genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.221.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75448418--75448545	61	2.1	61	79	0	139	39	15	4	39	1.68
75450976--75451010	19	1.9	19	88	11	56	68	0	0	31	0.90
75451265--75451340	22	3.7	21	76	15	68	40	17	6	35	1.75
75451294--75451372	35	2.2	37	86	13	121	35	16	10	37	1.82
75451315--75451370	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
75451301--75451372	19	3.9	19	89	10	123	36	15	11	37	1.83
75451491--75451530	21	2.0	20	85	5	53	10	2	15	72	1.21
75451723--75451996	45	6.1	45	75	5	266	25	27	16	31	1.96
75451737--75451903	89	1.9	89	89	0	262	26	28	15	29	1.96
75451936--75452230	78	3.8	78	90	1	457	24	24	19	31	1.98
75452311--75452595	78	3.7	78	90	0	446	25	24	17	31	1.97
75451820--75452686	365	2.4	365	89	2	1326	25	23	17	32	1.97
75454402--75454466	23	2.7	24	75	18	62	35	4	3	56	1.35
75463989--75464022	18	1.9	17	88	5	50	52	11	11	23	1.70
75464010--75464147	6	22.3	6	74	14	102	50	15	14	19	1.77
75464039--75464147	31	3.5	31	97	1	200	48	15	16	19	1.81
75464284--75464356	26	2.8	26	81	6	85	35	20	24	19	1.95
75464515--75464579	22	3.0	21	73	13	60	35	23	21	20	1.96
75465007--75465200	27	7.2	27	87	2	205	26	21	18	33	1.96
75465007--75465200	54	3.6	54	86	3	266	26	21	18	33	1.96
75465005--75465200	81	2.4	80	82	4	250	26	21	18	33	1.96
75465220--75465532	27	11.6	27	81	1	313	33	9	17	39	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75465157--75465532	54	7.0	52	77	6	331	33	9	18	38	1.83
75465294--75465541	108	2.3	108	90	0	372	34	8	16	40	1.79
75467482--75467622	6	22.8	6	72	16	110	48	14	17	19	1.82
75467482--75467622	31	4.5	31	95	0	237	48	14	17	19	1.82
75467991--75468055	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
75468509--75468676	27	6.2	26	86	6	212	27	20	17	33	1.96
75468517--75468667	81	1.9	81	98	0	293	27	21	18	32	1.97
75468500--75468676	54	3.3	54	88	6	252	26	20	18	33	1.96
75468500--75468677	81	2.2	80	89	7	286	26	20	18	34	1.96
75468661--75469034	27	13.9	27	77	7	152	32	8	19	39	1.82
75468537--75468706	54	3.1	54	85	5	157	29	19	18	32	1.95
75468721--75469052	27	12.3	27	82	1	333	31	9	19	40	1.82
75473564--75474042	44	11.1	44	85	3	623	30	15	30	23	1.95
75473720--75473793	36	2.1	36	92	0	121	32	13	27	27	1.94
75475436--75475514	39	2.0	39	97	0	149	41	5	29	24	1.76
75485391--75485425	18	2.0	18	88	5	54	68	0	0	31	0.90
75485692--75485763	35	2.0	37	91	8	121	36	15	11	37	1.83
75485706--75485761	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
75485692--75485763	19	3.9	19	89	10	123	36	15	11	37	1.83
75485882--75485920	21	1.9	20	84	5	51	10	2	15	71	1.23
75488684--75488780	46	2.1	45	90	1	149	29	30	19	19	1.97
75495257--75495349	46	2.0	46	91	0	150	27	31	21	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75500566--75500626	19	3.3	18	79	9	61	32	0	0	67	0.91
75500568--75500616	18	2.7	17	81	12	53	32	0	0	67	0.91
75503090--75503274	92	2.0	92	92	0	307	26	4	26	42	1.74
75505331--75505397	30	2.2	30	86	0	89	23	28	29	17	1.97
75507666--75507713	10	4.8	10	87	10	62	22	8	2	66	1.29
75514115--75514155	15	2.9	15	75	17	52	21	2	0	75	0.92
75514900--75515086	96	1.9	97	90	1	295	28	14	25	31	1.95
75515749--75515793	10	4.4	10	81	13	56	24	6	2	66	1.27
75524208--75524254	19	2.4	19	82	3	58	63	4	2	29	1.25
75529597--75529655	3	20.3	3	75	13	52	33	0	5	61	1.18
75529597--75529685	36	2.4	37	86	5	126	33	1	6	58	1.32
75530148--75530188	22	1.9	21	85	5	55	73	2	14	9	1.19
75531089--75531149	21	2.8	21	82	5	77	16	22	24	36	1.94
75532717--75532879	35	4.5	36	68	15	95	26	21	23	28	1.99
75536463--75536583	46	2.7	44	86	10	147	24	29	19	26	1.98
75537093--75537125	17	2.0	17	94	5	59	36	15	0	48	1.45
