genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.156.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53122371--53122554	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
53126779--53126928	67	2.2	67	81	8	171	32	17	28	21	1.96
53126803--53126986	67	2.8	64	77	8	194	29	17	29	22	1.97
53132559--53132606	25	1.9	25	86	0	69	31	22	16	29	1.96
53132739--53132834	26	3.8	26	90	2	135	26	25	22	26	2.00
53133053--53133128	31	2.5	31	93	6	136	32	18	25	23	1.97
53136210--53136315	45	2.5	41	81	6	104	29	29	18	22	1.98
53140275--53140303	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
53143221--53143378	43	3.7	43	72	11	128	25	18	23	31	1.98
53143716--53143753	20	1.9	20	88	0	58	31	7	15	44	1.75
53145305--53145522	40	5.5	40	85	4	273	23	22	28	26	1.99
53147779--53147821	22	1.9	23	81	13	54	46	9	30	13	1.75
53153399--53153576	40	4.5	40	82	2	216	24	23	26	25	2.00
53162276--53162388	43	2.7	42	79	9	113	27	17	22	32	1.96
53166206--53166239	14	2.4	14	100	0	68	38	5	11	44	1.65
53188041--53188211	43	4.0	43	74	11	145	33	25	14	26	1.94
53193967--53194002	15	2.4	15	90	0	54	22	13	13	50	1.77
53196332--53196391	17	3.5	17	93	0	102	18	35	33	13	1.89
53196547--53196635	27	3.3	25	78	12	79	39	16	10	33	1.83
53196562--53196651	27	3.3	27	84	3	110	40	17	11	31	1.85
53196657--53196837	27	6.7	27	87	0	238	28	22	7	40	1.82
53196603--53196813	81	2.6	81	81	4	203	30	22	9	37	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53196657--53196837	81	2.2	81	90	2	276	28	22	7	40	1.82
53196590--53196988	27	14.7	27	77	6	144	35	20	8	35	1.83
53197058--53197112	27	2.0	27	86	6	76	30	23	23	21	1.99
53198271--53198318	25	1.9	25	86	0	69	35	22	14	27	1.93
53201153--53201464	47	6.6	47	92	0	491	33	10	29	27	1.90
53201226--53201300	22	3.3	22	64	29	57	29	13	32	25	1.93
53203055--53203433	40	9.6	40	93	2	626	22	21	29	25	1.99
53208751--53208910	24	7.0	22	80	15	166	25	21	20	32	1.98
53208747--53208910	46	3.6	45	81	14	185	26	21	20	31	1.98
53209119--53209180	31	2.1	30	82	11	74	35	14	22	27	1.93
53212461--53212907	47	9.5	47	97	1	837	32	8	29	29	1.88
53212461--53212907	143	3.2	140	97	2	835	32	8	29	29	1.88
53212839--53212979	73	1.9	73	91	0	228	27	12	33	26	1.93
53213125--53213202	36	2.1	37	90	2	122	24	19	30	25	1.98
53215065--53215167	43	2.4	43	100	0	206	22	15	35	26	1.94
53215149--53215222	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
53215535--53215638	40	2.6	41	79	14	119	25	24	26	23	2.00
53215613--53215847	40	5.9	40	89	2	321	25	21	27	25	1.99
53215535--53215834	79	3.8	79	82	6	308	25	22	27	25	2.00
53215613--53215847	119	2.0	119	86	0	326	25	21	27	25	1.99
53219298--53219669	47	7.7	49	95	2	639	32	9	29	28	1.88
53219298--53219768	94	5.0	95	87	9	657	32	9	30	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53219886--53219964	37	2.1	37	88	0	113	25	18	30	25	1.98
53229907--53229988	28	2.9	28	88	0	110	32	31	9	25	1.88
53239425--53239819	27	14.6	27	83	2	384	40	21	8	30	1.82
53239445--53239819	54	6.9	54	83	4	427	40	21	8	30	1.82
53239416--53239819	81	5.0	81	82	4	440	39	21	8	30	1.82
53239533--53239863	27	12.2	27	75	9	129	39	21	7	31	1.82
53239867--53239999	54	2.5	54	90	2	196	33	19	21	26	1.97
53239867--53239981	27	4.3	27	92	0	185	33	21	20	24	1.97
53239867--53239998	27	4.9	27	89	0	174	33	19	21	25	1.97
53240202--53240271	25	2.8	25	91	0	104	28	25	21	24	1.99
53240214--53240284	25	2.9	25	80	14	76	29	25	19	25	1.99
53251794--53251854	30	2.0	30	84	6	79	29	24	4	40	1.76
53253821--53253880	27	2.2	27	93	0	102	35	11	13	40	1.81
53256530--53256637	44	2.5	43	78	3	108	32	21	12	33	1.91
53257791--53257846	27	2.1	27	83	3	69	32	17	17	32	1.94
