genome.fa.s12.2.7.7.80.10.50.1000.247.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A12
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102106374

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82758612--82758669	29	1.9	28	83	13	71	63	10	5	20	1.44
82759598--82759728	33	4.0	33	89	0	190	19	23	16	41	1.90
82764844--82764904	30	2.1	29	96	3	113	24	16	22	36	1.94
82768710--82768761	14	3.7	14	82	5	52	40	3	15	40	1.65
82775717--82775769	25	2.2	24	86	3	70	18	16	22	41	1.90
82777497--82777534	19	2.0	20	84	5	51	36	21	5	36	1.76
82786293--82786337	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
82790064--82790108	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
82801701--82801797	39	2.6	38	75	15	101	27	13	16	42	1.86
82804369--82804475	15	7.4	15	65	24	52	29	4	6	58	1.43
82804435--82804475	16	2.7	14	82	17	55	29	4	9	56	1.53
82804357--82804459	3	33.7	3	70	11	57	32	4	4	58	1.40
82804475--82804527	18	2.8	18	75	18	54	35	0	11	52	1.37
82804695--82804759	22	3.0	21	76	17	69	33	3	6	56	1.39
82804941--82804986	18	2.5	18	80	16	58	28	10	0	60	1.30
82808915--82808974	22	3.1	19	78	17	61	70	1	8	20	1.22
82813818--82813964	73	2.0	73	89	0	222	37	12	12	36	1.82
82817304--82817420	27	4.3	27	78	7	112	32	7	3	56	1.44
82819649--82819694	19	2.4	19	85	7	58	19	21	15	43	1.87
82821655--82821934	41	6.8	41	90	5	381	27	20	24	28	1.99
82829322--82829600	41	6.8	41	90	5	381	27	20	24	28	1.99
82834715--82835297	177	3.3	175	86	2	828	31	20	22	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82835390--82835525	44	3.1	44	67	16	109	31	20	26	21	1.98
82835248--82835657	88	4.7	88	86	3	499	33	21	22	22	1.97
82837218--82837334	27	4.3	27	78	7	112	32	7	3	56	1.44
82839368--82839419	20	2.7	18	78	21	52	71	3	3	21	1.18
82843585--82843612	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
82848645--82848678	17	2.0	17	88	0	50	58	0	0	41	0.98
82852861--82852908	19	2.5	19	93	0	87	62	10	2	25	1.38
82852898--82852934	19	2.0	19	89	5	58	56	8	0	35	1.29
82854465--82854516	26	2.0	26	100	0	104	11	30	7	50	1.67
82855602--82855651	26	2.0	24	88	7	73	64	6	0	30	1.18
82861407--82861499	25	3.6	25	76	9	89	59	5	3	32	1.36
82861470--82861608	73	1.9	75	82	7	176	58	5	3	33	1.37
82861550--82861638	37	2.5	35	78	10	90	64	4	2	29	1.25
82861543--82861638	35	2.8	33	75	16	86	64	4	2	29	1.23
82861530--82861623	18	5.6	16	72	19	50	61	3	2	32	1.23
82861649--82861675	13	2.1	13	100	0	54	85	0	0	14	0.61
82861867--82861897	3	10.7	3	93	6	55	64	0	0	35	0.94
82862123--82862179	16	3.6	16	90	6	82	63	5	3	28	1.33
82861868--82862180	143	2.2	138	78	13	321	57	6	4	31	1.44
82862121--82862240	3	39.0	3	68	17	59	60	5	4	30	1.39
82862889--82862931	22	1.9	22	85	4	59	69	6	9	13	1.35
82863478--82863525	25	1.9	25	82	0	60	29	10	29	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82863844--82863888	21	2.1	21	91	0	72	22	28	15	33	1.95
82864381--82864416	14	2.6	14	100	0	72	50	5	19	25	1.69
82864082--82864816	176	4.2	173	86	5	899	34	19	17	28	1.95
82864082--82864742	89	7.5	89	87	2	863	34	19	17	28	1.95
82864557--82864592	14	2.6	14	95	0	63	52	5	16	25	1.65
82864082--82864816	265	2.8	262	86	5	1007	34	19	17	28	1.95
82864646--82864681	14	2.6	14	90	0	54	55	2	19	22	1.56
82864659--82864829	75	2.3	75	91	4	276	38	19	16	26	1.92
82876900--82876967	27	2.5	29	75	18	74	48	7	7	36	1.59
82877262--82877350	24	3.7	23	73	13	72	59	5	3	31	1.37
82877398--82877472	16	4.9	15	73	19	57	64	4	2	29	1.26
82877375--82877457	23	3.6	21	69	24	60	62	4	1	31	1.23
82877398--82877472	32	2.4	31	82	8	91	64	4	2	29	1.26
82877502--82877537	6	5.7	6	90	9	54	86	0	0	13	0.58
82877502--82877541	7	6.0	7	94	5	66	85	0	0	15	0.61
