genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.205.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70678679--70678839	38	4.2	38	87	1	196	32	26	20	19	1.97
70678679--70678863	76	2.4	78	82	3	221	30	27	21	21	1.98
70678679--70678867	38	4.9	38	84	2	189	30	26	21	21	1.99
70682755--70682785	13	2.5	13	94	5	55	29	0	16	54	1.42
70686678--70686712	18	1.9	18	94	0	61	11	8	0	80	0.92
70689583--70689613	13	2.5	13	94	5	55	29	0	16	54	1.42
70697765--70697803	15	2.6	15	87	0	60	58	5	7	28	1.47
70705558--70705605	19	2.5	19	96	0	87	20	20	12	45	1.83
70708047--70708102	9	6.4	9	82	14	73	85	0	14	0	0.59
70708050--70708102	15	3.7	15	87	7	83	84	0	15	0	0.61
70708047--70708103	24	2.4	23	91	5	87	84	0	15	0	0.63
70710935--70711177	99	2.5	98	84	4	328	29	27	18	24	1.98
70711499--70711565	35	1.9	35	93	0	116	50	13	1	34	1.51
70711511--70711568	19	3.2	19	68	22	61	51	10	1	36	1.46
70711758--70711817	30	2.0	30	87	6	86	28	26	8	36	1.85
70713160--70713199	19	2.1	19	95	0	71	52	32	0	15	1.43
70713163--70713207	19	2.4	19	88	0	63	48	31	2	17	1.59
70719896--70720064	39	4.3	39	90	1	257	27	18	24	28	1.98
70724582--70724614	14	2.4	14	90	10	50	78	18	0	3	0.87
70728823--70728864	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
70728814--70728855	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
70729080--70729146	16	4.2	16	92	1	109	38	32	0	28	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70729918--70730031	37	3.0	37	76	15	99	22	6	8	62	1.47
70742506--70742775	40	6.8	40	81	1	292	35	17	28	18	1.93
70742585--70742725	20	7.1	20	64	15	76	35	17	30	17	1.92
70742505--70742775	120	2.3	118	84	4	339	35	17	28	18	1.93
70744014--70744072	25	2.4	25	91	0	91	59	1	1	37	1.18
70744014--70744060	13	3.8	12	76	18	51	61	2	0	36	1.08
70744753--70744818	34	1.9	34	96	0	123	45	15	3	36	1.61
70752042--70752427	200	1.9	200	87	1	558	40	10	15	32	1.82
70754841--70754898	29	1.9	30	86	6	82	31	10	13	44	1.78
70755118--70755156	21	1.9	21	84	5	53	66	5	5	23	1.32
70755592--70755669	23	3.8	20	76	19	72	60	2	1	35	1.19
70755623--70755671	22	2.1	24	88	7	75	57	2	0	40	1.10
70755574--70755684	40	2.9	36	76	19	107	63	1	0	33	1.11
70755653--70755694	16	2.6	16	88	3	57	69	2	2	26	1.13
70758636--70758679	22	2.0	23	90	4	72	63	9	0	27	1.24
70758937--70758981	23	2.0	22	83	12	56	40	0	0	60	0.97
70758951--70759000	25	2.1	23	82	14	57	38	4	2	56	1.30
70760173--70760199	14	1.9	14	100	0	54	37	7	0	55	1.28
70760287--70760319	16	2.0	17	88	5	50	39	12	33	15	1.84
70764961--70765297	182	1.9	181	89	1	523	40	20	9	29	1.84
70769451--70769517	32	2.1	32	100	0	134	46	14	17	20	1.84
70771747--70771791	22	2.0	22	100	0	90	60	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70771778--70771817	19	2.1	19	85	0	53	30	0	5	65	1.14
70771687--70771802	57	1.9	59	81	11	139	50	0	1	48	1.11
70772504--70772572	35	2.0	35	91	0	111	39	8	14	37	1.77
70778862--70778896	17	2.1	17	100	0	70	28	37	11	22	1.89
70790233--70790383	28	5.4	28	91	1	214	33	28	12	25	1.92
70795499--70795655	29	5.5	29	89	3	221	33	26	12	28	1.92
70795499--70795655	57	2.7	58	89	3	221	33	26	12	28	1.92
70804617--70804694	36	2.1	37	90	2	122	25	30	19	24	1.98
70804812--70805372	47	12.1	47	91	4	888	29	29	8	32	1.87
70808052--70808237	29	6.5	29	91	3	279	33	26	11	28	1.92
70808052--70808237	57	3.2	58	91	3	288	33	26	11	28	1.92
70811423--70811650	92	2.5	92	84	1	278	41	12	24	21	1.88
70811425--70811635	46	4.6	46	85	2	246	42	11	25	20	1.86
70813935--70813971	13	2.8	14	80	16	51	56	0	13	29	1.37
70814175--70814241	21	3.2	21	61	23	50	52	0	29	17	1.45
70814167--70814251	42	2.0	43	97	2	163	49	0	25	24	1.51
70821467--70821725	46	5.6	46	90	1	358	41	13	23	21	1.89
