genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.264.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84211168--84211274	37	2.9	37	95	0	187	26	31	18	23	1.97
84214627--84214821	40	4.9	40	89	0	284	27	22	26	24	1.99
84216335--84216369	16	2.2	16	90	10	54	22	25	2	48	1.64
84232723--84232751	10	2.9	10	100	0	58	51	17	0	31	1.45
84236281--84236391	27	4.1	27	86	5	145	38	21	24	15	1.92
84237836--84237911	24	3.2	24	92	0	125	19	42	3	34	1.70
84243456--84243519	30	2.2	29	97	2	119	25	17	23	34	1.96
84253635--84253745	40	2.8	39	82	5	116	25	21	28	24	1.99
84261387--84261515	46	2.8	46	95	0	222	29	29	21	19	1.98
84261395--84261534	46	3.0	45	88	4	140	28	29	21	20	1.98
84263409--84263495	45	1.9	45	95	0	156	29	26	21	21	1.99
84264276--84264394	25	4.8	25	88	0	157	47	12	14	25	1.79
84280156--84280208	27	2.0	27	84	0	70	22	24	20	32	1.98
84280071--84280220	67	2.2	67	91	2	239	19	30	22	28	1.98
84295860--84296132	39	6.9	38	83	3	168	30	27	22	19	1.98
84295909--84296130	79	2.8	78	86	1	318	28	27	23	20	1.99
84295921--84296126	39	5.3	39	84	3	216	28	27	23	21	1.99
84306435--84306487	27	2.0	27	84	0	70	22	24	20	32	1.98
84306350--84306499	67	2.2	67	90	2	230	20	30	21	28	1.98
84326532--84326804	39	6.9	39	84	2	179	30	27	21	20	1.98
84326561--84326804	39	6.2	39	84	0	299	29	26	22	21	1.99
84326581--84326802	79	2.8	78	86	1	327	28	27	22	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84330768--84330924	43	3.7	42	72	13	124	32	26	17	24	1.96
84338207--84338405	42	4.7	42	82	9	226	33	25	17	23	1.96
84342798--84343002	55	3.8	54	80	4	207	23	22	18	35	1.95
84342984--84343105	47	2.6	47	96	0	217	25	23	13	36	1.92
84343077--84343196	47	2.5	48	75	9	120	23	21	20	34	1.97
84347460--84347635	67	2.6	66	82	7	187	30	15	30	23	1.96
84347484--84347667	67	2.8	64	79	8	203	28	16	30	24	1.96
84354107--84354178	34	2.1	35	82	7	85	20	25	11	43	1.85
84355535--84355665	65	2.0	65	98	0	253	41	17	15	25	1.88
84355668--84355724	26	2.2	26	83	3	69	26	19	19	35	1.95
84359043--84359090	20	2.4	20	71	0	51	29	20	29	20	1.98
84362075--84362271	55	3.6	54	84	4	254	20	23	19	36	1.95
84362250--84362371	47	2.6	47	89	0	190	25	23	13	36	1.92
84362510--84362594	44	1.9	44	83	4	109	24	22	14	38	1.91
84365552--84365580	11	2.7	11	94	5	51	6	37	0	55	1.27
84367402--84367664	90	3.0	90	82	6	292	32	26	16	23	1.96
84367448--84367666	45	4.9	45	83	2	255	32	27	16	23	1.96
84369207--84369517	47	6.6	48	74	10	209	28	18	29	23	1.98
84383223--84383407	40	4.7	40	81	5	178	27	28	20	24	1.99
84383190--84383407	40	5.5	39	77	7	165	25	27	20	25	1.99
84387834--84387945	27	4.2	26	76	12	109	17	24	21	36	1.95
84388879--84388909	16	1.9	16	93	0	53	61	9	3	25	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84391939--84392159	80	2.8	80	80	7	202	27	27	20	24	1.99
84391979--84392159	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
84391976--84392159	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
84399858--84400040	40	4.6	39	81	8	192	27	27	20	24	1.99
84399861--84400040	79	2.3	80	83	8	217	27	27	21	23	1.99
84401030--84401054	13	1.9	13	100	0	50	0	8	4	88	0.64
84404178--84404267	38	2.4	38	90	7	139	23	28	23	24	1.99
84412413--84412561	40	3.7	39	86	7	201	24	28	24	22	2.00
84416714--84416757	20	2.1	22	87	8	65	0	15	18	65	1.27
84424080--84424287	40	5.2	40	83	7	253	25	21	27	25	1.99
84424080--84424301	79	2.8	79	81	9	254	25	20	27	26	1.99
84428825--84428886	31	2.0	31	90	0	97	35	22	8	33	1.84
84430574--84430778	105	2.0	99	86	7	286	36	31	9	21	1.86
84436129--84436189	26	2.2	29	80	20	92	47	6	14	31	1.70
84436137--84436190	26	2.1	26	100	0	108	48	7	14	29	1.71
84438534--84438691	43	3.7	43	79	9	180	32	26	17	24	1.96
