genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.315.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99408684--99408819	72	1.9	70	83	5	177	43	23	5	27	1.75
99412073--99412131	28	2.1	28	84	6	75	30	0	3	66	1.08
99415694--99415725	9	3.6	9	91	0	55	46	15	9	28	1.77
99415745--99415785	6	6.5	6	83	10	55	17	0	4	78	0.93
99415810--99415834	13	1.9	13	100	0	50	12	0	48	40	1.40
99415811--99415845	18	1.9	18	94	0	61	8	2	48	40	1.49
99418758--99418820	32	2.0	32	87	6	92	57	9	9	23	1.60
99419305--99419368	33	1.9	33	93	0	110	35	12	14	37	1.83
99432272--99432317	15	2.9	16	78	15	51	54	2	2	41	1.25
99433158--99433194	19	2.0	19	89	5	58	29	0	13	56	1.37
99433602--99433647	24	1.9	24	100	0	92	26	17	15	41	1.88
99434637--99434713	39	2.0	39	100	0	154	27	12	20	38	1.89
99435374--99435419	23	2.0	23	100	0	92	52	13	8	26	1.69
99436102--99436144	7	6.1	7	78	10	52	44	13	2	39	1.57
99436099--99436142	15	3.2	13	78	15	52	43	13	4	38	1.65
99440185--99440220	17	2.1	17	100	0	72	38	16	0	44	1.48
99440189--99440227	17	2.3	17	90	0	60	46	10	0	43	1.37
99451100--99451129	14	2.1	14	93	0	51	63	0	10	26	1.26
99451442--99451487	14	3.3	14	88	11	60	69	0	2	28	1.00
99451405--99451487	30	3.0	28	79	11	98	69	0	3	26	1.04
99451410--99451487	21	3.6	21	73	14	70	70	0	2	26	1.00
99458613--99458648	3	12.0	3	93	0	63	63	0	2	33	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99459646--99459688	15	2.9	15	82	0	59	13	34	18	32	1.90
99463821--99463858	16	2.2	18	86	9	53	50	2	21	26	1.62
99488106--99488398	146	2.0	146	94	0	514	33	20	10	35	1.87
99488137--99488431	146	2.0	145	86	5	407	35	20	10	33	1.87
99489221--99489256	12	3.0	12	91	0	63	19	33	22	25	1.97
99489248--99489278	16	1.9	16	93	0	53	29	25	16	29	1.96
99489470--99489561	22	4.1	22	74	2	85	38	16	14	31	1.88
99489470--99489560	45	2.0	45	89	0	137	38	16	14	30	1.88
99489855--99489929	15	4.9	15	72	6	60	30	20	16	33	1.94
99492859--99492896	11	3.4	11	85	7	58	2	10	0	86	0.66
99493855--99493884	13	2.2	14	94	5	53	33	0	0	66	0.92
99493860--99493905	16	3.0	15	82	17	51	26	0	6	67	1.15
99495767--99495842	38	1.9	39	86	5	109	36	3	7	51	1.50
99500021--99500072	22	2.4	22	93	0	86	42	7	3	46	1.51
99512272--99512312	4	10.2	4	100	0	82	51	24	0	24	1.49
99512620--99512649	13	2.2	14	94	5	53	76	23	0	0	0.78
99524640--99524669	7	4.3	7	91	0	51	40	0	3	56	1.16
99527465--99527507	18	2.4	18	96	0	77	25	16	4	53	1.62
99529961--99530005	25	2.0	24	83	16	60	60	0	28	11	1.31
99531948--99532594	325	2.0	326	94	0	1127	26	17	23	33	1.96
99534737--99534830	26	3.6	26	79	2	89	27	5	8	58	1.49
99546035--99546158	33	3.8	33	96	0	230	29	42	9	17	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99548821--99548872	18	2.7	20	82	11	63	57	1	0	40	1.10
99552071--99552192	56	2.2	54	85	2	154	44	13	14	27	1.83
99553485--99553541	28	2.0	28	96	0	105	40	22	14	22	1.90
99554802--99554936	65	2.1	65	97	0	252	53	14	17	15	1.73
99563979--99564199	110	2.0	110	86	0	307	28	16	24	31	1.96
99567794--99567842	9	5.2	9	83	9	62	69	0	0	30	0.89
99568700--99568741	22	1.9	22	100	0	84	42	14	4	38	1.66
99569065--99569099	17	2.1	17	94	0	61	31	20	14	34	1.92
99579873--99580119	123	2.0	123	87	0	359	23	38	10	27	1.87
99582895--99582920	7	3.7	7	100	0	52	46	11	0	42	1.40
99589456--99589493	18	2.1	18	85	9	51	28	5	5	60	1.40
99591552--99591845	105	2.8	105	97	0	552	14	21	22	41	1.89
99591821--99591890	21	3.2	21	65	31	56	8	28	17	45	1.77
99591799--99591890	45	2.0	45	100	0	184	8	29	15	46	1.75
99591799--99591869	24	3.1	24	64	32	64	9	30	12	46	1.74
99591808--99591880	24	3.2	24	62	18	64	8	28	13	49	1.71
99591820--99591893	24	3.2	24	63	18	66	9	28	16	45	1.78
