genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.213.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66264785--66264892	26	4.2	26	90	2	164	36	22	7	34	1.82
66269507--66269548	16	2.4	18	80	11	52	73	2	0	23	0.94
66269509--66269547	17	2.4	17	86	4	53	74	2	0	23	0.94
66271516--66271635	43	2.7	44	79	6	127	28	19	15	37	1.91
66276625--66276656	12	2.7	12	95	0	55	31	43	12	12	1.80
66281544--66281684	46	3.0	45	75	11	124	29	30	19	19	1.97
66286802--66286853	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
66288759--66288810	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
66291742--66291789	26	1.9	24	87	8	69	64	6	0	29	1.18
66291912--66291944	6	5.8	6	89	10	52	0	33	54	12	1.37
66293605--66293631	6	4.5	6	100	0	54	14	0	33	51	1.43
66301002--66301036	3	11.7	3	93	0	61	2	28	0	68	1.04
66302027--66302060	16	2.2	16	89	5	52	67	0	2	29	1.05
66302524--66302579	25	2.3	24	81	12	69	55	10	19	14	1.68
66306923--66306963	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
66311724--66311793	31	2.3	31	82	5	79	38	8	8	44	1.66
66312705--66312745	16	2.6	17	85	11	52	24	0	26	48	1.51
66312854--66312924	20	3.8	19	78	12	85	38	1	18	42	1.59
66313455--66313955	125	4.0	126	89	1	792	34	17	18	28	1.94
66317166--66317205	21	1.9	21	84	0	53	5	20	45	30	1.72
66318091--66318130	7	5.7	7	93	0	71	55	15	2	27	1.53
66319112--66319244	47	2.8	46	85	6	160	52	6	7	33	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66319378--66319430	11	4.9	11	79	4	54	39	0	18	41	1.51
66320340--66320409	24	2.9	24	87	6	88	14	31	1	52	1.50
66326965--66327009	22	2.0	22	95	0	81	20	24	20	35	1.96
66329041--66329110	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
66329041--66329138	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
66338919--66339100	40	4.6	40	80	6	176	23	21	27	27	1.99
66338919--66339097	79	2.3	80	82	10	217	23	21	27	26	1.99
66339037--66339147	40	2.8	39	82	5	116	25	21	28	24	1.99
66399960--66400051	40	2.3	40	90	0	139	38	26	14	21	1.91
66402615--66402841	49	4.6	49	85	2	283	28	25	18	26	1.98
66402602--66402842	98	2.4	98	85	2	320	28	26	18	26	1.98
66412489--66412523	18	1.9	18	94	0	61	31	20	17	31	1.95
66412904--66412931	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
66413391--66413444	28	1.9	28	88	0	81	62	1	11	24	1.37
66420046--66420230	37	5.0	37	81	1	192	22	11	25	39	1.89
66420046--66420254	74	2.8	74	81	0	222	21	11	27	39	1.88
66423958--66423998	19	2.3	19	87	8	59	21	39	0	39	1.54
66426917--66427008	44	2.1	44	81	4	105	32	22	21	22	1.98
66427853--66427892	10	4.1	10	84	15	57	17	10	0	72	1.11
66427907--66427945	20	2.0	19	85	14	53	46	5	0	48	1.24
66433564--66433609	24	2.0	24	86	4	67	13	21	26	39	1.90
66434431--66434478	25	1.9	25	83	8	62	45	16	0	37	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66448105--66448189	43	2.0	42	90	2	134	47	15	4	32	1.66
66448327--66448384	27	2.2	27	84	3	73	18	22	20	37	1.94
66451176--66451223	24	2.0	23	84	4	60	33	8	18	39	1.81
66453224--66453323	28	3.6	28	78	10	114	29	19	29	23	1.98
66453197--66453323	56	2.3	56	88	0	182	27	18	30	22	1.98
66453208--66453358	56	2.7	56	83	6	146	28	17	31	23	1.97
66453401--66453467	32	2.1	32	85	0	89	37	5	25	31	1.80
66455472--66455600	42	3.0	43	77	6	129	31	26	14	27	1.95
66457083--66457140	29	2.0	29	86	10	82	50	22	12	15	1.77
66457099--66457168	29	2.4	29	85	0	86	47	25	12	14	1.80
66462806--66462996	40	4.6	40	82	12	215	27	26	24	21	1.99
66466274--66466589	144	2.2	144	82	8	365	41	4	10	43	1.59
66473600--66474098	47	10.6	47	92	1	738	27	29	9	33	1.88
66475970--66476089	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
66478955--66479049	42	2.3	42	86	0	127	29	22	14	33	1.94
66485790--66485961	39	4.3	40	86	2	161	26	26	21	26	2.00
