genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.194.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60955497--60955668	47	3.7	46	76	7	186	29	26	19	23	1.98
60955545--60955713	46	3.7	46	76	10	182	30	24	20	25	1.99
60955490--60955713	93	2.4	93	90	0	349	30	25	19	24	1.98
60961524--60961676	47	3.4	47	72	17	169	29	28	18	23	1.98
60961470--60961730	88	2.9	93	86	6	372	29	27	20	22	1.99
60961572--60961712	41	3.3	40	71	15	120	29	28	19	22	1.98
60961530--60961666	42	3.2	41	67	22	109	29	28	18	23	1.98
60961463--60961716	46	5.6	46	69	18	190	30	27	19	22	1.98
60966043--60966081	20	2.0	20	85	10	53	20	30	7	41	1.80
60978876--60978988	46	2.5	46	80	2	129	32	15	27	24	1.95
60979062--60979113	27	1.9	27	88	0	77	30	25	23	21	1.99
60983847--60984004	68	2.3	68	95	0	280	24	29	13	31	1.94
60983847--60984030	68	2.7	66	87	8	253	23	28	14	33	1.94
60991354--60991569	68	3.2	66	88	7	271	22	29	16	31	1.95
60991414--60991569	68	2.3	66	95	2	276	24	30	14	30	1.95
60991372--60991595	68	3.3	66	85	8	263	21	28	15	34	1.94
60993602--60993639	7	5.6	7	96	3	69	10	13	0	76	1.02
60998709--60998858	41	3.7	41	79	5	187	29	27	22	20	1.99
61006654--61006803	41	3.7	41	80	1	194	29	27	22	21	1.99
61016122--61016284	46	3.5	45	71	15	125	31	19	26	23	1.98
61016107--61016287	93	1.9	95	84	4	242	32	19	27	21	1.97
61016157--61016426	49	5.6	49	76	8	193	29	19	26	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61020974--61021139	43	3.9	43	80	4	138	34	26	15	24	1.94
61027912--61028077	40	4.2	40	82	5	203	22	23	29	24	1.99
61033077--61033126	10	5.0	10	81	13	59	22	8	2	68	1.26
61035702--61035973	48	5.7	48	79	6	295	25	28	18	27	1.98
61035702--61035973	144	1.9	144	87	1	402	25	28	18	27	1.98
61039065--61039100	7	5.1	7	86	0	54	27	41	0	30	1.56
61041339--61041497	27	5.9	27	90	0	228	23	14	18	42	1.88
61041753--61041797	23	1.9	24	90	4	74	22	2	51	24	1.60
61051524--61051549	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
61054217--61054344	39	3.3	39	92	0	202	29	17	26	26	1.97
61057824--61058024	27	7.4	27	85	3	251	27	14	27	30	1.95
61065939--61066138	27	7.4	27	85	3	242	27	15	27	30	1.96
61070504--61070528	11	2.3	11	100	0	50	40	28	24	8	1.83
61071780--61072185	27	15.0	27	82	3	422	29	22	8	40	1.83
61071782--61072189	81	5.0	81	84	2	507	29	21	8	40	1.82
61072202--61072497	27	11.0	27	85	0	349	36	18	20	25	1.95
61072194--61072469	54	5.1	54	87	4	396	37	18	19	25	1.94
61072202--61072469	108	2.5	108	95	0	473	36	18	19	25	1.94
61072696--61072778	27	3.1	26	86	5	112	19	24	20	36	1.95
61072866--61072924	22	2.7	22	81	0	64	20	25	22	32	1.98
61073280--61073381	6	16.8	6	77	17	104	19	17	13	49	1.80
61073280--61073381	30	3.4	30	90	6	161	19	17	13	49	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61075561--61075781	23	9.6	23	82	2	239	31	24	20	23	1.98
61075561--61075772	69	3.1	69	84	2	273	31	25	19	23	1.98
61079321--61079496	46	3.8	45	79	12	196	20	19	29	30	1.97
61079318--61079489	93	1.8	93	93	0	299	20	20	29	29	1.98
61084077--61084192	58	2.0	58	94	0	205	37	25	18	18	1.94
61084181--61084326	69	2.1	69	87	2	204	28	25	25	20	1.99
61084162--61084326	23	7.2	22	86	4	177	29	26	24	20	1.99
61091471--61091556	37	2.3	38	95	2	156	41	2	10	45	1.51
61092930--61092971	21	2.1	20	86	8	59	50	11	4	33	1.60
61102883--61103002	56	2.1	56	98	0	231	45	9	23	22	1.81
61104458--61105089	47	13.3	47	93	2	914	33	9	29	28	1.88
61104458--61105089	96	6.6	94	92	2	914	33	9	29	28	1.88
61106967--61107088	22	5.3	22	62	21	61	25	29	11	33	1.91
61106939--61107584	47	13.6	47	91	3	888	28	29	8	33	1.86
61111966--61112008	21	2.1	20	86	4	59	34	9	4	51	1.55
61118210--61118476	49	5.6	47	96	2	471	32	8	29	29	1.86