82877502--82877541	13	3.1	13	86	13	64	85	0	0	15	0.61
82877980--82878036	16	3.6	16	90	6	82	63	5	3	28	1.33
82877978--82878097	3	39.0	3	70	17	68	60	5	4	30	1.37
82882445--82882469	13	1.9	13	100	0	50	36	0	0	64	0.94
82882495--82882528	17	2.0	17	88	11	52	55	0	0	44	0.99
82888643--82888696	10	5.5	10	77	16	51	64	1	3	29	1.21
82890603--82890633	3	10.3	3	100	0	62	32	35	0	32	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82891324--82891480	78	2.0	78	100	0	314	39	7	5	47	1.54
82895278--82895365	22	4.0	22	80	4	97	20	23	18	37	1.94
82895543--82895577	16	2.2	16	89	0	52	40	8	11	40	1.72
82896908--82897015	45	2.4	45	92	1	180	41	21	18	18	1.90
82896912--82897042	45	3.2	39	79	15	131	39	21	19	19	1.92
82897217--82897304	40	2.2	40	84	9	110	37	18	7	36	1.80
82898025--82898050	11	2.4	11	100	0	52	0	42	7	50	1.31
82900951--82900981	12	2.6	12	94	0	53	0	25	0	74	0.82
82908550--82908580	12	2.6	12	94	0	53	0	25	0	74	0.82
82912710--82912846	35	3.7	39	77	12	121	32	23	12	31	1.92
82914611--82914649	20	1.9	21	84	5	53	33	5	25	35	1.78
82917245--82917289	23	2.0	22	83	12	56	53	0	13	33	1.40
82923043--82923812	256	3.0	256	95	0	1378	33	10	21	34	1.88
82925449--82925488	20	2.0	20	95	0	71	45	12	30	12	1.79
82933883--82933946	23	2.8	23	81	11	71	15	23	23	37	1.93
82933908--82933962	22	2.5	22	84	3	65	18	25	20	36	1.94
82938749--82938784	4	9.0	4	87	0	54	25	2	0	72	0.98
82945121--82945903	176	4.4	176	89	0	1147	30	23	18	28	1.97
82945719--82945812	43	2.2	44	83	9	113	31	23	17	27	1.96
82957058--82957108	22	2.5	20	81	9	57	49	3	3	43	1.39
82959468--82959523	6	8.7	6	83	11	58	75	3	3	17	1.10
82960772--82960830	17	3.5	17	67	4	57	59	13	6	20	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82960768--82960831	33	1.9	33	96	0	119	57	12	6	23	1.57
82965139--82965163	12	2.1	12	100	0	50	40	8	8	44	1.63
82967098--82967142	20	2.2	20	92	0	72	33	6	26	33	1.83
82984172--82984341	46	3.7	46	80	7	191	28	18	28	24	1.98
82985670--82985767	44	2.2	44	85	0	124	34	18	19	27	1.95
82987458--82987492	4	8.8	4	87	0	52	28	0	0	71	0.86
82987458--82987492	12	2.9	12	95	0	61	28	0	0	71	0.86
82989721--82989773	27	2.0	27	96	0	97	32	13	26	28	1.93
82991584--82991674	42	2.2	42	95	0	164	9	23	17	49	1.76
82996401--82996450	6	8.5	6	91	4	84	16	2	0	82	0.77
83001922--83002048	67	1.9	67	91	0	209	29	29	17	22	1.97
83006615--83006750	40	3.5	39	68	12	100	27	16	22	33	1.96
83006842--83006949	53	2.0	53	91	3	173	43	1	24	30	1.65
83007001--83007056	16	3.6	16	76	11	62	33	1	25	39	1.66
83007365--83007429	31	2.1	31	94	0	112	35	6	20	38	1.77
83007804--83007851	22	2.2	22	88	7	71	52	6	4	37	1.46
83018461--83018491	16	1.9	16	93	0	53	45	19	0	35	1.51
83027994--83028045	24	2.2	24	85	0	68	26	3	5	63	1.34
83028007--83028064	24	2.3	24	82	5	71	32	6	3	56	1.42
83028084--83028135	22	2.2	24	83	6	63	28	1	7	61	1.34
83035877--83035933	10	5.5	10	74	15	53	33	26	1	38	1.67
83035878--83035933	22	2.7	20	76	15	60	33	26	1	37	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83036090--83036182	49	1.9	49	91	2	152	31	7	3	58	1.42
83037075--83037115	7	5.7	7	88	5	64	29	0	12	58	1.34
83037583--83037651	30	2.3	30	82	7	86	27	37	18	15	1.92
83038160--83038296	54	2.5	55	90	3	213	38	2	8	49	1.49
83041384--83041711	126	2.6	126	79	8	332	28	17	15	38	1.91
83041376--83041742	126	2.9	121	74	13	323	28	17	14	39	1.89
83041862--83041904	12	3.6	12	78	12	52	41	0	0	58	0.98
83041927--83041972	16	2.6	17	86	10	58	52	32	0	15	1.43
83047187--83047214	13	2.2	13	100	0	56	64	0	14	21	1.29
83048080--83048144	25	2.6	25	78	2	69	23	26	16	33	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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