genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.155.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49138461--49138507	20	2.2	20	85	7	58	34	4	6	55	1.45
49139926--49140054	62	2.1	62	80	4	143	25	25	22	26	2.00
49141407--49141451	22	2.0	22	100	0	90	35	0	4	60	1.17
49143820--49143941	43	2.9	42	85	2	163	28	16	25	29	1.97
49145720--49145774	28	1.9	29	88	3	85	20	38	21	20	1.94
49152550--49152804	55	4.8	54	79	9	242	36	16	24	22	1.94
49152667--49152804	49	2.7	50	86	6	172	36	17	23	22	1.94
49152996--49153026	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
49154754--49154862	42	2.6	42	83	0	137	17	33	25	23	1.96
49156426--49156465	19	2.2	18	86	4	53	40	2	0	57	1.12
49156826--49156867	21	2.0	21	86	9	59	40	2	0	57	1.12
49157572--49157617	22	2.2	20	85	14	58	58	2	2	36	1.22
49158056--49158095	18	2.2	18	86	8	55	27	27	2	42	1.68
49160195--49160232	20	1.9	20	94	0	67	18	15	31	34	1.92
49163047--49163105	28	2.1	28	93	0	100	40	10	10	38	1.73
49167209--49167255	21	2.4	19	82	10	58	46	23	2	27	1.63
49170991--49171036	13	3.4	14	76	8	51	50	0	4	45	1.21
49179027--49179063	4	9.2	4	100	0	74	24	0	0	75	0.80
49181213--49181274	29	2.1	29	90	0	97	37	3	14	45	1.61
49181978--49182148	35	4.9	35	75	9	127	42	18	17	21	1.89
49181979--49182123	70	2.1	70	83	7	179	42	18	17	21	1.89
49181986--49182148	70	2.3	70	79	10	172	41	19	17	22	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49183019--49183052	15	2.3	15	94	0	59	58	5	14	20	1.57
49183047--49183094	16	3.0	16	90	0	78	64	4	4	27	1.30
49195502--49195695	50	3.9	49	77	8	169	28	28	17	25	1.97
49199038--49199065	12	2.3	12	100	0	56	32	7	10	50	1.64
49209912--49209952	20	2.0	21	85	4	57	26	7	12	53	1.64
49216907--49216938	13	2.4	13	94	5	55	50	9	15	25	1.74
49218683--49219085	140	2.9	140	88	0	590	31	22	20	25	1.98
49219409--49219479	23	2.8	24	83	10	72	30	0	5	63	1.17
49219952--49219976	13	1.9	13	100	0	50	0	8	4	88	0.64
49219941--49219983	14	3.1	14	83	6	52	0	13	2	83	0.74
49223307--49223371	3	21.7	3	100	0	130	32	0	0	67	0.91
49227621--49227662	22	1.9	22	85	9	59	38	0	0	61	0.96
49231361--49231396	11	3.2	11	92	4	54	8	11	11	69	1.37
49233036--49233122	45	1.9	45	90	0	138	24	14	25	35	1.94
49242084--49242130	20	2.4	20	89	3	69	19	8	2	70	1.24
49247260--49247296	18	2.1	18	100	0	74	45	27	0	27	1.54
49247979--49248008	15	1.9	16	93	6	53	6	6	33	53	1.53
49251513--49251691	37	4.8	37	92	0	295	24	31	19	24	1.98
49251897--49252116	47	4.7	47	94	0	386	26	28	12	32	1.92
49256165--49256375	39	5.4	40	85	8	258	25	26	21	27	1.99
49256165--49256330	79	2.1	77	86	7	228	25	27	21	26	1.99
49257059--49257101	22	1.9	23	85	4	61	53	13	4	27	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49257625--49257831	36	5.8	37	87	7	254	25	30	19	25	1.98
49257626--49257831	104	1.9	108	87	5	305	24	30	19	25	1.98
49257980--49258114	48	2.8	48	94	3	227	31	28	6	33	1.83
49258083--49258480	182	2.2	183	91	4	660	26	27	12	32	1.93
49258290--49258360	23	3.1	23	64	28	60	28	26	11	33	1.91
49258083--49258480	47	8.7	47	92	5	647	26	27	12	32	1.93
49266658--49266759	33	3.1	32	81	2	105	33	13	22	30	1.93
49267258--49267335	27	3.0	27	92	3	124	71	21	2	3	1.14
49267258--49267335	26	3.0	26	88	5	113	71	21	2	3	1.14
49269836--49269870	12	3.0	12	95	4	63	25	25	5	42	1.77
49278220--49278385	72	2.3	71	88	4	244	23	13	20	42	1.88
49278363--49278396	13	2.5	13	90	4	50	23	11	8	55	1.63
49278501--49278525	13	1.9	13	100	0	50	24	12	0	64	1.27
49278318--49278945	140	4.5	140	96	1	1114	25	16	20	37	1.93
49278643--49278676	13	2.5	13	90	4	50	20	11	8	58	1.59
49278973--49279068	49	2.0	49	95	0	174	31	15	20	32	1.94
