genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.73.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22749649--22749697	23	2.1	23	81	7	55	32	2	2	63	1.17
22749725--22749780	23	2.5	21	83	11	67	35	1	3	58	1.26
22749721--22749783	23	2.6	25	75	22	64	34	1	3	60	1.22
22749795--22749834	16	2.5	16	83	0	53	30	5	0	65	1.14
22750489--22750563	33	2.3	33	93	2	134	26	12	5	56	1.57
22754595--22754660	14	4.7	14	76	9	55	62	1	6	30	1.29
22757333--22757357	13	1.9	13	100	0	50	32	4	8	56	1.47
22757356--22757425	36	1.9	36	86	11	99	38	4	2	54	1.35
22758633--22758725	32	2.9	31	73	4	87	52	20	2	24	1.57
22760153--22760178	12	2.2	12	100	0	52	38	26	15	19	1.91
22762834--22762879	24	1.9	24	95	0	83	28	15	21	34	1.94
22773665--22773728	31	2.1	31	90	0	101	25	23	15	35	1.94
22773921--22774040	24	5.0	24	88	10	174	27	21	20	30	1.98
22773942--22774039	47	2.1	47	94	5	171	28	20	20	30	1.98
22774098--22774154	9	5.9	9	73	15	51	35	21	8	35	1.84
22774094--22774156	20	3.2	20	95	0	117	31	19	12	36	1.89
22774193--22774240	25	1.9	25	86	0	69	25	16	25	33	1.96
22783997--22784035	20	2.0	20	85	10	53	38	28	12	20	1.89
22786986--22787027	22	1.9	22	100	0	84	28	14	11	45	1.80
22791474--22791521	20	2.4	21	80	16	57	43	4	2	50	1.33
22795492--22795521	15	2.0	15	93	0	51	70	20	6	3	1.25
22799005--22799030	5	5.2	5	100	0	52	19	42	19	19	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22799895--22799954	30	2.0	30	83	9	77	45	0	1	53	1.10
22801274--22801343	31	2.3	31	80	4	81	35	22	24	17	1.95
22801307--22801395	41	2.2	41	91	0	142	37	25	21	15	1.93
22801435--22801474	21	1.9	21	90	10	64	50	27	0	22	1.50
22802204--22802228	7	3.6	7	100	0	50	16	0	48	36	1.46
22808373--22808580	42	4.9	41	78	8	193	24	13	28	34	1.93
22808363--22808580	85	2.6	85	83	3	262	23	13	28	34	1.92
22808575--22808643	35	2.0	35	91	0	111	17	15	26	40	1.89
22809268--22809300	15	2.1	16	88	5	50	51	3	3	42	1.32
22809707--22809758	21	2.5	21	87	0	68	28	7	26	36	1.84
22811243--22811438	94	2.1	95	98	0	376	26	16	16	41	1.89
22816413--22816443	16	1.9	16	93	0	53	61	0	0	38	0.96
22823770--22823861	22	4.0	22	75	15	80	39	21	18	20	1.93
22823763--22823859	23	4.2	24	73	11	78	39	21	18	20	1.93
22826425--22826459	18	1.9	18	94	0	61	0	20	8	71	1.11
22826443--22826482	21	2.0	21	85	5	55	5	15	5	75	1.15
22831938--22832024	28	3.1	29	86	5	133	28	14	27	28	1.96
22848716--22848834	20	6.1	20	72	20	76	29	2	1	66	1.14
22848754--22848789	16	2.2	17	90	5	56	30	2	2	63	1.22
22848759--22848843	11	7.7	11	68	19	52	29	2	1	67	1.11
22848715--22848836	56	2.1	60	86	10	175	30	2	1	65	1.15
22848731--22848832	20	5.0	21	75	11	90	30	2	0	65	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22848764--22848861	20	4.4	21	78	14	83	29	4	2	64	1.23
22858431--22858655	40	5.7	40	83	5	269	25	21	26	26	2.00
22863730--22863778	13	3.8	13	78	10	55	0	16	0	83	0.64
22863736--22863781	21	2.2	21	84	7	58	0	17	0	82	0.67
22863746--22863780	18	1.9	18	94	0	61	0	17	0	82	0.66
22863733--22863781	8	5.9	8	81	9	62	0	16	0	83	0.64
22869480--22869553	18	3.9	19	89	10	93	36	10	10	41	1.75
22869492--22869580	19	4.8	19	87	8	121	37	13	12	37	1.82
22869492--22869580	35	2.4	37	85	9	119	37	13	12	37	1.82
22869504--22869559	17	3.5	15	88	9	60	35	14	10	39	1.81
22869547--22869588	19	2.3	18	88	8	59	38	14	16	30	1.89
22887654--22887734	22	3.5	23	79	16	96	37	20	20	20	1.95
22887654--22887769	24	4.9	23	78	11	103	36	19	21	22	1.95
22887648--22887769	46	2.6	47	82	12	142	36	19	21	22	1.95
22890540--22890593	24	2.2	24	83	6	65	70	1	5	22	1.18
22890533--22890572	18	2.2	18	90	0	62	70	2	2	25	1.13
22894723--22894753	16	1.9	16	93	0	53	41	3	16	38	1.64
