genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.242.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76573979--76574062	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
76578062--76578094	12	2.8	12	95	4	59	0	24	51	24	1.48
76580653--76580705	26	2.0	26	96	0	97	37	7	30	24	1.83
76582381--76584095	429	4.0	429	98	0	3322	32	13	22	31	1.92
76585923--76586053	47	2.8	47	85	2	165	24	14	24	36	1.93
76587388--76587666	48	5.8	48	79	1	274	26	27	17	28	1.97
76587385--76587666	96	2.9	96	90	0	438	26	28	17	28	1.98
76590274--76590324	26	2.0	26	88	0	75	17	23	21	37	1.94
76590313--76590424	48	2.3	47	76	8	109	25	23	17	33	1.96
76593113--76593271	63	2.5	63	81	2	176	32	35	5	25	1.80
76594090--76594123	18	1.9	18	88	5	52	0	2	20	76	0.92
76608182--76608542	46	7.8	46	78	10	378	21	19	27	30	1.98
76608325--76608487	47	3.5	47	76	14	201	22	19	27	30	1.98
76608177--76608534	93	3.9	93	87	4	510	21	20	28	29	1.98
76608177--76608542	139	2.7	135	75	12	391	21	19	28	30	1.98
76610426--76610497	23	3.2	23	62	18	60	23	12	15	48	1.79
76610432--76610502	22	3.2	22	62	18	56	22	11	18	47	1.80
76610426--76610515	45	2.0	45	100	0	180	24	11	17	46	1.81
76613366--76613410	20	2.3	20	88	3	65	24	17	31	26	1.97
76613437--76613598	28	5.5	28	68	21	107	24	18	29	28	1.98
76613465--76613562	32	3.2	32	70	21	109	22	19	29	28	1.98
76613437--76613599	60	2.7	60	94	0	281	23	18	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76615490--76615545	15	3.7	15	78	7	69	12	16	12	58	1.62
76618260--76618573	46	6.8	46	74	12	293	21	19	28	29	1.98
76618361--76618519	47	3.4	46	70	17	148	22	17	28	30	1.97
76618306--76618565	93	2.8	93	91	2	423	21	19	29	30	1.97
76623405--76623449	23	2.0	22	86	4	63	11	2	33	53	1.49
76626048--76626321	144	1.9	144	97	0	521	28	23	14	32	1.95
76628527--76628562	18	2.1	18	89	5	56	41	0	25	33	1.55
76629050--76629099	21	2.3	22	82	6	57	16	22	26	36	1.94
76630955--76631062	26	4.2	26	93	0	189	32	6	25	36	1.81
76631935--76631992	29	2.0	29	100	0	116	31	13	20	34	1.92
76637980--76638072	26	3.7	26	87	9	131	32	5	27	34	1.80
76638434--76638706	136	2.0	136	97	1	521	36	7	23	32	1.83
76647892--76647975	43	2.0	43	92	0	141	28	30	17	22	1.97
76649324--76649364	5	7.6	5	94	5	55	17	0	0	82	0.66
76649324--76649364	6	7.3	6	91	8	61	17	0	0	82	0.66
76653832--76654485	132	4.9	132	77	5	604	35	17	18	28	1.94
76657435--76658422	221	4.5	221	89	0	1480	22	32	17	27	1.96
76657435--76658422	44	22.4	44	87	1	1377	22	32	17	27	1.96
76659656--76659732	5	15.4	5	75	18	72	1	20	0	77	0.83
76659656--76659740	9	9.5	8	80	14	71	1	20	0	78	0.81
76659661--76659738	15	5.3	15	80	18	92	1	20	0	78	0.83
76662290--76662344	24	2.2	25	87	3	76	41	16	21	20	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76662304--76662355	19	2.7	19	85	5	70	36	13	26	23	1.92
76663893--76664548	132	5.0	131	78	5	550	34	18	18	27	1.95
76663914--76664499	266	2.2	267	79	5	596	34	19	18	27	1.95
76666759--76666794	16	2.3	16	90	4	56	0	8	13	77	0.98
76666782--76666822	22	1.9	21	85	5	55	0	12	24	63	1.28
76667556--76667588	5	6.6	5	100	0	66	18	0	0	81	0.68
76679424--76679544	21	5.8	21	78	5	102	49	15	20	14	1.79
76700624--76700660	17	2.2	17	90	0	56	21	10	21	45	1.82
76703431--76703460	15	1.9	16	93	6	53	16	6	0	76	0.99
76705736--76705796	30	2.0	30	83	0	77	29	24	6	39	1.80
76708558--76708643	43	2.0	43	82	8	104	25	17	29	27	1.97
76713357--76713436	41	2.0	41	87	7	119	31	23	21	23	1.98
76713856--76713923	7	9.6	7	84	9	50	50	23	0	26	1.50
76713856--76713929	14	5.2	14	76	9	60	52	21	0	25	1.47
76718512--76718705	23	8.5	23	77	10	182	31	2	23	42	1.68
76719613--76719696	27	3.1	27	83	5	98	38	22	23	15	1.92