84441464--84441540	38	2.0	38	100	0	154	46	15	0	37	1.46
84442078--84442145	31	2.2	32	89	2	102	55	26	1	16	1.49
84442091--84442152	32	2.0	31	90	3	97	56	24	1	17	1.50
84442069--84442136	8	8.5	8	69	18	52	52	32	1	13	1.49
84448404--84448469	28	2.4	28	80	11	75	43	1	3	51	1.26
84455560--84455597	15	2.4	16	86	8	51	63	0	2	34	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84457210--84457259	23	2.2	23	88	0	73	50	0	8	42	1.32
84457542--84457710	40	4.2	40	82	0	203	20	26	17	34	1.95
84458908--84458951	19	2.3	19	84	7	54	27	15	6	50	1.70
84459331--84459491	86	1.9	86	84	5	218	36	21	15	26	1.94
84465819--84465844	6	4.3	6	100	0	52	15	34	0	50	1.45
84467350--84467471	46	2.7	46	94	0	208	30	27	20	21	1.98
84467894--84467953	30	2.0	30	86	0	84	33	25	5	36	1.78
84473051--84473201	28	5.4	28	91	1	214	33	27	11	26	1.92
84478196--84478317	46	2.7	46	90	0	181	30	27	20	22	1.98
84496041--84496162	61	2.0	61	93	0	208	50	22	3	23	1.64
84499457--84499680	39	5.6	39	84	6	256	23	20	28	27	1.99
84499457--84499680	40	5.7	40	84	6	262	23	20	28	27	1.99
84499457--84499663	79	2.6	80	85	6	278	24	21	28	26	1.99
84499457--84499713	79	3.3	79	82	7	220	24	20	27	27	1.99
84502800--84502890	45	2.0	45	87	4	130	23	14	25	37	1.92
84502844--84503011	43	4.0	43	75	9	139	26	15	27	30	1.96
84502812--84503011	84	2.3	89	73	9	191	26	16	27	30	1.97
84504567--84504643	38	2.0	38	92	0	127	19	29	33	16	1.94
84508345--84508403	27	2.2	27	87	0	91	30	22	15	32	1.94
84508897--84508999	51	2.0	51	96	0	188	29	22	18	30	1.97
84512371--84512424	28	1.9	28	88	0	81	31	25	24	18	1.97
84518358--84518386	13	2.2	13	100	0	58	37	0	0	62	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84518529--84518576	25	1.9	25	83	8	62	39	6	0	54	1.26
84530619--84531325	205	3.4	202	87	2	982	31	16	21	30	1.96
84533140--84533164	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
84533305--84533352	25	1.9	25	83	8	62	37	4	0	58	1.18
84536045--84536208	44	3.8	42	78	11	179	20	20	29	29	1.98
84536049--84536255	91	2.3	87	86	8	301	20	20	29	29	1.98
84543169--84543344	46	3.8	46	76	12	189	21	19	28	30	1.98
84543166--84543337	93	1.8	93	92	0	290	21	20	29	29	1.98
84555082--84555788	205	3.4	203	89	2	1056	30	17	21	30	1.96
84555871--84555957	44	2.0	44	86	4	122	29	16	27	26	1.96
84556018--84556042	13	1.9	13	100	0	50	48	16	28	8	1.74
84557767--84557814	25	1.9	25	87	8	71	37	6	0	56	1.25
84565929--84565959	15	2.1	15	93	0	53	19	0	25	54	1.44
84566509--84566683	43	4.1	43	76	5	124	25	15	26	33	1.95
84578886--84578969	28	3.0	27	81	6	89	20	25	21	33	1.97
84578916--84578977	27	2.2	29	88	5	92	19	25	24	30	1.98
84586733--84586795	28	2.2	29	85	2	83	20	25	23	30	1.99
84586743--84586806	28	2.2	28	83	2	74	23	28	18	29	1.98
84593749--84594065	48	6.6	48	83	3	327	30	20	27	21	1.98
84593790--84594073	96	2.9	97	83	3	369	30	19	27	21	1.98
84595870--84595962	40	2.3	39	83	7	116	32	25	10	31	1.90
84598853--84599036	67	2.8	64	77	8	194	29	16	30	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84602950--84603010	30	2.0	30	83	0	77	40	3	26	29	1.72
84605167--84605256	28	3.2	27	82	7	101	21	25	22	31	1.98
84616552--84616614	31	2.0	31	100	0	126	25	19	39	15	1.91
84620910--84620947	20	1.9	20	88	0	58	36	31	13	18	1.89
84621102--84621300	102	2.0	102	100	0	398	44	17	6	32	1.73
84624713--84624741	13	2.2	13	100	0	58	55	13	0	31	1.39
84629090--84629456	46	8.0	46	91	1	495	40	14	23	21	1.90
84629341--84629415	24	3.2	24	63	30	61	41	14	25	18	1.89
84629742--84629774	17	2.0	17	94	5	59	48	0	15	36	1.45
84631875--84632145	49	5.5	49	82	2	326	30	25	16	26	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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