75537423--75537640	46	4.7	46	93	1	339	22	22	13	40	1.90
75542342--75542396	27	2.0	28	96	3	103	29	14	21	34	1.93
75543730--75543782	24	2.2	24	100	0	106	32	9	11	47	1.71
75545378--75545402	12	2.1	12	100	0	50	60	0	24	16	1.36
75549484--75549528	24	1.9	24	82	13	58	44	6	13	35	1.70
75551454--75551773	46	7.0	46	94	0	462	21	23	15	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75553701--75553741	21	2.0	21	90	0	64	0	21	0	78	0.76
75553712--75553758	17	2.8	17	96	0	85	0	23	0	76	0.78
75553712--75553759	8	5.8	8	80	9	51	0	25	0	75	0.81
75553707--75553758	27	1.9	27	84	7	70	0	23	0	76	0.78
75553815--75553840	12	2.2	12	100	0	52	0	15	0	84	0.62
75557495--75557523	3	9.7	3	100	0	58	65	34	0	0	0.93
75561408--75561490	28	3.2	28	62	22	72	34	8	14	42	1.76
75561407--75561503	49	2.0	49	97	0	185	35	8	15	41	1.77
75562075--75562119	23	2.0	23	82	8	56	11	4	17	66	1.38
75562493--75562576	44	1.9	44	95	0	150	45	9	15	29	1.78
75570203--75570267	20	3.2	20	69	14	53	38	0	3	58	1.14
75579540--75579592	26	2.0	26	100	0	106	30	15	11	43	1.81
75586518--75586589	29	2.4	29	81	4	81	41	2	4	51	1.35
75586599--75586640	13	2.9	14	80	13	50	54	0	0	45	0.99
75586603--75586639	16	2.3	16	86	13	58	59	0	0	40	0.97
75588115--75588143	12	2.3	13	94	5	51	68	0	0	31	0.89
75593688--75593723	13	2.8	14	84	16	51	27	25	0	47	1.52
75593675--75593715	18	2.2	19	87	12	59	29	24	0	46	1.53
75593820--75593877	23	2.5	23	94	0	98	50	41	1	6	1.39
75594379--75594425	15	3.1	15	81	0	67	48	12	2	36	1.53
75595708--75595739	13	2.5	13	100	0	64	15	6	0	78	0.95
75598832--75598857	5	5.2	5	100	0	52	80	0	0	19	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75613556--75613689	43	3.1	42	78	3	135	38	19	17	23	1.93
75616925--75616981	15	3.5	15	71	17	51	49	1	1	47	1.22
75619426--75619464	14	2.6	16	88	8	55	41	2	20	35	1.66
75619768--75619905	49	2.8	49	87	2	195	25	20	26	27	1.99
75621475--75621538	33	2.0	32	85	14	87	46	12	1	39	1.51
75622584--75622662	32	2.5	31	83	2	95	29	13	15	41	1.85
75624354--75624404	27	1.9	27	84	11	70	58	3	3	33	1.35
75625575--75625599	13	1.9	13	100	0	50	24	0	24	52	1.48
75625967--75625992	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38
75629457--75629959	126	4.0	126	92	0	801	28	16	17	37	1.92
75630327--75630387	29	2.2	28	82	11	72	54	8	0	37	1.31
75632970--75633012	18	2.4	18	88	7	61	46	0	0	53	1.00
75635901--75635968	18	3.7	19	80	5	77	47	14	7	30	1.72
75636084--75636138	6	9.2	6	100	0	110	50	16	16	16	1.78
75637458--75637492	16	2.3	15	90	5	52	51	2	0	45	1.16
75644883--75645137	55	4.8	55	78	12	241	36	17	23	22	1.94
75644890--75645092	108	1.9	110	88	4	313	33	18	24	23	1.97
75645330--75645360	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
75647190--75647241	15	3.2	15	73	19	50	50	13	0	36	1.42
75648010--75648039	13	2.4	12	94	5	51	46	0	3	50	1.18
75654035--75654328	49	6.2	48	75	14	222	26	19	28	24	1.99
75654026--75654332	142	2.2	140	81	9	363	26	19	28	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75654710--75654776	21	3.2	21	69	23	68	43	2	23	29	1.69
75654707--75654790	42	2.0	42	100	0	168	42	4	21	30	1.73
75654720--75654791	21	3.2	24	65	34	70	43	5	18	33	1.73
75658073--75658097	11	2.3	11	100	0	50	56	8	0	36	1.29
75663205--75663274	32	2.2	33	84	7	90	14	37	27	21	1.92
75663149--75663353	103	2.0	103	87	1	295	20	35	23	20	1.96
75675637--75675694	18	3.3	17	81	13	64	17	12	0	70	1.16
75679799--75680072	46	6.0	46	91	0	397	23	22	14	39	1.91
75682208--75682267	8	7.1	9	85	14	76	71	0	0	28	0.86
75682214--75682263	11	4.5	11	100	0	100	72	0	0	28	0.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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