22922132--22922265	50	2.7	49	80	4	146	26	16	26	29	1.97
22927852--22927927	37	2.1	36	83	16	95	38	1	2	57	1.21
22927863--22927942	37	2.2	37	80	17	87	38	2	3	55	1.32
22927915--22927976	29	2.1	31	82	11	76	45	3	3	48	1.34
22952877--22953239	180	2.0	181	96	1	665	34	13	22	30	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22957457--22957632	46	3.8	45	81	10	212	21	21	29	28	1.98
22957453--22957624	93	1.8	93	94	0	308	20	21	30	27	1.98
22959160--22959195	13	3.0	13	84	15	51	38	5	22	33	1.77
22960563--22960645	29	2.9	29	81	12	91	10	16	15	56	1.66
22960572--22960649	15	5.4	15	79	11	83	10	17	12	58	1.61
22963034--22963302	46	5.8	46	75	11	253	21	19	30	28	1.98
22963086--22963248	47	3.5	47	76	14	201	20	19	31	28	1.97
22963030--22963294	93	2.8	93	96	0	476	21	20	30	28	1.98
22976555--22976595	17	2.4	17	91	0	64	12	43	17	26	1.84
22979269--22979303	18	2.0	18	88	5	54	34	22	14	28	1.93
22979424--22979457	18	1.9	17	88	5	50	29	29	17	23	1.97
22979907--22979943	19	1.9	19	89	10	58	32	16	16	35	1.91
22985353--22985480	61	2.0	64	92	7	217	41	24	15	18	1.89
22993525--22993690	90	1.9	89	89	1	260	39	10	7	42	1.68
22994922--22995082	43	3.7	43	72	12	143	23	16	25	34	1.95
23000845--23000870	13	2.0	13	100	0	52	7	15	0	76	0.99
23002340--23002381	18	2.2	19	91	8	68	52	0	0	47	1.00
23002400--23002462	29	2.2	28	83	8	81	63	3	0	33	1.10
23003197--23003230	11	3.4	10	88	11	52	79	0	17	2	0.86
23003261--23003292	14	2.3	14	94	0	55	68	0	28	3	1.04
23004892--23005012	53	2.3	53	91	0	188	18	17	21	42	1.89
23005136--23005185	18	2.7	19	75	6	57	32	8	10	50	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23005131--23005201	18	3.9	18	72	9	54	32	9	14	43	1.78
23007361--23007404	20	2.2	20	95	0	79	25	18	9	47	1.77
23010061--23010220	39	4.1	39	95	0	275	21	24	31	22	1.98
23014069--23014108	19	2.1	19	86	9	55	67	2	7	22	1.28
23014068--23014109	10	4.3	10	77	17	52	69	2	7	21	1.25
23016023--23016125	5	18.6	5	76	21	75	71	0	4	22	1.10
23016009--23016120	33	3.5	32	79	14	124	71	0	5	23	1.06
23019712--23019764	10	5.3	10	82	8	63	66	1	9	22	1.31
23019785--23019822	13	2.8	13	88	4	58	44	13	0	42	1.43
23021019--23021052	17	2.0	17	88	0	50	44	2	11	41	1.56
23029442--23029499	31	1.9	31	92	3	100	22	15	25	36	1.94
23029972--23030066	46	2.0	47	81	2	111	28	7	23	41	1.81
23033833--23034008	46	3.8	45	79	11	196	21	19	29	29	1.98
23033830--23034000	93	1.8	93	92	2	290	21	20	29	28	1.98
23042020--23042055	18	2.1	18	89	5	56	66	0	0	33	0.92
23042309--23042367	22	2.7	22	82	7	66	44	16	5	33	1.70
23042338--23042435	19	5.4	19	88	9	143	35	18	10	35	1.85
23042338--23042435	35	2.7	37	84	12	132	35	18	10	35	1.85
23042359--23042414	17	3.5	15	88	9	60	35	16	10	37	1.83
23042554--23042594	21	2.0	21	85	0	55	9	2	14	73	1.19
23046510--23046726	46	4.6	45	78	10	204	25	29	16	28	1.96
23046510--23046729	94	2.3	93	85	7	277	25	30	16	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23047552--23047591	20	2.0	20	100	0	80	50	0	30	20	1.49
23048514--23048570	21	2.7	21	88	0	87	17	33	31	17	1.93
23051143--23051253	35	3.0	35	85	14	161	47	17	0	35	1.48
23051143--23051253	40	3.0	37	87	12	167	47	17	0	35	1.48
23060834--23061050	3	70.0	3	67	16	61	30	8	3	57	1.45
23061007--23061048	16	2.6	16	92	0	66	23	9	2	64	1.35
23062691--23062819	40	3.2	39	80	8	143	36	18	10	34	1.85
23062715--23062831	40	2.9	39	91	3	171	35	15	10	38	1.81
23063063--23063098	18	2.0	18	100	0	72	33	22	0	44	1.53
23063712--23063796	25	3.4	24	76	20	77	1	25	4	68	1.16

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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