genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.271.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  271  of  325  ( 38985 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87056705--87056740	18	2.0	18	100	0	72	33	16	11	38	1.84
87059446--87059548	37	2.8	37	93	0	179	24	31	20	24	1.98
87059721--87060077	48	7.4	48	94	0	606	30	27	8	34	1.86
87072744--87072768	13	1.9	13	100	0	50	32	32	24	12	1.91
87079390--87079414	13	1.9	13	100	0	50	8	40	28	24	1.83
87081840--87081881	17	2.5	17	80	3	59	76	4	0	19	0.96
87097791--87097965	46	3.8	45	77	10	165	30	29	18	21	1.97
87097798--87097970	93	1.9	93	88	2	267	29	30	19	21	1.97
87099880--87099967	29	3.0	29	80	8	97	56	15	17	10	1.66
87099880--87099958	15	5.4	15	77	10	83	58	13	17	10	1.63
87099891--87099967	15	5.2	15	75	9	77	55	15	16	11	1.68
87102879--87103051	93	1.9	93	88	0	265	30	29	18	21	1.97
87102880--87103047	46	3.6	46	74	10	153	30	28	18	22	1.97
87116019--87116093	37	2.0	37	100	0	150	24	10	18	46	1.80
87124179--87124297	50	2.4	49	88	4	168	24	17	28	29	1.97
87127299--87127363	15	4.4	15	78	16	73	9	13	13	63	1.53
87127295--87127363	30	2.3	31	83	14	92	8	13	17	60	1.56
87129506--87129641	49	2.7	51	79	6	161	25	20	25	28	1.99
87136372--87137170	177	4.5	178	84	4	857	29	19	24	26	1.98
87138934--87138998	29	2.3	29	78	2	69	32	9	1	56	1.40
87140429--87140651	46	4.8	44	74	14	171	21	27	21	29	1.99
87143302--87143474	93	1.9	93	93	0	301	27	30	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87143295--87143470	46	3.8	46	79	10	205	28	30	21	19	1.98
87143346--87143489	46	3.1	45	72	11	130	29	29	20	20	1.98
87148923--87149033	52	2.1	53	96	1	206	54	16	7	22	1.66
87164324--87164377	22	2.5	22	90	0	90	29	24	31	14	1.95
87180230--87180274	23	1.9	24	86	4	65	24	24	11	40	1.87
87180387--87180594	55	3.8	54	81	6	242	22	24	16	36	1.94
87180387--87180587	108	1.8	110	88	4	309	22	24	17	35	1.95
87203185--87203360	46	3.8	46	77	15	191	19	21	28	30	1.98
87203181--87203351	93	1.8	93	93	0	297	20	21	29	28	1.98
87206160--87206197	13	3.1	13	92	7	62	13	7	0	78	0.94
87210107--87210348	47	5.4	47	87	11	382	30	8	30	30	1.87
87210206--87210277	35	2.1	35	100	0	144	29	11	30	29	1.91
87210159--87210324	82	2.0	82	98	0	323	30	9	30	29	1.89
87210112--87210348	129	1.8	129	97	0	447	31	8	30	29	1.87
87210467--87210545	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
87212187--87212382	100	2.0	100	89	0	302	37	14	23	23	1.92
87216432--87216463	14	2.4	14	90	10	50	21	9	28	40	1.84
87216430--87216724	50	5.9	50	78	3	270	25	16	26	31	1.96
87216482--87216724	101	2.4	99	84	1	306	25	18	25	30	1.98
87216433--87216718	151	1.9	152	85	3	398	24	16	26	32	1.96
87216922--87216951	16	1.9	15	93	6	51	43	0	23	33	1.54
87222498--87222538	18	2.3	18	91	0	64	29	26	9	34	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87223543--87223652	42	2.6	42	83	7	127	30	25	13	30	1.94
87223766--87223938	31	5.6	31	90	2	276	27	27	17	28	1.98
87223914--87224042	50	2.5	51	90	5	199	25	22	16	35	1.94
87226152--87226182	4	7.8	4	100	0	62	22	0	0	77	0.77
87228289--87228473	79	2.3	81	83	7	227	24	22	27	24	2.00
87228290--87228473	40	4.6	40	82	9	207	25	22	27	24	2.00
87228342--87228506	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99
87236207--87236389	39	4.6	40	82	10	207	24	22	27	25	2.00
87236263--87236412	78	1.9	78	84	8	198	25	20	27	26	1.99
87252504--87252618	39	3.0	38	80	9	94	26	26	22	25	2.00
87266500--87266721	79	2.8	79	81	9	263	25	21	27	26	1.99
87266500--87266707	40	5.2	40	84	7	262	24	21	27	25	1.99
87279357--87279470	54	2.1	54	93	1	194	27	27	31	14	1.94
87284267--87284504	49	4.8	49	84	3	314	26	18	26	29	1.98
87284364--87284447	28	3.2	27	65	25	72	23	17	28	29	1.97