70821514--70821585	21	3.2	21	64	21	56	38	9	25	26	1.86
70824793--70825109	47	6.7	47	97	1	562	31	8	29	30	1.88
70825227--70825305	37	2.1	37	83	0	95	27	18	29	24	1.98
70827239--70827285	17	2.9	17	75	9	53	40	0	0	59	0.97
70827249--70827367	57	2.1	58	90	1	186	39	3	4	52	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70829913--70830082	46	3.7	45	76	7	162	29	30	20	20	1.97
70829920--70830092	93	1.9	93	88	0	265	28	30	20	21	1.98
70832488--70832563	15	5.2	15	74	15	70	55	14	17	13	1.70
70832486--70832563	28	2.7	29	80	13	88	55	14	17	12	1.70
70835486--70835649	45	3.6	44	77	16	174	27	29	21	21	1.98
70835486--70835654	91	1.8	92	91	3	279	27	30	21	21	1.98
70838391--70838430	21	2.0	20	85	5	53	32	12	22	32	1.91
70840404--70840452	20	2.4	21	73	10	57	36	6	2	55	1.37
70840364--70840452	40	2.2	40	82	7	101	39	6	1	52	1.35
70842311--70842340	15	2.0	15	93	0	51	20	20	43	16	1.88
70844210--70844270	31	2.0	31	90	0	95	50	9	6	32	1.61
70847240--70847315	36	2.1	36	97	0	143	57	0	0	42	0.98
70850361--70850418	31	1.9	29	82	6	71	39	3	5	51	1.41
70851432--70851477	16	2.9	16	78	18	51	43	0	2	54	1.12
70853346--70853508	43	3.8	42	77	6	152	25	17	23	32	1.97
70857799--70857868	22	3.2	22	95	0	122	42	35	14	7	1.73
70857836--70857934	38	2.6	38	85	0	135	37	32	16	14	1.88
70860245--70860300	18	2.9	18	79	12	51	66	3	7	23	1.33
70862765--70862987	49	4.7	46	77	9	184	27	22	27	22	1.99
70866411--70866532	55	2.2	55	89	0	181	22	17	29	31	1.96
70883557--70883614	30	1.9	30	96	0	107	32	15	25	25	1.95
70883934--70884060	47	2.7	46	82	7	148	28	18	29	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70886785--70887028	85	2.9	85	85	3	314	27	20	25	27	1.99
70886788--70887028	43	5.7	42	74	11	188	27	20	24	26	1.99
70896188--70896461	46	6.0	46	86	0	316	40	14	24	20	1.90
70896198--70896456	92	2.8	92	87	0	365	41	15	23	19	1.89
70896198--70896446	138	1.8	138	85	1	356	41	14	24	19	1.89
70896742--70896774	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
70897915--70898098	43	4.4	43	75	12	168	23	19	27	28	1.98
70897902--70898093	85	2.3	83	92	1	321	23	19	27	29	1.98
70897902--70898149	85	3.0	84	87	4	304	25	19	26	29	1.98
70897950--70898135	43	4.4	40	74	8	113	25	19	26	28	1.99
70900639--70900810	38	4.7	37	72	12	133	35	28	19	16	1.94
70900680--70900810	69	1.9	69	85	3	183	33	29	19	17	1.95
70905504--70905577	37	2.0	37	100	0	148	27	13	18	40	1.88
70907552--70907597	19	2.3	21	85	10	62	28	6	2	63	1.31
70907765--70907800	14	2.5	14	86	4	54	44	0	0	55	0.99
70909337--70909368	15	2.1	15	100	0	64	37	15	15	31	1.89
70909340--70909376	15	2.4	15	90	4	56	43	13	13	29	1.82
70913425--70913451	14	1.9	14	100	0	54	22	7	7	62	1.46
70913881--70913910	14	2.2	13	94	5	51	33	0	13	53	1.40
70922024--70922211	49	3.8	49	84	2	250	25	19	25	29	1.98
70922019--70922217	100	2.0	100	92	0	335	24	20	25	29	1.99
70924927--70924976	15	3.3	15	86	8	66	14	10	18	58	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70926401--70926446	17	2.8	17	71	15	51	30	0	19	50	1.48
70927725--70927912	50	3.7	51	79	5	195	24	18	26	31	1.97
70927725--70927912	100	1.9	100	90	1	304	24	18	26	31	1.97
70927725--70927925	101	2.0	100	89	0	303	24	18	25	30	1.98
70929686--70929715	14	2.2	13	94	5	51	33	0	13	53	1.40
70935053--70935123	35	2.0	35	86	0	97	45	19	7	28	1.76
70939824--70939874	21	2.3	23	83	6	61	29	13	25	31	1.94
70943074--70943183	56	2.0	56	92	0	184	33	10	14	41	1.79
70944524--70944576	27	2.0	27	100	0	106	33	11	11	43	1.76
70953104--70953243	52	2.7	52	80	12	137	48	0	25	25	1.56

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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