genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.38.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10870478--10870525	20	2.4	20	77	19	55	41	2	2	54	1.24
10877216--10877319	52	2.0	50	88	3	154	35	12	13	38	1.83
10879927--10879999	36	2.0	36	100	0	146	50	19	2	27	1.61
10882944--10882991	21	2.3	20	79	10	51	16	2	14	66	1.34
10892113--10893552	480	3.0	480	98	0	2801	25	12	17	45	1.82
10894598--10894629	6	5.5	6	92	7	57	15	0	84	0	0.63
10894596--10894629	11	3.0	11	91	8	59	17	0	82	0	0.67
10894735--10894779	2	22.5	2	100	0	90	0	48	0	51	1.00
10897500--10897532	17	1.9	17	100	0	66	33	12	6	48	1.65
10897749--10897839	27	3.4	26	73	3	74	30	4	2	62	1.27
10897748--10897788	19	2.2	19	86	0	55	31	2	0	65	1.05
10903838--10903870	5	6.8	5	93	6	59	18	0	0	81	0.68
10903839--10903869	14	2.2	14	100	0	62	19	0	0	80	0.71
10908283--10908314	5	6.6	5	92	7	57	18	0	0	81	0.70
10908283--10908313	9	3.3	9	91	8	53	19	0	0	80	0.71
10910854--10910885	10	3.3	10	95	4	57	75	0	15	9	1.05
10920531--10920670	39	3.6	39	89	0	190	40	22	22	13	1.89
10922212--10922291	40	2.0	40	92	4	135	35	13	7	43	1.73
10922803--10922855	22	2.3	22	81	12	54	52	3	1	41	1.30
10923730--10923773	19	2.3	19	88	0	61	56	27	2	13	1.49
10926399--10926692	95	3.2	89	87	6	426	49	10	9	30	1.69
10926399--10926715	91	3.5	91	81	4	395	50	10	9	30	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10926892--10926926	17	2.1	17	88	0	52	37	8	2	51	1.47
10931577--10931622	20	2.3	20	84	0	56	54	17	6	21	1.65
10931609--10931650	21	2.0	21	95	0	75	30	9	16	42	1.80
10931823--10931866	22	1.9	24	86	9	65	40	13	2	43	1.57
10931967--10932055	39	2.3	40	82	7	112	40	11	23	24	1.87
10934751--10934805	16	3.4	16	76	16	51	29	0	3	67	1.08
10945077--10945123	15	3.1	15	85	14	69	27	0	2	70	0.99
10946331--10946393	20	3.2	21	78	13	71	52	1	0	46	1.10
10946340--10946402	20	3.0	21	84	11	76	58	1	0	39	1.07
10946386--10946460	38	2.0	37	82	7	89	58	4	1	36	1.25
10948049--10948166	60	2.0	60	94	0	209	29	11	12	45	1.78
10948046--10948151	29	3.6	29	67	9	88	28	11	13	47	1.77
10948074--10948171	29	3.3	29	69	21	87	27	13	14	44	1.82
10948151--10948180	14	2.1	14	93	0	51	26	13	16	43	1.85
10948091--10948239	74	2.0	74	98	0	289	28	13	13	44	1.82
10948409--10948473	22	3.1	21	72	12	62	15	12	4	67	1.37
10948378--10948428	26	1.9	26	84	4	66	11	11	1	74	1.15
10949125--10949150	3	8.7	3	100	0	52	0	34	0	65	0.93
10953896--10953956	2	30.0	2	93	3	104	47	0	50	1	1.10
10958964--10959006	20	2.2	20	87	8	61	27	6	11	53	1.63
10959379--10959504	46	2.7	46	92	0	207	44	23	7	25	1.78
10966260--10966316	24	2.4	24	90	0	96	47	17	5	29	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10966776--10966836	23	2.7	23	94	0	113	54	39	3	3	1.33
10967845--10967883	3	13.3	3	94	5	71	66	0	0	33	0.92
10967848--10967892	20	2.3	20	92	3	74	66	0	0	33	0.92
10969740--10969779	3	13.0	3	94	5	71	35	0	0	65	0.93
10970778--10970808	11	2.8	11	100	0	62	54	0	0	45	0.99
10978935--10978989	6	9.3	6	84	4	67	78	3	3	14	1.03
10978935--10978989	24	2.3	23	90	3	83	78	3	3	14	1.03
10980662--10980774	3	37.7	3	78	7	113	66	2	4	26	1.24
10980911--10980960	23	2.3	22	83	13	59	58	0	42	0	0.98
10985824--10985881	30	1.9	30	86	6	82	10	25	37	25	1.88
10986319--10986531	115	1.8	116	93	1	374	37	8	15	38	1.78
10986763--10986821	29	2.0	29	100	0	118	50	15	10	23	1.74
10994479--10994508	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
11002721--11002754	12	2.9	12	86	4	52	32	0	0	67	0.91
11002814--11002846	13	2.5	13	90	0	57	60	0	3	36	1.12
11002894--11002956	30	2.1	30	90	0	99	57	12	1	28	1.45
11002986--11003028	22	2.0	22	85	0	59	58	11	11	18	1.63
11002993--11003033	11	3.7	11	80	0	55	56	9	14	19	1.66
