genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.258.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   

This is table  258  of  311  ( 37258 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85922335--85922372	20	1.9	20	88	0	58	55	0	0	44	0.99
85922382--85922609	43	5.3	43	77	3	201	24	16	28	30	1.96
85922674--85922729	21	2.7	21	100	0	112	51	25	17	5	1.66
85929233--85929490	141	1.8	141	87	3	385	22	32	15	29	1.95
85932409--85932471	6	10.7	6	75	16	51	25	1	3	69	1.12
85935154--85935187	17	2.0	17	88	11	52	41	11	8	38	1.73
85936305--85936457	67	2.3	67	80	10	172	21	27	16	33	1.95
85941393--85941625	49	4.7	50	82	3	274	26	18	26	29	1.98
85941399--85941638	100	2.4	98	81	8	272	26	18	25	29	1.98
85941393--85941668	150	1.8	150	86	4	405	27	17	25	28	1.98
85948558--85949049	45	11.0	45	89	1	695	24	19	27	28	1.98
85949838--85949862	13	1.9	13	100	0	50	12	24	48	16	1.79
85952265--85952289	12	2.1	12	100	0	50	0	24	0	76	0.80
85952467--85952624	78	2.0	78	100	0	316	32	18	6	41	1.76
85956192--85956245	20	2.8	20	71	2	56	64	1	0	33	1.04
85963137--85963193	29	2.0	29	92	0	96	45	14	14	26	1.82
85963149--85963219	29	2.4	29	85	0	88	49	9	9	30	1.69
85963800--85963869	27	2.7	26	78	10	79	42	1	2	52	1.24
85969860--85969919	30	2.0	30	93	0	102	28	11	18	41	1.85
85971771--85971817	23	2.0	23	100	0	94	51	4	17	27	1.64
85979153--85979233	22	3.6	22	83	3	99	32	22	14	30	1.94
85979356--85979416	31	1.9	32	87	9	90	27	18	29	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85979353--85979440	17	5.4	16	71	16	58	29	19	25	26	1.98
85979369--85979441	31	2.3	31	81	9	85	31	19	23	26	1.98
85979478--85979603	24	5.5	22	78	15	91	22	12	34	30	1.91
85979520--85979608	24	3.7	24	90	1	124	20	12	35	31	1.89
85979648--85979708	22	2.8	22	92	0	95	27	9	18	44	1.81
85980830--85980895	32	2.1	31	83	8	80	37	6	0	56	1.24
85985351--85985389	3	13.3	3	89	5	62	35	2	0	61	1.10
85985526--85985573	25	1.9	25	91	0	78	52	0	2	45	1.12
85988033--85988072	21	1.9	21	89	0	62	42	15	5	37	1.68
85989363--85989423	23	2.7	22	85	9	79	37	0	6	55	1.26
85994560--85994613	19	2.7	19	78	13	56	72	1	1	24	1.05
85995424--85995454	11	2.7	11	95	5	53	45	16	0	38	1.47
85999267--85999438	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
85999260--85999435	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
86016300--86016337	10	3.9	10	79	6	51	13	15	0	71	1.16
86027790--86027822	10	3.3	10	87	12	50	57	0	0	42	0.98
86027951--86028007	25	2.2	27	84	12	75	33	1	3	61	1.23
86035317--86035410	40	2.3	41	85	7	122	27	18	28	25	1.98
86039130--86039170	18	2.3	18	100	0	82	51	12	14	21	1.75
86040400--86040449	16	3.2	16	72	16	50	28	0	0	72	0.86
86048285--86048316	5	6.2	5	96	3	55	78	0	0	21	0.76
86049793--86049831	13	2.9	13	92	3	60	79	0	5	15	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86049793--86049831	7	6.0	6	91	8	51	79	0	5	15	0.90
86050835--86050863	3	9.7	3	100	0	58	0	0	34	65	0.93
86053822--86053859	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
86055222--86055262	20	2.1	19	86	4	55	39	0	2	58	1.11
86058804--86058877	31	2.4	30	88	4	103	45	13	14	25	1.82
86061876--86062054	97	1.8	98	80	5	220	34	14	13	37	1.86
86070544--86070651	6	17.3	6	84	7	65	72	7	6	13	1.27
86070561--86070633	13	5.7	13	87	7	105	75	1	8	15	1.10
86070561--86070627	7	10.4	7	89	10	92	76	0	8	14	1.02
86076253--86076301	26	2.0	25	84	8	64	63	6	0	30	1.19
86076534--86076595	11	6.0	10	83	7	63	66	27	3	3	1.23
86076534--86076616	11	7.5	11	75	12	62	63	30	2	3	1.24
86076534--86076618	21	3.8	22	78	9	82	63	30	2	3	1.24
86076536--86076595	32	1.9	30	83	6	75	66	26	3	3	1.23
86082123--86082185	22	3.0	21	75	20	62	76	6	4	12	1.14
