genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.291.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93122541--93122622	6	13.7	6	75	12	53	30	30	31	7	1.85
93123114--93123206	48	1.9	48	91	0	150	49	11	5	33	1.62
93124876--93124990	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
93124876--93125009	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
93132179--93132293	44	2.6	44	85	2	149	35	13	22	27	1.92
93132179--93132312	46	3.0	45	82	4	153	35	14	23	26	1.93
93136870--93136943	27	2.7	27	93	0	121	21	27	29	21	1.99
93140685--93140736	26	2.0	25	85	3	68	44	0	3	51	1.19
93142560--93142742	91	2.0	91	95	0	330	32	23	12	31	1.92
93146534--93146574	21	2.0	21	100	0	82	19	14	14	51	1.77
93160161--93160210	10	5.0	10	79	13	50	66	2	8	24	1.29
93160161--93160200	20	2.0	20	90	9	64	65	2	7	25	1.32
93167162--93167226	34	1.9	34	93	0	112	33	20	16	29	1.95
93170043--93170100	30	1.9	30	86	6	82	17	31	32	18	1.94
93175159--93175188	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
93180133--93180162	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
93183838--93184268	214	2.0	216	97	0	821	18	13	37	30	1.89
93189207--93189233	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
93190697--93190733	6	6.2	6	90	0	56	32	10	0	56	1.34
93190697--93190733	12	3.1	12	92	0	65	32	10	0	56	1.34
93190872--93190896	3	8.3	3	100	0	50	36	0	0	64	0.94
93196420--93196600	45	4.2	41	75	8	146	29	25	18	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93196455--93196616	45	3.7	45	79	6	206	32	27	16	24	1.96
93196395--93196600	86	2.4	86	90	3	308	29	26	18	25	1.98
93197714--93197742	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
93198931--93199009	36	2.2	36	86	0	104	22	30	22	24	1.99
93201178--93201225	3	15.7	3	95	4	87	66	0	0	33	0.92
93203229--93203272	13	3.3	13	84	6	61	36	2	0	61	1.09
93203317--93203355	20	1.9	21	89	5	62	48	0	0	51	1.00
93203317--93203361	20	2.2	20	84	7	56	46	0	2	51	1.13
93203766--93203845	9	8.7	9	69	10	54	32	1	1	65	1.09
93203814--93203839	10	2.6	10	100	0	52	26	0	0	73	0.84
93209809--93209891	38	2.2	37	79	12	87	36	1	3	59	1.23
93217903--93217940	18	2.1	18	85	9	51	7	13	2	76	1.11
93224720--93224817	46	2.1	47	82	1	117	31	26	14	27	1.95
93234529--93235100	88	6.9	81	71	16	347	36	19	16	27	1.93
93234696--93234757	30	2.1	30	90	6	99	41	29	8	20	1.81
93234868--93235101	77	3.0	77	80	6	256	32	18	17	30	1.95
93234907--93235123	77	2.7	78	85	5	258	33	17	18	30	1.94
93235023--93235195	94	1.8	94	85	2	240	31	20	20	27	1.98
93234963--93235269	171	1.8	168	85	4	438	29	20	19	30	1.97
93235117--93235466	77	4.7	75	87	3	447	32	19	17	30	1.95
93235117--93235469	149	2.4	148	86	3	458	32	19	16	31	1.94
93235423--93235518	49	2.0	49	97	0	183	32	20	16	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93235351--93235590	121	2.0	121	94	0	426	33	18	16	31	1.93
93235475--93235612	72	1.9	72	100	0	276	31	17	16	34	1.92
93235661--93235766	54	1.9	55	84	5	144	39	19	14	26	1.90
93235746--93235778	12	2.5	13	90	9	50	60	9	9	21	1.54
93235800--93235905	54	1.9	54	83	9	135	37	18	15	28	1.91
93235617--93238767	140	22.5	140	80	9	1148	37	20	16	25	1.93
93235940--93236045	54	1.9	54	83	9	135	39	18	13	28	1.88
93236080--93236185	54	1.9	54	85	9	144	37	19	15	27	1.92
93236176--93236319	72	2.0	71	91	1	234	38	23	16	21	1.93
93235539--93239336	631	6.0	632	97	0	7126	37	20	16	25	1.93
93236292--93236397	54	1.9	55	83	5	135	39	16	14	29	1.88
93236377--93236410	13	2.5	13	90	4	50	58	8	11	20	1.59
93236432--93236537	54	1.9	54	83	9	135	37	18	15	28	1.91
93236528--93236552	13	1.9	13	100	0	50	64	0	12	24	1.27
93235896--93236595	352	2.0	351	95	0	1258	38	20	16	25	1.93
93236572--93236677	54	1.9	54	85	9	144	37	19	15	27	1.92