76721317--76721400	26	3.2	26	96	0	150	36	25	4	33	1.77
76721742--76722435	23	30.3	23	73	10	406	33	4	23	38	1.76
76721792--76721851	22	2.7	22	80	10	68	31	1	23	43	1.64
76721860--76722401	206	2.6	207	89	2	817	33	4	23	38	1.75
76723109--76723301	43	4.5	43	92	0	289	20	16	31	32	1.94
76728639--76728672	17	1.9	18	94	5	61	58	5	8	26	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76729398--76729437	20	2.0	20	90	9	64	70	2	7	20	1.24
76734529--76734700	52	3.2	52	80	9	186	25	14	27	33	1.94
76745659--76745696	19	2.1	19	90	5	60	63	0	5	31	1.17
76745877--76745920	22	2.0	22	86	8	63	52	0	2	45	1.13
76746383--76746444	19	3.2	19	67	13	54	38	14	0	46	1.45
76746374--76746452	39	2.0	39	97	0	149	36	18	0	44	1.51
76749176--76749479	47	6.6	44	76	11	256	27	18	29	24	1.98
76749179--76749479	91	3.3	91	85	6	351	27	18	29	24	1.98
76756847--76757103	47	5.5	47	70	11	172	28	19	29	22	1.98
76756944--76757153	91	2.3	91	86	0	303	29	18	28	23	1.98
76759701--76759789	43	2.1	43	95	0	160	32	28	7	31	1.86
76762050--76762108	29	2.0	29	90	0	91	18	22	6	52	1.68
76765880--76765952	21	3.4	21	64	3	56	43	23	13	19	1.86
76765870--76765955	43	2.0	43	100	0	172	41	23	13	20	1.88
76768600--76768630	14	2.3	13	94	5	53	25	0	0	74	0.82
76771040--76771095	23	2.5	23	97	2	105	17	7	26	48	1.73
76771050--76771107	12	4.8	12	85	14	84	17	6	25	50	1.71
76771040--76771095	12	5.0	10	78	21	58	17	7	26	48	1.73
76780245--76780452	46	4.5	46	80	9	203	27	18	29	23	1.98
76780242--76780411	94	1.8	92	85	8	238	27	19	29	24	1.98
76782562--76782683	63	1.9	63	96	0	226	30	9	15	44	1.79
76784112--76784224	44	2.6	43	80	9	115	26	19	21	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76784060--76784224	43	3.8	44	75	10	117	26	18	23	32	1.97
76790128--76790202	30	2.5	29	77	14	89	26	13	13	46	1.80
76793346--76793418	31	2.4	31	90	6	114	41	9	24	24	1.85
76793407--76793477	29	2.4	30	92	2	117	42	15	28	14	1.86
76793346--76793566	119	1.8	119	81	4	266	40	13	25	21	1.89
76793555--76793624	30	2.3	30	82	4	88	31	12	31	24	1.93
76793372--76793579	89	2.3	89	85	1	292	39	13	24	22	1.90
76795428--76795452	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
76805209--76805371	17	9.6	17	69	7	98	23	9	26	40	1.84
76805393--76805461	17	4.1	17	68	20	54	28	4	17	49	1.66
76807185--76807349	43	3.8	43	70	9	120	27	15	24	32	1.95
76810702--76810731	15	2.0	15	100	0	60	13	13	26	46	1.80
76811638--76811687	23	2.2	23	82	3	57	52	32	0	16	1.44
76812143--76812198	27	2.1	27	89	0	85	23	23	28	25	1.99
76816752--76816782	16	1.9	16	100	0	62	32	6	9	51	1.60
76825375--76825675	40	7.6	40	88	4	378	24	20	28	26	1.99
76832956--76833214	39	6.6	39	86	6	312	25	19	28	26	1.99
76836894--76836968	26	2.9	26	80	7	98	33	18	6	41	1.77
76837004--76837054	24	2.1	24	96	0	93	31	15	3	49	1.63
76839560--76839806	121	2.0	121	93	0	422	35	17	14	32	1.90
76845725--76845774	21	2.4	21	86	0	73	30	8	32	30	1.86
76851654--76851683	15	1.9	15	93	6	51	26	0	3	70	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76851867--76851909	22	2.0	22	90	0	68	55	6	13	23	1.62
76853361--76853404	23	2.0	22	81	4	52	45	4	2	47	1.35
76854973--76855045	31	2.4	31	83	4	85	27	17	8	46	1.76
76858216--76858253	14	2.8	13	92	7	67	60	0	0	39	0.97
76858497--76858542	24	1.9	24	95	0	83	39	17	6	36	1.76
76859221--76859251	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
76861171--76861230	24	2.6	24	80	17	65	41	0	3	55	1.16
76864435--76864485	18	2.8	18	75	16	52	50	1	5	41	1.37
76864472--76864506	15	2.3	15	85	0	52	48	0	0	51	1.00
76864578--76864616	4	9.5	4	83	5	51	69	0	30	0	0.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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