genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.76.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23911650--23911729	15	5.4	15	77	7	83	58	12	17	11	1.62
23911661--23911738	15	5.2	15	74	9	61	56	14	16	12	1.68
23913558--23913791	116	2.0	116	94	0	414	32	19	9	38	1.85
23914819--23914990	93	1.8	93	91	0	281	27	30	19	22	1.98
23914811--23914976	46	3.6	46	78	11	194	29	30	18	21	1.97
23922018--23922176	80	2.0	79	98	1	309	35	10	20	33	1.86
23930016--23930251	40	5.9	40	79	1	240	22	30	14	32	1.94
23930010--23930256	120	2.1	120	85	1	325	22	31	14	31	1.94
23932742--23932808	34	2.0	34	90	0	107	28	5	23	41	1.78
23934305--23934407	38	2.7	38	90	0	152	32	25	22	20	1.98
23938558--23938640	28	2.9	28	78	8	96	30	26	16	26	1.97
23938821--23939124	43	7.1	43	91	0	491	31	32	23	11	1.91
23940674--23940823	38	3.9	38	82	5	158	35	28	19	17	1.94
23940674--23940823	78	1.9	78	83	2	196	35	28	19	17	1.94
23945423--23945486	21	3.0	21	80	8	85	14	20	20	45	1.85
23945646--23945696	26	2.0	26	96	0	93	33	3	25	37	1.74
23948392--23948470	34	2.3	33	86	2	104	11	24	8	55	1.63
23949707--23949969	27	9.8	26	80	11	264	39	18	9	32	1.83
23949707--23949969	81	3.2	81	84	7	306	39	18	9	32	1.83
23951896--23951927	16	2.0	16	93	0	55	34	18	0	46	1.49
23952126--23952467	49	6.9	49	74	6	251	29	26	19	25	1.98
23952129--23952316	101	1.9	99	87	2	277	29	25	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23952136--23952463	50	6.6	49	75	5	264	30	26	18	25	1.98
23952136--23952468	150	2.2	150	92	2	553	30	26	18	25	1.98
23952816--23952862	19	2.3	20	82	10	60	48	14	0	36	1.44
23956086--23956130	24	1.9	23	86	4	63	42	4	37	15	1.67
23957784--23957835	23	2.3	23	96	0	95	21	19	13	46	1.84
23962089--23962125	11	3.2	12	85	11	51	27	29	8	35	1.85
23962629--23962708	31	2.5	31	87	2	106	60	20	3	16	1.51
23962931--23963017	21	4.1	21	78	11	88	3	50	17	28	1.62
23963432--23963460	14	2.1	14	93	6	51	58	6	0	34	1.25
23963612--23963649	19	2.1	18	85	9	51	52	0	7	39	1.31
23968648--23968957	9	35.2	9	77	5	267	35	2	13	48	1.57
23968706--23968965	35	7.7	35	77	10	157	35	2	13	48	1.57
23968675--23968950	44	6.3	44	91	1	412	35	3	12	48	1.58
23968653--23968965	44	7.3	44	86	7	231	35	2	13	48	1.57
23969081--23969150	29	2.4	29	87	0	104	52	2	1	42	1.24
23969322--23969368	24	2.0	24	91	0	76	40	8	23	27	1.83
23969416--23969549	64	2.1	64	95	0	241	47	3	10	38	1.56
23970333--23970365	7	4.7	7	100	0	66	69	15	15	0	1.19
23972229--23972273	19	2.3	20	84	7	65	35	0	37	26	1.57
23972552--23972760	73	2.8	74	73	9	194	36	18	17	26	1.93
23973487--23973544	29	2.0	29	100	0	116	20	6	37	34	1.80
23974063--23974238	41	4.3	41	78	12	166	24	20	19	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23992434--23992948	27	19.1	27	83	4	574	27	21	8	41	1.83
23992953--23993147	54	3.6	54	77	10	191	35	17	18	27	1.94
23992953--23993148	27	7.3	26	80	5	131	35	18	18	27	1.94
23992977--23993128	81	1.9	81	83	2	198	36	17	19	26	1.94
23994478--23994647	93	1.8	93	87	2	252	28	28	20	22	1.99
23996066--23996148	27	3.1	26	89	5	121	19	22	21	36	1.95
23996236--23996294	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
23996444--23996529	27	3.3	26	79	7	75	16	23	20	39	1.92
23996459--23996531	27	2.7	27	83	6	78	17	24	19	38	1.93
23996650--23996751	6	16.8	6	74	13	93	21	18	11	48	1.80
23996650--23996751	30	3.4	30	91	1	168	21	18	11	48	1.80
24008455--24008534	38	2.1	39	90	2	126	15	20	31	33	1.93
24009217--24009248	12	2.7	12	95	0	55	9	0	37	53	1.34
24012688--24012713	9	2.9	9	100	0	52	34	0	7	57	1.27
24027159--24027197	19	2.1	19	100	0	78	30	25	5	38	1.78
24032512--24032536	12	2.1	12	100	0	50	0	52	0	48	1.00
