genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.89.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28473646--28473734	28	3.2	28	79	6	99	37	10	21	31	1.87
28473730--28473817	27	3.3	27	82	6	115	39	14	18	27	1.90
28476611--28476766	68	2.2	68	77	13	149	20	28	16	34	1.94
28574927--28574989	27	2.3	27	97	0	117	50	14	17	17	1.78
28586814--28586841	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
28588218--28588308	7	13.4	7	79	10	66	47	30	1	20	1.58
28588218--28588288	14	5.2	14	86	8	76	47	29	0	22	1.51
28588315--28588378	21	3.0	21	88	0	83	21	10	35	31	1.88
28588315--28588378	7	9.1	7	94	0	74	21	10	35	31	1.88
28591562--28591655	44	2.1	46	88	7	140	34	5	24	36	1.78
28591768--28591894	61	2.0	63	86	5	179	55	3	0	39	1.24
28592714--28592843	63	2.1	63	86	5	183	36	13	15	33	1.87
28596036--28596197	42	3.8	42	80	6	175	29	18	24	27	1.98
28617585--28617688	42	2.5	42	90	3	156	32	16	23	27	1.96
28619152--28619322	45	3.8	45	80	14	206	21	21	28	29	1.98
28619149--28619317	92	1.8	92	93	2	295	21	21	28	28	1.98
28622247--28622325	15	5.4	15	77	10	83	10	17	13	58	1.63
28622238--28622324	29	3.0	29	81	8	95	10	17	16	56	1.67
28624693--28624867	45	3.8	46	81	10	223	21	20	28	29	1.98
28638759--28638909	6	24.3	6	72	18	114	49	15	15	19	1.79
28638768--28638909	31	4.5	31	95	0	230	50	14	16	19	1.79
28638743--28638909	62	2.7	62	88	3	230	50	14	15	19	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28639046--28639119	27	2.8	27	89	2	105	36	21	24	17	1.95
28639278--28639342	22	3.0	22	75	8	69	33	21	23	21	1.97
28639787--28640206	27	15.6	27	89	1	572	26	19	19	34	1.96
28640164--28640585	27	15.6	27	81	1	380	31	9	20	39	1.83
28642516--28642643	6	20.8	6	73	16	102	48	16	16	18	1.82
28642516--28642643	19	6.9	18	72	16	102	48	16	16	18	1.82
28642525--28642666	31	4.5	31	90	0	203	50	14	16	19	1.78
28642528--28642605	25	3.2	24	82	12	79	50	16	15	17	1.79
28642500--28642666	62	2.7	62	85	3	203	50	14	15	19	1.77
28642803--28642876	26	2.8	26	87	2	85	36	21	22	18	1.95
28643035--28643099	22	3.0	22	77	8	69	33	23	21	21	1.97
28643554--28644098	27	20.2	28	87	3	682	24	20	20	34	1.97
28643525--28644098	54	10.6	54	88	0	756	24	20	20	33	1.97
28643544--28644098	81	6.9	81	89	1	799	24	20	20	34	1.97
28644136--28644229	26	3.7	25	75	13	77	27	10	23	38	1.88
28644135--28644471	27	12.7	27	78	5	294	31	8	19	40	1.83
28644213--28644471	54	4.8	54	85	3	328	31	7	19	41	1.80
28644670--28644708	20	2.0	20	94	0	69	12	41	15	30	1.85
28644672--28644716	20	2.2	20	84	0	54	8	46	20	24	1.78
28646440--28646536	6	15.8	6	70	16	65	45	14	20	19	1.85
28646449--28646548	31	3.2	31	86	0	137	47	14	20	19	1.83
28646494--28646548	25	2.2	25	83	6	67	47	16	16	20	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28646424--28646551	31	4.2	31	80	3	134	50	14	17	18	1.79
28646696--28646769	27	2.8	26	87	2	94	35	21	25	17	1.95
28646928--28646992	22	3.0	22	80	8	78	33	23	23	20	1.97
28647419--28647802	27	14.3	27	85	0	455	26	20	19	34	1.96
28647786--28648025	27	8.9	27	79	7	80	31	7	20	39	1.82
28647851--28647996	54	2.7	54	80	8	129	30	8	20	41	1.81
28647920--28648154	27	8.7	27	87	0	335	31	8	20	40	1.82
28649397--28649471	39	1.9	39	83	0	96	32	6	21	40	1.79
28651541--28651649	37	2.9	37	93	2	175	25	31	19	23	1.98
28651796--28652440	48	13.1	48	91	3	941	31	25	6	36	1.81
28651799--28652440	248	2.6	245	92	2	1036	31	25	6	36	1.81
28651796--28652436	200	3.2	197	89	4	974	31	25	6	36	1.81
28667086--28667134	23	2.1	23	96	0	89	38	10	14	36	1.80
28672033--28672119	28	3.1	29	79	11	92	35	21	21	20	1.96
28672226--28672290	28	2.3	28	91	0	103	32	7	27	32	1.85
28679279--28679317	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
