genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.159.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54220353--54220457	8	13.9	8	71	18	57	73	0	1	24	0.94
54220351--54220414	6	11.2	6	85	8	71	78	0	1	20	0.84
54220354--54220449	15	6.9	15	77	17	77	72	0	1	26	0.91
54223851--54223986	46	3.0	43	76	14	123	30	27	19	22	1.98
54233268--54233300	13	2.6	13	90	4	50	48	12	0	39	1.40
54241186--54241722	146	3.7	145	94	1	898	37	7	25	29	1.83
54241186--54241734	48	11.3	48	91	2	846	37	7	25	29	1.83
54241186--54241734	98	5.7	96	92	1	846	37	7	25	29	1.83
54248467--54248618	40	3.8	40	93	1	234	28	26	21	23	1.99
54250869--54251052	40	4.6	40	84	6	230	25	24	25	25	2.00
54251315--54251358	22	2.0	22	82	8	54	31	11	13	43	1.80
54267437--54267625	54	3.5	53	81	7	202	21	24	19	34	1.96
54267718--54267765	24	2.0	24	100	0	96	29	20	20	29	1.98
54268473--54268531	30	1.9	30	86	3	82	27	25	13	33	1.93
54269471--54269556	40	2.2	40	95	0	154	32	27	16	23	1.96
54272188--54272410	39	5.7	39	92	1	340	29	30	22	17	1.97
54272483--54272564	28	2.9	28	79	0	83	29	23	10	36	1.89
54280759--54280903	40	3.6	40	84	4	184	23	25	24	26	2.00
54280723--54280903	40	4.5	39	80	7	168	23	25	24	25	2.00
54282092--54282167	38	2.0	38	100	0	152	31	23	13	31	1.93
54284405--54284456	24	2.2	24	86	6	70	50	26	3	19	1.65
54286395--54286489	24	4.0	24	80	6	104	30	20	20	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54286416--54286488	23	3.1	23	88	2	101	32	17	19	30	1.95
54286538--54286604	20	3.3	20	85	0	98	34	19	13	32	1.91
54294219--54294282	31	2.1	31	93	0	110	23	23	15	37	1.93
54294474--54294566	23	4.0	24	82	10	113	29	22	19	29	1.98
54294608--54294646	20	2.0	20	84	0	51	33	23	12	30	1.92
54302096--54302156	30	2.0	30	87	0	86	31	24	4	39	1.77
54321255--54321475	40	5.6	40	90	1	295	24	23	26	26	2.00
54321704--54321747	22	2.0	22	86	8	63	34	15	13	36	1.87
54333168--54333239	23	3.0	23	81	8	72	34	2	4	58	1.32
54339367--54339541	47	3.8	44	79	11	192	21	20	29	28	1.98
54342460--54342528	15	4.6	15	83	0	84	11	17	13	57	1.64
54342451--54342538	30	3.0	30	81	8	99	10	17	15	56	1.66
54344919--54345094	46	3.8	45	78	10	185	22	20	27	29	1.98
54344915--54345086	93	1.8	93	91	0	281	22	20	28	28	1.99
54345577--54345605	13	2.1	14	93	6	51	13	0	27	58	1.36
54347544--54347628	25	3.5	24	75	12	75	74	0	10	15	1.08
54347574--54347612	12	3.4	12	82	13	55	74	0	12	12	1.08
54347570--54347647	22	3.8	20	73	20	70	79	0	8	11	0.93
54348665--54348697	16	2.0	16	94	5	57	60	6	9	24	1.49
54348733--54348968	64	3.7	64	89	1	330	29	16	16	37	1.90
54353980--54354249	135	2.0	135	97	0	504	25	22	13	38	1.91
54354702--54354747	24	2.0	24	82	4	58	34	2	2	60	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54359778--54359860	30	2.7	31	85	3	116	22	25	20	31	1.98
54360074--54360151	25	3.1	25	88	3	86	28	20	23	28	1.99
54360085--54360152	25	2.7	25	93	2	109	25	23	26	25	2.00
54363046--54363171	46	2.7	46	95	0	216	29	27	23	19	1.98
54368968--54369086	29	4.2	29	79	6	127	28	28	13	29	1.94
54380630--54380796	43	3.9	43	77	9	162	31	23	16	28	1.96
54385662--54385765	43	2.4	43	80	0	127	29	25	15	29	1.96
54390724--54390775	27	1.9	27	84	7	70	32	25	17	25	1.97
54391294--54391361	27	2.5	27	85	4	84	25	17	19	38	1.93
54391324--54391385	27	2.3	27	82	0	70	32	14	12	40	1.84
54391337--54391755	53	7.8	53	80	6	382	31	8	19	39	1.82
54391369--54391755	27	14.5	27	81	6	380	31	8	19	40	1.82
54391337--54391755	160	2.6	160	83	4	497	31	8	19	39	1.82
54391369--54391756	133	2.9	133	86	3	530	31	8	19	39	1.82
54392071--54392134	28	2.3	28	83	0	83	28	35	15	20	1.93
54395043--54395265	40	5.6	40	88	3	326	28	27	21	21	1.99
54404355--54404536	40	4.6	40	79	8	167	25	20	25	28	1.99
