genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.298.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94906319--94906363	3	15.0	3	95	0	81	2	31	0	66	1.04
94906320--94906373	12	4.4	12	92	2	72	5	25	0	68	1.11
94907034--94907084	25	2.0	25	100	0	102	11	11	7	68	1.39
94911734--94911774	18	2.3	18	86	0	55	24	2	9	63	1.37
94916199--94916357	27	5.9	26	85	7	194	35	22	24	17	1.95
94916217--94916357	54	2.6	54	93	2	239	35	24	24	16	1.95
94917979--94918085	26	4.2	26	91	2	180	36	24	7	31	1.83
94917979--94918085	51	2.1	52	94	1	189	36	24	7	31	1.83
94918991--94919027	15	2.5	15	90	0	65	24	0	35	40	1.55
94919501--94919574	21	3.5	21	74	9	69	48	27	2	21	1.63
94919668--94919720	21	2.5	21	81	0	70	52	26	0	20	1.46
94920074--94920114	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
94920368--94920513	75	1.9	74	81	10	172	35	18	13	32	1.90
94920230--94920642	188	2.2	189	81	6	455	34	19	15	29	1.93
94922738--94922784	24	2.0	24	95	0	85	27	21	8	42	1.81
94923003--94923131	14	9.9	14	68	23	68	41	0	4	53	1.21
94922999--94923131	24	5.3	24	70	15	63	41	0	4	54	1.21
94922999--94923128	39	3.3	39	95	0	233	42	0	4	53	1.21
94922999--94923150	78	1.9	78	89	2	234	42	0	3	53	1.19
94923107--94923162	29	2.0	28	85	3	76	50	0	0	50	1.00
94923425--94923457	9	3.7	9	91	0	57	45	24	0	30	1.53
94924961--94924989	14	2.1	14	93	6	51	34	0	10	55	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94925401--94925463	21	3.0	21	81	4	83	30	19	47	3	1.64
94925705--94925770	31	2.1	31	91	0	105	16	10	22	50	1.76
94925846--94926128	43	6.6	43	88	0	359	26	33	20	20	1.97
94926311--94926351	18	2.4	17	91	4	64	39	14	9	36	1.79
94927810--94927846	18	2.1	18	94	0	65	29	2	5	62	1.31
94938834--94938924	44	2.1	44	89	4	139	49	9	10	29	1.70
94941987--94942036	17	2.8	18	77	17	52	34	4	4	58	1.36
94945296--94945404	54	2.0	54	98	0	209	36	21	16	25	1.94
94946352--94946381	15	2.0	15	93	0	51	36	3	0	60	1.14
94950804--94950923	61	2.0	60	83	8	154	49	3	5	41	1.43
94951534--94951663	64	2.0	64	100	0	260	26	14	18	40	1.89
94951942--94952071	64	2.0	64	98	0	251	26	13	18	41	1.88
94951514--94952330	408	2.0	408	99	0	1598	28	17	13	40	1.87
94954722--94954867	52	2.8	52	79	9	170	28	15	25	31	1.95
94962106--94962265	52	3.1	52	80	8	182	25	15	27	31	1.96
94966168--94966227	30	2.0	30	90	0	93	53	3	8	35	1.48
94969933--94970054	47	2.5	48	85	5	149	26	29	18	25	1.98
94971405--94971626	68	3.4	65	76	10	220	23	29	15	31	1.95
94973302--94973425	47	2.7	44	81	12	142	22	28	19	29	1.98
94973255--94973425	94	1.8	92	81	7	211	23	28	19	28	1.98
94977298--94977335	17	2.2	17	95	0	67	65	10	5	18	1.41
94979260--94979369	55	2.0	55	98	0	211	41	17	5	35	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94979262--94979347	26	3.2	26	63	15	66	44	18	5	31	1.74
94982040--94982146	56	1.9	55	90	1	169	42	11	6	39	1.66
94982830--94982898	11	6.6	10	73	12	50	59	1	1	37	1.15
94982916--94982963	21	2.2	21	82	14	53	39	0	6	54	1.26
94988194--94988231	19	2.0	19	94	0	67	36	7	10	44	1.68
94988226--94988261	17	2.1	17	89	0	54	72	0	5	22	1.05
94988929--94988984	25	2.3	23	76	11	58	64	0	33	1	1.04
94989488--94989513	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
94989716--94989853	28	4.9	28	77	5	136	27	18	31	22	1.97
94989716--94989877	56	2.9	56	86	3	211	27	17	29	24	1.98
94989920--94989993	32	2.3	32	85	0	94	36	9	25	28	1.87
94989935--94990018	32	2.6	32	86	0	114	38	9	21	30	1.85
94991329--94991380	26	2.0	26	100	0	104	26	19	11	42	1.85
94992614--94992653	15	2.7	15	92	0	71	35	10	7	47	1.65
95000968--95000996	14	2.1	14	100	0	58	48	20	0	31	1.50
95003145--95003206	27	2.3	27	80	0	70	33	27	9	29	1.88
