genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.159.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50399312--50399341	15	2.0	15	93	0	51	50	13	0	36	1.42
50402609--50402647	10	3.8	10	86	6	60	30	17	15	35	1.91
50402609--50402648	21	1.9	21	94	0	71	30	17	15	37	1.90
50406326--50406436	27	4.2	25	83	10	114	37	22	23	16	1.93
50406326--50406436	54	2.1	54	84	5	145	37	22	23	16	1.93
50408299--50408518	40	5.6	40	81	5	241	25	25	23	25	2.00
50411171--50411241	24	3.0	24	91	4	108	25	38	1	35	1.65
50420339--50420369	14	2.2	14	100	0	62	12	19	25	41	1.87
50422179--50422301	48	2.5	49	83	6	144	25	28	21	25	1.99
50426032--50426098	29	2.2	29	82	15	75	29	14	5	49	1.68
50429205--50429636	48	9.0	48	90	0	657	36	6	26	31	1.81
50429215--50429636	144	2.9	144	95	0	763	36	6	26	30	1.81
50429681--50429788	37	2.9	37	92	0	180	23	19	33	24	1.97
50433258--50433294	19	1.9	19	88	0	56	72	10	2	13	1.21
50433733--50433847	55	2.1	56	83	8	146	34	21	24	19	1.96
50433758--50433847	27	3.2	27	85	7	119	32	23	24	20	1.98
50433953--50434016	28	2.3	28	91	0	101	31	9	28	31	1.88
50434687--50434821	67	2.0	67	92	0	225	25	28	16	29	1.97
50440864--50440991	29	4.5	28	88	2	175	32	25	12	28	1.92
50440863--50440991	57	2.3	57	87	2	188	32	26	12	28	1.92
50444448--50444484	19	1.9	19	88	0	56	72	10	2	13	1.21
50444947--50445036	27	3.2	27	85	7	119	32	23	24	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50456733--50456826	44	2.2	42	84	7	118	35	23	18	23	1.96
50457922--50457946	13	1.9	13	100	0	50	40	8	0	52	1.31
50458865--50458905	20	2.0	21	85	4	57	34	12	12	41	1.80
50460866--50460909	16	2.8	16	96	0	79	56	22	15	4	1.57
50461120--50461223	29	3.6	28	81	3	93	28	8	30	31	1.87
50461144--50461243	29	3.4	29	81	0	110	28	13	31	28	1.93
50467636--50467684	25	2.0	25	88	8	73	36	2	0	61	1.08
50468934--50469044	27	4.1	27	91	0	141	39	19	17	23	1.92
50479011--50479044	17	1.9	18	94	5	61	11	32	32	23	1.91
50482428--50482827	47	8.5	47	94	2	687	32	8	30	29	1.87
50482428--50482827	140	2.8	141	94	1	687	32	8	30	29	1.87
50482428--50482827	93	4.3	94	95	1	687	32	8	30	29	1.87
50485255--50485327	38	1.9	38	86	5	103	31	19	24	24	1.98
50485383--50485543	40	4.1	40	88	0	225	24	21	29	25	1.99
50488270--50488859	47	12.5	47	95	0	1036	32	8	29	29	1.87
50494695--50494957	37	7.0	37	77	3	222	27	17	17	37	1.92
50494723--50494929	75	2.8	75	80	1	209	28	16	16	37	1.92
50494723--50494954	112	2.1	112	87	1	331	28	16	16	37	1.91
50497012--50497054	18	2.4	18	92	0	68	62	0	20	16	1.32
50497012--50497054	6	7.2	6	79	10	52	62	0	20	16	1.32
50498251--50498303	24	2.2	24	89	0	79	33	1	9	54	1.43
50507755--50507779	13	1.9	13	100	0	50	84	0	16	0	0.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50509070--50509104	17	2.1	17	100	0	70	45	11	22	20	1.82
50509418--50509494	13	5.9	13	80	6	84	33	7	20	37	1.82
50509655--50509702	8	5.6	9	75	24	50	43	0	0	56	0.99
50509655--50509713	19	3.1	19	90	7	84	44	0	0	55	0.99
50510560--50510623	29	2.2	30	83	8	78	46	0	10	42	1.39
50511884--50511999	29	3.9	29	75	16	80	32	0	16	50	1.51
50511917--50512026	29	3.7	29	77	13	98	31	0	13	53	1.46
50515914--50516068	43	3.6	42	84	1	202	28	14	23	32	1.95
50526117--50526238	46	2.6	47	81	5	138	26	22	14	36	1.93
50528126--50528165	21	1.9	21	100	0	80	55	5	30	10	1.54
50530353--50530457	30	3.5	30	92	0	165	9	11	39	40	1.74
50532653--50532723	32	2.3	31	80	9	81	36	9	14	39	1.79
50533771--50533808	19	2.0	20	89	5	60	15	26	36	21	1.93
50538590--50538709	38	3.1	37	80	7	132	30	22	22	25	1.99
50538553--50538709	78	2.0	78	82	7	194	31	23	21	23	1.98
50550055--50550079	13	1.9	13	100	0	50	44	0	8	48	1.32
50550537--50550577	20	2.0	22	85	9	59	48	0	24	26	1.51
