genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.200.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62571782--62571848	20	3.3	20	93	0	116	34	11	20	32	1.90
62571897--62572065	24	7.0	24	89	4	234	30	22	20	26	1.98
62573943--62574090	43	3.5	42	79	3	152	32	25	16	25	1.96
62575572--62575744	93	1.9	93	93	0	301	27	31	21	19	1.97
62575565--62575740	46	3.8	46	80	10	205	28	30	21	19	1.97
62575616--62575759	46	3.1	45	73	11	130	29	29	20	20	1.97
62578413--62578513	46	2.2	46	90	0	157	42	28	2	25	1.70
62595399--62595521	48	2.6	48	80	5	149	37	16	12	34	1.86
62598190--62598293	43	2.4	43	87	3	138	26	10	25	36	1.89
62600065--62600322	47	5.5	46	81	7	256	22	29	19	28	1.98
62600065--62600322	46	5.5	46	80	8	238	22	29	19	28	1.98
62600065--62600322	140	1.8	140	88	4	396	22	29	19	28	1.98
62601664--62601701	20	2.0	20	89	5	60	39	2	13	44	1.57
62601878--62601918	13	3.1	14	79	10	50	60	0	0	39	0.96
62603892--62603964	22	3.3	22	80	3	85	24	30	30	15	1.95
62603905--62603965	22	2.8	22	87	0	86	24	29	31	14	1.95
62605316--62605484	92	1.8	91	88	3	259	28	30	20	20	1.98
62605308--62605480	46	3.8	46	75	13	169	29	29	20	20	1.98
62608762--62608933	93	1.8	93	92	0	290	27	29	20	21	1.98
62608754--62608929	46	3.8	46	78	10	196	28	28	20	21	1.98
62608805--62608948	46	3.1	46	72	14	134	29	29	19	21	1.98
62611937--62612111	53	3.3	55	90	6	288	26	12	29	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62611937--62612111	26	6.6	27	89	9	270	26	12	29	32	1.92
62611937--62612111	79	2.2	80	89	8	268	26	12	29	32	1.92
62620118--62620299	28	6.5	28	96	0	312	25	12	28	32	1.93
62628946--62629075	40	3.2	40	82	6	165	25	23	25	25	2.00
62630995--62631042	25	1.9	25	82	0	60	31	22	16	29	1.96
62631079--62631125	20	2.3	20	96	0	85	34	10	21	34	1.88
62631176--62631317	24	6.0	24	91	7	220	28	21	21	28	1.99
62631176--62631317	47	3.0	48	90	8	220	28	21	21	28	1.99
62631511--62631573	31	2.1	31	90	3	101	36	15	23	23	1.94
62637458--62637724	47	5.7	45	77	13	206	21	29	20	28	1.98
62637458--62637724	94	2.9	91	80	11	319	21	29	20	28	1.98
62646798--62646855	29	2.0	29	100	0	116	31	13	24	31	1.94
62647683--62647851	45	3.9	43	79	9	182	25	18	27	28	1.98
62650270--62650307	20	2.0	20	89	5	60	39	2	13	44	1.57
62652505--62652554	22	2.3	22	86	6	66	24	32	28	16	1.96
62656408--62656469	24	2.6	24	85	10	74	32	14	24	29	1.94
62657121--62657606	41	11.9	41	88	2	582	30	21	24	23	1.99
62657760--62657785	7	3.7	7	100	0	52	15	0	26	57	1.38
62658925--62658979	22	2.5	22	77	16	60	23	0	30	45	1.53
62658951--62658996	7	6.6	7	79	0	56	19	0	36	43	1.51
62658919--62658996	21	3.6	21	76	10	68	24	0	32	43	1.54
62660396--62660450	24	2.2	26	78	12	62	38	7	1	52	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62662350--62662486	9	14.6	9	72	8	103	45	20	2	32	1.63
62662350--62662484	57	2.4	57	84	0	171	45	20	2	31	1.64
62668053--62668110	21	2.8	21	86	0	71	32	20	44	1	1.62
62668442--62668555	44	2.6	44	84	1	140	19	19	32	28	1.96
62668438--62668834	43	9.2	42	74	9	244	21	21	26	29	1.99
62668438--62668884	43	10.4	42	72	9	186	21	20	25	31	1.98
62668675--62668858	85	2.2	86	82	6	223	23	22	24	28	1.99
62679487--62679549	11	5.8	10	75	12	54	36	49	3	11	1.54
62679489--62679537	22	2.2	23	82	10	66	36	51	4	8	1.51
62685791--62685836	19	2.4	19	92	0	74	13	34	19	32	1.90
62686144--62686197	27	2.0	27	85	3	74	35	20	22	22	1.96
62686200--62686396	27	7.3	27	83	1	216	25	19	17	37	1.94
62686197--62686396	53	3.7	53	82	5	190	25	19	18	37	1.94
62686200--62686396	80	2.4	79	83	2	223	25	19	17	37	1.94
62689636--62689820	79	2.3	81	83	7	227	25	27	22	24	2.00
62689636--62689820	40	4.7	40	82	7	225	25	27	22	24	2.00