49279022--49279982	72	13.2	72	85	5	1164	31	16	19	32	1.94
49279022--49279982	221	4.4	218	86	4	1299	31	16	19	32	1.94
49279025--49279987	293	3.3	292	86	3	1302	31	16	19	32	1.94
49279025--49280025	361	2.8	356	83	5	983	31	16	19	32	1.94
49280842--49280908	32	2.0	34	88	11	102	71	19	5	2	1.20
49280868--49280927	28	2.2	28	93	3	104	63	28	5	3	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49280868--49280935	29	2.4	28	90	4	93	63	27	5	2	1.32
49285068--49285178	39	2.8	39	84	0	150	22	20	30	26	1.98
49293322--49293432	37	2.9	37	82	6	141	33	9	11	45	1.72
49293322--49293448	39	3.3	39	81	8	145	33	8	11	46	1.71
49295190--49295499	162	1.9	162	88	0	467	24	18	18	38	1.93
49295580--49295632	25	2.1	26	85	3	72	37	13	7	41	1.72
49295743--49295800	16	3.6	16	72	11	55	51	1	3	43	1.28
49312862--49312903	19	2.2	20	86	4	59	50	4	0	45	1.23
49312957--49313028	35	2.1	35	91	0	117	29	12	11	47	1.76
49313191--49313283	21	4.7	20	80	7	82	46	8	10	34	1.69
49313191--49313291	20	5.1	19	77	11	87	48	7	9	33	1.66
49313191--49313283	40	2.3	41	80	7	111	46	8	10	34	1.69
49313302--49313489	103	1.8	103	82	4	245	32	14	12	40	1.84
49328801--49328989	95	2.0	95	89	0	288	23	12	22	42	1.87
49332637--49332848	49	4.6	46	79	11	161	29	26	14	29	1.95
49332678--49332848	47	3.6	48	82	7	181	30	27	14	27	1.95
49332870--49333018	31	4.8	31	86	3	201	25	26	20	27	1.99
49332995--49333122	50	2.5	51	87	2	186	27	23	14	35	1.93
49341334--49341375	13	3.2	13	90	6	50	71	4	0	23	1.05
49341856--49342063	115	1.8	114	91	1	344	30	20	9	39	1.85
49345824--49346010	96	1.9	96	92	2	313	24	27	18	29	1.98
49345827--49346010	48	3.8	48	82	5	228	24	26	19	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49347043--49347170	32	4.0	32	88	0	193	44	8	10	35	1.70
49349818--49349857	20	2.1	19	95	4	71	22	12	5	60	1.52
49349934--49349982	5	9.8	5	95	0	89	42	0	18	38	1.50
49351825--49351913	29	2.8	31	80	19	112	41	21	14	22	1.89
49352083--49352189	35	3.1	35	94	0	187	21	25	17	35	1.95
49359941--49359971	13	2.4	13	94	0	53	25	19	12	41	1.87
49364257--49364299	21	2.0	21	86	0	59	23	13	30	32	1.93
49368991--49369033	19	2.2	19	84	12	52	55	9	4	30	1.52
49369416--49369441	4	6.5	4	100	0	52	0	23	0	76	0.78
49371520--49371567	7	6.9	7	86	9	71	25	0	2	72	0.95
49376770--49376954	33	5.5	33	72	6	113	28	24	14	32	1.94
49376759--49376986	101	2.3	100	86	0	312	28	25	14	31	1.95
49379468--49379578	40	2.8	39	82	5	116	25	21	28	24	1.99
49384942--49384976	12	2.9	12	95	0	61	34	25	40	0	1.56
49384966--49385021	28	2.0	29	89	3	87	21	17	41	19	1.91
49392230--49392270	14	3.1	14	83	13	52	53	0	0	46	1.00
49392394--49392445	9	5.9	9	72	4	52	50	0	5	44	1.26
49392389--49392426	17	2.2	17	95	0	67	50	0	7	42	1.31
49393785--49393838	27	2.0	27	92	0	90	40	11	12	35	1.79
49395737--49395809	24	3.0	24	79	4	83	28	31	15	24	1.95
49398343--49398500	33	4.8	32	72	10	104	27	24	15	32	1.95
49398424--49398570	68	2.2	69	80	6	165	29	23	14	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49398384--49398534	33	4.5	34	70	11	96	28	25	15	30	1.96
49402090--49402128	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
49402582--49402671	27	3.2	27	82	7	110	33	23	23	20	1.97
49403059--49403089	16	2.0	15	93	6	53	6	22	25	45	1.76
49410379--49410467	26	3.2	26	82	10	99	31	23	24	20	1.98
49413641--49414019	47	8.1	47	91	0	544	34	11	28	25	1.90
49413808--49413929	22	5.3	22	64	24	72	31	12	29	26	1.92
49413855--49413976	22	5.3	22	64	24	54	34	11	27	26	1.91
49413993--49414175	46	4.0	46	91	0	276	34	8	31	25	1.86
49425216--49425249	12	2.8	12	90	0	50	35	23	38	2	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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