54404415--54404536	39	3.1	38	83	3	136	25	19	24	30	1.98
54404434--54404583	39	3.8	40	78	11	116	26	22	26	25	2.00
54408559--54408691	40	3.3	40	78	9	103	24	20	25	29	1.99
54408614--54408730	39	3.0	38	85	6	153	23	20	26	29	1.99
54408628--54408777	39	3.8	40	82	5	144	25	22	27	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54410981--54411078	27	3.5	28	88	5	128	25	13	28	32	1.93
54411009--54411093	27	3.0	27	87	5	98	30	11	24	32	1.91
54418965--54419065	27	3.6	28	86	7	134	26	12	27	32	1.93
54418996--54419078	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
54418965--54419080	28	4.1	27	81	10	99	29	12	25	33	1.92
54425182--54425253	25	2.8	25	91	4	108	25	25	22	27	2.00
54425192--54425280	25	3.6	24	82	11	83	25	24	21	28	1.99
54425474--54425556	30	2.8	30	81	5	114	33	21	22	21	1.97
54425474--54425551	31	2.6	30	87	2	111	33	23	23	20	1.97
54433111--54433178	25	2.7	25	90	2	109	26	23	22	27	1.99
54433402--54433484	30	2.7	31	87	3	125	31	19	26	22	1.98
54433402--54433479	31	2.6	30	89	2	120	30	20	26	21	1.98
54435986--54436087	29	3.6	29	83	1	125	26	16	28	28	1.97
54435986--54436096	57	1.9	58	85	1	152	27	16	28	27	1.97
54443952--54444000	15	3.1	16	72	22	50	22	28	30	18	1.97
54447297--54447326	8	3.6	8	95	4	51	13	0	26	60	1.34
54457879--54457987	57	1.9	57	98	0	209	39	21	11	27	1.88
54460731--54460784	27	2.0	27	88	0	81	31	16	18	33	1.93
54460766--54461160	27	14.7	27	76	8	223	41	18	9	30	1.83
54460766--54460833	26	2.7	25	86	9	93	38	22	8	30	1.84
54460815--54461103	54	5.4	54	78	3	267	42	19	9	28	1.82
54461413--54461500	41	2.3	39	88	9	128	21	25	29	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54461901--54461961	22	2.8	22	89	0	86	9	14	29	45	1.77
54464648--54464724	27	2.9	27	86	0	91	36	16	19	27	1.93
54464717--54465083	27	13.6	27	75	7	122	41	17	9	31	1.81
54464761--54465038	54	5.1	54	76	8	219	43	17	8	29	1.80
54464815--54465078	54	4.9	56	76	10	201	42	18	9	29	1.81
54465344--54465466	41	3.0	41	92	0	201	21	21	30	26	1.98
54465608--54465672	22	3.0	22	81	4	78	23	26	16	33	1.96
54465612--54465679	22	3.1	22	77	8	59	23	23	17	35	1.95
54469803--54469980	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
54469824--54469979	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
54477960--54478042	26	3.2	26	79	6	96	33	28	13	24	1.93
54477966--54478110	27	5.4	27	83	4	150	30	26	15	27	1.96
54477966--54478110	53	2.7	54	81	3	159	30	26	15	27	1.96
54479781--54479952	41	4.3	41	91	2	269	28	26	22	23	1.99
54488649--54488891	27	9.0	27	84	4	265	39	17	16	26	1.90
54489665--54489712	23	2.0	24	92	4	80	43	12	22	20	1.86
54490894--54491001	43	2.5	43	87	3	146	34	23	14	27	1.94
54496706--54496744	21	1.9	20	84	5	51	38	5	20	35	1.75
54503812--54504191	48	7.8	48	79	5	379	27	17	28	26	1.98
54503809--54504185	96	3.9	96	83	2	459	27	17	28	26	1.98
54504046--54504185	50	2.8	49	85	4	174	28	17	28	25	1.97
54506382--54506476	27	3.5	26	77	8	84	43	22	8	26	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54506483--54506652	27	6.3	27	83	2	207	32	22	5	38	1.79
54506479--54506623	54	2.7	54	93	0	236	31	22	6	39	1.79
54506483--54506652	81	2.1	81	86	2	243	32	22	5	38	1.79
54506610--54506706	27	3.6	27	80	5	97	43	20	6	29	1.76
54506494--54506676	81	2.3	81	81	1	188	34	22	6	36	1.79
54507100--54507178	31	2.5	31	89	0	113	18	17	13	49	1.80
54507100--54507187	6	14.3	6	71	17	65	19	17	14	48	1.81
54520294--54520388	40	2.4	40	77	5	104	32	15	24	27	1.95
54526624--54526667	19	2.3	19	84	4	52	45	11	18	25	1.82
54530096--54530313	40	5.6	40	79	5	223	24	25	23	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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