genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.182.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57463908--57464191	94	3.0	93	94	2	478	39	20	10	29	1.86
57468739--57468768	15	1.9	16	93	6	53	36	13	0	50	1.42
57470684--57470741	30	1.9	30	85	0	80	29	22	8	39	1.84
57476899--57476945	15	3.2	15	81	6	60	23	0	6	70	1.10
57476925--57476971	18	2.6	17	80	9	58	29	2	2	65	1.15
57478160--57478486	41	8.1	40	83	3	357	30	24	20	23	1.99
57478161--57478486	163	2.0	163	86	2	458	30	24	20	23	1.99
57478160--57478486	81	4.0	80	84	2	402	30	24	20	23	1.99
57478463--57478591	41	3.2	41	84	1	170	19	21	24	34	1.96
57483214--57483369	43	3.7	43	79	4	147	32	26	14	26	1.95
57485264--57485301	19	2.0	19	85	10	51	15	15	44	23	1.85
57485516--57485567	27	1.9	27	88	0	77	42	19	9	28	1.82
57487767--57487991	40	5.6	40	82	3	281	22	23	28	25	1.99
57487769--57487991	83	2.8	79	86	6	320	21	23	29	25	1.99
57489648--57489863	40	5.4	40	87	6	271	25	27	21	25	2.00
57497691--57497866	40	4.4	39	87	5	230	25	27	21	25	1.99
57508492--57508657	43	3.9	44	80	7	171	31	24	16	27	1.96
57520271--57520381	27	4.1	27	78	7	102	35	19	26	18	1.95
57521814--57521890	24	3.2	24	92	0	118	20	41	3	33	1.71
57523251--57523292	21	2.0	21	85	0	57	21	42	14	21	1.88
57528264--57528305	21	2.0	21	85	0	57	21	42	14	21	1.88
57537883--57538035	6	24.8	6	71	15	98	51	13	13	21	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57537909--57537989	31	2.6	31	84	0	99	50	13	13	22	1.76
57537946--57538032	25	3.5	26	82	3	99	49	14	13	21	1.79
57537883--57538007	37	3.4	36	75	15	121	52	12	14	20	1.74
57538153--57538230	27	2.9	26	86	5	93	38	20	23	17	1.93
57538255--57538401	78	1.9	78	89	0	231	36	28	17	17	1.93
57538429--57538495	27	2.5	26	82	4	71	34	16	25	23	1.95
57538721--57539059	27	12.6	27	89	1	466	25	20	18	35	1.95
57539043--57539330	27	10.7	27	80	4	174	29	6	23	40	1.80
57539124--57539330	81	2.6	81	83	1	263	29	6	22	41	1.79
57539152--57539330	27	6.6	27	88	0	259	30	7	21	40	1.81
57562530--57562751	40	5.6	39	81	10	254	25	27	23	23	2.00
57566362--57566581	40	5.6	39	83	12	281	25	27	23	23	2.00
57566362--57566570	78	2.7	77	88	9	316	25	27	22	23	2.00
57576258--57576335	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
57576288--57576617	174	1.9	175	91	2	547	30	14	23	31	1.94
57578041--57578235	40	4.8	40	86	6	275	25	28	24	22	2.00
57578035--57578235	83	2.5	80	89	4	321	25	28	23	22	1.99
57585164--57585266	43	2.4	42	79	6	109	32	24	20	23	1.98
57585184--57585288	43	2.4	43	78	9	115	30	23	19	26	1.98
57586787--57586909	61	2.0	61	100	0	246	32	1	18	47	1.59
57586798--57586898	30	3.3	30	72	13	107	30	0	17	50	1.53
57588662--57589165	252	2.0	251	99	0	999	37	4	19	38	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57589669--57589746	29	2.7	28	84	11	104	25	15	30	28	1.96
57589700--57590025	173	1.9	174	92	0	546	30	14	23	31	1.94
57597060--57597551	250	2.0	246	94	4	875	36	4	19	38	1.74
57598047--57598123	29	2.6	28	86	10	102	27	15	28	28	1.96
57598077--57598401	173	1.9	173	91	1	535	31	14	23	31	1.94
57603586--57603649	27	2.4	28	81	5	78	42	23	4	29	1.74
57603630--57603729	27	3.7	27	86	0	128	31	23	7	39	1.81
57603681--57603820	27	5.2	26	80	10	81	38	23	5	32	1.78
57603624--57603758	54	2.5	55	74	6	132	35	21	5	37	1.78
57603724--57603843	27	4.4	27	90	0	168	44	20	5	30	1.75
57603724--57603903	81	2.2	81	79	8	181	40	20	8	30	1.82
57603885--57603967	27	3.1	27	75	10	91	40	15	16	26	1.89
57603882--57603994	53	2.1	53	83	4	147	38	15	19	27	1.91
57603979--57604041	27	2.3	27	73	10	65	20	17	23	38	1.93
57604201--57604267	25	2.7	25	92	0	107	28	26	22	22	1.99
57604201--57604278	25	3.2	25	88	1	95	32	23	20	24	1.98
