genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.265.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84632399--84632449	26	2.0	26	84	0	66	41	15	7	35	1.76
84637301--84637463	83	2.0	83	95	0	290	30	18	11	39	1.86
84637694--84637886	100	1.9	100	86	4	273	29	24	19	26	1.99
84638135--84638188	27	2.0	27	85	0	72	38	14	7	38	1.75
84642492--84642744	47	5.4	47	88	0	353	28	30	7	33	1.86
84647467--84647505	21	1.9	20	89	5	60	12	38	25	23	1.90
84658433--84658666	40	5.9	39	86	2	288	26	23	26	23	2.00
84658436--84658659	120	1.9	119	86	6	319	25	23	26	24	2.00
84668178--84668215	12	2.9	13	88	7	51	26	0	13	60	1.33
84668510--84668631	47	2.6	47	89	0	190	36	14	22	26	1.93
84668610--84668756	54	2.7	56	82	3	192	36	16	24	22	1.94
84668618--84668803	55	3.4	54	80	6	189	35	18	24	22	1.95
84670709--84670741	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
84676033--84676102	5	13.0	5	78	18	70	18	4	1	75	1.04
84676035--84676102	6	11.3	6	72	10	50	17	4	1	76	1.03
84676035--84676102	11	6.2	11	77	17	63	17	4	1	76	1.03
84676033--84676096	32	2.0	31	88	8	94	18	3	1	76	1.00
84678994--84679026	13	2.6	13	90	4	50	39	0	12	48	1.40
84683704--84684093	192	2.0	192	100	0	780	41	15	11	31	1.83
84705444--84705484	13	2.9	15	86	10	52	17	2	17	63	1.42
84709463--84709507	23	1.9	24	90	4	74	22	24	11	42	1.86
84709646--84709830	55	3.4	52	76	11	142	21	24	17	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84718692--84718837	40	3.7	40	82	3	188	25	26	23	24	2.00
84732053--84732146	48	1.9	49	97	2	181	32	10	19	37	1.86
84733013--84733130	55	2.1	55	84	0	146	30	27	28	12	1.93
84734014--84734368	45	8.0	45	88	3	488	29	26	21	23	1.99
84735203--84735382	25	7.2	25	90	0	270	48	11	12	27	1.76
84745302--84745340	16	2.5	15	84	8	51	53	0	2	43	1.14
84745307--84745348	16	2.6	16	85	7	59	52	0	2	45	1.13
84745403--84745460	30	2.0	30	82	3	73	46	10	6	36	1.65
84748654--84748873	47	4.7	49	79	14	225	27	17	30	25	1.97
84748654--84748869	94	2.3	93	86	3	281	27	17	30	25	1.97
84751310--84751414	27	3.9	27	82	9	115	38	20	22	18	1.94
84751520--84751581	25	2.4	25	83	8	70	30	11	24	33	1.90
84761932--84762029	27	3.6	26	78	9	88	40	22	22	14	1.90
84761933--84761989	28	2.0	28	83	6	71	42	26	21	10	1.85
84774357--84774571	27	8.0	27	86	1	279	27	20	18	33	1.96
84774375--84774714	54	6.3	54	82	6	235	27	15	20	36	1.93
84774375--84774714	81	4.2	80	80	10	282	27	15	20	36	1.93
84774534--84774743	54	3.9	53	79	7	219	27	10	22	40	1.86
84774454--84774769	81	3.9	78	77	10	221	28	12	20	37	1.89
84774534--84774718	27	6.9	27	81	6	214	28	10	21	39	1.87
84774510--84774770	81	3.2	78	75	7	227	28	11	20	39	1.87
84774772--84774892	27	4.5	27	89	0	179	41	7	22	28	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84774563--84774917	27	13.1	27	80	5	175	33	8	22	35	1.85
84774763--84774917	54	2.9	54	89	0	220	38	7	22	31	1.83
84777463--84777523	30	2.0	30	83	0	77	29	22	8	39	1.83
84786722--84786846	42	3.0	42	79	6	144	28	16	25	29	1.96
84786722--84786839	43	2.8	42	79	7	139	29	16	24	29	1.96
84789845--84789912	35	1.9	35	100	0	136	35	20	16	27	1.94
84790008--84790153	38	3.6	38	76	15	157	28	23	15	32	1.95
84790037--84790253	47	4.8	47	78	10	245	30	22	14	32	1.93
84790008--84790210	85	2.4	85	93	0	343	30	23	14	32	1.94
84790133--84790260	48	2.7	48	87	1	186	31	23	14	31	1.94
84790037--84790287	133	1.9	132	85	0	349	31	23	13	32	1.93
84793847--84794024	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
84793848--84794003	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
84793844--84794024	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
84796431--84796572	67	2.1	67	84	7	178	33	21	26	19	1.97
84799018--84799147	48	2.7	48	82	0	161	26	19	23	30	1.98