50551209--50551270	32	1.9	32	93	0	106	27	14	24	33	1.94
50557817--50558079	40	6.6	40	87	3	316	24	20	28	26	1.99
50557856--50558114	80	3.3	80	84	3	238	25	20	28	25	1.99
50565744--50566006	40	6.6	40	87	3	316	24	20	28	26	1.99
50565783--50566041	80	3.3	80	84	3	238	25	20	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50575374--50575440	20	3.3	20	89	0	107	32	13	20	32	1.92
50575491--50575539	23	2.1	23	92	0	80	30	20	20	28	1.98
50575754--50575813	31	1.9	31	93	0	102	36	16	21	25	1.94
50579777--50579997	40	5.6	40	82	2	241	25	23	26	24	2.00
50586693--50586759	20	3.3	20	85	0	98	32	13	19	34	1.91
50586810--50586882	23	3.1	23	94	3	128	28	20	20	30	1.98
50586809--50586903	24	4.0	24	89	6	140	28	21	22	28	1.99
50587097--50587156	31	1.9	31	93	0	102	36	16	21	25	1.94
50589312--50589371	27	2.3	26	85	2	75	35	20	23	21	1.96
50591603--50591677	38	2.0	38	100	0	150	29	13	26	30	1.94
50591652--50591703	26	2.0	26	100	0	104	34	7	26	30	1.85
50592311--50592535	40	5.6	40	82	3	238	25	23	27	24	2.00
50592311--50592571	80	3.3	80	82	3	285	25	23	26	24	2.00
50592311--50592535	120	1.9	121	83	6	296	25	23	27	24	2.00
50595086--50595347	131	2.0	131	97	0	497	38	19	9	31	1.84
50597267--50597595	27	12.2	27	79	1	279	41	20	8	29	1.82
50597590--50597650	26	2.3	26	85	2	77	39	21	16	22	1.92
50597605--50597678	27	2.8	25	84	10	85	33	21	20	24	1.97
50598034--50598083	22	2.3	22	78	0	55	24	28	18	30	1.97
50598240--50598316	27	2.9	26	82	5	82	24	20	19	35	1.96
50598263--50598348	27	3.2	26	85	4	100	23	20	19	36	1.95
50598466--50598554	6	14.5	6	76	13	83	17	16	16	48	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50598466--50598554	37	2.4	37	83	10	112	17	16	16	48	1.82
50598466--50598554	43	2.1	43	89	0	133	17	16	16	48	1.82
50600513--50600843	27	12.3	27	80	3	301	39	21	9	29	1.85
50600561--50600841	80	3.5	80	81	3	314	39	21	9	29	1.84
50600513--50600873	134	2.7	134	81	2	359	39	21	9	29	1.84
50600863--50601112	27	9.3	27	84	0	313	35	21	19	24	1.96
50601460--50601520	22	2.7	23	78	12	65	22	26	21	29	1.99
50601682--50601782	27	3.8	26	83	6	112	22	22	18	35	1.96
50601675--50601782	54	2.0	53	83	5	137	21	22	20	36	1.96
50601844--50601904	31	2.0	31	86	0	86	19	16	14	49	1.80
50606855--50606973	55	2.2	55	80	5	134	25	26	25	22	2.00
50616341--50616557	40	5.4	40	91	2	305	22	23	28	24	1.99
50624436--50624573	40	3.5	40	86	4	165	22	25	28	23	1.99
50632029--50632204	38	4.6	39	94	2	313	22	24	30	22	1.99
50632153--50632262	58	1.9	57	96	1	202	22	26	30	20	1.99
50632210--50632320	39	2.8	39	94	0	195	18	26	30	24	1.98
50632114--50632301	97	2.0	95	95	2	340	22	25	30	21	1.99
50637901--50638078	39	4.6	39	95	1	322	22	24	29	23	1.99
50637901--50638078	77	2.3	78	94	0	322	22	24	29	23	1.99
50638026--50638138	60	1.9	60	96	0	208	22	25	29	23	1.99
50638086--50638196	39	2.8	39	91	0	186	19	26	29	24	1.99
50637986--50638177	99	1.9	99	94	0	339	22	25	29	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50647694--50647882	50	3.8	49	80	2	198	27	17	25	28	1.98
50651440--50651483	22	2.0	22	95	0	79	56	27	0	15	1.40
50658172--50658227	28	2.0	28	100	0	112	28	3	32	35	1.74
50660338--50660472	29	4.7	28	84	5	130	26	13	34	25	1.93
50660327--50660472	57	2.5	57	79	6	161	28	12	33	26	1.92
50660330--50660458	29	4.5	29	83	2	154	27	13	34	25	1.93
50664569--50664758	27	7.0	27	77	5	197	25	13	20	41	1.88
50670730--50670769	8	4.9	8	84	3	53	47	15	27	10	1.77
50670718--50670770	24	2.2	24	81	15	65	47	13	28	11	1.77
50671234--50671396	27	6.0	27	72	8	125	29	14	16	39	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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