66485818--66486013	39	4.9	39	84	5	225	25	26	22	26	2.00
66485818--66486013	79	2.5	79	82	5	218	25	26	22	26	2.00
66492438--66492542	43	2.4	43	88	0	156	28	15	22	33	1.95
66499551--66499666	27	4.3	26	87	9	144	36	21	22	19	1.95
66499531--66499666	53	2.5	54	81	11	163	35	20	22	21	1.96
66499531--66499665	27	5.0	28	81	5	136	35	20	22	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66503849--66504449	48	12.3	48	89	3	887	36	6	26	29	1.82
66506192--66506455	45	5.9	45	92	0	411	39	15	18	26	1.91
66510586--66511212	47	13.4	47	95	1	1073	32	8	29	29	1.87
66511331--66511409	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
66526413--66526588	68	2.6	68	77	12	157	19	28	17	34	1.95
66540350--66540521	27	6.4	27	83	5	222	25	21	18	34	1.96
66540349--66540521	81	2.1	80	89	4	258	24	21	19	34	1.96
66540908--66540969	28	2.2	28	85	5	81	30	25	20	22	1.98
66541431--66541530	27	3.7	27	81	2	103	30	10	20	40	1.85
66541431--66541541	54	2.1	52	81	11	127	30	9	20	38	1.85
66544530--66544798	28	9.6	28	69	11	122	27	17	29	24	1.98
66544531--66544796	56	4.7	55	87	6	299	27	18	29	24	1.98
66544531--66544796	112	2.4	112	86	5	342	27	18	29	24	1.98
66544846--66544912	32	2.1	32	94	0	116	35	8	26	28	1.87
66551076--66551205	28	4.7	28	72	9	113	30	20	24	23	1.99
66551104--66551229	55	2.3	56	87	4	184	29	19	26	25	1.98
66551280--66551346	32	2.1	32	88	0	98	35	8	25	29	1.86
66551588--66551616	13	2.1	14	93	6	51	34	3	13	48	1.60
66557397--66557475	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
66557594--66558064	47	10.1	47	95	0	795	28	29	8	32	1.88
66576439--66576508	27	2.6	26	86	6	95	44	22	7	25	1.78
66576494--66576822	27	12.3	27	87	1	410	36	18	21	23	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66577445--66577496	27	2.0	26	88	3	77	19	26	19	34	1.95
66578848--66578949	31	3.3	31	97	0	195	46	2	23	27	1.67
66579314--66579407	24	3.9	24	80	0	107	52	4	24	19	1.64
66587230--66587451	43	5.2	43	84	2	279	23	18	27	30	1.98
66587417--66587593	56	3.1	57	91	2	286	27	15	23	33	1.94
66598880--66599010	55	2.4	54	75	11	131	34	18	24	22	1.96
66598869--66599075	53	3.8	54	74	10	181	36	16	24	22	1.94
66606722--66606782	30	2.0	30	83	0	77	31	22	8	37	1.84
66608515--66608617	46	2.2	48	87	3	147	34	14	24	26	1.94
66617819--66617866	19	2.6	19	86	3	71	35	2	14	47	1.56
66617883--66617971	42	2.1	42	93	0	151	29	5	12	52	1.61
66621779--66621818	19	2.2	18	86	13	55	40	2	15	42	1.60
66621843--66621931	42	2.1	42	93	0	151	29	4	13	52	1.60
66622116--66622334	84	2.6	85	92	4	372	28	19	19	32	1.96
66623586--66623646	31	2.0	31	96	3	115	29	22	6	40	1.79
66625393--66625418	7	3.7	7	100	0	52	23	0	0	76	0.78
66629261--66629306	23	2.0	23	87	8	67	71	4	4	19	1.20
66631494--66631527	5	6.8	5	89	0	50	82	0	5	11	0.83
66631494--66631531	15	2.5	15	100	0	76	81	0	7	10	0.87
66632487--66632596	48	2.3	49	85	4	143	29	20	26	23	1.99
66632344--66632612	46	5.7	49	76	10	204	31	20	26	22	1.98
66633881--66633941	21	3.0	21	95	2	106	9	36	29	24	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66640144--66640263	46	2.5	46	84	6	134	30	20	25	24	1.99
66640175--66640409	49	4.9	48	75	13	173	29	20	25	24	1.99
66652313--66652491	85	2.1	85	96	0	331	37	8	27	25	1.85
66653640--66653950	47	6.6	47	91	2	473	33	8	29	27	1.87
66653640--66653950	143	2.2	141	87	4	473	33	8	29	27	1.87
66653801--66653922	22	5.3	22	63	21	61	33	10	29	26	1.90
66657435--66657500	27	2.5	26	80	11	71	16	24	19	39	1.92
66657483--66657568	27	3.2	27	72	0	82	24	31	12	31	1.93
66659200--66659239	11	3.7	11	86	6	55	15	5	0	80	0.88
66660709--66660733	13	1.9	13	100	0	50	36	24	16	24	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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