genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.81.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25424865--25424931	35	1.9	35	100	0	134	32	25	5	35	1.80
25425412--25425471	30	2.1	29	93	6	104	36	21	15	26	1.93
25438879--25438955	24	3.2	24	90	0	127	29	3	44	22	1.71
25446738--25446838	24	4.2	24	94	0	166	33	2	40	22	1.69
25448278--25448344	27	2.5	26	81	9	73	19	23	19	37	1.94
25450584--25450609	13	2.0	13	100	0	52	15	15	15	53	1.73
25453095--25453206	23	5.0	22	78	8	118	34	19	17	27	1.95
25453095--25453200	45	2.3	45	85	7	135	35	19	16	27	1.94
25457463--25457492	12	2.5	12	100	0	60	36	16	13	33	1.88
25457590--25457699	42	2.6	43	81	8	136	21	18	26	33	1.96
25458429--25458471	10	4.0	10	80	16	50	16	4	27	51	1.64
25464044--25464074	13	2.4	13	94	0	53	29	29	19	22	1.98
25465002--25465126	23	5.5	22	77	7	99	36	19	20	23	1.95
25465000--25465138	45	3.1	44	78	4	134	36	18	21	23	1.95
25465002--25465149	23	6.5	22	69	12	77	37	18	20	22	1.94
25470113--25470150	16	2.4	16	82	4	51	55	0	10	34	1.34
25471701--25471923	40	5.6	39	83	5	232	24	20	28	26	1.99
25471776--25471958	79	2.3	80	81	1	217	25	20	28	25	1.99
25478321--25478488	40	4.3	40	84	5	173	24	20	29	26	1.99
25478333--25478470	40	3.5	40	85	4	174	25	18	29	26	1.98
25482472--25482605	47	2.8	48	84	5	164	23	19	30	26	1.98
25483117--25483235	60	2.0	60	96	0	220	28	7	25	38	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25483633--25483660	12	2.3	12	100	0	56	28	25	39	7	1.82
25485120--25485270	42	3.5	44	74	9	132	25	21	25	27	1.99
25487834--25488053	39	5.6	39	82	5	194	25	20	28	26	1.99
25487908--25488088	78	2.3	78	80	2	202	25	20	28	25	1.99
25492004--25492137	47	2.8	48	84	5	164	23	19	30	26	1.98
25492654--25492773	60	2.0	60	96	0	222	28	8	25	38	1.84
25493172--25493199	12	2.3	12	100	0	56	28	25	39	7	1.82
25497356--25497576	39	5.6	40	82	8	213	24	20	28	26	1.99
25497430--25497611	78	2.3	79	81	6	199	25	20	28	24	1.99
25509758--25509904	42	3.4	43	76	10	147	27	21	23	27	1.99
25509799--25509916	43	2.8	42	75	11	116	28	21	22	27	1.99
25512060--25512154	48	2.0	49	87	2	138	34	16	24	24	1.95
25521326--25521378	24	2.2	24	93	0	88	33	3	41	20	1.70
25522800--25522900	27	3.8	26	84	6	121	19	23	19	36	1.95
25522790--25522900	54	2.1	53	86	1	150	18	22	21	36	1.95
25534678--25534738	30	2.0	30	84	6	79	29	22	8	39	1.83
25535618--25535797	46	3.9	44	80	11	150	25	18	30	25	1.98
25535672--25535790	48	2.6	45	83	10	143	27	15	29	26	1.96
25550751--25550831	40	2.0	40	95	0	144	22	29	7	40	1.81
25553690--25553801	46	2.4	47	86	5	165	21	15	29	33	1.94
25557963--25558154	100	1.9	100	87	2	278	45	23	7	23	1.79
25558673--25558711	20	2.0	20	89	0	60	43	20	28	7	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25567688--25567747	28	2.2	26	77	11	66	26	26	11	35	1.91
25567702--25567773	28	2.6	28	88	0	99	29	27	12	30	1.93
25577191--25577242	26	1.9	28	84	7	72	36	17	17	28	1.92
25578189--25578332	6	23.8	6	78	14	154	48	14	16	20	1.81
25578168--25578265	30	3.3	29	81	11	117	50	14	16	19	1.79
25578200--25578307	42	2.6	42	95	2	191	49	14	15	20	1.80
25578521--25578572	27	2.0	26	88	3	77	30	21	30	17	1.96
25578427--25578591	71	2.4	68	87	4	224	28	23	29	18	1.98
25578806--25579181	27	13.9	27	84	0	446	41	5	21	31	1.77
25578806--25579181	108	3.5	108	86	2	513	41	5	21	31	1.77
25579185--25579242	27	2.1	27	87	0	80	25	8	29	36	1.86
25579155--25579312	81	2.0	81	80	2	183	32	8	21	36	1.85
25579177--25579326	81	1.9	81	81	5	187	32	9	21	37	1.85
25579192--25579361	27	6.3	27	83	4	148	30	8	20	40	1.83
25581221--25581376	6	25.8	6	73	17	110	49	12	16	22	1.78
25581200--25581376	30	6.1	30	78	14	165	49	12	16	22	1.79
25581221--25581320	24	3.9	24	80	14	128	50	13	15	22	1.77