57605695--57605822	47	2.8	46	81	11	138	30	26	20	22	1.98
57606245--57606304	30	2.0	30	86	0	84	33	25	3	38	1.72
57611106--57611183	33	2.4	32	84	4	93	24	25	15	34	1.95
57613102--57613183	26	3.2	26	62	25	66	31	28	14	25	1.95
57613043--57613243	101	2.0	99	85	1	267	30	26	17	25	1.97
57614049--57614109	30	2.0	30	83	0	77	27	22	6	42	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57616730--57617000	47	5.6	49	90	6	419	32	8	30	29	1.86
57618471--57618838	40	9.2	40	91	2	551	25	20	26	26	1.99
57622468--57623016	47	11.6	47	96	1	990	32	8	30	29	1.87
57628509--57628567	17	3.5	17	88	0	91	18	30	33	16	1.94
57630230--57630276	20	2.3	20	81	0	58	23	21	17	38	1.93
57630331--57630378	20	2.4	20	82	0	60	22	20	16	39	1.92
57630223--57630425	101	2.0	101	98	0	388	25	23	12	37	1.91
57635243--57635294	27	1.9	27	84	7	70	19	23	25	32	1.97
57641091--57641251	45	3.6	45	93	1	261	24	22	26	26	2.00
57645762--57645822	30	2.0	30	83	0	77	37	9	22	29	1.87
57646118--57646153	19	1.9	19	88	5	56	44	0	11	44	1.39
57666347--57666471	23	5.2	25	62	30	76	28	29	11	31	1.91
57666325--57666515	47	4.1	47	93	0	292	27	28	9	33	1.89
57666372--57666446	22	3.3	22	64	29	57	25	30	13	30	1.94
57666279--57666515	94	2.5	94	84	2	298	27	29	9	33	1.89
57670383--57670696	40	7.8	40	94	0	529	27	31	21	18	1.97
57672277--57672354	25	3.2	25	64	29	69	29	29	10	30	1.90
57672255--57672398	47	3.1	47	90	0	198	28	29	9	33	1.88
57676499--57676716	40	5.5	40	93	1	368	24	22	27	25	2.00
57678811--57678870	28	2.1	29	81	3	68	40	3	23	33	1.71
57679307--57679460	43	3.6	41	76	10	123	30	16	22	31	1.95
57683824--57683888	19	3.4	19	80	4	76	41	23	4	30	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57684057--57684115	23	2.5	24	83	8	77	33	10	23	32	1.88
57688984--57689017	10	3.3	10	88	8	50	58	17	20	2	1.51
57712463--57712647	40	4.7	40	82	7	225	25	28	22	23	1.99
57712465--57712647	79	2.3	81	82	8	223	25	27	22	24	2.00
57719612--57719644	16	2.1	16	100	0	66	45	12	18	24	1.83
57720633--57720814	40	4.6	40	80	11	189	25	28	21	24	1.99
57720633--57720815	78	2.3	79	79	9	203	25	27	21	24	1.99
57726723--57726769	24	1.9	25	82	4	60	40	2	23	34	1.67
57727206--57727235	15	2.0	15	100	0	60	33	20	13	33	1.91
57730011--57730101	23	3.9	23	77	12	89	34	19	23	23	1.97
57731803--57731855	24	2.2	23	83	12	63	35	3	18	41	1.69
57737211--57737323	27	4.2	27	84	5	131	37	23	21	18	1.94
57745051--57745163	27	4.2	27	82	3	129	37	20	22	20	1.95
57756866--57756893	12	2.3	12	100	0	56	53	17	0	28	1.44
57760054--57760238	100	1.9	100	83	2	246	27	18	24	29	1.98
57760054--57760286	49	4.7	49	73	8	211	27	18	24	29	1.98
57760630--57760685	21	2.7	21	91	0	94	25	8	37	28	1.86
57760848--57760981	18	7.9	18	66	17	72	55	1	2	40	1.21
57760909--57760971	26	2.5	25	80	10	74	57	1	1	39	1.18
57760904--57761102	59	3.3	59	71	21	198	53	3	2	41	1.29
57760882--57761121	120	2.0	120	95	0	435	50	4	2	42	1.34
57768516--57768553	14	2.7	14	91	0	58	34	5	0	60	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57780032--57780120	41	2.2	40	83	2	106	20	16	21	41	1.90
57783668--57783836	46	3.7	46	78	10	182	24	20	26	28	1.99
57783661--57783831	93	1.8	93	91	0	279	23	21	26	28	1.99
57792803--57793213	27	15.2	27	88	0	597	30	21	6	41	1.78
57793146--57793277	27	4.9	27	78	0	93	39	23	3	33	1.73
57793259--57793520	81	3.2	81	83	3	323	35	18	19	27	1.95
57793296--57793538	27	9.0	27	88	0	324	34	18	20	26	1.96
57793784--57793845	31	2.0	32	87	3	90	20	24	19	35	1.96
57794015--57794110	6	15.7	6	70	20	65	19	15	15	48	1.80
57794008--57794071	12	5.2	12	73	17	51	20	12	17	50	1.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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