93236711--93236816	54	1.9	54	85	9	144	37	19	15	27	1.92
93236807--93236950	72	2.0	71	91	1	234	38	23	16	21	1.93
93236923--93237028	54	1.9	55	83	5	135	38	18	14	28	1.90
93237008--93237041	13	2.5	13	90	4	50	58	8	11	20	1.59
93236541--93237226	352	2.0	351	96	0	1264	37	20	16	25	1.94
93237341--93237446	54	1.9	54	85	9	144	37	17	15	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93237437--93237576	72	2.0	71	91	1	226	38	25	16	20	1.92
93237553--93237658	54	1.9	55	83	5	135	39	16	14	29	1.88
93237638--93237671	13	2.5	13	90	4	50	58	8	11	20	1.59
93237693--93237798	54	1.9	54	83	9	135	37	18	15	28	1.91
93237159--93237860	352	2.0	349	94	0	1233	37	20	16	25	1.93
93237833--93237938	54	1.9	54	85	9	144	37	19	15	27	1.92
93237973--93238078	54	1.9	54	85	9	144	37	19	15	27	1.92
93238069--93238220	71	2.1	71	89	3	234	38	22	16	23	1.93
93238184--93238289	54	1.9	55	83	5	135	38	18	14	28	1.90
93238269--93238302	13	2.5	13	90	4	50	58	8	11	20	1.59
93237160--93240591	491	7.0	486	80	10	3197	37	20	16	25	1.93
93238604--93238709	54	1.9	54	85	9	144	37	19	15	27	1.92
93238700--93238843	72	2.0	71	91	1	234	38	23	16	21	1.93
93238816--93238921	54	1.9	55	84	5	144	39	17	14	28	1.89
93238901--93238934	13	2.5	13	90	4	50	58	8	11	20	1.59
93238956--93239060	54	1.9	53	81	11	124	39	18	14	28	1.89
93239095--93239200	54	1.9	54	85	9	144	37	19	15	27	1.92
93238771--93246877	140	57.6	140	79	10	3998	37	20	16	25	1.93
93239358--93239463	54	1.9	54	88	9	162	37	19	15	27	1.92
93239412--93239607	85	2.3	86	92	2	324	37	23	15	23	1.93
93239414--93239631	85	2.6	82	81	10	249	40	21	15	22	1.91
93239539--93239689	70	2.1	71	83	10	193	39	21	15	23	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93239738--93239771	13	2.5	13	90	4	50	61	8	8	20	1.52
93239932--93240038	55	1.9	54	83	10	137	37	20	14	27	1.92
93240073--93240178	54	1.9	54	83	9	135	38	18	16	26	1.91
93239498--93245180	632	9.0	632	92	3	8888	37	20	16	25	1.93
93240285--93240389	53	1.9	55	81	7	126	40	18	14	27	1.89
93240369--93240402	13	2.5	13	90	4	50	58	8	11	20	1.59
93240564--93240669	54	1.9	54	83	9	135	36	19	16	27	1.93
93237789--93241219	491	7.0	490	81	9	3678	37	20	16	25	1.93
93240704--93240809	54	1.9	54	85	9	144	37	19	15	27	1.92
93240800--93240943	72	2.0	71	90	1	225	38	22	16	22	1.93
93240916--93241021	54	1.9	55	83	5	135	39	16	14	29	1.88
93241001--93241034	13	2.5	13	90	4	50	58	8	11	20	1.59
93240520--93241219	352	2.0	351	94	0	1229	37	20	16	25	1.93
93241196--93241301	54	1.9	54	85	9	144	37	19	15	27	1.92
93238420--93241852	492	7.0	491	78	11	2989	37	20	16	25	1.93
93241336--93241442	55	1.9	55	85	9	146	37	19	14	28	1.92
93241433--93241457	13	1.9	13	100	0	50	64	0	12	24	1.27
93241549--93241654	54	1.9	55	84	5	144	39	17	14	28	1.89
93241634--93241667	13	2.5	13	90	4	50	58	8	11	20	1.59
93241689--93241794	54	1.9	54	81	9	126	38	17	15	28	1.90
93241971--93242076	54	1.9	54	85	9	144	38	18	15	27	1.91
93242067--93242091	13	1.9	13	100	0	50	64	0	12	24	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93242182--93242287	54	1.9	55	83	5	135	38	18	14	28	1.90
93242267--93242300	13	2.5	13	90	4	50	61	8	8	20	1.52
93242365--93242714	72	5.0	70	68	13	236	37	22	16	23	1.93
93242689--93242794	54	1.9	55	83	9	137	40	17	13	28	1.87
93242969--93243074	54	1.9	54	85	9	144	38	19	13	28	1.89
93241798--93243764	492	4.0	492	86	6	1901	37	20	16	24	1.93
93243205--93243348	72	2.0	71	90	1	225	38	23	15	22	1.93
93243406--93243439	13	2.5	13	90	4	50	58	8	11	20	1.59
93242644--93245606	772	3.8	771	88	5	4313	37	20	16	25	1.93
93243601--93243706	54	1.9	54	81	9	126	37	21	14	26	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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