99596977--99597495	259	2.0	259	96	0	966	25	15	22	37	1.93
99597600--99597624	4	6.2	4	100	0	50	0	28	0	72	0.86
99598328--99598493	42	4.0	42	82	5	185	26	23	24	25	2.00
99602369--99602565	42	4.8	42	82	4	231	25	26	20	26	1.99
99609675--99609718	14	3.0	14	80	6	52	45	6	0	47	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99617745--99617769	6	4.2	6	100	0	50	16	32	36	16	1.90
99618339--99618475	42	3.3	42	81	0	148	23	24	24	27	2.00
99620251--99620485	116	2.0	116	99	0	461	30	34	11	24	1.90
99630527--99630593	21	3.0	22	78	8	66	71	7	0	20	1.10
99633586--99633646	30	2.0	30	100	0	122	19	9	22	47	1.79
99636987--99637016	4	7.5	4	100	0	60	73	0	26	0	0.84
99643328--99643449	33	3.8	33	94	2	212	17	9	42	30	1.81
99643328--99643449	64	1.9	65	93	3	210	17	9	42	30	1.81
99647409--99647464	25	2.2	25	81	9	60	35	1	1	60	1.17
99647431--99647480	17	3.0	16	80	13	57	32	0	2	66	1.03
99647428--99647476	25	2.0	25	92	8	82	32	0	2	65	1.04
99647428--99647502	17	4.1	20	72	19	56	34	0	1	64	1.02
99647748--99647800	19	2.7	20	74	11	56	37	1	3	56	1.28
99651845--99651870	6	4.3	6	100	0	52	34	30	15	19	1.93
99663615--99663659	10	4.5	10	77	0	54	62	0	0	37	0.96
99670398--99670447	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
99675026--99675075	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
99678398--99678641	117	2.1	117	96	0	443	26	9	42	22	1.83
99679414--99679477	27	2.4	27	79	10	69	57	4	0	37	1.19
99679445--99679491	15	3.1	15	73	8	51	68	2	0	29	1.02
99680127--99680263	17	7.3	19	67	23	69	48	0	0	49	1.11
99680157--99680206	25	1.9	27	84	15	70	48	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99680207--99680262	22	2.5	23	80	11	62	50	1	1	46	1.22
99683753--99683847	48	2.0	48	89	0	145	53	9	7	29	1.60
99688483--99688517	6	5.8	6	100	0	70	68	0	0	31	0.90
99688466--99688516	18	2.8	18	87	0	66	72	3	0	23	1.01
99692294--99692332	19	2.0	20	85	5	53	23	7	5	64	1.40
99694131--99694172	16	2.6	16	88	11	59	47	0	23	28	1.52
99694400--99694533	18	7.9	18	68	17	81	56	1	0	41	1.13
99694451--99694506	15	4.0	15	73	17	57	55	0	0	44	0.99
99694461--99694519	26	2.3	25	85	8	82	57	1	0	40	1.09
99694456--99694654	59	3.3	60	73	19	218	55	3	0	41	1.19
99694434--99694676	120	2.0	120	94	0	423	52	3	1	42	1.27
99694590--99694630	13	3.2	12	80	12	55	58	0	0	41	0.98
99697621--99697654	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
99702250--99702283	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
99704297--99704327	16	2.0	16	93	6	55	58	0	12	29	1.35
99708658--99710141	210	7.1	210	94	0	2506	30	17	18	33	1.94
99710418--99710704	144	2.0	144	84	2	371	26	21	20	31	1.98
99714352--99714390	19	2.0	20	85	5	53	23	7	5	64	1.40
99716061--99716095	18	2.0	17	88	5	52	74	2	14	8	1.17
99725786--99725830	16	2.8	16	86	3	54	28	0	0	71	0.87
99726657--99726712	29	1.9	29	88	0	85	53	12	7	26	1.64
99731278--99731788	210	2.5	207	85	6	649	32	18	16	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99739230--99739288	20	2.8	21	82	5	75	45	0	3	50	1.18
99739261--99739329	32	2.2	32	80	17	81	50	0	2	46	1.16
99740334--99740383	23	2.2	23	100	0	100	40	0	14	46	1.44
99740383--99740417	18	2.0	18	88	5	54	45	5	14	34	1.68
99740574--99740689	51	2.2	53	81	4	137	18	18	18	43	1.89
99740808--99740911	18	5.8	18	88	0	136	37	10	16	35	1.83
99742954--99742992	20	1.9	21	89	5	62	25	12	15	46	1.81
99748409--99748460	24	2.2	24	89	0	77	36	3	9	50	1.54
99749135--99749183	23	2.1	24	96	3	91	34	0	0	65	0.93
99752517--99752614	5	18.4	5	69	26	51	73	5	2	19	1.12

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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