genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.183.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62822279--62822458	96	1.9	96	91	0	297	25	16	31	27	1.97
62822285--62822458	48	3.6	48	83	6	244	25	16	31	27	1.97
62822285--62822504	48	4.6	48	82	6	214	25	17	30	26	1.97
62822286--62822504	96	2.3	96	83	1	269	25	17	30	26	1.97
62839473--62839623	71	2.1	72	91	2	243	30	29	16	23	1.96
62839543--62839765	104	2.2	103	92	2	367	31	31	18	17	1.95
62840092--62840155	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
62840099--62840155	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
62847012--62847164	72	2.1	71	91	4	245	30	29	16	22	1.96
62847083--62847304	102	2.2	104	91	3	360	31	31	18	18	1.95
62852220--62852639	48	8.8	48	85	3	440	25	16	29	28	1.97
62852220--62852603	96	4.0	96	87	2	556	25	16	29	28	1.97
62852230--62852640	144	2.9	144	86	3	524	25	16	29	28	1.97
62854982--62855024	21	2.1	21	83	12	54	32	2	20	44	1.65
62866370--62866615	49	5.0	49	78	3	249	29	26	17	26	1.98
62877664--62877761	51	1.9	50	97	2	187	34	24	11	29	1.90
62882472--62882663	55	3.5	55	67	6	136	16	23	29	29	1.96
62885941--62885970	8	3.8	8	90	0	51	50	16	0	33	1.46
62890052--62890096	18	2.3	18	85	11	54	24	4	31	40	1.75
62892490--62892527	13	3.0	13	88	3	51	39	0	13	47	1.42
62895545--62895961	46	8.8	47	77	8	314	28	19	29	22	1.98
62895550--62895772	94	2.4	94	97	0	421	29	21	27	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62895550--62895863	94	3.3	93	87	7	404	28	20	28	22	1.98
62905409--62905539	49	2.7	49	87	0	199	29	27	19	23	1.98
62907664--62907726	15	4.1	15	83	8	74	58	17	15	7	1.60
62907664--62907723	30	2.0	30	87	6	86	58	18	15	8	1.61
62910602--62910828	49	4.6	50	82	3	244	29	23	18	28	1.97
62910602--62910783	99	1.8	98	86	1	265	30	23	18	28	1.97
62912978--62913016	15	2.6	15	95	0	69	56	23	15	5	1.59
62914929--62915067	43	3.2	43	78	5	147	26	14	25	33	1.94
62920409--62920465	23	2.5	23	76	0	69	24	10	17	47	1.79
62920409--62920497	46	1.9	46	86	0	124	22	12	19	46	1.83
62920955--62921012	23	2.5	23	74	0	62	22	17	18	41	1.90
62919956--62921040	543	2.0	543	97	0	2053	31	13	22	32	1.92
62920952--62921041	46	2.0	46	84	0	117	22	14	21	42	1.88
62922746--62922784	20	2.0	20	90	10	62	35	20	33	10	1.86
62924682--62924724	21	2.0	21	100	0	86	34	13	13	37	1.85
62927224--62927257	17	2.0	17	88	0	50	38	20	8	32	1.84
62934404--62934481	26	2.9	26	90	3	111	26	23	20	29	1.99
62934758--62934860	32	3.2	33	83	9	122	24	14	27	33	1.94
62943109--62943265	53	2.9	53	76	10	131	21	21	17	40	1.91
62945135--62945201	33	2.0	33	91	0	107	34	20	4	40	1.73
62946080--62946138	23	2.6	23	91	0	91	45	22	16	15	1.84
62948239--62948300	27	2.3	27	80	0	70	33	27	9	29	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62948250--62948352	27	3.8	27	86	0	134	30	25	7	36	1.84
62948331--62948716	27	14.3	27	72	6	120	37	21	8	32	1.85
62948232--62948363	54	2.4	54	76	0	147	33	25	6	34	1.83
62948345--62948417	28	2.7	27	89	4	110	43	19	5	31	1.73
62948583--62948687	54	1.9	54	84	0	138	40	20	8	30	1.83
62948734--62948807	27	2.7	27	76	12	71	37	20	20	21	1.94
62949517--62949603	20	4.3	20	92	2	140	40	10	18	31	1.84
62949653--62949788	52	2.7	51	93	5	224	27	21	23	27	1.99
62949653--62949788	26	5.3	26	87	3	190	27	21	23	27	1.99
62949921--62950012	42	2.2	42	88	0	130	31	14	20	33	1.92
62950023--62950101	31	2.5	31	93	0	140	29	15	27	27	1.96
62965571--62965616	24	1.9	24	82	8	58	36	2	17	43	1.61
62976874--62977097	40	5.6	40	83	3	281	25	24	27	23	2.00
62985038--62985261	40	5.6	40	83	3	281	25	24	27	23	2.00
62995473--62995534	26	2.3	28	78	10	76	59	3	3	33	1.29
62996370--62996464	47	2.0	47	100	0	190	47	12	10	29	1.75