62693592--62693774	40	4.6	40	90	3	271	24	23	26	25	2.00
62701749--62701968	40	5.4	40	86	3	289	23	24	25	26	2.00
62701753--62701968	83	2.7	80	87	5	285	23	24	26	25	2.00
62707330--62707451	46	2.7	45	81	8	140	28	20	27	22	1.99
62708216--62708297	42	2.0	42	95	0	146	17	26	31	24	1.97
62714121--62714206	40	2.2	39	80	2	100	27	27	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62722455--62722622	72	2.3	72	84	6	214	27	21	22	29	1.99
62722483--62722623	24	5.9	24	91	3	203	27	21	23	27	1.99
62722672--62722738	20	3.3	20	93	0	116	32	20	11	34	1.90
62722672--62722727	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
62722775--62722822	25	1.9	25	91	0	78	25	14	25	35	1.94
62738613--62738753	70	2.0	70	98	0	273	26	19	18	35	1.95
62741835--62741868	10	3.3	10	88	8	50	2	20	17	58	1.51
62745026--62745248	47	4.8	48	79	8	183	24	29	16	30	1.97
62745027--62745294	46	5.7	46	76	10	179	23	28	17	29	1.97
62748256--62748330	33	2.3	33	90	0	114	28	24	22	25	2.00
62748479--62748574	27	3.6	27	81	0	93	37	19	21	20	1.94
62748715--62748802	27	3.3	26	76	6	86	22	20	19	37	1.94
62748818--62749072	27	9.4	27	80	7	214	30	11	18	39	1.86
62749054--62749121	27	2.5	27	83	4	84	30	19	19	30	1.96
62749069--62749134	27	2.4	27	90	5	98	31	22	15	30	1.95
62753880--62754147	46	5.8	46	74	15	228	21	19	30	29	1.97
62753879--62754140	93	2.8	93	93	0	443	21	19	30	29	1.97
62753926--62754092	47	3.6	47	77	13	191	21	19	29	29	1.97
62756054--62756259	40	5.2	40	88	1	299	29	25	20	24	1.99
62765131--62765159	15	1.9	15	100	0	58	24	13	27	34	1.93
62766143--62766242	40	2.5	40	79	6	112	39	23	18	20	1.93
62766507--62766578	33	2.2	33	97	2	137	51	18	11	19	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62774340--62774379	12	3.2	12	85	7	53	20	27	0	52	1.46
62782476--62782500	12	2.1	12	100	0	50	0	40	36	24	1.55
62784078--62784113	17	2.1	17	100	0	72	41	16	25	16	1.89
62791219--62791262	20	2.2	20	84	12	54	65	6	4	22	1.35
62793713--62793938	40	5.7	40	86	6	273	26	22	26	25	2.00
62801675--62801818	41	3.6	38	86	8	150	27	20	25	26	1.99
62801681--62801853	40	4.3	40	85	9	205	26	21	25	26	1.99
62801681--62801853	81	2.2	77	84	12	217	26	21	25	26	1.99
62801632--62801853	40	5.6	39	75	17	156	27	21	25	26	1.99
62803973--62804267	45	6.6	45	88	2	389	27	29	21	21	1.99
62804260--62804345	38	2.3	38	91	0	136	31	25	22	20	1.98
62812904--62813075	67	2.6	66	81	7	170	31	16	29	22	1.96
62812928--62813111	67	2.8	64	78	8	203	28	16	30	23	1.96
62819461--62819491	15	2.1	15	100	0	62	25	19	6	48	1.72
62829345--62829410	27	2.4	27	90	5	98	16	27	22	33	1.96
62830579--62830616	20	2.0	20	89	5	60	21	15	13	50	1.78
62842638--62842769	42	3.2	42	78	6	133	14	33	23	28	1.94
62843815--62843883	27	2.7	27	77	18	76	40	23	0	36	1.55
62844131--62844173	18	2.4	18	96	0	77	34	18	4	41	1.71
62844551--62844614	13	5.1	12	73	16	58	3	28	1	67	1.15
62844543--62844614	25	2.9	24	74	15	58	2	27	1	68	1.12
62844653--62844802	5	29.4	5	95	4	257	59	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62844784--62844841	27	2.2	26	81	9	64	48	3	1	46	1.29
62861296--62861451	82	1.9	81	85	3	215	26	16	28	28	1.97
62861295--62861448	55	2.9	52	82	7	175	27	16	27	27	1.97
62861296--62861451	27	5.7	27	81	6	163	26	16	28	28	1.97
62861288--62861472	27	6.8	27	75	9	101	26	16	28	29	1.97
62861288--62861472	82	2.3	81	78	2	210	26	16	28	29	1.97
62881471--62881522	20	2.6	21	78	9	63	15	36	25	23	1.93
62888226--62888271	23	2.0	23	83	8	58	30	4	10	54	1.55
62891956--62891989	17	2.1	16	88	5	50	58	2	0	38	1.13
62892004--62892074	36	2.0	36	97	0	133	49	11	9	29	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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