genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29256828--29256875	20	2.4	20	86	6	62	25	6	2	66	1.26
29260538--29260594	8	7.3	7	77	16	51	24	5	0	70	1.08
29262300--29262374	28	2.7	28	85	0	96	29	32	14	24	1.95
29262628--29262705	38	2.1	38	100	0	156	15	23	26	34	1.94
29263829--29263859	16	1.9	16	93	0	53	9	16	19	54	1.68
29270353--29270455	28	3.7	28	88	0	161	30	32	14	23	1.94
29270672--29270706	16	2.2	16	94	0	61	14	25	17	42	1.86
29272707--29272908	96	2.1	98	89	4	311	30	15	24	30	1.95
29277758--29277826	24	2.9	25	78	6	63	43	18	20	17	1.88
29292971--29293151	40	4.6	40	88	0	247	27	22	24	25	2.00
29295566--29295642	24	3.2	24	96	0	136	32	2	42	22	1.67
29297045--29297142	27	3.6	27	86	5	126	16	26	23	33	1.95
29297045--29297151	54	2.0	53	87	1	151	15	26	22	35	1.94
29298890--29298945	29	2.0	28	89	3	85	30	32	10	26	1.90
29301609--29301688	29	2.8	28	79	5	88	27	31	11	30	1.91
29301643--29301704	29	2.1	29	87	0	88	27	29	14	29	1.95
29303889--29304172	38	7.0	38	78	15	264	32	25	13	29	1.93
29303972--29304135	47	3.7	47	78	14	211	32	25	14	28	1.94
29303934--29304169	85	2.8	85	94	0	400	32	25	13	28	1.93
29306510--29306541	16	2.0	16	93	0	55	9	0	34	56	1.32
29314686--29314731	22	2.0	22	83	4	56	54	10	10	23	1.67
29320228--29320316	28	3.2	29	80	10	96	35	21	22	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29320422--29320486	28	2.3	28	91	0	103	32	7	27	32	1.85
29328010--29328169	24	6.7	24	94	0	275	19	12	28	39	1.88
29328078--29328164	12	7.2	12	65	14	54	19	12	27	40	1.88
29335128--29335344	40	5.5	39	80	7	181	26	20	27	26	1.99
29335173--29335342	40	4.3	39	85	5	198	25	21	27	25	1.99
29335200--29335377	79	2.2	80	81	3	191	25	21	27	24	2.00
29343020--29343242	40	5.6	39	80	7	216	25	21	27	25	1.99
29343100--29343277	79	2.2	80	82	3	200	25	21	28	24	1.99
29346357--29346564	42	5.0	41	88	2	283	40	25	17	17	1.90
29346357--29346557	83	2.4	83	90	4	316	40	24	16	17	1.90
29348021--29348068	19	2.6	19	86	3	71	35	2	14	47	1.56
29348085--29348170	42	2.0	42	93	4	147	31	4	13	50	1.63
29352745--29352833	42	2.1	42	95	0	160	28	5	14	51	1.65
29369577--29369686	26	4.4	25	88	7	154	29	21	20	29	1.98
29369736--29369782	20	2.3	20	92	7	78	34	17	10	38	1.84
29370132--29370172	21	2.0	21	90	4	66	19	41	19	19	1.91
29380096--29380192	26	3.8	26	93	2	153	26	22	22	27	1.99
29380227--29380273	20	2.3	20	92	7	78	34	19	10	36	1.86
29387276--29387352	15	5.4	15	74	10	72	10	18	11	59	1.59
29389743--29389918	46	3.8	46	79	12	207	19	22	30	28	1.98
29389739--29389911	93	1.9	93	95	0	310	19	22	30	27	1.98
29396539--29396765	40	5.8	40	93	3	331	23	22	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29396539--29396791	40	6.5	38	90	5	316	24	22	28	25	2.00
29404579--29404808	40	5.8	40	92	2	322	23	23	27	25	2.00
29404579--29404834	40	6.4	39	90	4	313	24	23	27	25	2.00
29410518--29410670	38	4.0	38	94	1	261	22	20	23	32	1.98
29418084--29418236	38	4.0	37	87	6	207	23	17	24	34	1.96
29418084--29418236	76	2.0	78	89	2	238	23	17	24	34	1.96
29430754--29430792	19	2.1	19	100	0	78	38	15	20	25	1.92
29433443--29433616	49	3.5	49	86	1	267	29	27	16	26	1.97
29435466--29435515	26	1.9	26	95	0	91	20	20	22	38	1.94
29443483--29443540	28	2.1	28	96	0	107	27	3	18	50	1.63
29445960--29446092	43	2.8	49	74	16	134	31	29	17	21	1.96
29446019--29446172	43	3.6	43	84	5	177	35	30	14	19	1.91
29449859--29450201	40	8.6	40	90	2	467	25	20	27	26	1.99
29452241--29452461	48	4.6	48	82	2	255	26	21	23	28	1.99
29452248--29452467	96	2.3	96	86	0	296	26	20	23	29	1.99
29456695--29456920	27	8.4	27	89	1	303	42	22	14	20	1.88
29465479--29465522	21	2.1	21	83	8	54	65	2	6	25	1.28