25581596--25581646	27	1.9	26	84	4	66	31	19	29	19	1.97
25581881--25582263	27	14.2	27	83	0	415	42	5	20	31	1.76
25582253--25582434	27	6.8	26	80	6	143	30	8	20	40	1.83
25581881--25582263	81	4.7	81	85	2	500	42	5	20	31	1.76
25582230--25582386	81	1.9	81	79	7	176	31	9	21	37	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25582260--25582434	54	3.3	54	80	3	176	29	8	21	41	1.82
25585418--25585590	46	3.7	46	75	10	181	23	19	27	30	1.98
25585415--25585585	93	1.8	93	89	0	270	22	19	28	29	1.98
25593143--25593200	26	2.2	26	82	14	73	24	12	12	51	1.72
25593145--25593201	27	2.1	28	87	9	82	21	12	12	54	1.69
25595623--25595701	24	3.3	25	79	12	85	31	20	26	21	1.98
25595609--25595701	24	3.8	23	79	11	80	30	22	24	22	1.99
25596558--25596585	12	2.3	12	100	0	56	7	17	42	32	1.77
25600173--25600394	48	4.7	47	79	8	243	30	13	24	31	1.94
25600216--25600432	95	2.4	85	83	14	308	29	13	25	31	1.94
25600226--25600418	95	2.0	95	96	0	359	27	12	26	32	1.93
25600363--25600439	38	2.0	38	94	0	136	28	15	27	28	1.96
25603984--25604246	47	5.6	45	73	13	165	22	28	19	29	1.98
25603984--25604249	94	2.9	92	72	15	251	22	28	19	29	1.98
25608934--25609094	43	3.8	42	78	8	146	34	26	16	22	1.95
25609837--25609950	43	2.7	43	79	6	151	30	26	19	23	1.98
25614792--25615128	48	7.0	48	80	3	390	27	25	17	28	1.98
25614792--25615128	144	2.3	144	90	0	503	27	25	17	28	1.98
25620533--25620795	40	6.6	40	87	3	316	26	28	20	24	1.99
25628028--25628290	40	6.6	40	87	3	316	26	28	20	24	1.99
25638488--25638539	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
25649661--25649885	49	4.5	50	83	6	269	25	18	26	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25649660--25649887	101	2.3	98	86	3	296	25	18	26	29	1.98
25654880--25655123	49	4.9	49	78	5	256	28	18	23	29	1.97
25658941--25659272	48	6.9	48	80	2	355	27	25	17	29	1.97
25659000--25659272	144	1.9	143	93	0	474	27	26	17	28	1.98
25659906--25660016	51	2.2	51	96	0	204	35	29	9	26	1.87
25663825--25663883	29	2.0	29	100	0	118	33	13	16	35	1.88
25669098--25669524	48	8.9	48	76	1	415	28	18	27	25	1.98
25669098--25669524	96	4.4	96	84	4	520	28	18	27	25	1.98
25669095--25669524	192	2.2	193	87	1	594	28	18	27	25	1.98
25670046--25670084	21	1.9	19	85	10	51	51	2	12	33	1.54
25676777--25676832	24	2.3	24	81	0	67	16	41	3	39	1.65
25680309--25680479	49	3.5	48	77	8	168	23	30	18	28	1.97
25680306--25680538	98	2.4	97	85	5	287	23	29	17	29	1.97
25680359--25680622	46	5.6	46	77	10	185	22	28	19	29	1.98
25680257--25680622	94	3.8	95	81	7	361	23	28	19	28	1.98
25681272--25681314	20	2.3	18	81	14	52	37	18	0	44	1.50
25682180--25682214	17	2.0	18	88	5	54	11	5	20	62	1.48
25688788--25688865	36	2.2	35	81	9	86	20	30	21	26	1.98
25688999--25689087	27	3.3	27	79	6	83	23	21	14	40	1.90
25689083--25689207	27	4.6	27	87	0	178	36	13	15	34	1.86
25695860--25696084	40	5.6	40	81	2	254	24	27	23	24	2.00
25704056--25704280	40	5.6	40	82	4	265	24	26	23	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25708550--25708773	122	1.9	120	88	1	340	29	20	9	40	1.84
25717707--25717823	48	2.4	48	86	0	171	21	27	21	29	1.98
25721873--25721915	20	2.3	18	81	14	52	37	20	0	41	1.53
25723179--25723294	35	3.3	35	79	4	144	43	19	11	25	1.84
25727605--25727673	20	3.3	20	72	21	70	33	21	4	40	1.73
25727609--25727697	42	2.1	43	95	2	162	32	21	5	40	1.76
25727621--25727695	20	3.6	20	72	21	73	30	24	4	41	1.73
25737527--25737559	14	2.3	15	89	5	50	60	15	9	15	1.58
25742618--25742693	21	3.5	21	65	16	55	22	13	25	39	1.90
25742622--25742709	45	2.0	45	93	0	149	22	12	25	39	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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