genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.266.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84981931--84982246	40	7.9	40	91	0	470	23	20	29	26	1.99
84982410--84982462	25	2.1	25	82	6	63	35	13	30	20	1.91
84985322--84985545	40	5.6	40	88	3	297	24	23	26	25	2.00
84985326--84985545	83	2.7	80	88	5	293	24	24	27	24	2.00
84989630--84990012	47	8.1	47	92	1	579	33	11	28	26	1.91
84989630--84990012	192	2.0	188	91	3	624	33	11	28	26	1.91
84989986--84990122	46	3.0	46	90	0	211	34	9	31	24	1.88
84995472--84995529	25	2.3	25	85	11	75	63	1	13	20	1.38
84999998--85000043	19	2.4	19	85	7	58	21	21	13	43	1.86
85003929--85003973	22	2.0	23	83	12	58	37	17	6	37	1.76
85003846--85004014	63	2.7	63	91	1	275	33	17	13	36	1.88
85004225--85004455	44	5.3	44	61	12	116	34	19	21	24	1.96
85004119--85004760	87	7.4	87	86	1	781	34	20	21	23	1.97
85004269--85004407	43	3.2	43	63	6	109	36	22	20	20	1.95
85004875--85005016	44	3.2	44	68	11	119	30	24	16	28	1.97
85004786--85005018	88	2.6	86	86	4	313	28	25	18	26	1.98
85012692--85012721	13	2.4	12	94	5	51	33	0	16	50	1.46
85015783--85017039	627	2.0	626	96	0	2316	32	17	19	30	1.95
85020972--85021195	40	5.7	40	82	7	242	25	21	27	25	1.99
85020972--85021195	79	2.8	78	82	6	254	25	21	27	25	1.99
85021052--85021228	79	2.3	79	82	4	198	25	22	28	24	1.99
85029509--85029537	10	2.9	10	100	0	58	37	20	0	41	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85029832--85030009	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
85029853--85030008	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
85032316--85032540	80	2.8	79	82	4	256	25	21	28	25	1.99
85032316--85032538	40	5.6	39	81	7	225	25	21	27	25	1.99
85032396--85032573	79	2.2	80	82	3	200	25	21	28	24	1.99
85045242--85045355	43	2.6	42	81	8	131	27	21	22	28	1.99
85046817--85047071	55	4.8	53	78	10	238	36	18	24	21	1.95
85047258--85047288	16	1.9	16	93	0	53	41	0	22	35	1.54
85054526--85054726	108	1.8	110	87	4	300	35	17	24	22	1.95
85056138--85056187	23	2.2	23	96	0	91	36	16	8	40	1.77
85057856--85057896	21	1.9	22	85	5	57	31	24	4	39	1.76
85058306--85058375	28	2.5	28	84	9	97	27	25	11	35	1.90
85062919--85062973	28	2.0	27	89	3	83	25	41	0	32	1.56
85070619--85070667	24	2.0	24	100	0	98	24	12	20	42	1.86
85071668--85071722	17	3.4	17	70	10	60	29	10	14	45	1.79
85072011--85072131	48	2.6	48	85	2	147	28	18	26	26	1.98
85076717--85076798	39	2.1	39	93	0	137	21	31	25	20	1.98
85086972--85087296	162	2.0	162	96	0	596	40	23	4	31	1.75
85088178--85088290	43	2.6	42	87	4	154	29	26	15	28	1.96
85097914--85098060	40	3.7	40	83	5	120	25	27	21	25	2.00
85097960--85098140	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
85097957--85098140	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85105816--85105962	40	3.7	40	83	5	120	25	27	21	25	2.00
85105862--85106042	80	2.3	80	83	9	219	27	27	20	23	1.99
85105859--85106042	40	4.6	40	81	7	196	28	27	20	23	1.99
85111738--85111788	22	2.3	22	96	0	93	35	13	27	23	1.93
85116820--85116902	40	2.1	40	97	0	157	28	14	6	50	1.66
85116839--85116906	22	3.3	22	66	16	63	29	14	5	50	1.67
85124352--85124531	79	2.3	79	86	4	240	25	22	27	25	2.00
85124309--85124531	39	5.7	40	84	6	242	25	21	27	25	2.00
85124306--85124554	39	6.3	40	79	13	186	25	21	26	25	2.00
85124352--85124564	79	2.7	78	82	7	218	25	22	27	24	2.00
85132417--85132600	39	4.7	40	87	5	241	23	22	28	25	2.00
85132414--85132623	40	5.3	40	80	10	218	24	22	27	25	2.00
85132414--85132623	79	2.7	79	80	8	275	24	22	27	25	2.00
85136151--85136208	28	2.1	28	86	0	80	41	18	27	12	1.86
85138598--85138820	40	5.6	40	84	3	236	26	28	20	24	1.99
85141560--85141623	5	13.2	5	75	18	55	35	7	18	37	1.80