29468624--29468726	42	2.4	42	82	4	118	26	25	21	27	1.99
29471533--29471593	27	2.3	27	85	5	79	26	19	9	44	1.82
29471625--29471762	27	5.1	27	82	6	145	42	19	7	30	1.78
29471592--29471721	54	2.4	53	81	11	140	41	19	9	30	1.82
29471592--29471747	81	1.9	81	81	5	190	42	19	8	29	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29471625--29471805	54	3.3	54	80	5	177	42	18	7	30	1.79
29471726--29471811	27	3.1	27	77	15	86	39	13	10	36	1.80
29471852--29471929	27	2.9	27	77	11	88	37	21	20	20	1.95
29472739--29472821	25	3.4	24	85	8	96	28	21	24	25	1.99
29473028--29473110	31	2.7	31	96	3	152	28	16	26	27	1.97
29474116--29474214	28	3.5	28	76	0	81	25	27	16	31	1.96
29474226--29474311	40	2.2	39	80	2	100	27	26	17	27	1.98
29476268--29476314	20	2.4	19	86	6	67	38	21	29	10	1.87
29476223--29476352	59	2.2	59	83	0	161	40	22	23	14	1.91
29480793--29480831	21	1.9	20	94	5	69	30	0	23	46	1.53
29480793--29480839	21	2.3	21	85	10	62	31	2	21	44	1.64
29481303--29481331	11	2.6	11	100	0	58	34	20	17	27	1.95
29484948--29485005	9	6.4	9	79	13	66	46	25	0	27	1.53
29484956--29485005	19	2.6	19	87	6	66	46	28	0	26	1.53
29484948--29485005	28	2.2	26	87	6	80	46	25	0	27	1.53
29486131--29486265	17	7.4	17	62	14	54	31	5	15	48	1.67
29486126--29486273	37	4.0	37	91	0	251	31	6	16	45	1.71
29486148--29486273	17	6.8	20	66	13	81	30	6	16	46	1.72
29486275--29486366	18	5.2	18	82	5	116	23	6	22	46	1.75
29486281--29486365	9	9.6	9	78	5	84	25	7	21	45	1.76
29487085--29487290	46	4.4	46	76	13	179	28	20	29	21	1.98
29488776--29488839	31	2.1	31	87	0	92	21	21	15	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29489033--29489198	24	7.0	24	87	4	230	27	21	22	28	1.99
29489032--29489198	47	3.5	48	87	4	232	26	21	22	29	1.99
29489033--29489198	71	2.3	71	90	3	253	27	21	22	28	1.99
29489311--29489358	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
29490517--29490600	27	3.1	27	93	3	134	20	26	22	30	1.98
29490718--29490880	27	6.0	27	75	11	145	32	9	17	39	1.83
29490726--29490867	54	2.6	54	85	4	171	30	9	18	41	1.81
29490725--29490903	81	2.2	80	89	1	268	30	9	18	41	1.82
29490725--29490903	54	3.3	53	83	6	162	30	9	18	41	1.82
29490894--29491052	27	5.9	27	82	2	167	38	8	22	30	1.85
29490895--29491045	54	2.8	54	82	2	187	39	9	20	30	1.84
29490904--29491052	81	1.8	81	82	2	192	38	9	23	28	1.86
29491058--29491156	27	3.6	27	77	9	85	35	11	16	37	1.84
29492494--29492534	22	1.9	22	90	5	66	12	43	26	17	1.84
29503108--29503152	21	2.0	23	83	8	58	80	0	6	13	0.91
29510793--29510822	14	2.2	13	94	5	51	53	13	0	33	1.40
29516182--29516216	16	2.2	16	94	0	61	42	14	8	34	1.76
29522861--29523030	20	8.9	20	77	15	153	15	22	26	35	1.94
29523045--29523098	27	2.0	27	85	3	74	18	20	22	38	1.93
29525988--29526372	50	7.7	49	79	3	401	31	27	16	24	1.96
29525978--29526372	151	2.6	151	90	1	621	31	27	16	24	1.96
29525988--29526372	101	3.8	100	80	2	423	31	27	16	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29533128--29533345	50	4.3	50	74	8	190	31	26	17	24	1.97
29534642--29534814	46	3.7	46	79	10	208	22	21	27	28	1.99
29534639--29534809	93	1.8	93	93	0	297	22	21	28	28	1.99
29548192--29548235	20	2.2	20	87	0	61	36	31	4	27	1.77
29548321--29548441	43	2.9	42	81	8	140	28	25	15	29	1.96
29551744--29551876	70	1.9	70	87	0	194	27	13	24	35	1.93
29562506--29562609	42	2.5	41	83	7	129	25	21	25	27	1.99
29567597--29567803	53	3.8	54	76	9	197	21	23	16	38	1.93
29567609--29567803	54	3.6	53	75	10	171	21	23	17	37	1.94
29573890--29574201	163	1.9	163	94	3	549	33	28	12	25	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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