genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.237.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74722633--74722699	27	2.5	27	87	0	80	22	17	19	40	1.92
74722650--74722724	27	2.8	27	87	0	96	22	17	21	38	1.93
74722664--74722735	27	2.7	27	82	8	76	23	19	19	37	1.94
74729032--74729070	10	3.9	10	86	6	53	0	20	17	61	1.34
74731989--74732101	57	2.0	57	87	5	165	45	7	19	28	1.76
74733674--74733704	16	1.9	16	93	0	53	29	0	9	61	1.28
74738130--74738206	39	2.0	39	92	0	127	31	25	6	36	1.82
74740825--74740875	16	3.2	16	86	10	77	41	5	27	25	1.78
74747817--74747944	31	4.1	31	82	0	139	34	14	14	37	1.86
74747820--74747942	62	2.0	62	83	0	156	33	14	14	37	1.87
74758993--74759041	18	2.7	18	76	20	57	28	12	12	46	1.77
74760035--74760070	17	2.1	18	89	5	56	16	30	41	11	1.83
74771678--74771816	49	2.9	49	82	1	163	25	17	30	26	1.97
74771688--74771857	48	3.5	48	82	4	173	25	15	30	28	1.96
74771785--74771886	48	2.3	45	81	10	120	27	11	26	34	1.91
74771678--74771903	90	2.4	94	76	7	239	25	14	29	30	1.95
74773607--74773678	27	2.5	27	84	11	81	31	31	19	16	1.94
74773597--74773861	103	2.6	104	90	3	408	30	29	20	19	1.97
74774189--74774253	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
74774196--74774253	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
74781094--74781358	103	2.6	104	90	3	417	29	29	20	19	1.97
74781686--74781750	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74781693--74781750	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
74783051--74783097	20	2.4	18	82	10	58	25	0	4	70	1.05
74785009--74785179	94	1.8	92	83	7	229	22	28	19	29	1.98
74790346--74790681	47	7.1	47	90	2	456	32	11	29	26	1.92
74790655--74790791	46	3.0	46	89	0	202	34	8	31	25	1.86
74793146--74793199	27	2.0	27	96	0	99	40	5	7	46	1.55
74793945--74793990	23	2.0	23	100	0	92	34	13	17	34	1.88
74795017--74795046	15	2.0	15	93	0	51	30	6	20	43	1.77
74796234--74796261	10	2.8	10	100	0	56	28	0	28	42	1.56
74809581--74809622	22	2.0	21	81	13	50	42	2	4	50	1.36
74820498--74820562	28	2.3	29	81	2	69	44	3	21	30	1.67
74824572--74824638	33	2.0	33	97	0	125	34	7	32	25	1.84
74828781--74828946	43	3.8	43	75	10	158	29	15	24	30	1.96
74832219--74832467	46	5.2	45	73	13	160	28	19	30	22	1.98
74832216--74832395	100	1.8	98	87	4	272	25	21	31	21	1.98
74834891--74834934	22	2.0	22	86	8	63	27	29	11	31	1.91
74844402--74844460	18	3.4	18	77	13	70	50	0	25	23	1.49
74844904--74844964	30	2.1	30	84	3	79	19	31	0	49	1.49
74846135--74846167	9	3.7	9	84	15	50	42	24	9	24	1.83
74851469--74851495	10	2.7	10	100	0	54	22	29	22	25	1.99
74853379--74853418	20	2.0	20	85	9	55	10	17	2	70	1.27
74854612--74854663	16	3.1	16	89	8	77	38	1	0	59	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74854612--74854664	18	3.1	17	91	5	81	37	1	0	60	1.08
74857676--74857869	96	2.0	96	84	0	253	12	31	18	37	1.88
74871471--74871511	21	2.0	21	90	0	64	26	7	4	60	1.43
74874315--74874427	57	2.0	57	91	3	183	35	1	54	7	1.40
74874354--74874462	49	2.2	49	86	3	157	33	1	55	8	1.40
74879498--74879534	16	2.3	16	95	0	65	13	37	29	18	1.90
74879963--74879996	15	2.2	16	89	5	52	50	26	0	23	1.50
74880781--74880834	27	2.0	27	85	7	74	18	18	12	50	1.78
74883249--74883285	19	1.9	19	88	0	56	29	2	8	59	1.40
74883764--74883806	21	2.0	21	86	8	61	41	4	13	39	1.66
74888148--74888188	20	2.0	20	100	0	82	39	9	9	41	1.71
74889003--74889176	87	2.0	87	100	0	348	49	18	16	16	1.80
74892736--74892781	19	2.5	19	85	3	58	21	8	54	15	1.68
74892747--74892789	19	2.3	19	95	0	77	20	6	53	18	1.67
74894079--74894158	18	4.4	18	87	0	97	38	20	11	30	1.87
74894070--74894158	36	2.4	36	86	3	115	38	20	11	30	1.87