11007983--11008034	26	2.1	26	85	7	72	46	5	0	48	1.26
11007971--11008044	25	2.9	25	78	13	71	47	5	0	47	1.25
11008060--11008107	19	2.4	21	82	10	64	31	6	0	62	1.20
11008070--11008120	19	2.6	19	80	14	59	31	1	1	64	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11008195--11008234	13	3.0	13	85	3	53	40	10	0	50	1.36
11008190--11008232	13	3.2	13	83	3	50	37	9	2	51	1.47
11008349--11008405	22	2.7	21	89	5	80	36	3	0	59	1.14
11008374--11008423	3	16.7	3	76	15	50	36	0	0	64	0.94
11008413--11008461	25	1.9	26	88	12	75	42	4	0	53	1.20
11008373--11008453	14	6.3	13	72	12	60	40	1	0	58	1.06
11011233--11011347	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
11011233--11011366	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
11022862--11023110	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
11022861--11023110	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
11023205--11023236	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
11023448--11023505	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
11030419--11030667	50	4.8	50	85	4	284	20	29	24	26	1.99
11030418--11030667	100	2.4	104	88	6	357	20	29	24	26	1.99
11030762--11030793	13	2.5	13	94	0	55	56	12	0	31	1.37
11031005--11031062	30	1.9	30	89	0	89	31	24	3	41	1.71
11032570--11033495	206	4.5	206	91	0	1415	30	18	22	28	1.97
11032570--11033495	411	2.2	412	89	0	1415	30	18	22	28	1.97
11035231--11035263	16	2.1	16	88	11	50	36	0	0	63	0.95
11035295--11035503	7	29.1	7	66	26	50	33	4	2	59	1.30
11035294--11035447	25	6.0	24	69	19	82	31	3	3	61	1.28
11035289--11035395	40	2.8	40	81	14	120	31	3	1	62	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11035297--11035544	16	14.2	17	66	27	73	32	4	2	60	1.31
11035289--11035546	20	12.9	20	67	21	100	32	4	2	60	1.29
11035289--11035544	12	22.6	11	66	25	71	32	4	2	60	1.30
11035326--11035455	49	2.6	50	80	16	144	32	3	2	62	1.23
11035410--11035465	28	2.0	28	82	6	69	37	3	3	55	1.35
11035801--11035859	17	3.6	16	74	21	59	33	3	0	62	1.12
11041179--11041218	21	1.9	21	94	0	71	35	12	20	32	1.90
11054556--11054587	5	6.6	5	92	7	57	81	0	0	18	0.70
11054557--11054587	9	3.3	9	95	4	53	80	0	0	19	0.71
11059009--11059049	5	8.6	5	89	10	68	80	0	0	19	0.71
11059010--11059049	9	4.3	9	82	17	55	80	0	0	20	0.72
11059010--11059049	14	2.9	14	100	0	80	80	0	0	20	0.72
11061246--11061359	56	2.0	56	91	0	183	33	6	17	42	1.74
11065716--11065795	41	2.0	41	84	0	106	28	16	23	31	1.96
11078401--11078462	27	2.3	27	77	5	63	40	22	19	17	1.91
11080524--11080556	16	2.1	16	100	0	66	30	0	6	63	1.18
11091215--11091239	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
11091367--11091417	25	2.0	25	100	0	102	43	35	7	13	1.73
11092552--11092637	45	1.9	45	85	4	120	48	3	8	39	1.50
11094213--11094303	30	3.0	30	100	0	182	34	16	9	39	1.82
11103720--11103925	40	5.2	40	93	0	333	26	27	22	23	2.00
11111828--11112033	40	5.2	40	93	0	333	26	27	22	23	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11117244--11117489	49	5.0	49	82	3	294	28	28	18	24	1.98
11117246--11117489	100	2.5	99	86	2	337	29	27	18	24	1.98
11118213--11118412	99	2.0	99	100	0	400	26	23	9	42	1.83
11121785--11121832	23	2.1	23	96	0	87	16	25	12	45	1.82
11122908--11122947	17	2.4	17	87	8	55	45	0	2	52	1.14
11122963--11122988	9	2.9	9	100	0	52	80	0	7	11	0.89
11122972--11123001	13	2.2	14	94	5	53	80	0	6	13	0.91
11124108--11124183	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
11124144--11124234	19	4.9	19	88	8	143	37	14	9	38	1.79
11124121--11124234	35	3.0	36	83	12	131	38	14	8	37	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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