87286976--87287124	47	3.0	48	73	7	129	33	24	16	25	1.95
87288520--87288646	47	2.7	46	80	4	128	33	28	14	24	1.94
87298072--87298314	40	6.1	40	81	7	239	26	27	20	25	1.99
87298091--87298312	118	1.9	119	82	11	285	26	27	21	25	1.99
87302152--87302467	48	6.6	48	76	4	271	28	19	29	22	1.98
87302150--87302467	96	3.3	95	79	6	313	28	19	29	22	1.98
87302137--87302415	144	1.9	144	84	4	366	27	18	30	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87302150--87302467	144	2.2	144	80	3	354	28	19	29	22	1.98
87309664--87309727	31	2.1	31	87	0	92	23	23	15	37	1.93
87309935--87310037	23	4.4	24	91	6	158	28	23	19	29	1.98
87310087--87310152	20	3.3	20	93	0	114	33	21	12	33	1.90
87310087--87310142	11	5.5	11	71	16	57	32	19	12	35	1.89
87329394--87329470	33	2.4	33	91	2	129	18	7	16	57	1.63
87339261--87339449	54	3.5	54	74	5	175	19	23	19	37	1.94
87344394--87344463	35	2.0	34	97	2	131	22	20	28	28	1.98
87344402--87344460	20	3.2	20	63	22	56	18	18	30	32	1.95
87348858--87348979	37	3.4	37	81	4	176	22	16	26	34	1.95
87351108--87351278	46	3.7	46	77	14	199	22	21	27	28	1.99
87354918--87354967	23	2.2	23	92	3	84	40	22	4	34	1.72
87356253--87356458	53	3.8	53	77	5	200	19	24	18	36	1.94
87363458--87363568	27	4.2	26	86	5	141	36	22	24	17	1.95
87364976--87365050	24	3.1	24	96	0	132	21	40	4	34	1.72
87367047--87367180	53	2.5	53	90	1	205	29	19	20	30	1.97
87369091--87369234	46	3.1	44	74	15	123	29	27	19	22	1.98
87376591--87376720	46	2.8	49	79	14	157	29	27	20	22	1.99
87376593--87376736	46	3.1	44	76	15	141	29	28	20	22	1.98
87377913--87377942	11	2.7	11	94	0	51	60	3	0	36	1.14
87382586--87382791	53	3.8	54	81	1	234	37	17	24	19	1.93
87386486--87386774	50	5.8	50	93	1	483	36	6	24	32	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87386923--87386994	37	1.9	37	94	0	126	22	19	30	27	1.98
87389324--87389496	43	4.0	42	75	10	152	28	26	20	24	1.99
87390622--87390650	14	2.0	15	93	6	51	51	20	0	27	1.47
87394138--87394249	27	4.1	27	82	7	129	15	23	23	38	1.92
87394138--87394249	54	2.1	54	86	3	154	15	23	23	38	1.92
87401958--87402067	27	4.1	27	79	8	116	16	22	22	38	1.93
87401958--87402067	54	2.0	54	84	3	141	16	22	22	38	1.93
87403997--87404073	38	2.0	38	100	0	154	32	12	12	41	1.82
87404429--87404480	20	2.6	20	84	6	70	21	23	1	53	1.55
87404448--87404479	15	2.1	16	94	5	57	18	21	0	59	1.38
87405829--87405866	18	2.1	19	85	5	51	73	5	5	15	1.19
87406330--87406418	26	3.2	27	81	10	101	32	23	24	19	1.97
87406524--87406588	28	2.3	28	94	0	112	30	7	27	33	1.85
87413686--87413724	19	2.1	19	85	0	51	71	7	5	15	1.26
87414163--87414277	55	2.1	56	82	8	137	34	22	24	18	1.96
87414188--87414277	27	3.2	27	81	7	101	32	24	24	18	1.97
87414383--87414446	28	2.3	27	94	2	110	29	7	28	34	1.85
87414383--87414455	28	2.6	28	89	2	94	30	8	26	35	1.85
87420417--87420548	45	2.9	45	83	0	147	33	24	15	26	1.95
87423163--87423213	25	2.0	25	85	7	68	29	21	19	29	1.98
87423257--87423291	10	3.4	10	92	7	61	34	17	17	31	1.93
87423252--87423291	21	1.9	21	94	0	71	37	17	15	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87423602--87423678	31	2.5	31	93	0	127	32	19	25	22	1.97
87426971--87427041	36	2.0	36	91	0	115	18	16	28	36	1.93
87431214--87431394	67	2.8	63	81	8	195	23	29	16	29	1.96
87436001--87436060	30	2.0	30	86	0	84	40	8	23	28	1.83
87442713--87442837	42	2.9	42	75	12	112	32	27	16	24	1.96
87443911--87443946	18	2.0	18	88	0	54	30	16	8	44	1.77
87454506--87454609	44	2.4	44	91	0	172	26	12	25	34	1.92
87457142--87457322	79	2.3	81	82	7	219	25	22	27	24	2.00
87457142--87457322	40	4.6	40	81	9	201	25	22	27	24	2.00
87457191--87457355	79	2.1	79	83	6	201	26	21	27	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325