86082286--86082375	23	3.6	24	73	17	69	71	1	3	24	1.08
86082321--86082373	19	2.6	21	82	5	65	77	1	0	20	0.87
86082327--86082373	16	2.9	16	80	3	58	78	0	0	21	0.75
86083982--86084034	21	2.5	21	100	0	106	18	33	5	41	1.74
86088712--86088839	65	2.0	64	93	1	220	42	12	17	27	1.85
86094706--86094767	21	3.0	21	76	9	56	66	0	6	27	1.16
86095352--86095387	14	2.6	15	83	16	51	50	5	0	44	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86098892--86099052	80	2.0	80	100	0	322	32	21	17	28	1.96
86100381--86100443	28	2.2	28	85	0	81	31	26	6	34	1.82
86105727--86105789	28	2.2	28	91	0	99	31	30	6	31	1.83
86106259--86106313	21	2.6	21	82	0	74	27	7	34	30	1.84
86106891--86107084	95	2.0	95	97	2	363	39	25	15	18	1.91
86120622--86120677	25	2.2	25	96	0	103	28	23	26	21	1.99
86134924--86134990	33	2.0	33	91	0	107	17	14	5	61	1.53
86136084--86136179	40	2.5	38	81	6	120	15	13	37	33	1.87
86143250--86143278	15	1.9	15	100	0	58	51	0	6	41	1.28
86143303--86143334	10	3.3	10	95	4	57	31	6	0	62	1.20
86147010--86147055	13	3.5	13	80	19	51	21	4	0	73	1.00
86147009--86147052	21	2.2	19	84	12	52	20	4	0	75	0.98
86147009--86147060	15	3.3	15	77	17	52	21	3	0	75	0.97
86150243--86150303	30	2.0	30	90	0	95	29	24	6	39	1.80
86152163--86152224	27	2.3	26	78	8	70	37	0	11	51	1.38
86152219--86152266	20	2.5	20	86	10	64	25	6	2	66	1.26
86156503--86156615	54	2.1	54	86	3	156	38	22	23	16	1.93
86156503--86156615	27	4.2	26	85	5	136	38	22	23	16	1.93
86158211--86158318	26	4.2	26	90	4	173	36	23	7	33	1.83
86162385--86162435	6	8.5	6	86	0	75	17	19	15	47	1.83
86162384--86162435	18	2.9	18	97	0	95	17	21	15	46	1.84
86162549--86162659	18	6.1	18	71	10	73	39	11	12	36	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86164775--86164844	25	2.8	25	93	0	113	24	22	25	27	2.00
86165650--86165714	27	2.4	27	79	5	69	21	24	16	36	1.94
86165772--86165901	27	4.7	27	77	7	118	33	7	16	42	1.77
86165765--86165934	54	3.1	55	81	4	184	34	10	15	38	1.82
86165766--86165973	27	7.6	27	78	4	85	33	10	17	38	1.83
86165774--86165981	54	3.8	53	80	6	177	32	8	18	40	1.81
86165858--86165981	27	4.6	27	82	4	151	30	8	20	40	1.83
86165856--86166008	27	5.7	27	79	6	132	30	9	20	39	1.85
86166017--86166151	27	5.0	27	86	3	182	38	5	25	31	1.78
86166013--86166151	54	2.6	54	91	0	224	38	5	24	30	1.79
86168236--86168295	21	2.9	21	94	0	102	46	16	23	13	1.82
86178721--86178806	45	1.9	45	87	0	127	37	12	24	25	1.91
86178972--86179029	27	2.1	27	87	6	82	31	13	29	25	1.94
86179911--86179943	3	11.0	3	100	0	66	33	0	0	66	0.92
86180846--86180939	21	4.5	21	84	0	107	31	26	21	20	1.98
86181405--86181440	18	2.1	18	89	5	56	33	25	0	41	1.55
86182081--86182142	28	2.1	28	91	5	97	50	6	1	41	1.38
86182623--86182662	20	2.0	20	90	0	62	42	12	0	45	1.42
86186101--86186133	6	5.7	6	92	7	59	15	0	0	84	0.61
86187004--86187049	22	2.1	22	100	0	92	32	13	17	36	1.88
86193231--86193312	41	2.0	41	97	0	155	26	12	13	47	1.78
86195673--86195728	29	1.9	29	85	7	78	35	16	8	39	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86201397--86201457	25	2.4	25	81	10	63	63	4	0	31	1.15
86207028--86207061	17	2.0	17	88	0	50	20	11	14	52	1.73
86207094--86207155	27	2.4	24	80	15	70	22	3	1	72	1.08
86207251--86207320	7	9.6	7	83	10	61	24	5	2	67	1.26
86207266--86207324	15	3.4	16	73	22	57	25	6	0	67	1.15
86207964--86207994	6	5.2	6	92	0	53	48	0	51	0	1.00
86208188--86208226	20	1.9	21	94	5	71	25	5	2	66	1.25
86208189--86208233	21	2.2	20	88	4	63	26	4	2	66	1.22
86208988--86209243	81	3.1	81	93	0	422	20	24	20	34	1.96
86208994--86209235	122	2.0	122	90	1	387	19	23	20	35	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311