genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.225.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70874437--70874628	100	1.9	100	91	0	312	35	25	10	28	1.90
70875297--70875322	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
70879902--70879968	22	3.0	22	75	2	71	34	13	7	44	1.72
70890755--70890780	2	13.0	2	100	0	52	50	50	0	0	1.00
70890919--70890953	16	2.1	17	89	5	54	34	11	8	45	1.71
70893039--70893072	17	2.0	17	88	0	50	14	0	5	79	0.91
70893643--70893667	10	2.5	10	100	0	50	12	12	20	56	1.67
70905943--70905999	29	1.9	30	89	3	89	33	3	12	50	1.57
70905945--70906008	29	2.2	29	83	8	76	34	4	10	50	1.59
70906184--70906252	29	2.3	31	82	5	88	40	13	10	36	1.78
70905951--70906554	310	2.0	309	85	1	834	39	10	9	40	1.72
70911449--70911505	30	1.9	30	82	3	71	21	29	28	21	1.98
70927032--70927200	47	3.6	47	93	0	275	37	13	23	25	1.92
70927187--70927375	55	3.5	55	81	6	192	35	17	24	22	1.95
70927180--70927375	54	3.6	53	80	6	198	36	17	24	21	1.95
70927187--70927397	108	2.0	109	83	3	275	37	16	24	21	1.93
70938058--70938114	20	2.8	20	92	5	89	33	14	19	33	1.91
70938164--70938241	24	3.2	24	87	5	113	29	20	20	29	1.98
70938163--70938258	49	1.9	50	82	14	119	27	23	20	28	1.99
70938852--70938886	18	1.9	18	88	0	52	34	25	8	31	1.86
70945884--70945931	25	1.9	25	86	0	69	35	22	14	27	1.93
70945977--70946033	20	2.8	20	94	0	96	36	12	19	31	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70946083--70946217	26	5.3	26	92	5	208	28	19	22	29	1.98
70946823--70946857	18	1.9	18	88	0	52	34	25	8	31	1.86
70950531--70950568	19	2.0	19	94	0	67	26	28	7	36	1.84
70952832--70953095	40	6.7	40	85	6	295	26	28	20	24	1.99
70952834--70953095	119	2.2	119	81	5	298	26	27	20	24	1.99
70952832--70953095	79	3.3	81	83	5	256	26	28	20	24	1.99
70964412--70964612	40	5.0	40	92	2	298	25	28	23	21	1.99
70968687--70968819	43	3.1	42	71	10	108	28	24	18	28	1.98
70968703--70968822	43	2.8	41	75	13	109	27	26	20	25	1.99
70975576--70975636	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
70978586--70978685	10	9.2	11	69	14	64	42	22	1	35	1.60
70978582--70978690	54	2.0	54	98	0	209	43	22	0	33	1.60
70989815--70989906	42	2.2	42	86	0	121	35	21	13	29	1.91
70990051--70990173	26	4.8	26	90	1	178	27	22	22	26	1.99
70990051--70990173	52	2.4	51	94	2	203	27	22	22	26	1.99
70990975--70991058	27	3.1	27	86	3	116	21	25	21	32	1.98
70991097--70991349	27	9.3	27	76	5	177	31	9	20	39	1.84
70991097--70991334	81	2.9	81	75	6	221	30	9	19	39	1.84
70991327--70991457	27	4.9	27	86	0	181	41	9	19	29	1.82
70991302--70991457	54	2.9	54	88	0	213	40	8	19	31	1.82
70994534--70994564	16	1.9	16	100	0	62	51	29	6	12	1.65
70996059--70996170	29	3.9	29	76	10	113	25	14	31	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71000566--71000677	29	3.9	29	81	5	138	25	15	33	25	1.95
71000558--71000670	58	2.0	57	87	5	165	28	14	31	25	1.94
71003304--71003348	17	2.5	17	85	7	54	20	26	40	13	1.89
71003542--71003779	27	8.9	27	83	2	149	35	21	6	35	1.80
71003548--71003744	54	3.7	54	82	2	218	34	22	7	36	1.81
71003561--71003716	81	1.9	80	89	1	240	30	23	7	39	1.82
71003542--71003771	81	2.9	81	81	1	221	34	21	6	36	1.81
71003705--71003947	54	4.5	54	72	6	186	40	18	9	31	1.82
71003696--71003947	27	9.3	27	76	5	143	40	19	9	31	1.83
71004749--71004835	20	4.3	20	89	2	131	40	11	17	31	1.85
71004885--71005021	26	5.3	26	86	5	183	28	20	23	27	1.99
71005269--71005370	31	3.3	31	92	0	168	33	14	23	28	1.94
71010510--71010568	22	2.6	22	81	2	64	18	11	0	69	1.18
71012039--71012063	9	2.8	9	100	0	50	24	0	36	40	1.55
71020368--71020679	27	11.6	27	85	1	376	39	20	8	31	1.83
71020368--71020749	27	14.2	27	81	5	319	38	20	8	31	1.83
