genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.267.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85301698--85301909	79	2.7	80	81	10	247	25	20	27	26	1.99
85305739--85305913	44	3.9	44	81	10	217	28	29	20	21	1.98
85305747--85305915	93	1.8	91	93	2	293	27	29	21	21	1.98
85313336--85313432	30	3.2	30	72	2	88	28	15	25	29	1.96
85315542--85315625	30	2.8	29	82	13	107	14	22	0	63	1.31
85315628--85315658	12	2.6	12	100	0	62	25	16	12	45	1.83
85315706--85315762	5	11.0	5	75	20	55	3	17	1	77	1.00
85315706--85315762	16	3.7	14	82	15	60	3	17	1	77	1.00
85315706--85315773	21	3.2	21	76	15	61	2	17	2	76	1.04
85316679--85316721	12	3.8	12	84	9	54	16	4	6	72	1.24
85316690--85316720	12	2.6	12	100	0	62	12	6	6	74	1.21
85318390--85318489	30	3.3	30	77	2	112	30	15	27	28	1.96
85319594--85319625	4	8.0	4	100	0	64	75	0	0	25	0.81
85323318--85323381	30	2.2	29	88	8	94	25	15	23	35	1.94
85323972--85324023	25	2.0	26	92	3	88	32	5	17	44	1.72
85323975--85324032	25	2.3	25	85	5	73	32	6	18	41	1.78
85324185--85325128	480	2.0	480	92	1	1597	26	18	25	29	1.98
85328293--85328477	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
85328294--85328477	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
85328346--85328510	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
85340219--85340530	47	6.6	49	71	13	192	23	29	19	27	1.98
85347551--85347608	29	2.0	29	86	0	80	36	17	10	36	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85351217--85351335	60	2.0	60	98	0	229	31	7	21	39	1.81
85353585--85353727	40	3.5	40	85	8	191	26	27	21	23	1.99
85363088--85363263	46	3.8	46	73	15	173	20	19	28	31	1.97
85363085--85363256	93	1.8	93	91	0	281	20	20	28	30	1.98
85372159--85372287	47	2.7	47	77	8	145	29	19	27	23	1.98
85372350--85372477	49	2.6	49	85	7	179	32	19	25	23	1.98
85374485--85374654	43	4.0	42	81	9	177	25	15	25	32	1.96
85395828--85395966	28	5.0	28	85	2	163	28	14	30	26	1.95
85399215--85399288	28	2.6	28	80	0	85	22	24	18	33	1.97
85399300--85399385	40	2.2	39	85	2	109	29	27	17	25	1.97
85407562--85407737	46	3.8	46	79	14	209	20	20	29	29	1.98
85407559--85407730	93	1.8	93	95	2	310	20	20	29	28	1.98
85410115--85410456	47	7.1	47	85	3	459	31	9	30	28	1.88
85410115--85410445	49	6.9	49	87	3	467	30	9	31	28	1.89
85410121--85410456	96	3.5	96	95	0	546	30	9	31	28	1.89
85412481--85412515	15	2.3	15	95	0	61	28	14	34	22	1.93
85412491--85412594	43	2.4	43	95	0	181	23	13	35	27	1.92
85412576--85412649	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
85412960--85413220	40	6.5	40	81	3	278	24	22	27	25	2.00
85416750--85417180	47	9.1	47	92	2	693	31	9	30	28	1.88
85416750--85417180	140	3.0	141	92	2	693	31	9	30	28	1.88
85416752--85417180	187	2.3	189	92	2	700	31	9	30	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85425957--85426132	46	3.8	46	79	12	200	20	21	28	30	1.98
85425954--85426125	93	1.8	93	91	4	285	20	21	28	29	1.98
85432841--85432923	41	2.0	41	97	0	157	34	16	6	42	1.73
85434888--85435059	46	3.7	45	76	11	170	29	26	21	23	1.99
85434893--85435064	93	1.8	93	91	0	281	28	27	21	22	1.99
85434886--85435079	46	4.2	47	72	13	161	29	27	20	22	1.99
85435486--85435545	30	2.0	30	90	0	93	30	25	8	36	1.85
85436577--85436736	46	3.5	46	78	12	159	26	18	30	24	1.98
85442555--85442658	29	3.6	29	80	6	113	26	27	17	27	1.98
85442886--85442936	8	6.4	8	77	8	50	9	21	17	50	1.74
85444046--85444102	26	2.2	26	100	0	114	31	7	26	35	1.83
85446616--85446870	39	6.5	39	91	1	395	18	21	29	29	1.97
85446583--85446870	117	2.5	116	86	5	393	19	22	29	28	1.98
85453612--85453784	46	3.7	46	79	10	199	21	19	27	30	1.98
85453609--85453779	93	1.8	93	91	0	279	21	19	28	29	1.98
85454008--85454045	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