95003156--95003247	27	3.4	27	86	0	121	27	25	8	39	1.85
95003163--95003258	27	3.6	27	83	5	104	32	20	8	38	1.83
95003251--95003351	28	3.6	28	88	4	134	40	21	8	28	1.83
95003251--95003677	27	15.7	28	73	9	154	37	20	9	32	1.84
95003490--95003671	54	3.3	54	77	4	186	41	17	8	32	1.80
95003701--95003796	27	3.6	27	90	2	140	33	22	25	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95004508--95004574	20	3.3	20	89	4	100	40	10	17	31	1.84
95004624--95004754	52	2.6	51	91	4	205	29	21	21	28	1.98
95004624--95004754	26	5.2	26	85	2	171	29	21	21	28	1.98
95004892--95004979	42	2.1	42	89	0	131	31	13	18	36	1.90
95005009--95005081	31	2.4	31	95	0	128	27	19	24	28	1.98
95013679--95013734	25	2.4	23	80	14	62	35	1	7	55	1.38
95014590--95014632	22	2.0	22	90	0	68	39	0	2	58	1.11
95014603--95014641	17	2.3	17	86	8	53	38	0	2	58	1.12
95017219--95017259	21	2.0	21	90	0	64	34	17	7	41	1.77
95018086--95018143	29	2.0	29	86	6	82	46	1	0	51	1.11
95018101--95018165	29	2.3	29	78	7	71	52	0	1	46	1.10
95025612--95025662	21	2.5	21	83	3	59	37	0	3	58	1.16
95035838--95035879	20	2.1	20	86	0	57	57	2	2	38	1.25
95040078--95040329	122	2.0	124	88	3	373	42	9	11	37	1.72
95048575--95048603	3	9.7	3	100	0	58	0	34	0	65	0.93
95049446--95049483	17	2.3	17	90	4	60	47	0	0	52	1.00
95049614--95049667	22	2.4	23	84	3	65	66	5	1	25	1.23
95057337--95057432	47	2.0	47	100	0	192	33	16	10	39	1.83
95057567--95057597	16	1.9	16	93	0	53	51	0	0	48	1.00
95060398--95060445	18	2.7	18	83	0	60	47	8	33	10	1.68
95064199--95064225	10	2.7	10	100	0	54	74	7	7	11	1.23
95067263--95067301	20	2.0	20	84	0	51	43	2	17	35	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95078812--95078844	11	2.9	11	95	4	57	54	9	0	36	1.32
95081138--95081301	40	4.1	40	80	6	190	30	23	14	32	1.94
95081138--95081307	79	2.1	79	86	5	236	31	22	14	31	1.94
95083172--95083294	27	4.6	27	88	4	158	40	20	14	24	1.90
95083172--95083294	54	2.3	54	88	0	174	40	20	14	24	1.90
95089083--95089147	19	3.5	19	79	12	80	41	3	4	50	1.38
95089218--95089242	12	2.1	12	100	0	50	52	0	0	48	1.00
95091899--95091972	20	3.8	20	66	12	55	60	2	2	33	1.25
95091873--95091961	37	2.4	37	83	9	110	61	2	2	33	1.20
95091941--95092011	37	1.9	37	88	5	108	60	1	2	35	1.20
95091949--95092017	28	2.4	29	83	11	90	62	1	1	34	1.13
95092323--95092419	10	10.0	9	69	17	52	29	2	6	61	1.31
95092332--95092419	39	2.3	38	79	15	99	30	2	5	61	1.31
95092658--95092732	28	2.7	26	78	13	87	45	6	2	45	1.43
95093157--95093226	24	2.9	24	79	14	74	30	0	7	62	1.21
95093157--95093227	36	2.0	36	88	0	106	30	0	7	61	1.22
95099059--95099088	15	2.0	15	100	0	60	20	26	6	46	1.75
95107248--95107346	9	10.3	10	69	13	57	59	2	4	34	1.28
95107243--95107339	20	5.0	19	71	10	63	57	2	5	35	1.32
95126997--95127039	19	2.3	19	80	4	52	74	2	9	13	1.16
95127514--95127648	67	2.0	67	91	2	218	51	10	10	27	1.68
95127815--95128588	282	2.7	282	84	4	1040	47	12	16	23	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95132946--95133001	12	4.7	12	74	14	53	64	0	23	12	1.27
95133282--95133314	13	2.4	14	85	15	50	15	33	9	42	1.78
95133289--95133314	13	2.0	13	100	0	52	15	30	7	46	1.74
95140541--95140630	43	2.1	43	85	0	117	52	20	10	17	1.73
95140738--95140901	87	1.9	86	86	2	231	47	18	12	21	1.81
95140754--95140906	42	3.6	42	78	11	157	47	18	13	20	1.82
95141021--95141126	47	2.3	46	85	4	133	45	14	16	23	1.84
95141716--95141753	16	2.4	16	86	8	51	0	21	0	78	0.74
95142400--95142449	25	2.0	25	88	4	73	2	20	0	78	0.86
95142947--95142977	16	1.9	16	93	0	53	70	9	3	16	1.26

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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