62998350--62998415	25	2.7	25	83	2	80	45	7	19	27	1.77
62998318--62998385	19	3.6	19	73	11	68	47	7	20	25	1.76
62998301--62998381	37	2.2	37	88	0	117	49	7	19	23	1.73
62998338--62998369	6	5.3	6	92	0	55	53	0	15	31	1.43
62998533--62998615	27	3.1	26	84	5	94	34	21	21	21	1.96
62998567--62998640	27	2.7	27	83	6	87	37	18	21	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62998799--62998858	22	2.7	22	82	5	68	28	21	28	21	1.99
62999240--62999382	27	5.3	27	87	0	205	25	20	18	34	1.95
62999312--62999653	27	12.7	27	82	3	178	30	11	20	38	1.87
62999459--62999653	54	3.6	54	83	2	223	30	9	19	40	1.83
62999427--62999653	81	2.8	80	81	4	249	30	9	19	40	1.83
62999421--62999653	54	4.3	54	80	3	211	30	9	20	39	1.84
63018584--63018617	18	1.9	18	88	5	52	11	26	44	17	1.83
63019648--63019685	13	2.9	13	88	0	58	18	28	42	10	1.83
63029951--63030311	47	7.7	46	71	13	227	26	21	29	21	1.99
63029953--63030311	94	3.8	93	77	8	354	27	21	30	21	1.98
63037072--63037176	40	2.6	39	83	5	113	24	27	20	27	1.99
63037115--63037298	40	4.6	40	80	7	187	28	27	20	23	1.99
63037118--63037298	80	2.3	80	83	9	210	28	27	20	23	1.99
63043918--63044064	40	3.7	40	83	5	120	25	27	21	25	2.00
63043964--63044144	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
63043961--63044144	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
63051407--63051492	24	3.5	24	73	3	73	26	15	27	30	1.96
63051452--63051519	24	2.8	24	82	4	84	27	13	29	29	1.94
63063210--63063323	23	4.8	24	81	10	112	27	20	15	36	1.93
63063210--63063342	22	5.7	23	77	15	123	26	19	17	36	1.94
63063306--63063367	22	2.7	23	80	2	72	24	19	22	33	1.97
63064923--63065168	92	2.7	93	88	2	363	31	19	23	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63066500--63066546	22	2.1	22	100	0	94	42	17	4	36	1.68
63069720--63069815	41	2.3	43	82	8	117	32	25	16	26	1.96
63071101--63071275	92	1.9	92	91	0	287	34	18	22	24	1.96
63071764--63071809	21	2.2	21	84	0	56	28	28	32	10	1.91
63080866--63081128	46	5.6	47	76	8	191	23	29	19	27	1.98
63080961--63081131	94	1.8	92	85	7	238	23	29	19	26	1.98
63088463--63088634	46	3.7	48	81	6	144	23	29	18	28	1.98
63088463--63088728	47	5.7	46	72	11	159	24	31	17	27	1.97
63088463--63088634	93	1.8	94	81	6	215	23	29	18	28	1.98
63099760--63099884	46	2.7	46	94	0	214	20	23	28	28	1.99
63100650--63100976	162	2.0	162	95	0	582	37	9	14	38	1.78
63103267--63103444	27	6.6	27	84	3	205	26	14	28	29	1.95
63103267--63103444	54	3.3	55	84	4	227	26	14	28	29	1.95
63111016--63111191	27	6.5	27	84	1	183	25	14	29	30	1.95
63111015--63111191	54	3.3	54	83	3	205	25	14	29	29	1.95
63118297--63118421	45	2.7	48	80	16	156	22	20	28	28	1.99
63120333--63120357	13	1.9	13	100	0	50	36	0	8	56	1.29
63123306--63123378	20	3.7	19	77	14	76	64	0	5	30	1.16
63123412--63123484	28	2.7	26	83	10	76	61	1	4	32	1.23
63124745--63125448	230	3.0	233	79	9	618	36	10	7	45	1.66
63126800--63126880	40	2.0	40	97	0	153	48	8	2	40	1.47
63134020--63134264	49	4.9	50	84	5	320	26	17	26	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63134124--63134207	28	3.2	28	65	25	83	23	16	29	29	1.96
63134022--63134251	100	2.3	98	88	3	327	26	17	25	29	1.98
63135913--63136106	49	3.9	49	88	1	298	26	18	27	27	1.98
63135912--63136105	99	2.0	99	94	0	343	26	18	27	27	1.98
63142591--63142824	40	5.9	40	79	6	253	28	27	19	24	1.99
63145578--63146043	225	2.1	227	83	4	593	38	7	7	45	1.62
63146182--63146294	5	22.4	5	92	5	192	39	0	0	59	1.04
63146468--63146500	18	1.9	17	88	11	50	45	0	0	54	0.99
63149842--63150044	27	7.6	27	83	5	216	24	14	21	40	1.90
63149842--63150049	79	2.6	80	84	5	262	23	13	21	40	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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