genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21244309--21245022	149	5.1	145	82	13	804	60	5	3	29	1.36
21244595--21244633	3	13.0	3	84	10	53	64	0	0	35	0.94
21244690--21244741	22	2.4	22	83	6	61	59	5	1	32	1.32
21244732--21244761	3	9.7	3	92	7	51	63	0	0	36	0.95
21244452--21244974	125	3.9	130	81	14	488	60	5	3	30	1.37
21244602--21245016	125	3.2	126	78	14	395	60	5	3	30	1.35
21245000--21245060	3	20.7	3	80	9	63	65	1	3	29	1.18
21244646--21245060	127	3.2	126	75	15	375	61	4	3	30	1.34
21247576--21247823	87	2.8	87	84	5	313	36	20	15	28	1.93
21247659--21248003	163	2.1	162	86	6	477	37	19	15	26	1.92
21247450--21247997	249	2.2	249	83	4	681	36	19	15	27	1.92
21256239--21256283	22	2.0	22	95	0	81	46	4	20	28	1.69
21259078--21259112	16	2.2	16	90	5	54	74	11	0	14	1.08
21259907--21259953	18	2.8	17	80	6	51	59	8	2	29	1.39
21260134--21260160	13	2.1	13	100	0	54	62	7	7	22	1.46
21260363--21260484	3	41.0	3	66	11	63	58	2	9	29	1.43
21260450--21261493	143	7.2	142	81	12	798	60	5	3	30	1.37
21260587--21260619	3	11.0	3	93	0	57	63	0	0	36	0.95
21260688--21260755	29	2.5	26	83	13	75	61	5	0	32	1.20
21260516--21261491	146	6.7	146	86	8	1152	60	5	3	30	1.37
21260733--21260771	12	3.3	11	86	13	51	64	2	0	33	1.08
21260516--21261487	289	3.4	287	85	8	1221	60	5	3	30	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21261134--21261174	20	2.2	20	86	8	59	58	7	0	34	1.26
21261160--21261525	3	119.7	3	68	18	106	61	4	3	30	1.31
21261218--21261262	23	1.9	24	86	13	67	73	0	2	24	0.95
21261025--21261342	153	2.1	151	87	8	457	61	4	3	31	1.30
21261394--21261443	16	3.2	16	77	8	50	56	6	2	36	1.36
21263317--21263341	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
21267925--21267961	19	2.0	19	89	5	58	37	0	8	54	1.30
21267914--21267965	27	2.0	24	85	10	68	40	0	9	50	1.35
21274189--21274245	30	1.9	30	85	0	78	28	22	1	47	1.61
21291530--21291579	20	2.5	20	83	0	64	12	32	36	20	1.89
21292426--21292518	40	2.4	40	82	8	113	32	30	22	15	1.94
21293678--21293717	3	13.3	3	94	0	71	65	0	2	32	1.06
21297327--21297510	40	4.6	40	78	6	194	25	24	25	25	2.00
21297327--21297510	80	2.3	80	83	5	221	25	24	25	25	2.00
21305432--21305615	40	4.6	40	82	2	226	25	24	25	25	2.00
21308934--21308967	17	2.0	17	100	0	68	17	41	11	29	1.85
21311355--21311446	33	2.8	33	75	8	98	31	22	11	33	1.91
21315365--21315417	25	2.1	25	92	0	88	45	9	13	32	1.75
21316604--21316679	25	3.0	26	71	11	77	25	27	19	27	1.99
21323612--21323832	40	5.6	40	86	2	295	26	23	26	23	2.00
21331693--21331834	40	3.6	40	81	6	155	27	24	25	22	2.00
21340730--21340832	49	2.1	49	92	0	170	29	25	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21354090--21354185	48	2.0	49	91	2	158	22	21	30	25	1.99
21354326--21354363	20	1.9	20	88	0	58	23	31	26	18	1.97
21354335--21354377	20	2.2	20	82	0	50	20	32	25	20	1.97
21357233--21357281	24	2.0	24	96	0	89	40	18	8	32	1.80
21357919--21357950	13	2.3	15	89	10	50	0	18	0	81	0.70
21359922--21359984	29	2.2	29	83	13	78	61	1	6	30	1.30
21360298--21360339	21	1.9	22	85	9	59	69	2	4	23	1.20
21361119--21361256	69	2.0	69	100	0	276	42	10	10	37	1.73
21377733--21377877	43	3.4	43	93	4	240	37	22	11	28	1.89
21379830--21380141	46	6.7	49	70	12	165	29	17	26	25	1.98
21379918--21380186	140	1.9	145	83	6	354	28	16	26	28	1.97
21382126--21382164	20	1.9	21	94	5	71	30	15	7	46	1.74
21383936--21384031	47	2.0	47	100	0	192	38	6	30	25	1.80
21397274--21397403	48	2.7	48	92	0	206	19	15	27	37	1.92
21398897--21398936	20	2.1	19	90	4	62	32	5	12	50	1.62
21399017--21399060	22	2.0	23	86	4	63	29	4	20	45	1.71
21403837--21403965	48	2.7	48	92	0	204	20	17	27	34	1.94
