genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.62.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18382457--18382633	27	6.5	27	84	3	203	29	27	15	27	1.96
18382477--18382632	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
18390324--18390501	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
18390345--18390500	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
18397112--18397214	12	9.6	10	75	18	68	18	3	0	76	0.99
18397112--18397214	5	19.2	5	72	21	68	18	3	0	76	0.99
18397112--18397214	27	3.8	26	79	14	86	18	3	0	76	0.99
18397116--18397194	6	13.5	6	85	5	92	16	3	1	78	0.96
18405283--18405314	8	4.2	8	88	11	50	25	0	0	75	0.81
18407112--18407570	46	10.0	46	94	0	729	37	15	23	23	1.93
18421785--18421814	15	2.0	15	93	0	51	43	40	16	0	1.48
18421862--18421889	13	2.2	13	100	0	56	14	35	0	50	1.43
18421882--18422149	145	1.8	145	91	0	446	23	11	20	44	1.84
18423921--18423968	6	8.0	6	90	0	78	2	62	0	35	1.07
18426473--18426550	18	4.0	18	72	18	66	32	0	7	60	1.25
18426589--18426625	18	2.1	18	100	0	74	51	0	0	48	1.00
18426707--18426744	19	2.0	19	89	0	58	47	10	10	31	1.72
18426736--18426773	14	2.7	14	91	0	58	34	13	10	42	1.78
18426857--18426894	6	6.0	6	88	11	58	18	0	2	78	0.86
18426850--18426891	20	2.0	21	95	4	77	19	0	7	73	1.05
18427464--18427518	17	3.2	18	80	12	53	23	27	34	14	1.94
18427475--18427520	18	2.6	18	86	3	58	23	26	34	15	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18429017--18429200	68	2.7	66	88	5	226	34	14	27	23	1.93
18435676--18435844	46	3.6	46	81	6	180	22	29	20	27	1.98
18455010--18455040	9	3.4	9	90	0	53	25	9	25	38	1.86
18456989--18457029	19	2.2	18	86	4	55	48	0	2	48	1.14
18457970--18458020	24	2.1	24	82	7	59	58	3	1	35	1.28
18461035--18461080	17	2.8	18	84	15	64	28	41	30	0	1.56
18474296--18474326	14	2.2	14	94	0	53	19	6	12	61	1.53
18474361--18474421	30	2.0	30	90	0	95	26	6	11	55	1.59
18476490--18476608	41	2.9	42	78	12	131	32	19	15	32	1.93
18479490--18479518	3	9.7	3	100	0	58	0	31	0	68	0.89
18482471--18482508	19	2.1	19	85	5	51	42	2	2	52	1.29
18483474--18483503	15	2.0	15	93	0	51	0	16	6	76	0.99
18486587--18486740	28	5.5	28	97	0	274	25	11	28	33	1.91
18486562--18486740	56	3.2	56	91	1	279	25	11	28	34	1.91
18493391--18493434	23	1.9	23	86	9	63	75	0	18	6	1.02
18494688--18494785	28	3.5	28	95	1	171	25	12	29	32	1.92
18494688--18494798	28	4.0	27	90	3	107	27	11	27	33	1.91
18496798--18496851	20	2.8	20	88	2	83	42	14	3	38	1.64
18501174--18501203	2	15.0	2	100	0	60	50	50	0	0	1.00
18502078--18502242	75	2.2	75	84	3	208	38	12	12	36	1.81
18504516--18504601	31	2.8	31	89	1	129	26	25	13	33	1.94
18504819--18504890	26	2.8	25	87	6	99	26	20	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18505022--18505069	25	1.9	25	86	0	69	29	16	22	31	1.96
18512567--18512652	31	2.8	31	89	1	129	26	25	13	33	1.94
18512870--18512941	26	2.8	25	83	6	90	26	20	25	27	1.99
18513079--18513128	25	2.0	25	88	0	73	30	16	22	32	1.95
18523724--18523931	67	3.2	64	76	8	195	32	17	27	21	1.96
18526064--18526115	24	2.1	25	86	10	72	25	15	1	57	1.48
18528276--18528319	20	2.2	20	91	0	70	36	31	2	29	1.70
18528398--18528460	33	1.9	33	87	3	92	30	25	14	30	1.95
18534889--18535055	46	3.6	46	82	6	203	22	29	19	28	1.98
18534793--18535055	140	1.9	141	84	7	356	24	29	18	27	1.98
18535077--18535173	49	2.0	49	89	0	149	35	18	13	32	1.90
18541487--18541538	24	2.2	24	86	6	70	44	9	7	38	1.66
18545549--18545753	28	7.3	28	94	1	340	34	27	11	27	1.91
18548908--18548988	39	2.1	39	100	0	162	35	23	7	33	1.83
18559103--18559503	50	8.0	50	73	4	324	26	18	26	28	1.98
18559108--18559290	101	1.8	101	85	0	258	26	20	25	27	1.99
18559103--18559496	151	2.6	151	88	0	556	25	18	26	28	1.98
