57	31	9	3	56	1.47
19917832--19917874	16	2.7	16	82	13	61	27	13	6	51	1.67
19917832--19917877	17	2.8	17	83	9	69	28	15	6	50	1.69
19921346--19921377	16	2.0	16	93	0	55	37	9	6	46	1.61
19922788--19922833	20	2.4	19	82	7	58	52	2	2	43	1.25
19924546--19924592	21	2.2	21	100	0	94	12	27	17	42	1.85
19930503--19930727	40	5.7	40	87	5	296	24	21	27	26	1.99
19930503--19930760	119	2.2	119	81	6	292	25	21	27	25	1.99
19938500--19938684	40	4.7	40	86	6	243	23	22	27	25	2.00
19938500--19938684	79	2.3	81	86	6	245	23	22	27	25	2.00
19938552--19938717	80	2.1	79	84	6	221	25	21	27	26	1.99
19938500--19938717	119	1.8	119	80	7	264	25	22	27	25	2.00
19940342--19940439	48	2.0	48	90	0	151	34	16	27	21	1.95
19946557--19946625	31	2.2	31	82	5	77	36	7	10	46	1.65
19946916--19947001	44	2.0	44	97	0	163	40	0	5	53	1.25
19949755--19949796	21	2.0	21	90	0	66	19	4	23	52	1.65
19949626--19949894	138	1.9	138	96	0	493	21	12	22	43	1.86
19952625--19952688	31	2.1	31	100	0	128	28	15	17	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19962628--19962977	18	19.1	18	70	12	185	38	13	10	36	1.80
19962641--19962794	80	1.9	80	80	5	177	39	15	9	35	1.80
19962720--19962843	54	2.3	54	98	0	239	41	12	10	35	1.78
19962721--19962977	72	3.6	72	73	13	208	38	12	10	37	1.79
19963146--19963245	45	2.2	45	90	0	164	43	20	17	20	1.89
19963150--19963271	45	3.0	41	80	10	115	39	20	19	20	1.93
19964985--19965027	5	8.4	5	97	2	77	60	0	0	39	0.97
19965115--19965172	21	2.7	22	81	7	75	58	1	0	39	1.08
19965138--19965172	16	2.1	17	89	5	54	62	0	0	37	0.95
19967448--19967497	24	2.1	24	100	0	100	38	26	4	32	1.75
19969596--19969647	18	2.8	19	80	8	63	38	15	5	40	1.71
19969739--19969875	18	7.6	18	78	5	152	35	16	11	35	1.86
19969737--19969887	36	4.2	36	80	5	180	35	15	11	36	1.85
19969685--19969887	72	2.8	72	79	6	216	37	14	11	36	1.82
19970058--19970157	45	2.2	45	90	0	164	43	20	17	20	1.89
19970062--19970183	45	3.0	41	80	10	115	39	20	19	20	1.93
19971900--19971945	7	6.6	7	81	18	60	58	0	0	41	0.98
19971901--19971953	5	10.6	5	84	15	74	60	0	0	39	0.97
19971903--19971954	3	18.3	3	75	25	51	61	0	0	38	0.96
19971908--19971953	21	2.1	22	96	4	85	60	0	0	39	0.97
19971915--19971954	16	2.6	16	96	4	73	62	0	0	37	0.95
19971901--19971953	26	2.1	24	93	6	88	60	0	0	39	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19973203--19973348	43	3.4	43	85	1	204	27	31	20	20	1.97
19973348--19973382	17	1.9	17	88	11	52	77	0	0	22	0.78
19974003--19974035	12	2.8	12	100	0	66	36	9	6	48	1.60
19978079--19978141	23	2.7	23	77	18	85	55	6	0	38	1.25
19978079--19978168	46	2.0	46	84	8	121	55	4	2	37	1.32
19979308--19979412	7	14.7	7	71	13	63	39	40	0	20	1.53
19979308--19979409	36	2.8	36	82	8	102	37	41	0	21	1.54
19979471--19979705	41	5.8	41	93	0	330	17	25	24	31	1.97
19979473--19979747	82	3.4	81	84	3	275	18	24	23	33	1.97
19983644--19983671	13	2.2	13	100	0	56	39	14	10	35	1.81
19985995--19986219	40	5.7	40	85	5	260	25	27	22	25	2.00
19985997--19986219	119	1.9	120	82	6	283	25	26	22	25	2.00
19988532--19988557	5	5.2	5	100	0	52	0	0	19	80	0.71
19989468--19989649	40	4.6	40	86	0	256	13	13	28	44	1.82
19995046--19995090	20	2.2	20	84	0	54	35	13	2	48	1.54
20002042--20002244	40	5.1	40	91	2	302	21	22	29	26	1.99
20010010--20010227	40	5.5	40	86	4	264	23	22	27	26	2.00
20016176--20016222	20	2.5	18	83	10	58	72	6	8	12	1.27
20023170--20023206	11	3.2	12	92	7	60	43	0	27	29	1.55
20024627--20024715	27	3.3	27	76	3	81	39	17	12	30	1.87
20025064--20025168	44	2.4	44	85	0	147	22	18	19	40	1.92
20031583--20031740	68	2.3	67	97	0	280	31	14	30	24	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20031617--20031814	68	2.9	67	84	8	192	33	15	29	21	1.94
20043577--20043606	13	2.3	13	94	0	51	36	16	0	46	1.47
20044062--20044113	24	2.2	24	85	0	68	19	25	9	46	1.80
20044070--20044119	24	2.1	24	88	0	73	18	26	12	44	1.84
20046515--20046550	17	2.1	17	100	0	72	33	16	16	33	1.92
20046996--20047105	21	5.6	20	73	16	63	32	3	0	62	1.18
20047020--20047109	13	6.7	14	76	8	64	33	2	1	63	1.14
20047042--20047123	36	2.4	33	82	11	94	35	1	1	62	1.11
20047022--20047115	26	3.5	26	77	12	84	32	2	1	63	1.13
20047013--20047107	49	1.9	49	85	12	133	34	2	1	62	1.14
20057795--20058465	47	14.1	47	85	6	859	33	9	28	28	1.88
20058076--20058206	28	5.0	28	71	19	138	35	12	25	26	1.91
20058029--20058253	75	3.0	75	98	0	432	34	10	27	28	1.89
20057980--20058348	122	3.0	123	80	12	495	34	9	27	28	1.88
20058584--20058662	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
20068294--20068361	20	3.4	20	70	0	64	48	16	26	8	1.75
20070291--20070330	19	2.1	19	95	0	71	32	12	15	40	1.84
20078127--20078163	19	1.9	19	94	0	65	32	13	16	37	1.87
20081786--20081903	42	2.8	42	91	5	186	28	15	25	30	1.96
20082799--20082843	24	2.0	22	90	4	63	24	2	24	48	1.62
20088781--20088958	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
20088782--20088937	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20088778--20088958	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
20096954--20097131	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
20096955--20097110	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
20096951--20097131	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
20099143--20099340	53	3.7	54	83	3	213	22	23	18	36	1.95
20099157--20099348	55	3.6	54	83	6	212	21	23	17	36	1.94
20099331--20099489	47	3.4	47	94	0	273	26	25	13	34	1.93
20099376--20099629	142	1.8	140	80	8	309	23	24	18	34	1.96
20099373--20099633	47	5.6	47	79	6	176	24	24	17	33	1.96
20103682--20103831	42	3.5	42	84	5	187	28	17	24	30	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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