85141576--85141629	20	2.7	20	94	0	90	37	12	16	33	1.87
85141560--85141623	9	6.6	10	73	16	55	35	7	18	37	1.80
85141680--85141775	26	3.8	26	90	4	144	25	25	22	27	2.00
85141997--85142060	31	2.1	31	93	0	110	37	17	23	21	1.94
85149371--85149417	20	2.3	20	92	7	78	36	10	19	34	1.86
85149490--85149572	25	3.4	25	88	6	125	27	19	21	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85149465--85149572	25	4.4	24	87	5	119	27	20	22	29	1.98
85149781--85149844	31	2.1	31	93	0	110	37	15	23	23	1.93
85151937--85152011	39	1.9	39	94	0	132	33	8	16	42	1.77
85152450--85152746	50	5.9	50	77	2	281	26	18	24	30	1.98
85152460--85152753	100	2.9	98	79	7	331	26	18	24	30	1.98
85156493--85156552	15	4.0	15	84	0	75	13	18	13	55	1.70
85159067--85159144	39	2.0	39	100	0	156	33	10	15	41	1.81
85159548--85159942	50	7.8	50	74	5	301	25	17	25	32	1.97
85159602--85159942	101	3.4	101	81	2	362	25	18	25	30	1.98
85159649--85159949	151	2.0	152	86	1	426	24	18	26	30	1.98
85170882--85170911	13	2.3	13	100	0	60	20	0	0	80	0.72
85179765--85179794	15	2.0	15	100	0	60	53	13	0	33	1.40
85184881--85184936	21	2.8	21	79	15	64	41	17	5	35	1.73
85197686--85197858	46	3.7	46	80	13	219	21	21	28	28	1.98
85197683--85197853	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
85199534--85199691	79	2.0	80	97	1	300	39	15	23	22	1.91
85205334--85205506	46	3.7	46	80	13	219	21	21	28	28	1.98
85205331--85205501	93	1.8	93	96	0	315	21	21	29	28	1.98
85210088--85210294	40	5.2	40	88	4	287	25	23	27	24	2.00
85210084--85210304	119	1.9	119	86	5	322	26	22	27	24	2.00
85214939--85215000	31	2.0	31	100	0	124	32	6	32	29	1.83
85216926--85217102	27	6.6	26	80	5	115	28	28	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85216946--85217101	27	5.7	27	80	4	161	28	28	16	26	1.97
85216926--85217102	55	3.3	55	79	9	202	28	28	16	26	1.97
85216946--85217101	82	1.9	81	85	3	215	28	28	16	26	1.97
85223269--85223376	45	2.4	45	84	6	132	24	24	25	26	2.00
85225549--85225604	21	2.9	20	70	29	50	5	28	1	64	1.26
85225557--85225589	17	1.9	18	88	11	52	0	21	3	75	0.93
85226789--85226828	20	2.0	20	85	0	53	27	20	25	27	1.99
85226819--85226957	60	2.3	60	84	8	167	30	20	23	25	1.98
85252324--85252429	42	2.5	43	89	4	162	25	28	20	25	1.99
85256395--85256482	44	2.0	43	86	2	122	29	14	20	35	1.93
85260001--85260157	43	3.7	42	77	10	140	24	18	25	31	1.98
85262495--85262540	24	1.9	24	86	0	65	43	4	34	17	1.69
85264019--85264493	27	17.9	26	76	10	358	41	19	7	31	1.79
85264013--85264493	53	9.0	54	76	9	425	41	19	8	30	1.81
85264020--85264523	80	6.3	80	77	9	383	41	19	8	31	1.81
85274181--85274231	26	2.0	26	96	0	93	29	35	23	11	1.90
85274087--85274308	103	2.2	104	91	4	362	31	31	18	18	1.95
85274637--85274699	29	2.2	29	81	13	76	30	26	6	36	1.81
85274644--85274699	29	1.9	30	85	7	80	30	23	7	39	1.81
85281555--85281606	26	2.0	26	92	0	86	28	34	21	15	1.94
85281567--85281716	70	2.1	71	91	3	241	30	29	16	23	1.96
85281567--85281753	70	2.6	70	85	8	234	31	31	17	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85281635--85281856	104	2.1	104	93	1	374	31	31	19	17	1.95
85282185--85282248	30	2.2	29	81	10	76	29	28	6	35	1.82
85282192--85282248	30	1.9	30	85	3	80	29	24	7	38	1.82
85286147--85286225	32	2.6	31	86	7	117	39	3	5	51	1.42
85286199--85286254	22	2.6	22	83	10	71	37	1	5	55	1.33
85286947--85286986	21	1.9	21	84	0	53	30	0	2	67	1.04
85289941--85290232	146	2.0	145	97	0	557	30	13	19	36	1.90
85296775--85296990	46	4.7	46	81	7	267	29	29	20	21	1.98
85296775--85296999	93	2.4	93	85	3	285	28	28	20	22	1.99
85301698--85301905	40	5.2	40	83	8	246	25	20	27	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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