genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.257.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81817794--81817905	59	1.9	59	81	0	134	27	8	12	50	1.70
81825297--81825393	43	2.3	42	80	8	115	36	25	10	27	1.89
81825442--81825558	43	2.7	43	83	0	144	29	23	17	29	1.97
81825295--81825609	146	2.2	143	81	5	357	33	23	14	28	1.94
81831204--81831280	29	2.7	29	91	0	118	28	29	16	24	1.97
81831508--81831546	16	2.4	16	95	0	69	10	23	20	46	1.81
81837037--81837205	47	3.6	47	74	15	170	30	27	20	21	1.98
81837029--81837233	93	2.2	93	93	1	349	30	28	20	21	1.98
81837083--81837233	46	3.3	46	70	18	150	30	27	20	21	1.98
81839657--81839725	30	2.3	30	85	2	95	60	15	13	10	1.58
81839657--81839725	15	4.7	15	75	8	61	60	15	13	10	1.58
81839667--81839726	15	4.0	15	77	0	66	61	15	11	11	1.56
81842665--81842833	46	3.7	46	70	15	141	31	27	18	23	1.97
81842611--81842837	93	2.4	93	89	0	328	30	28	18	23	1.97
81848518--81848603	30	2.9	30	96	0	154	29	17	27	25	1.97
81848944--81849250	46	6.6	46	72	13	184	27	19	28	24	1.99
81849084--81849205	44	2.7	44	82	6	138	27	20	30	22	1.98
81853704--81853736	16	2.0	17	88	5	50	57	9	3	30	1.45
81863789--81863897	54	2.0	54	90	0	173	20	31	17	31	1.95
81864770--81864829	27	2.3	26	82	2	66	36	20	21	21	1.95
81864791--81864854	33	2.0	32	84	3	83	39	20	20	20	1.93
81865515--81865568	27	2.0	27	85	3	74	37	20	20	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81865558--81865660	54	1.9	54	80	7	120	27	20	21	31	1.98
81865569--81865660	27	3.4	27	87	0	130	25	21	19	33	1.97
81880532--81880585	28	1.9	28	96	0	99	24	18	25	31	1.97
81886704--81886854	43	3.5	43	80	5	137	29	15	23	31	1.95
81890015--81890039	11	2.3	11	100	0	50	72	0	0	28	0.86
81890308--81890366	31	1.9	30	83	10	75	28	22	3	45	1.68
81892818--81892957	37	3.8	37	97	0	253	24	31	20	24	1.98
81893098--81893339	48	5.0	48	97	0	439	30	27	6	35	1.82
81898407--81898557	27	5.7	26	77	8	101	40	21	9	29	1.84
81898401--81898558	54	3.0	52	77	7	149	39	22	8	29	1.84
81898542--81899184	27	23.6	27	83	4	727	36	18	19	24	1.94
81899417--81899497	27	3.0	26	85	5	99	20	22	19	37	1.95
81899626--81899666	20	2.0	20	85	0	55	14	17	29	39	1.89
81899724--81899764	20	2.0	20	95	0	73	14	17	29	39	1.89
81899548--81899786	98	2.4	98	94	0	406	19	20	26	33	1.97
81899790--81899856	27	2.6	25	77	15	64	19	23	19	37	1.94
81899808--81899888	27	3.0	27	82	5	85	19	23	20	35	1.96
81915109--81915160	20	2.5	20	84	3	68	26	13	11	48	1.77
81915322--81915405	27	3.2	25	65	12	69	29	9	20	40	1.84
81915297--81915404	54	2.0	54	100	0	216	29	9	20	40	1.83
81923029--81923150	48	2.5	48	87	0	172	23	26	21	28	1.99
81926160--81926428	46	5.8	46	72	14	212	21	21	27	29	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81926212--81926374	47	3.5	47	71	14	174	20	19	28	30	1.97
81926156--81926421	93	2.9	93	90	0	424	22	21	27	28	1.99
81932463--81932579	47	2.6	47	93	6	197	29	29	21	20	1.98
81934528--81934616	30	3.0	30	79	11	94	56	15	17	10	1.67
81934528--81934610	15	5.6	14	73	10	58	55	16	18	9	1.68
81934539--81934616	15	5.2	15	75	9	70	55	15	17	11	1.69
81936672--81936761	40	2.2	40	98	0	171	27	28	21	22	1.99
81945707--81945746	20	2.1	19	86	9	55	52	12	27	7	1.66
81962626--81962796	44	3.6	48	74	13	140	27	28	19	24	1.98
81962724--81962844	46	2.6	46	83	7	138	23	28	19	28	1.99
81962626--81962844	94	2.3	93	82	9	250	26	28	19	25	1.99
81970061--81970132	37	1.9	37	88	0	108	36	26	12	25	1.91
81971964--81972008	23	1.9	24	90	4	74	22	24	11	42	1.86
81972124--81972324	108	1.8	110	89	4	318	22	24	17	35	1.95
81972077--81972331	55	4.8	54	78	9	251	21	25	16	36	1.94
81975916--81976010	27	3.4	28	88	2	102	26	13	27	32	1.94