18564252--18564349	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
18564280--18564362	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
18564252--18564363	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
18571469--18571512	14	3.4	14	70	23	51	45	0	13	40	1.44
18571468--18571524	24	2.4	24	94	2	98	49	0	12	38	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18573699--18573871	46	3.7	47	76	10	142	23	19	26	30	1.98
18573699--18573868	92	1.8	92	86	2	243	23	19	27	30	1.98
18588802--18588919	34	3.4	34	85	1	164	30	21	25	22	1.99
18603972--18604023	27	1.9	27	84	0	68	21	25	21	32	1.98
18605112--18605145	16	2.1	16	94	0	59	64	17	14	2	1.40
18615539--18615598	27	2.3	26	82	2	66	21	21	20	36	1.95
18623152--18623397	49	4.9	50	83	2	316	26	18	26	29	1.98
18623257--18623340	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
18637363--18637558	27	7.3	27	87	0	257	30	23	7	37	1.83
18637375--18637558	54	3.4	54	90	0	287	31	24	6	37	1.81
18637363--18637558	81	2.4	81	88	1	286	30	23	7	37	1.83
18637590--18637767	27	6.6	27	83	5	209	41	20	7	30	1.80
18637557--18637767	54	3.9	54	79	6	189	40	19	9	30	1.83
18637590--18637766	81	2.2	81	84	6	234	41	19	7	30	1.80
18637723--18637826	27	3.8	27	77	9	95	43	18	7	30	1.78
18637750--18637827	29	2.8	28	79	11	88	42	17	10	29	1.83
18637871--18637944	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
18637884--18637948	27	2.4	27	82	5	78	35	18	24	21	1.96
18638757--18638826	25	2.8	24	91	4	104	24	27	24	24	2.00
18638756--18638839	25	3.4	24	83	8	98	27	23	23	25	2.00
18638974--18639065	42	2.2	42	96	0	166	32	14	20	32	1.92
18639089--18639202	31	3.7	31	92	2	187	27	15	28	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18649748--18649846	42	2.3	42	82	5	119	31	24	17	27	1.97
18649737--18649900	43	3.8	43	74	13	140	31	23	17	27	1.97
18655645--18655794	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
18655669--18655852	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
18662887--18663037	27	5.6	27	82	4	178	27	15	27	29	1.96
18662888--18663037	82	1.8	81	88	4	230	26	15	28	30	1.96
18758799--18758994	53	3.7	53	86	2	232	36	17	19	26	1.94
18758799--18758995	80	2.5	80	82	6	229	36	18	19	25	1.95
18758799--18758994	27	7.3	27	83	3	236	36	17	19	26	1.94
18759638--18759689	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
18765683--18765882	27	7.4	27	87	0	247	35	18	19	27	1.95
18770158--18770515	57	6.2	57	91	0	527	29	34	17	19	1.94
18770188--18770513	28	11.5	28	71	5	224	29	33	17	19	1.95
18771002--18771054	26	2.0	26	100	0	106	30	24	11	33	1.90
18772506--18772565	28	2.2	26	77	11	66	26	26	11	35	1.91
18772520--18772591	28	2.6	28	88	0	99	29	27	12	30	1.93
18779479--18779523	20	2.2	20	88	0	63	51	0	13	35	1.41
18785778--18785824	23	2.0	23	95	0	85	46	12	2	38	1.54
18786888--18786997	45	2.5	43	77	12	107	25	29	20	24	1.99
18787335--18787443	43	2.5	43	95	0	191	31	31	25	11	1.92
18787441--18787541	38	2.7	38	85	0	121	28	27	20	22	1.99
18791297--18791337	7	6.1	7	82	5	50	73	2	2	21	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18811111--18811237	55	2.3	54	80	1	155	32	32	22	12	1.92
18814745--18814775	16	1.9	16	100	0	62	29	6	32	32	1.83
18820583--18820607	13	1.9	13	100	0	50	12	32	32	24	1.91
18828315--18828489	49	3.5	49	80	3	206	25	18	26	30	1.98
18828310--18828502	100	1.9	100	91	0	314	25	19	25	29	1.98
18828314--18828535	100	2.2	100	85	3	268	26	17	26	29	1.98
18831413--18831636	40	5.7	40	85	7	271	25	27	22	25	2.00
18831413--18831636	79	2.8	77	82	8	263	25	27	22	25	2.00
18846478--18846548	24	2.9	24	75	4	70	19	23	18	38	1.93
18846605--18846672	26	2.7	24	80	10	73	20	25	17	36	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
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