53258027--53258179	78	2.0	78	93	0	261	18	31	22	27	1.97
53263461--53263502	15	2.7	15	75	17	50	16	9	11	61	1.55
53264893--53264924	3	10.7	3	93	0	55	34	0	0	65	0.93
53266699--53266738	21	1.9	21	89	0	62	20	12	15	52	1.74
53267038--53267086	17	2.9	16	85	8	62	22	0	0	77	0.77
53267040--53267086	8	5.6	9	82	9	55	21	0	0	78	0.75
53267064--53267102	19	2.1	19	85	4	53	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53267117--53267167	20	2.7	19	79	8	59	35	3	5	54	1.43
53268929--53268969	21	2.0	21	85	9	57	51	7	12	29	1.66
53275211--53275275	19	3.4	19	77	12	69	27	0	1	70	0.96
53275211--53275277	9	6.9	10	72	21	54	28	0	1	70	0.96
53279963--53280007	20	2.3	20	84	3	56	28	6	6	57	1.50
53283280--53283321	19	2.2	19	100	0	84	35	33	9	21	1.86
53286566--53286719	38	4.0	38	76	11	134	24	20	24	31	1.98
53286535--53286714	76	2.3	78	80	6	215	23	21	25	30	1.99
53289245--53289413	46	3.7	46	75	13	184	29	27	20	23	1.98
53289250--53289420	93	1.8	93	92	0	288	28	27	21	22	1.99
53300857--53300906	15	3.2	14	79	20	55	14	16	16	54	1.72
53308977--53309063	34	2.6	34	87	1	113	26	24	22	26	2.00
53322883--53322917	17	2.1	17	100	0	70	60	11	5	22	1.52
53323112--53323146	17	2.1	17	100	0	70	60	11	5	22	1.52
53322865--53323313	229	2.0	230	96	0	828	41	18	14	25	1.89
53323679--53323733	28	2.0	28	88	0	83	25	14	25	34	1.94
53327316--53327465	75	2.0	75	92	2	248	45	8	14	32	1.74
53327441--53328134	138	5.0	138	90	1	1050	39	8	7	44	1.63
53327441--53328134	277	2.5	275	89	1	1059	39	8	7	44	1.63
53331176--53331205	12	2.5	12	88	0	51	30	0	50	20	1.49
53338952--53338981	12	2.5	12	88	0	51	30	0	50	20	1.49
53340255--53340308	19	2.9	19	86	5	76	16	20	38	24	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53354900--53355168	46	5.8	46	75	11	262	21	20	28	28	1.98
53354950--53355114	47	3.5	47	81	14	232	22	19	29	29	1.98
53354897--53355161	93	2.8	93	96	0	476	22	21	28	28	1.99
53359078--53359199	43	2.9	42	77	4	120	32	27	14	24	1.95
53364006--53364113	43	2.5	43	86	3	146	28	13	22	35	1.92
53372961--53373013	27	2.0	27	85	7	72	32	16	16	33	1.92
53381629--53381703	36	2.1	36	100	0	150	21	18	5	54	1.63
53384346--53384524	99	1.8	98	86	1	259	26	16	26	30	1.97
53384300--53384537	49	4.8	49	82	5	255	28	17	25	28	1.98
53388642--53388701	12	4.9	12	81	8	68	20	3	5	71	1.19
53388611--53388701	35	2.5	37	79	15	93	19	6	3	70	1.24
53398995--53399079	41	2.0	42	95	2	154	22	15	22	40	1.91
53409403--53409432	15	2.1	14	93	6	51	10	20	0	70	1.16
53409394--53409439	21	2.2	20	85	11	58	6	21	0	71	1.08
53412545--53412743	47	4.2	47	96	0	353	33	8	30	28	1.86
53415514--53415561	23	2.1	23	84	7	62	25	2	2	70	1.09
53430532--53430835	47	6.4	47	91	1	428	33	8	30	27	1.86
53433786--53434042	94	2.7	94	83	5	290	29	19	28	22	1.98
53433783--53434097	47	6.8	44	71	15	179	27	20	29	22	1.98
53441422--53441688	47	5.7	46	74	13	215	30	20	27	21	1.98
53441328--53441684	94	3.8	93	75	12	295	29	21	27	22	1.99
53455852--53456027	46	3.8	46	76	12	189	20	20	28	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53455849--53456020	93	1.8	93	92	0	290	20	20	28	29	1.98
53461042--53461170	46	2.8	46	96	0	231	20	21	28	29	1.98
53462604--53462878	134	2.1	134	92	0	453	43	15	25	15	1.85
53465406--53465437	17	1.9	17	93	6	57	43	3	3	50	1.33
53468096--53468481	193	2.0	193	94	1	675	36	5	19	38	1.75
53471257--53471367	50	2.2	53	93	4	192	27	21	7	43	1.79
53473968--53474044	39	2.0	39	100	0	154	25	23	6	44	1.77
53480119--53480170	16	3.2	16	76	10	52	34	17	23	25	1.96
53481474--53481573	28	3.6	28	87	1	130	30	17	18	35	1.93
53482036--53482132	48	2.0	48	93	0	167	27	7	27	37	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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