genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.177.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60350154--60350236	27	3.1	27	85	3	114	39	22	8	28	1.83
60350216--60350277	27	2.3	27	91	0	97	41	14	14	29	1.85
60350704--60350835	32	4.2	32	84	2	160	21	18	21	38	1.93
60350848--60350900	26	2.0	26	88	0	79	16	18	20	43	1.88
60353728--60353947	46	4.7	46	83	3	255	21	28	21	29	1.98
60353675--60353947	94	2.9	94	77	7	286	21	27	20	30	1.98
60360446--60360614	74	2.3	74	87	0	239	25	21	22	30	1.99
60366270--60366361	27	3.4	27	92	0	148	26	22	9	41	1.85
60366360--60366515	81	1.9	81	84	7	210	41	18	9	30	1.82
60366388--60366530	27	5.3	27	81	2	153	41	19	8	30	1.81
60366393--60366599	54	3.8	54	77	5	191	40	19	8	30	1.82
60366393--60366572	27	6.6	27	79	3	92	42	19	7	30	1.79
60366596--60366697	27	3.8	27	71	7	82	37	17	20	24	1.94
60367532--60367589	25	2.4	24	85	2	80	32	18	18	29	1.96
60367532--60367589	24	2.4	24	86	11	82	32	18	18	29	1.96
60367796--60367878	31	2.7	30	92	7	141	28	15	26	28	1.96
60375477--60375515	19	2.2	19	86	9	55	7	12	2	76	1.09
60376374--60376420	23	2.0	24	84	12	62	31	8	6	53	1.57
60376901--60376994	48	2.0	48	83	10	122	24	13	24	37	1.92
60377360--60377392	9	3.7	9	84	15	50	21	0	15	63	1.30
60379424--60379457	17	2.0	17	100	0	68	52	0	11	35	1.38
60380994--60381026	10	3.2	10	95	4	57	30	27	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60390360--60390447	43	2.0	44	82	10	110	30	25	14	29	1.95
60393852--60394029	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
60393853--60394008	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
60393849--60394029	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
60408549--60408627	25	3.2	25	70	0	77	34	12	25	27	1.92
60408608--60408813	25	8.3	25	70	13	106	35	23	22	17	1.95
60408608--60408788	73	2.5	73	78	9	199	35	23	22	18	1.95
60408666--60408814	26	5.9	25	70	14	85	36	23	21	18	1.94
60410191--60410226	12	3.0	12	83	0	54	52	27	0	19	1.46
60413309--60413607	40	7.5	40	87	3	383	25	28	23	22	1.99
60421608--60421639	16	2.0	16	100	0	64	31	25	25	18	1.98
60421628--60421739	40	2.8	40	86	4	136	25	26	24	24	2.00
60422176--60422200	11	2.3	11	100	0	50	48	16	28	8	1.74
60424135--60424398	48	5.5	48	83	4	311	23	18	30	27	1.98
60424135--60424398	144	1.8	144	84	6	365	23	18	30	27	1.98
60426812--60426934	45	2.7	45	82	3	140	28	21	19	30	1.98
60432175--60432278	46	2.3	46	84	3	138	32	26	12	27	1.93
60432471--60432518	23	2.1	23	100	0	96	47	8	12	31	1.71
60434302--60434406	27	3.9	27	86	8	117	31	9	19	40	1.83
60437054--60437095	21	2.0	21	100	0	84	23	14	4	57	1.56
60439712--60439759	22	2.2	22	100	0	96	20	12	8	58	1.60
60444145--60444215	26	2.7	26	80	4	70	18	18	28	35	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60450442--60450578	50	2.8	49	89	3	211	27	25	19	27	1.99
60458232--60458306	20	3.5	20	75	19	80	56	1	33	9	1.40
60458236--60458308	25	3.2	25	62	22	68	56	1	32	9	1.40
60458238--60458327	44	2.0	44	100	0	180	57	2	31	8	1.41
60458927--60458980	27	2.0	28	85	3	74	48	1	11	38	1.50
60459129--60459174	23	2.0	23	86	4	65	58	4	2	34	1.30
60460801--60460848	24	2.1	22	85	11	62	52	10	12	25	1.71
60465663--60465782	6	19.3	6	71	19	86	49	15	15	19	1.80
60465672--60465782	31	3.5	31	97	1	204	49	15	16	18	1.80
60465918--60466019	27	3.8	26	84	5	114	37	20	22	19	1.95
60465936--60466037	54	1.9	54	84	4	127	37	21	22	18	1.94
60466686--60466881	27	7.3	27	89	2	295	26	21	19	33	1.97
60466693--60466889	81	2.4	81	93	0	331	26	20	19	33	1.97
60466668--60466889	27	8.3	27	86	0	275	26	20	18	34	1.96
60466870--60467067	27	7.3	26	80	4	126	32	6	23	37	1.79
60466872--60467031	54	3.0	54	83	1	187	31	4	22	41	1.73