24035677--24035764	23	3.5	25	76	11	74	28	15	29	26	1.96
24037377--24037427	16	3.2	16	77	2	50	54	3	0	41	1.19
24037564--24037607	22	2.0	23	90	4	72	59	6	0	34	1.24
24040097--24040125	14	2.0	15	93	6	51	27	0	20	51	1.47
24041469--24041649	6	29.3	6	68	17	95	48	14	17	20	1.81
24041478--24041564	37	2.4	37	86	0	111	51	12	16	19	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24041533--24041645	25	4.3	25	74	14	102	46	15	17	21	1.84
24041490--24041649	56	2.8	56	85	5	194	47	14	17	20	1.82
24041490--24041649	31	5.4	31	69	17	122	47	14	17	20	1.82
24041545--24041646	25	3.8	25	75	14	105	45	15	19	19	1.86
24043420--24043461	14	2.9	15	79	13	52	40	2	19	38	1.64
24043583--24043742	43	3.8	42	79	6	144	25	16	27	31	1.96
24043593--24043754	84	1.9	83	82	5	200	24	16	28	30	1.96
24046180--24046236	25	2.2	25	82	14	71	61	1	3	33	1.23
24046953--24046994	22	2.1	19	86	13	57	52	0	2	45	1.13
24048551--24048861	27	11.7	27	77	3	272	39	19	9	30	1.84
24048551--24048857	81	3.8	80	80	5	343	40	19	9	30	1.84
24048845--24049469	27	23.2	27	83	5	656	36	16	19	27	1.93
24048845--24049472	81	7.8	81	86	2	751	36	16	19	27	1.93
24049451--24049514	27	2.4	27	72	0	65	18	20	25	35	1.95
24050035--24050138	27	3.9	26	83	6	100	21	22	19	37	1.94
24050289--24050390	6	16.7	6	75	15	84	17	16	14	50	1.77
24050300--24050369	25	2.8	25	84	0	86	17	18	14	50	1.79
24050289--24050369	31	2.6	30	80	16	94	17	17	14	50	1.78
24050260--24050388	68	1.9	68	85	3	179	18	17	13	51	1.77
24061213--24061356	37	3.9	37	91	0	225	25	31	20	22	1.98
24061476--24061885	47	8.6	47	91	3	635	29	30	7	32	1.85
24061476--24061885	96	4.3	94	91	2	649	29	30	7	32	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24061476--24061885	143	2.9	143	96	0	743	29	30	7	32	1.85
24064076--24064254	85	2.1	85	95	0	322	26	27	8	36	1.87
24065325--24065400	29	2.6	31	79	10	88	27	31	17	23	1.97
24065292--24065400	57	1.9	58	88	1	166	27	29	19	23	1.98
24065292--24065424	57	2.4	56	83	8	157	28	29	17	24	1.97
24065611--24065962	40	8.8	40	93	0	569	25	29	22	23	1.99
24067226--24067370	37	3.9	37	90	0	218	25	31	20	23	1.98
24067489--24067898	47	8.6	47	92	2	658	28	30	7	33	1.85
24067489--24067898	96	4.3	94	92	2	658	28	30	7	33	1.85
24067489--24067898	143	2.9	143	96	0	743	28	30	7	33	1.85
24070080--24070254	82	2.1	84	94	3	318	26	28	8	37	1.86
24073265--24073555	27	10.8	26	76	10	221	39	18	8	32	1.82
24073245--24073555	81	3.9	80	79	6	274	39	19	8	31	1.82
24073541--24074163	27	23.2	27	83	3	648	34	16	20	27	1.94
24073245--24073580	161	2.1	161	79	10	366	39	19	9	31	1.84
24073268--24073608	188	1.8	188	80	3	418	39	18	10	31	1.85
24073541--24074163	81	7.7	81	83	4	740	34	16	20	27	1.94
24073541--24074163	54	11.6	54	84	3	718	34	16	20	27	1.94
24074454--24074494	20	2.0	20	85	0	55	12	14	31	41	1.83
24074511--24074569	22	2.7	22	81	0	64	20	23	22	33	1.97
24074727--24074834	27	4.0	26	83	5	108	21	22	20	36	1.96
24074727--24074834	54	2.0	53	83	5	137	21	22	20	36	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24074955--24075016	25	2.5	25	86	0	79	19	17	14	48	1.81
24074974--24075085	31	3.6	31	75	11	111	21	18	13	46	1.83
24077126--24077411	27	10.7	26	76	8	236	39	20	9	29	1.85
24077126--24077410	53	5.3	53	80	7	247	39	21	9	29	1.85
24077101--24077407	80	3.8	80	83	5	381	40	20	9	29	1.84
24077395--24077995	27	22.3	27	84	0	700	36	17	19	26	1.94
24078787--24078848	25	2.5	25	89	0	88	19	19	14	46	1.83
24078784--24078957	6	28.3	6	65	15	61	20	17	13	48	1.80
24078813--24078888	37	2.1	37	87	0	107	17	15	15	51	1.77
24078788--24078910	62	2.0	62	90	0	192	18	17	14	49	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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