85455573--85455597	13	1.9	13	100	0	50	56	8	4	32	1.47
85455873--85456125	39	6.5	39	88	3	357	19	21	29	30	1.97
85458813--85458947	27	5.0	27	79	12	152	20	23	20	35	1.96
85458813--85458947	54	2.5	54	93	4	229	20	23	20	35	1.96
85458813--85458968	81	1.9	80	79	8	174	21	23	19	35	1.96
85464232--85464262	15	2.1	15	100	0	62	41	12	12	32	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85464247--85464338	26	3.5	26	96	0	175	31	7	25	35	1.84
85465933--85466073	27	5.2	27	81	11	164	19	24	21	34	1.97
85465929--85466069	54	2.6	54	90	2	221	19	25	19	34	1.96
85465933--85466091	27	5.9	26	83	7	131	20	25	20	33	1.97
85465936--85466091	81	1.9	80	82	8	192	21	25	19	33	1.97
85467335--85467383	16	3.1	16	93	0	89	14	6	30	48	1.67
85472402--85472455	28	1.9	28	100	0	108	55	11	3	29	1.52
85475566--85475680	29	4.0	29	81	10	121	28	29	14	26	1.95
85477017--85477050	8	4.1	8	88	3	50	14	0	26	58	1.36
85477017--85477058	16	2.6	16	88	0	66	16	2	26	54	1.54
85482498--85482706	46	4.5	46	75	15	152	29	17	26	26	1.98
85483833--85483870	20	1.9	20	88	0	58	15	34	28	21	1.94
85486020--85486176	45	3.5	45	82	8	185	35	26	15	22	1.94
85487540--85487575	19	1.9	19	88	5	56	44	0	11	44	1.39
85487979--85488160	66	2.8	64	79	7	208	30	15	30	23	1.96
85493396--85493463	33	2.1	33	97	0	127	42	26	8	22	1.82
85494553--85494737	40	4.7	39	88	5	223	23	22	28	25	2.00
85494594--85494737	40	3.6	39	93	1	225	23	23	27	25	2.00
85494550--85494760	40	5.3	40	80	11	211	24	22	27	25	2.00
85494550--85494760	79	2.7	80	81	8	279	24	22	27	25	2.00
85501654--85501913	40	6.5	39	88	3	319	24	22	26	26	2.00
85501654--85501946	40	7.4	40	84	6	133	24	22	26	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85527703--85527858	43	3.6	42	70	14	113	25	19	23	32	1.98
85534942--85535064	28	4.4	28	88	2	167	26	12	27	33	1.92
85534942--85535064	55	2.2	57	86	2	169	26	12	27	33	1.92
85534967--85535077	28	4.0	27	88	3	89	29	11	25	33	1.91
85538213--85538329	27	4.3	27	73	8	85	25	19	18	35	1.95
85540155--85540204	25	2.0	25	92	0	82	30	32	22	16	1.95
85547710--85547860	71	2.1	72	90	2	234	30	29	16	23	1.96
85547780--85548002	104	2.2	103	90	2	349	31	31	18	18	1.95
85548334--85548394	30	2.0	30	83	0	77	32	24	3	39	1.72
85549964--85550128	43	3.9	41	75	12	136	32	27	15	25	1.95
85554403--85554560	51	3.1	51	82	2	142	29	25	17	27	1.98
85554434--85554576	50	2.8	51	83	1	171	30	26	18	24	1.98
85561689--85561745	27	2.1	27	83	6	71	33	22	17	26	1.96
85563913--85564076	40	4.1	40	84	3	222	22	21	28	27	1.99
85564317--85564358	22	1.9	22	85	9	59	33	9	14	42	1.78
85566293--85566581	48	5.8	47	82	9	292	26	18	29	25	1.98
85566395--85566506	56	2.0	56	89	0	170	26	17	27	27	1.98
85566347--85566554	104	2.0	104	87	3	303	25	17	29	27	1.98
85566298--85566581	152	1.9	153	86	0	408	26	18	29	25	1.98
85566451--85566597	48	3.1	48	89	3	172	23	17	32	25	1.97
85568174--85568215	21	2.0	21	95	0	75	35	9	21	33	1.86
85583510--85583598	30	3.0	30	79	11	94	56	15	16	11	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85583521--85583598	15	5.2	15	71	11	70	55	15	16	12	1.70
85590804--85590915	43	2.6	44	83	8	142	30	25	18	25	1.98
85592106--85592130	13	1.9	13	100	0	50	16	24	48	12	1.79
85594453--85594539	28	3.1	28	79	9	97	28	36	11	22	1.89
85594465--85594546	29	2.9	28	78	3	92	29	35	9	25	1.88
85594764--85594802	16	2.4	16	87	8	53	15	25	10	48	1.76
85596603--85596677	28	2.6	29	87	6	109	21	16	34	28	1.94
85600348--85600519	40	4.3	40	94	2	294	26	26	22	23	2.00
85608401--85608611	40	5.3	40	92	2	338	27	25	22	25	2.00
85608401--85608611	79	2.7	80	90	3	338	27	25	22	25	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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