genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.285.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93134074--93134112	13	2.9	13	88	3	51	69	0	2	28	1.02
93133951--93134236	123	2.4	119	77	8	283	58	7	6	26	1.51
93134251--93134315	20	3.1	21	79	14	64	56	6	1	35	1.33
93134263--93134325	26	2.5	24	80	16	74	58	4	1	34	1.29
93134402--93134458	3	18.7	3	75	10	53	61	0	3	35	1.13
93137315--93137467	52	2.9	53	90	3	231	28	28	18	24	1.98
93142495--93142526	16	2.0	16	100	0	64	12	12	25	50	1.75
93142640--93142903	45	5.9	45	93	0	411	39	15	20	25	1.91
93146479--93146510	16	2.0	16	100	0	64	12	12	25	50	1.75
93146624--93146797	45	3.9	45	90	0	249	39	15	19	25	1.91
93147913--93148086	45	3.9	45	90	0	249	25	19	15	39	1.91
93148200--93148231	16	2.0	16	100	0	64	50	25	12	12	1.75
93151644--93151817	45	3.9	45	90	0	249	25	19	15	39	1.91
93151931--93151962	16	2.0	16	100	0	64	50	25	12	12	1.75
93163950--93164019	26	2.7	24	73	18	61	50	1	7	41	1.39
93171290--93171376	43	2.0	43	100	0	174	44	6	6	41	1.58
93173092--93173131	19	2.1	19	86	9	55	30	0	0	70	0.88
93177175--93177209	17	2.1	16	89	5	52	74	5	5	14	1.19
93178756--93179392	131	4.8	130	84	4	640	28	18	17	35	1.94
93180932--93180975	19	2.3	19	96	0	79	20	20	18	40	1.91
93183661--93183707	3	15.7	3	86	0	67	72	0	25	2	0.96
93183760--93183793	4	8.8	4	87	6	52	76	0	0	23	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93185128--93185982	44	19.5	44	87	0	1075	28	14	30	25	1.95
93186194--93186228	17	2.1	16	89	5	52	74	2	5	17	1.14
93186474--93186505	6	5.3	6	96	0	55	15	0	3	81	0.82
93187918--93188290	42	8.9	42	89	2	500	32	20	21	25	1.98
93188614--93188684	21	3.4	21	80	0	79	2	45	18	33	1.64
93189486--93189788	7	35.0	9	63	33	84	33	0	20	45	1.54
93189531--93189936	26	16.8	25	84	11	494	32	0	20	46	1.54
93189641--93189925	43	6.2	44	88	7	333	32	0	20	47	1.55
93189491--93189944	190	2.4	189	77	16	388	33	0	19	46	1.54
93189500--93189900	18	21.6	18	65	28	125	32	0	19	46	1.54
93189934--93190228	73	4.1	73	98	0	574	41	6	1	50	1.39
93189934--93190228	145	2.0	146	98	0	574	41	6	1	50	1.39
93190375--93190445	13	5.5	13	86	0	106	50	2	7	39	1.44
93190374--93190445	26	2.8	26	100	0	144	50	2	6	40	1.44
93190450--93190550	17	5.6	17	80	17	123	39	0	13	45	1.51
93190417--93190559	57	2.5	57	96	0	259	44	2	11	42	1.52
93190375--93190557	13	13.3	13	77	15	81	44	2	10	42	1.50
93191890--93191929	11	3.7	11	93	3	64	27	27	10	35	1.89
93192912--93193112	84	2.4	83	93	2	330	29	17	19	32	1.95
93193499--93193524	12	2.2	12	100	0	52	19	34	7	38	1.80
93194136--93194723	112	5.3	112	94	0	975	26	29	19	25	1.98
93194136--93194723	223	2.6	223	93	1	991	26	29	19	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93194671--93194787	40	2.9	40	94	0	198	20	29	16	33	1.94
93194869--93194897	7	4.1	7	100	0	58	27	0	13	58	1.36
93195910--93196409	131	3.8	130	78	8	476	28	18	16	35	1.93
93195915--93196399	262	1.8	263	82	4	629	28	18	17	35	1.94
93202184--93202313	35	3.7	35	81	4	129	33	12	22	32	1.91
93210555--93210682	35	3.6	36	79	3	136	32	22	11	33	1.90
93212893--93212929	16	2.2	17	90	4	58	54	0	0	45	1.00
93212896--93212936	16	2.6	16	84	3	57	56	0	0	43	0.99
93213691--93213720	2	15.0	2	92	0	51	50	0	3	46	1.18
93215329--93215394	21	3.2	21	80	2	71	33	3	4	59	1.33
93215370--93215420	24	2.0	25	85	11	68	47	0	3	49	1.20
93221237--93221282	23	2.0	24	84	16	62	58	2	4	34	1.30
93230227--93230266	17	2.4	17	86	0	62	62	5	2	30	1.29
93239071--93239193	33	3.8	33	80	4	135	34	14	20	30	1.93
93240804--93240836	9	3.7	9	91	0	57	39	12	18	30	1.87
93240804--93240838	18	1.9	18	100	0	70	40	11	17	31	1.85
93241514--93241561	22	2.0	24	84	11	64	58	0	0	41	0.98