81975941--81976010	27	2.5	28	95	2	124	27	12	28	31	1.93
81975941--81976024	27	3.0	27	87	5	96	29	11	25	33	1.91
81983173--81983267	27	3.4	28	89	2	129	26	12	28	32	1.93
81983198--81983281	27	3.0	27	87	5	96	29	11	25	33	1.91
81995385--81995511	25	5.1	25	90	0	182	29	13	11	46	1.77
81996347--81996596	45	5.6	45	83	5	296	23	19	28	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82003154--82003216	12	5.1	12	69	7	54	23	15	12	47	1.80
82003147--82003213	13	5.3	13	69	7	57	26	14	11	46	1.80
82003088--82003216	25	5.2	25	92	0	204	27	13	10	48	1.75
82003088--82003231	25	5.8	25	90	0	198	26	15	9	47	1.77
82008893--82009031	48	2.9	48	83	1	181	34	15	18	30	1.93
82011609--82011649	22	1.9	22	90	5	66	24	29	36	9	1.87
82012715--82012930	45	4.7	46	79	8	183	23	28	18	29	1.98
82026268--82026328	30	2.0	30	83	0	77	29	24	6	39	1.80
82027338--82027551	46	4.6	46	80	9	213	22	29	19	28	1.98
82027335--82027554	94	2.4	90	83	9	257	22	29	19	28	1.98
82034073--82034142	28	2.5	28	83	4	88	24	12	34	28	1.92
82035159--82035194	18	2.1	18	89	5	56	47	11	16	25	1.79
82045135--82045184	25	2.0	25	96	0	91	22	8	12	58	1.59
82052362--82052439	38	2.1	38	100	0	156	42	16	5	35	1.71
82053060--82053091	15	2.1	15	100	0	64	34	21	12	31	1.91
82064103--82064357	55	4.8	53	81	9	254	21	25	17	36	1.94
82064150--82064350	108	1.8	110	91	2	334	22	25	17	34	1.95
82066359--82066397	20	2.0	20	89	0	60	28	10	17	43	1.82
82074826--82075007	40	4.6	40	92	2	296	23	23	26	27	2.00
82083918--82083987	28	2.5	28	84	9	90	27	12	27	32	1.93
82088352--82088409	30	2.0	30	82	3	73	43	12	8	36	1.73
82103893--82103943	16	3.2	16	77	0	57	47	13	25	13	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82103902--82103948	24	2.0	23	91	4	76	40	10	29	19	1.85
82104167--82104201	17	2.1	17	94	0	61	14	22	37	25	1.92
82104187--82104295	29	3.8	29	78	3	114	25	14	33	26	1.95
82105323--82105357	18	2.0	18	88	5	54	37	20	14	28	1.91
82109569--82109704	40	3.4	40	94	0	227	30	27	20	21	1.98
82109539--82109704	40	4.2	40	88	2	219	29	27	20	22	1.98
82112346--82112531	40	4.7	40	89	3	286	25	22	27	24	2.00
82112346--82112555	80	2.6	79	83	8	275	26	22	27	23	2.00
82120704--82120869	40	4.2	39	88	3	208	27	27	21	24	1.99
82120739--82120869	40	3.3	40	96	0	235	28	27	21	22	1.99
82124447--82124689	40	6.1	40	84	6	212	25	27	21	25	2.00
82124466--82124689	39	5.6	39	85	6	265	25	27	21	24	1.99
82124466--82124689	118	1.9	120	84	7	305	25	27	21	24	1.99
82129279--82129361	29	2.9	28	81	1	103	25	14	32	27	1.95
82131733--82131802	32	2.2	32	89	0	104	48	24	2	24	1.64
82134914--82134964	25	2.0	25	100	0	102	19	23	15	41	1.90
82135465--82135617	66	2.3	66	85	2	200	24	24	25	25	2.00
82137016--82137118	37	2.8	37	96	0	188	24	32	20	23	1.98
82137259--82137644	48	8.0	48	95	0	655	30	27	6	34	1.83
82142228--82142258	16	1.9	16	93	0	53	35	22	0	41	1.54
82142225--82142264	20	2.0	20	85	0	53	37	22	0	40	1.54
82142427--82142681	55	4.8	53	80	7	227	21	24	17	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82142425--82142674	108	2.4	110	82	8	304	22	24	17	35	1.95
82162265--82162371	9	11.6	9	79	5	115	30	0	21	46	1.58
82163187--82163236	23	2.2	23	92	0	82	34	14	16	36	1.88
82165732--82165824	44	2.2	44	84	7	120	37	1	39	21	1.61
82166652--82166683	15	2.1	15	94	0	55	28	6	0	65	1.16
82166709--82166783	7	11.0	7	77	11	66	38	42	1	17	1.58
82166730--82166803	33	2.2	32	81	11	87	37	41	1	18	1.59
82167431--82167845	154	2.7	153	84	4	485	26	23	17	32	1.97
82167431--82167845	155	2.7	154	84	4	467	26	23	17	32	1.97
82173795--82173827	16	2.1	16	100	0	66	30	21	12	36	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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