84810030--84810170	43	3.3	42	76	4	133	26	12	28	31	1.93
84822078--84822243	48	3.6	42	73	19	136	26	25	21	26	1.99
84822074--84822221	48	3.1	48	86	0	215	27	26	20	25	1.99
84825885--84825987	46	2.2	46	84	3	125	36	14	22	26	1.92
84830228--84830324	48	2.1	48	86	3	135	35	13	23	27	1.92
84833885--84833911	13	2.1	13	100	0	54	22	14	7	55	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84834243--84834283	18	2.3	18	87	4	57	51	2	2	43	1.28
84835369--84835402	17	2.0	17	88	0	50	55	5	14	23	1.61
84839577--84839642	6	10.8	6	76	15	64	45	15	19	19	1.85
84839586--84839652	31	2.2	31	91	0	107	46	13	20	19	1.83
84839800--84839903	27	3.9	27	82	8	104	36	20	23	20	1.95
84840062--84840126	22	3.0	22	75	8	69	32	23	24	20	1.98
84840553--84840738	27	7.0	27	88	1	268	24	22	19	34	1.96
84840553--84840738	53	3.5	53	88	2	255	24	22	19	34	1.96
84840553--84840738	80	2.3	81	90	1	286	24	22	19	34	1.96
84840776--84840913	27	5.1	27	73	12	72	31	10	20	37	1.87
84846058--84846082	12	2.1	12	100	0	50	16	16	24	44	1.86
84854440--84854485	20	2.1	23	84	11	62	58	10	0	30	1.32
84856922--84857059	37	3.7	37	92	0	213	25	31	18	23	1.98
84857112--84857825	48	14.6	48	90	4	1088	31	27	6	35	1.81
84857375--84857403	14	2.1	14	100	0	58	41	31	0	27	1.56
84857327--84857460	62	2.1	62	91	1	214	35	29	4	31	1.77
84861669--84862460	40	19.8	40	89	0	1145	26	26	20	25	1.99
84861940--84862006	23	3.2	23	60	24	56	23	26	23	25	2.00
84864571--84864668	27	3.5	28	88	2	126	27	13	27	31	1.94
84864599--84864682	27	3.0	27	87	5	96	29	11	25	33	1.91
84872678--84872775	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
84872706--84872788	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84872678--84872789	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
84875123--84875265	37	3.9	37	89	0	205	25	32	18	23	1.97
84875128--84875265	74	1.9	74	92	0	231	23	33	19	23	1.97
84875313--84875928	48	12.8	48	89	2	921	32	26	6	35	1.81
84878864--84879291	43	10.0	43	85	2	502	29	26	18	25	1.98
84882498--84882791	48	6.1	48	94	0	480	35	6	26	32	1.81
84882928--84883030	37	2.8	37	96	0	188	23	20	32	24	1.98
84889722--84889795	38	1.9	38	94	0	130	28	24	10	36	1.89
84901011--84901189	27	6.7	27	84	1	216	25	15	16	41	1.88
84901011--84901179	80	2.1	81	88	1	250	27	14	16	42	1.87
84902640--84902739	28	3.6	28	79	0	119	30	19	25	26	1.98
84902618--84902826	28	7.5	28	72	6	118	27	17	26	29	1.97
84902886--84902920	17	2.1	17	100	0	70	22	11	28	37	1.89
84903142--84903334	96	2.0	96	91	0	314	46	7	24	21	1.77
84909157--84909183	12	2.2	12	100	0	54	25	44	14	14	1.84
84916719--84916767	25	2.0	25	87	0	71	36	12	16	34	1.86
84919236--84919328	40	2.3	39	81	7	98	30	24	12	32	1.93
84925391--84925446	22	2.5	22	88	5	78	25	1	1	71	1.05
84925408--84925442	16	2.2	16	89	0	52	22	2	2	71	1.13
84952843--84952894	26	2.0	26	88	7	79	34	1	15	48	1.56
84956076--84956121	23	2.0	23	100	0	92	21	30	17	30	1.96
84961082--84961122	17	2.4	17	91	0	64	24	26	21	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84965186--84965284	43	2.3	43	89	3	137	33	24	12	30	1.91
84967313--84967486	47	3.8	45	79	13	178	24	29	17	28	1.98
84967313--84967507	47	4.2	45	74	14	141	24	27	18	28	1.98
84967419--84967590	83	2.1	83	82	2	202	23	29	20	26	1.99
84974904--84975119	47	4.7	45	77	15	176	23	28	18	28	1.98
84974904--84975077	91	1.9	94	85	7	248	22	31	18	27	1.97
84974850--84975174	94	3.5	92	77	10	313	23	29	18	28	1.98
84975039--84975210	94	1.8	94	81	2	211	25	29	19	26	1.98
84979948--84980330	47	8.1	47	91	1	561	34	11	28	26	1.91
84980304--84980440	46	3.0	46	90	0	211	34	9	31	24	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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