93241512--93241579	32	2.1	34	91	5	113	57	0	0	42	0.98
93241636--93241670	17	2.1	17	89	5	54	40	0	0	60	0.97
93241622--93241675	28	1.9	28	81	7	65	46	0	0	53	1.00
93243375--93243406	14	2.3	14	100	0	64	31	46	15	6	1.71
93248050--93248081	14	2.3	14	100	0	64	31	46	15	6	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93249963--93250031	35	2.0	35	97	0	129	17	49	11	21	1.78
93250691--93250749	3	19.7	3	82	6	75	30	0	1	67	1.00
93250700--93250737	19	2.0	19	94	0	67	34	0	0	65	0.93
93250848--93250872	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
93251061--93251115	22	2.5	23	77	13	62	43	0	3	52	1.18
93253039--93253089	23	2.2	24	89	3	77	52	1	0	45	1.12
93253648--93253677	14	2.1	14	93	0	51	6	20	3	70	1.25
93254727--93254753	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
93257930--93257959	14	2.1	14	93	0	51	30	0	0	70	0.88
93259250--93259401	81	1.9	76	89	6	232	32	12	9	45	1.75
93262527--93262551	13	1.9	13	100	0	50	20	0	0	80	0.72
93268246--93268270	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
93273642--93273722	39	2.1	39	100	0	162	45	13	2	38	1.57
93274553--93274599	18	2.7	17	83	9	60	40	0	0	59	0.97
93277629--93277725	3	32.7	3	76	13	85	28	4	1	65	1.17
93278029--93278059	5	6.4	5	92	7	55	19	0	0	80	0.71
93278029--93278069	15	2.7	14	85	14	55	19	0	2	78	0.87
93278109--93278152	3	14.7	3	80	0	52	36	4	0	59	1.18
93279690--93279745	23	2.5	22	81	16	62	39	14	8	37	1.77
93285506--93285679	50	3.5	50	73	9	131	39	18	9	32	1.83
93285500--93285692	100	1.9	100	82	4	237	39	18	10	31	1.85
93286434--93286498	29	2.2	29	83	8	78	24	18	4	52	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93286823--93286876	23	2.4	22	78	9	56	42	5	0	51	1.25
93293040--93293213	50	3.5	50	73	9	131	39	18	9	32	1.83
93293034--93293226	100	1.9	100	82	4	237	39	18	10	31	1.85
93294357--93294410	23	2.4	22	78	9	56	42	5	0	51	1.25
93298359--93298575	46	4.7	46	87	1	283	38	15	24	21	1.92
93298320--93298575	138	1.9	130	84	7	334	37	15	24	21	1.93
93299974--93300046	34	2.2	33	87	2	101	27	20	21	30	1.98
93302180--93302205	13	2.0	13	100	0	52	38	15	0	46	1.46
93304852--93304877	13	2.0	13	100	0	52	46	7	7	38	1.61
93306914--93307001	43	2.0	42	87	8	124	51	3	2	43	1.31
93314826--93315097	141	1.9	140	88	3	413	31	20	22	26	1.98
93318065--93318093	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
93318506--93318545	21	1.9	21	94	0	71	27	20	50	2	1.61
93318529--93318567	17	2.3	17	86	8	53	33	20	43	2	1.65
93318794--93318920	40	3.1	40	82	5	139	40	21	20	18	1.92
93318794--93318902	41	2.7	40	85	4	128	39	20	20	20	1.93
93319082--93319157	21	3.7	21	69	22	70	28	1	26	43	1.63
93319272--93319299	7	4.0	7	100	0	56	28	0	28	42	1.56
93324241--93324306	31	2.1	31	91	0	105	19	9	19	51	1.73
93328690--93328728	20	2.0	20	85	10	53	74	0	7	17	1.05
93329246--93329281	14	2.6	14	86	0	54	13	0	11	75	1.06
93329871--93329906	14	2.6	14	91	8	56	72	0	0	27	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93335546--93335595	26	1.9	26	95	0	91	46	18	22	14	1.84
93337639--93337880	41	5.9	41	77	5	195	35	21	17	25	1.95
93338163--93338246	21	3.9	22	76	9	66	48	26	0	25	1.51
93338164--93338257	7	13.1	7	71	4	53	47	29	0	22	1.51
93338400--93338479	38	2.2	37	86	8	110	26	3	25	45	1.70
93338534--93338579	24	1.9	24	86	0	65	15	2	36	45	1.58
93339333--93339383	15	3.3	15	78	8	50	54	1	0	43	1.11
93342648--93342689	20	2.1	20	86	8	59	14	26	38	21	1.91
93343223--93343258	13	2.7	13	91	4	54	52	19	0	27	1.46
93344868--93344898	3	10.3	3	100	0	62	67	0	0	32	0.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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