genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.173.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54401676--54401875	55	3.7	53	81	7	224	22	24	18	35	1.96
54401676--54401883	54	3.9	54	81	6	242	22	24	17	35	1.95
54401862--54401977	47	2.5	47	94	0	196	26	25	13	34	1.93
54402279--54402305	12	2.2	12	100	0	54	66	7	0	25	1.17
54407232--54407518	56	5.2	56	82	3	328	33	24	13	28	1.93
54407232--54407518	110	2.6	111	82	3	362	33	24	13	28	1.93
54407479--54407659	43	4.2	43	90	0	263	30	25	16	27	1.96
54412844--54412914	29	2.4	30	81	6	92	46	9	21	22	1.80
54412903--54413073	90	1.9	90	86	2	245	38	11	19	30	1.87
54412894--54413098	30	6.8	30	79	6	164	38	12	20	28	1.89
54412927--54413098	60	2.9	60	82	6	197	37	12	22	27	1.90
54417915--54417993	37	2.1	37	85	0	104	26	31	18	22	1.97
54418111--54418640	95	5.5	96	95	3	838	29	30	9	31	1.88
54418111--54418640	47	11.1	49	91	3	852	29	30	9	31	1.88
54421914--54422028	40	2.9	40	84	0	140	25	30	21	22	1.99
54422413--54422491	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
54422473--54422575	43	2.4	43	100	0	206	26	35	15	22	1.94
54424441--54424519	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
54424638--54425167	47	11.1	47	93	3	880	29	30	8	31	1.88
54424638--54425164	96	5.5	96	94	2	891	29	30	8	31	1.88
54424640--54425167	143	3.7	144	93	3	872	29	30	8	31	1.88
54425023--54425102	25	3.3	25	64	7	74	32	30	5	32	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54428796--54428862	20	3.3	20	89	0	107	32	13	20	32	1.92
54428912--54428988	23	3.2	24	92	5	129	29	19	20	29	1.97
54429197--54429256	31	1.9	31	89	0	93	38	16	20	25	1.93
54435082--54435460	47	8.1	47	94	0	607	34	11	29	25	1.90
54435342--54435417	22	3.3	22	66	28	59	34	11	28	25	1.91
54435434--54435616	46	4.0	46	94	0	294	34	9	31	24	1.87
54440215--54440317	29	3.6	29	88	1	145	30	31	14	24	1.95
54443916--54444003	27	3.3	26	70	3	77	29	27	6	36	1.83
54443896--54444003	54	2.0	54	87	3	155	29	25	6	37	1.81
54444113--54444343	26	8.8	26	77	3	196	32	25	12	28	1.93
54444140--54444343	78	2.6	77	84	4	257	32	25	13	28	1.93
54444113--54444368	52	4.9	52	77	6	223	32	25	13	29	1.93
54444143--54444368	26	8.7	26	75	7	140	32	23	13	30	1.93
54444300--54444379	27	3.0	25	75	15	72	27	22	15	35	1.94
54444468--54444563	50	1.9	50	84	0	129	28	23	16	31	1.96
54445054--54445120	24	2.8	24	73	8	64	28	32	2	35	1.72
54445618--54445659	21	2.0	21	100	0	84	33	28	9	28	1.88
54448059--54448089	16	1.9	16	100	0	62	12	12	19	54	1.70
54451417--54451504	27	3.3	26	70	3	77	29	27	6	36	1.83
54451397--54451504	54	2.0	54	87	3	155	29	25	6	37	1.81
54451614--54451844	26	8.8	26	77	3	196	32	25	12	28	1.93
54451641--54451844	78	2.6	77	84	4	257	32	25	13	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54451614--54451869	52	4.9	52	77	6	223	32	25	13	29	1.93
54451644--54451869	26	8.7	26	75	7	140	32	23	13	30	1.93
54451801--54451880	27	3.0	25	75	15	72	27	22	15	35	1.94
54451969--54452064	50	1.9	50	84	0	129	28	23	16	31	1.96
54452555--54452621	24	2.8	24	73	8	64	28	32	2	35	1.72
54453119--54453160	21	2.0	21	100	0	84	33	28	9	28	1.88
54455559--54455589	16	1.9	16	100	0	62	12	12	19	54	1.70
54458899--54459004	54	2.0	54	86	3	151	28	25	7	38	1.83
54459114--54459344	26	8.8	26	77	2	194	32	25	13	28	1.94
54459141--54459344	78	2.6	78	84	3	250	32	24	13	29	1.94
54459144--54459369	26	8.7	26	77	3	186	32	23	13	30	1.93
54459469--54459564	50	1.9	50	84	0	129	28	23	16	31	1.96
54460056--54460121	24	2.8	24	75	9	62	28	31	3	36	1.73
54460568--54460655	6	14.3	6	68	17	56	47	14	18	19	1.82
54460589--54460655	25	2.7	25	83	0	89	44	14	20	19	1.86
54460772--54460872	27	3.8	26	84	6	121	35	19	22	21	1.96