21406210--21406470	46	5.5	46	70	14	142	28	18	27	25	1.98
21408171--21408214	22	2.0	23	86	4	63	29	4	20	45	1.71
21409897--21409951	26	2.1	26	93	0	92	43	27	12	16	1.84
21417391--21417522	47	2.8	48	84	1	185	32	26	16	24	1.96
21423539--21423600	30	2.1	30	81	0	70	33	11	25	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21427454--21427507	26	2.1	26	96	0	99	16	14	33	35	1.90
21431619--21431723	45	2.3	45	86	3	140	31	28	20	19	1.97
21431697--21431852	43	3.6	43	94	0	276	30	32	25	10	1.90
21437088--21437206	39	3.1	39	92	0	193	27	21	21	29	1.98
21438052--21439371	668	2.0	668	91	1	2144	34	14	21	30	1.93
21443604--21443828	40	5.7	40	86	5	278	26	27	22	24	2.00
21443605--21443828	119	1.9	120	84	6	303	26	26	22	24	2.00
21453443--21453478	11	3.2	11	92	4	54	61	8	2	27	1.39
21459228--21459358	43	3.1	41	72	13	122	30	25	18	25	1.98
21459312--21459530	48	4.6	48	81	4	246	26	31	19	23	1.98
21459312--21459532	96	2.3	95	83	8	286	26	30	19	23	1.98
21465177--21465401	40	5.6	40	80	5	231	25	22	27	24	2.00
21465177--21465437	80	3.3	80	81	3	258	26	21	26	25	2.00
21479193--21479225	17	1.9	18	88	11	52	36	3	6	54	1.41
21492996--21493113	35	3.3	35	86	8	143	32	1	17	48	1.58
21498450--21498497	22	2.1	24	85	14	66	54	0	6	39	1.26
21507410--21507483	17	4.4	17	78	0	85	33	8	12	45	1.71
21507409--21507475	34	2.0	34	87	0	98	35	7	10	46	1.66
21507411--21507519	51	2.1	51	82	0	128	31	7	13	47	1.70
21513225--21513312	23	3.9	23	79	11	92	36	19	23	20	1.95
21513236--21513297	22	2.7	23	82	9	83	35	20	27	16	1.94
21517809--21517946	54	2.5	55	82	4	163	27	25	28	18	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21526611--21526821	103	2.0	104	96	3	388	30	23	14	32	1.94
21536239--21536310	33	2.2	33	100	0	144	52	18	11	18	1.73
21546971--21547194	40	5.7	40	87	5	296	24	21	27	25	1.99
21546971--21547194	79	2.8	80	86	6	296	24	21	27	25	1.99
21546971--21547194	119	1.9	119	84	5	301	24	21	27	25	1.99
21546971--21547227	119	2.2	119	82	6	299	25	21	27	25	1.99
21550017--21550092	23	3.4	22	84	14	93	31	19	25	23	1.98
21550016--21550116	23	4.4	23	74	10	82	35	19	22	21	1.96
21550016--21550125	45	2.4	45	83	8	125	34	20	22	22	1.97
21550040--21550127	23	3.8	24	75	12	78	36	21	21	20	1.95
21555395--21555419	12	2.1	12	100	0	50	16	32	0	52	1.44
21555348--21555468	63	1.9	62	88	5	181	28	25	5	40	1.78
21589910--21590160	116	2.2	116	80	9	273	28	17	21	33	1.96
21590409--21590446	15	2.6	14	87	4	58	18	0	36	44	1.50
21590404--21590452	22	2.3	21	82	3	62	22	0	30	46	1.52
21590524--21590601	36	2.1	37	83	2	95	24	0	25	50	1.50
21591127--21591174	25	1.9	25	83	8	62	47	2	4	45	1.33
21591505--21591624	7	17.0	7	89	1	105	61	0	0	36	1.08
21593676--21593720	22	2.0	22	100	0	90	37	17	26	17	1.93
21595773--21596975	206	5.9	201	82	7	1056	33	5	23	37	1.78
21595777--21597000	23	53.6	23	76	9	910	33	5	23	37	1.78
21597640--21597699	31	1.9	31	93	0	102	15	13	33	38	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21602214--21602264	26	2.0	26	96	0	93	54	5	3	35	1.43
21604523--21604630	26	4.2	26	96	0	198	29	6	26	37	1.82
21604814--21604844	15	2.1	15	100	0	62	25	6	25	41	1.79
21606240--21606294	27	2.1	26	93	3	92	14	23	25	36	1.93
21607993--21608169	47	3.7	49	76	15	174	22	29	18	28	1.97
21607993--21608169	97	1.8	96	84	10	245	22	29	18	28	1.97
21608613--21608829	110	2.0	110	97	0	407	30	14	10	43	1.80
21615739--21615763	12	2.1	12	100	0	50	60	24	0	16	1.36
21628133--21628186	26	2.1	26	96	0	99	33	20	7	38	1.80
21630479--21630678	38	5.3	38	93	0	328	32	26	21	20	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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