74894311--74894402	44	2.1	44	83	4	114	31	22	22	22	1.98
74896116--74896380	47	5.7	44	68	18	121	27	17	29	24	1.97
74898248--74898296	19	2.6	19	96	0	89	24	32	36	6	1.80
74899462--74899541	3	27.0	3	71	16	60	57	1	0	41	1.07
74899462--74899506	13	3.5	13	84	3	56	57	2	0	40	1.11
74900002--74900048	19	2.4	19	76	20	51	36	19	4	40	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74902303--74902355	25	2.1	25	89	0	79	35	0	24	39	1.56
74908730--74909245	68	7.6	67	72	8	267	34	13	21	30	1.92
74908861--74909175	134	2.3	136	82	3	377	34	14	21	28	1.93
74910580--74910637	30	1.9	30	82	6	73	15	29	31	24	1.95
74911714--74911753	21	2.0	21	90	5	64	22	27	37	12	1.90
74912998--74913311	48	6.6	47	75	5	225	24	28	18	28	1.98
74913082--74913300	96	2.3	96	84	3	280	24	29	17	28	1.98
74921987--74922213	113	2.0	113	97	0	427	35	15	20	28	1.93
74930778--74931051	48	5.7	48	80	4	275	25	28	18	27	1.98
74930778--74931051	96	2.9	95	82	3	325	25	28	18	27	1.98
74930778--74931061	144	2.0	144	82	5	351	26	28	18	26	1.98
74935910--74935946	16	2.3	16	100	0	74	16	13	48	21	1.80
74935968--74936000	15	2.2	15	100	0	66	18	12	42	27	1.85
74956046--74956086	20	2.0	20	100	0	82	39	9	14	36	1.79
74973423--74973632	29	7.2	29	80	3	233	37	16	23	22	1.93
74973434--74973633	88	2.3	88	88	1	294	38	15	24	22	1.93
74973423--74973631	59	3.6	57	79	7	213	37	15	23	22	1.93
74978196--74978323	63	2.0	63	98	0	247	36	23	24	15	1.94
74984908--74985005	40	2.5	40	85	5	128	23	24	28	23	2.00
74986373--74986405	16	2.1	16	100	0	66	42	21	24	12	1.86
74986630--74986696	28	2.4	28	89	0	98	22	14	37	25	1.93
74987955--74987988	18	1.9	18	94	5	61	44	11	14	29	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74994696--74994729	18	1.9	18	88	5	52	41	11	17	29	1.85
75002968--75003000	17	1.9	17	93	0	57	27	0	18	54	1.44
75002974--75003009	17	2.1	17	89	0	54	33	2	13	50	1.57
75007536--75007622	43	2.0	43	86	0	120	26	16	21	35	1.94
75023999--75024037	18	2.2	18	86	9	53	61	0	7	30	1.24
75029739--75029837	39	2.5	39	88	6	137	28	28	23	20	1.99
75029830--75029961	39	3.4	39	92	2	203	25	24	19	31	1.98
75029795--75029954	78	2.1	77	79	9	164	26	25	21	27	1.99
75049462--75049490	4	7.2	4	100	0	58	24	51	0	24	1.48
75060583--75060673	47	1.9	47	95	0	164	24	20	27	27	1.99
75060631--75060822	62	3.1	62	90	0	276	19	24	27	28	1.99
75061438--75061463	5	5.2	5	100	0	52	80	0	19	0	0.71
75070515--75070559	6	7.5	6	81	18	58	82	0	2	15	0.77
75070515--75070559	19	2.5	17	89	7	63	82	0	2	15	0.77
75072330--75072368	20	2.0	20	90	10	62	10	2	58	28	1.44
75076996--75077052	30	1.9	30	89	7	89	17	28	31	22	1.97
75077370--75077838	62	7.5	62	80	1	490	22	25	25	26	2.00
75077370--75077839	186	2.5	186	83	2	550	22	25	25	26	2.00
75079450--75079741	160	1.8	160	82	4	383	31	13	11	42	1.80
75085044--75085114	36	1.9	37	94	2	126	60	12	14	12	1.59
75092272--75092352	4	20.0	4	76	16	62	2	23	3	70	1.16
75092264--75092351	22	4.0	21	76	17	74	3	23	3	69	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75095203--75095310	26	4.2	26	93	0	189	36	24	7	32	1.83
75103014--75103065	27	1.9	27	92	0	86	34	32	3	28	1.76
75104703--75104782	40	2.0	40	100	0	160	30	17	5	47	1.69
75105426--75105516	4	22.0	4	76	14	55	2	21	5	70	1.19
75105464--75105493	10	2.9	10	95	5	51	0	20	16	63	1.31
75105464--75105493	15	1.9	16	93	6	53	0	20	16	63	1.31
75110187--75110214	9	3.1	9	100	0	56	21	0	0	78	0.75
75111661--75111771	21	5.3	21	67	4	62	45	18	18	17	1.85
75111672--75111825	42	3.7	42	84	8	181	45	18	20	16	1.86
75113873--75113941	31	2.3	29	83	14	79	56	2	0	40	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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