54461422--54464931	27	130.0	27	85	5	2527	26	17	18	36	1.94
54461441--54464938	54	64.8	54	89	1	4547	26	17	18	36	1.94
54464934--54465035	27	3.8	27	81	0	96	30	6	25	37	1.82
54464960--54465128	54	3.1	52	74	9	144	28	8	22	40	1.83
54464973--54465128	27	5.8	27	78	6	129	26	8	23	41	1.83
54464977--54465128	81	1.9	81	84	5	200	26	7	23	41	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54468072--54468244	46	3.7	46	76	13	183	21	21	28	28	1.98
54468069--54468239	93	1.8	93	91	0	279	21	21	29	28	1.98
54470275--54470408	42	3.1	43	78	9	123	29	25	17	27	1.97
54472955--54472993	18	2.2	18	100	0	78	46	25	7	20	1.77
54474967--54475017	27	1.9	26	84	4	66	37	17	27	17	1.93
54477654--54477725	26	2.8	26	91	2	110	25	23	22	29	1.99
54477653--54477738	26	3.4	26	81	13	92	27	22	22	27	1.99
54477944--54478027	31	2.7	31	92	1	134	30	19	27	22	1.98
54485393--54485512	38	3.1	38	85	2	150	30	25	22	21	1.99
54485393--54485541	38	3.8	38	83	5	147	28	24	23	23	1.99
54491922--54492057	39	3.5	40	84	7	163	22	26	24	26	2.00
54495032--54495515	49	10.1	49	89	4	763	29	31	8	30	1.87
54495032--54495515	96	5.0	96	95	0	833	29	31	8	30	1.87
54506221--54506357	40	3.5	40	86	5	172	22	27	24	26	2.00
54509327--54509807	47	10.1	47	90	3	739	29	31	8	30	1.87
54509327--54509807	96	5.0	96	94	1	806	29	31	8	30	1.87
54514893--54515080	38	4.9	38	90	1	277	32	25	22	19	1.97
54523575--54523628	25	2.1	26	83	10	67	62	7	3	25	1.38
54530762--54530895	43	3.1	43	85	0	187	16	21	29	32	1.95
54531052--54531153	29	3.5	29	64	10	73	25	19	24	30	1.98
54531049--54531217	58	2.9	57	88	0	248	24	18	27	28	1.98
54531051--54531237	58	3.2	56	84	6	239	24	18	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54533736--54533779	22	2.0	22	95	0	79	47	6	18	27	1.73
54535403--54535528	38	3.3	38	80	9	139	23	23	23	30	1.99
54540256--54540370	43	2.7	43	77	11	119	24	17	25	33	1.96
54541751--54541869	42	2.8	42	76	9	125	22	17	28	31	1.97
54548891--54548955	20	3.3	19	73	16	51	38	16	21	23	1.93
54552111--54552205	34	2.8	33	79	4	100	25	25	28	21	1.99
54555381--54555459	31	2.5	31	93	0	131	24	26	18	30	1.98
54555683--54555749	25	2.7	25	92	0	107	22	22	26	28	1.99
54555795--54555829	10	3.4	10	92	7	61	31	17	17	34	1.93
54555783--54555843	21	3.0	21	85	2	79	34	14	14	36	1.87
54563327--54563403	31	2.5	31	89	0	118	24	27	16	31	1.97
54563625--54563691	25	2.7	25	95	0	116	20	22	28	28	1.99
54563737--54563771	10	3.4	10	92	7	61	31	17	17	34	1.93
54563725--54563784	21	2.9	21	82	2	77	35	15	15	35	1.88
54571360--54571411	22	2.4	22	93	0	86	34	30	11	23	1.90
54573548--54573590	15	2.9	15	80	10	52	37	0	20	41	1.53
54574285--54574351	6	11.0	6	85	3	80	74	2	5	16	1.14
54574287--54574346	31	1.9	31	86	6	86	73	3	6	16	1.18
54575944--54576053	6	17.8	6	69	15	64	49	13	17	20	1.80
54575946--54576053	31	3.3	31	74	14	108	49	13	16	20	1.80
54575932--54576053	37	3.5	37	76	13	139	50	12	17	19	1.77
54576199--54576338	67	2.0	67	83	5	172	30	22	27	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54576270--54576321	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95
54576557--54576750	27	7.2	27	87	1	264	40	5	22	31	1.76
54576557--54576750	54	3.6	54	87	1	291	40	5	22	31	1.76
54576730--54576845	27	4.3	26	76	8	92	31	7	19	41	1.80
54576557--54576777	81	2.7	81	81	4	232	39	5	22	32	1.78
54576728--54576896	54	3.2	52	74	12	144	30	8	20	39	1.83
54578871--54579001	6	21.3	6	66	16	63	48	12	17	21	1.79
54578894--54579001	31	3.3	31	75	14	108	48	12	17	22	1.80
54578880--54578979	37	2.7	37	90	0	155	48	11	20	21	1.80
54579120--54579171	27	2.0	26	84	3	68	34	21	26	17	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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