71020772--71021073	27	11.3	27	85	1	383	34	19	20	25	1.96
71021500--71021564	22	3.0	22	77	8	69	20	21	23	35	1.96
71021723--71021818	27	3.6	27	81	7	97	20	20	20	37	1.95
71021961--71022033	32	2.3	32	90	0	110	19	16	12	52	1.75
71022016--71022050	18	1.9	18	88	11	54	22	17	11	48	1.79
71027719--71027758	20	1.9	22	85	10	57	55	2	5	37	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71035280--71035312	16	1.9	18	88	11	52	48	12	15	24	1.78
71041899--71041928	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
71044266--71044419	42	3.6	42	77	3	157	31	23	14	30	1.94
71044638--71044781	72	2.0	72	91	2	236	25	19	11	44	1.83
71045868--71045952	25	3.5	25	80	4	102	31	16	23	28	1.96
71045842--71045968	49	2.6	48	82	2	155	30	19	22	27	1.98
71047505--71047777	78	3.5	78	85	5	374	38	10	15	34	1.83
71050043--71050075	16	1.9	18	88	11	52	48	12	15	24	1.78
71050605--71050821	45	4.9	45	92	2	325	26	29	20	23	1.99
71056945--71056977	16	1.9	18	88	11	52	48	12	15	24	1.78
71064844--71064876	16	1.9	18	88	11	52	48	12	15	24	1.78
71078048--71078237	100	1.9	100	89	4	294	26	10	26	36	1.89
71083350--71083521	93	1.8	93	92	2	292	29	29	20	21	1.98
71083343--71083518	46	3.8	46	77	14	191	30	28	19	21	1.98
71083394--71083537	46	3.1	44	74	15	132	29	27	20	22	1.98
71083573--71083608	17	2.1	17	94	0	63	30	16	19	33	1.94
71083955--71084010	29	1.9	29	88	0	85	30	23	8	37	1.85
71110455--71110505	25	2.0	25	100	0	102	56	11	11	19	1.65
71112932--71112977	23	2.0	23	95	0	83	36	39	6	17	1.76
71117346--71117402	24	2.4	24	87	0	78	47	12	5	35	1.64
71128545--71128649	51	2.1	51	98	0	201	26	3	23	45	1.70
71129953--71130023	31	2.3	32	92	4	119	28	2	25	43	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71130496--71130530	11	3.2	11	83	0	52	31	20	17	31	1.95
71135717--71135752	17	2.1	17	100	0	72	41	5	27	25	1.77
71137569--71137642	35	2.1	35	94	0	130	28	14	13	43	1.84
71148741--71148897	43	3.7	43	76	7	149	30	24	17	26	1.97
71155256--71155473	120	1.8	121	82	4	287	30	17	9	42	1.81
71158014--71158044	16	1.9	16	93	0	53	22	22	16	38	1.92
71158023--71158106	44	1.9	44	95	4	152	21	25	19	34	1.96
71167215--71167250	15	2.5	15	86	4	56	77	2	5	13	1.05
71169412--71169462	26	2.0	26	96	0	93	11	23	35	29	1.90
71169334--71169555	103	2.2	103	90	3	349	18	18	31	31	1.95
71169584--71169635	26	2.0	26	92	0	86	15	21	34	28	1.94
71169475--71169623	71	2.1	70	90	4	230	23	16	28	31	1.96
71176953--71177004	26	2.0	26	96	0	95	13	23	34	28	1.92
71176878--71177095	101	2.2	101	90	5	343	18	17	31	32	1.94
71176980--71177170	67	2.7	69	85	12	248	20	18	30	30	1.96
71177122--71177173	26	2.0	26	96	0	95	13	23	34	28	1.92
71182150--71182188	1	39.0	1	94	0	69	97	2	0	0	0.17
71187481--71187532	27	1.9	27	88	0	77	26	34	23	15	1.94
71187910--71187948	19	2.1	19	85	0	51	61	10	0	28	1.28
71194904--71195044	68	2.0	71	84	9	184	32	25	16	25	1.96
71194975--71195180	103	2.0	99	82	13	242	32	31	18	18	1.95
71197214--71197248	16	2.2	16	85	5	54	11	5	2	80	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71198873--71198906	18	1.9	17	88	5	50	41	0	20	38	1.53
71208811--71208849	19	2.1	19	90	0	60	15	35	25	23	1.94
71211808--71211921	41	2.8	41	93	0	192	17	20	27	35	1.95
71211808--71211943	41	3.3	40	89	4	177	18	20	26	34	1.96
71228187--71228252	32	2.1	32	100	0	132	21	13	30	34	1.92
71231091--71231129	19	2.0	21	85	10	55	48	15	5	30	1.66
71234758--71234953	47	4.1	47	89	2	275	31	9	31	28	1.88
71235072--71235150	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
71239535--71239589	29	1.9	29	88	3	85	32	29	18	20	1.96
71240205--71240244	21	2.0	20	85	5	53	47	27	0	25	1.52

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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