28679755--28679842	28	3.1	29	79	10	94	35	21	22	20	1.96
28679948--28680012	28	2.3	28	91	0	103	32	7	27	32	1.85
28684544--28684615	38	1.9	37	94	2	126	34	29	11	25	1.90
28685159--28685247	24	3.7	24	92	0	133	33	3	37	25	1.73
28685156--28685256	24	4.2	24	89	0	112	35	2	37	23	1.70
28686663--28686767	27	3.9	26	83	7	129	17	23	21	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28686664--28686774	54	2.1	54	87	3	161	17	21	22	38	1.93
28689976--28690023	24	2.0	24	84	8	62	43	18	2	35	1.62
28700021--28700105	44	1.9	44	90	0	134	30	29	18	21	1.97
28700549--28700605	28	2.0	28	100	0	114	50	14	14	21	1.76
28706358--28706497	37	3.8	37	94	0	235	25	30	19	24	1.98
28706667--28706930	48	5.5	48	96	0	483	29	29	7	32	1.86
28719098--28719205	56	1.9	56	84	3	146	37	23	9	30	1.86
28723267--28723308	20	2.1	20	86	8	59	52	4	4	38	1.44
28726351--28726401	26	2.0	26	81	11	61	25	21	19	33	1.97
28730688--28730770	43	1.9	43	82	0	103	31	21	18	28	1.97
28737309--28737476	58	2.9	58	82	7	223	52	2	0	43	1.20
28746108--28746257	67	2.2	67	81	8	171	32	17	29	21	1.96
28746132--28746303	67	2.7	64	76	7	186	28	17	30	23	1.97
28749280--28749455	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
28749277--28749448	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
28756849--28757024	46	3.8	46	79	12	216	20	21	29	28	1.98
28756846--28757017	93	1.8	93	96	0	317	20	21	29	27	1.98
28760899--28760981	41	2.0	41	97	0	157	34	8	19	37	1.82
28778572--28778955	27	14.2	27	79	5	285	39	20	8	31	1.83
28778959--28779117	27	5.9	27	88	1	212	34	18	20	25	1.96
28778951--28779115	53	3.1	53	89	3	242	35	16	20	27	1.95
28778951--28779115	54	3.1	54	90	1	244	35	16	20	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28779320--28779389	25	2.8	25	88	0	95	30	25	20	24	1.99
28782271--28782319	23	2.1	23	96	0	89	28	28	26	16	1.97
28782276--28782327	23	2.3	23	86	0	68	28	23	26	21	1.99
28785378--28785422	20	2.2	20	88	0	63	48	2	13	35	1.54
28797706--28797742	18	2.1	18	90	5	58	40	24	0	35	1.55
28800028--28800344	48	6.8	46	83	7	288	23	29	20	26	1.99
28800076--28800335	45	5.7	43	78	11	234	24	28	20	26	1.99
28802136--28802311	94	1.9	94	95	0	316	39	20	11	28	1.88
28802227--28802362	69	2.0	70	91	1	220	38	19	11	30	1.88
28811896--28812006	58	1.9	58	89	7	172	31	20	18	29	1.96
28818546--28818631	45	1.9	45	87	0	127	24	15	26	33	1.95
28818641--28818699	27	2.2	27	84	0	73	23	18	33	23	1.97
28819552--28819618	30	2.2	30	100	0	134	20	32	28	17	1.96
28824980--28825019	19	2.1	19	100	0	80	40	10	20	30	1.85
28837400--28837474	38	2.0	38	91	0	123	33	25	9	32	1.88
28837405--28837621	95	2.4	85	78	14	254	32	23	12	31	1.92
28837453--28837670	47	4.6	48	87	3	300	32	22	13	30	1.93
28837452--28837663	95	2.2	94	95	0	379	32	22	13	31	1.93
28843220--28843433	38	5.2	38	73	17	176	31	24	13	30	1.94
28843196--28843528	85	3.8	85	86	8	454	31	24	13	30	1.94
28843265--28843567	47	6.6	46	83	7	361	31	23	14	31	1.94
28843350--28843567	48	4.6	47	89	1	337	31	22	15	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28843345--28843567	95	2.3	95	96	0	419	30	22	15	30	1.95
28844122--28844168	14	3.4	14	75	0	58	27	4	12	55	1.56
28844114--28844169	28	2.0	28	100	0	112	25	3	17	53	1.60
28844979--28845018	19	2.1	19	95	0	71	30	25	0	45	1.54
28844979--28845018	10	4.2	10	84	9	57	30	25	0	45	1.54
28847192--28847279	28	3.1	28	77	4	97	32	2	2	62	1.20
28847209--28847303	27	3.5	26	78	8	75	27	4	3	65	1.26
28847257--28847297	18	2.3	18	87	8	57	24	7	2	65	1.30
28847402--28847577	87	2.0	87	81	6	205	33	7	15	43	1.75
28848687--28848818	55	2.4	55	85	7	169	53	3	0	42	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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