60466873--60467024	81	1.9	81	80	0	178	30	3	23	42	1.72
60466950--60467134	81	2.3	81	77	3	194	34	6	23	35	1.81
60466927--60467094	54	3.1	54	81	1	167	32	5	25	36	1.78
60466992--60467118	27	4.7	27	88	0	166	37	7	23	31	1.82
60466991--60467148	54	2.9	54	83	0	181	36	7	24	32	1.83
60466874--60467132	27	9.6	27	78	8	125	33	6	23	37	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60467127--60467219	27	3.4	27	82	2	107	31	9	20	38	1.85
60467115--60467241	27	4.7	27	81	2	105	28	9	23	38	1.86
60471155--60471361	53	3.8	53	74	4	164	38	17	23	19	1.93
60472550--60472580	16	1.9	16	93	0	53	48	0	3	48	1.17
60478513--60478584	27	2.7	27	86	2	101	31	12	19	36	1.89
60486345--60486421	27	2.9	27	84	0	100	29	12	16	40	1.86
60493725--60493792	25	2.7	25	86	4	84	22	25	23	29	1.99
60493748--60493819	25	3.0	23	84	10	81	27	22	23	26	1.99
60493939--60494030	42	2.2	42	98	0	175	30	14	21	33	1.93
60496408--60496499	27	3.4	27	89	0	139	29	25	7	38	1.83
60496395--60496499	54	1.9	54	86	0	147	33	23	7	35	1.83
60496531--60496616	27	3.2	26	77	12	84	43	20	8	27	1.80
60496593--60496687	27	3.4	27	75	13	93	40	14	10	34	1.81
60496732--60496805	27	2.8	26	76	17	71	40	20	18	20	1.92
60497813--60497904	42	2.2	42	98	0	175	31	13	20	34	1.91
60497928--60498009	29	2.7	30	80	14	98	29	18	25	26	1.98
60501184--60501412	46	5.0	45	86	4	278	38	14	25	20	1.91
60501189--60501412	93	2.4	92	87	3	315	39	14	25	20	1.91
60506342--60506562	46	4.8	46	86	2	282	38	14	25	21	1.91
60506339--60506562	93	2.4	92	86	3	306	39	14	25	20	1.91
60510551--60510576	5	5.2	5	100	0	52	76	0	0	23	0.78
60512811--60512891	40	2.0	40	95	0	144	37	4	9	48	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60515957--60516006	21	2.3	23	80	16	61	64	4	6	26	1.35
60519260--60519323	30	2.1	30	97	0	119	25	53	6	15	1.65
60519745--60519812	29	2.3	29	87	5	93	10	27	48	13	1.74
60519862--60519992	23	5.4	25	67	14	85	35	5	2	56	1.35
60520002--60520068	25	2.9	22	78	10	71	29	5	4	59	1.41
60519949--60520032	28	3.0	27	72	6	80	30	5	3	59	1.38
60519934--60520108	79	2.2	78	79	8	185	32	6	3	57	1.42
60520132--60520187	25	2.3	24	79	14	62	37	16	3	42	1.65
60524132--60524179	25	1.9	25	95	0	87	54	10	20	14	1.70
60525380--60525729	130	2.7	130	87	3	470	36	18	18	26	1.94
60528600--60528876	48	5.8	47	76	8	238	28	17	28	25	1.98
60528600--60528872	96	2.8	96	83	3	325	27	17	28	25	1.98
60528590--60528871	144	2.0	142	85	5	388	27	16	29	26	1.97
60531904--60531988	39	2.2	39	100	0	170	38	18	18	23	1.93
60533676--60533783	27	4.0	27	88	5	148	36	22	25	16	1.94
60541577--60541689	27	4.2	27	88	3	149	37	21	25	15	1.93
60546050--60546271	48	4.6	47	78	6	198	28	18	29	23	1.97
60546037--60546272	96	2.5	95	84	5	296	28	17	29	24	1.98
60549902--60550074	44	3.8	44	80	6	193	28	29	20	21	1.98
60549910--60550079	93	1.8	91	92	2	286	27	30	21	21	1.98
60549907--60550094	46	4.1	44	72	20	127	28	28	20	21	1.98
60552440--60552503	15	4.4	15	84	11	89	60	12	15	10	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60555416--60555590	46	3.8	46	80	15	207	28	29	20	21	1.98
60555424--60555595	93	1.8	93	93	0	299	27	30	20	20	1.98
60557131--60557178	25	1.9	25	82	0	60	33	22	16	27	1.96
60557226--60557281	11	5.5	11	71	16	57	37	10	19	32	1.86
60557215--60557281	20	3.3	20	93	0	116	35	10	20	32	1.87
60557330--60557460	25	5.2	26	87	11	168	32	19	22	26	1.97
60557330--60557451	48	2.5	49	85	10	169	29	20	22	27	1.99
60557646--60557708	31	2.0	31	87	0	90	36	15	25	22	1.94
60566421--60566519	50	1.9	52	93	4	175	33	15	12	39	1.84
60569407--60569622	40	5.5	40	91	4	325	24	23	27	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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