61118452--61118498	22	2.1	22	100	0	94	36	0	27	36	1.57
61118405--61118545	69	2.0	69	88	0	210	32	7	31	29	1.84
61118668--61118746	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
61124400--61124496	28	3.5	28	86	0	140	28	28	12	29	1.93
61124400--61124509	56	2.0	56	90	0	175	30	27	12	30	1.93
61124400--61124511	28	4.0	28	84	4	136	29	27	12	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61124496--61124591	40	2.4	40	75	0	102	31	25	18	25	1.98
61130916--61130980	28	2.3	28	91	0	103	32	27	7	32	1.85
61131096--61131176	28	2.9	28	92	1	126	20	24	22	32	1.98
61131096--61131201	56	1.9	55	80	7	124	19	24	20	34	1.96
61131629--61131669	18	2.3	18	86	0	55	24	2	4	68	1.22
61137212--61137239	14	2.0	14	100	0	56	35	35	0	28	1.58
61142639--61142926	39	7.4	39	85	3	244	25	21	26	26	2.00
61148599--61148730	39	3.4	39	93	2	212	29	19	25	25	1.99
61148635--61148937	39	7.7	39	89	2	319	22	22	27	26	1.99
61148723--61148937	117	1.8	118	93	3	380	20	24	28	27	1.99
61150653--61150677	7	3.6	7	100	0	50	16	52	0	32	1.44
61155359--61156344	47	20.6	47	93	3	1639	30	29	8	32	1.87
61155359--61156344	96	10.3	96	94	3	1654	30	29	8	32	1.87
61155359--61156344	143	6.9	141	93	3	1639	30	29	8	32	1.87
61159409--61159463	27	2.0	27	89	0	83	40	25	5	29	1.78
61159418--61159596	27	6.6	28	76	5	145	39	22	8	29	1.84
61159584--61159826	27	9.0	27	89	2	301	35	19	20	24	1.96
61159584--61159831	81	3.1	81	89	2	347	35	19	20	24	1.96
61164056--61164154	27	3.6	27	80	9	103	39	17	9	34	1.81
61164160--61164316	27	5.8	26	86	3	188	28	22	8	40	1.84
61164160--61164317	81	2.0	81	84	2	210	27	22	8	41	1.83
61164214--61164516	27	11.1	27	77	8	130	36	18	8	35	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61164160--61164343	81	2.3	81	80	1	190	29	21	9	40	1.84
61164295--61164434	54	2.6	54	84	4	183	39	20	7	32	1.81
61164295--61164516	81	2.7	79	74	9	180	40	19	8	31	1.81
61164473--61164524	27	1.9	27	88	7	79	40	11	11	36	1.78
61165783--61165830	25	1.9	25	91	0	78	35	25	14	25	1.94
61165867--61165917	20	2.5	20	96	0	93	35	9	21	33	1.86
61165964--61166130	23	7.1	23	92	2	262	28	22	20	27	1.99
61165963--61166131	24	7.2	23	91	3	257	29	22	20	27	1.99
61165963--61166131	47	3.6	47	89	3	259	29	22	20	27	1.99
61166346--61166409	31	2.1	31	90	0	101	39	15	23	21	1.92
61172009--61172165	27	5.7	27	79	7	156	28	28	16	26	1.97
61171988--61172166	54	3.3	55	78	11	197	28	29	16	26	1.97
61180106--61180283	27	6.6	27	79	3	115	28	28	16	26	1.97
61180106--61180283	54	3.3	55	80	10	204	28	28	16	26	1.97
61180127--61180282	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
61183529--61183704	46	3.8	46	80	12	216	21	20	28	29	1.98
61183526--61183696	93	1.8	93	94	0	306	21	21	28	28	1.98
61202015--61202107	6	15.2	6	74	16	66	51	15	15	18	1.76
61202032--61202107	31	2.5	31	86	0	107	51	14	15	18	1.77
61202503--61202725	81	2.8	81	87	1	304	25	19	18	36	1.94
61202503--61202725	27	8.3	27	87	0	275	25	19	18	36	1.94
61202681--61202807	27	4.7	27	84	3	96	29	9	21	40	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61202710--61202822	27	4.2	27	86	0	91	30	7	23	39	1.81
61202801--61202916	27	4.3	27	89	0	178	35	8	25	30	1.86
61202773--61202918	54	2.7	53	87	4	168	34	8	24	31	1.86
61202928--61203078	27	5.6	27	78	7	153	31	7	19	40	1.81
61205006--61205073	18	3.8	18	83	9	59	51	14	13	20	1.76
61205027--61205126	6	16.3	6	74	15	89	49	15	17	19	1.80
61205047--61205126	31	2.6	31	91	0	124	48	15	18	17	1.81
61205511--61205569	27	2.2	28	78	9	68	28	18	23	28	1.98
61205520--61205742	27	8.2	28	87	4	305	26	21	18	33	1.96
61205645--61205827	27	6.7	27	79	1	91	29	14	19	36	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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