genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.255.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81121475--81121621	47	3.1	47	88	0	213	32	10	28	27	1.91
81121502--81121577	23	3.2	25	62	24	63	28	13	34	23	1.92
81121591--81121699	48	2.3	48	91	0	173	37	5	25	31	1.79
81129506--81129641	47	2.9	46	81	8	177	30	12	30	26	1.93
81129599--81129698	52	1.9	52	89	4	157	36	8	25	31	1.85
81129903--81129930	14	2.0	14	100	0	56	28	14	35	21	1.92
81133487--81133523	13	2.8	13	91	0	65	16	45	27	10	1.80
81137956--81138000	19	2.4	19	96	0	81	40	22	6	31	1.80
81138452--81138623	93	1.8	93	94	0	308	27	29	21	21	1.99
81138445--81138620	46	3.8	46	78	12	207	28	28	21	21	1.98
81145842--81146013	93	1.8	93	96	0	317	27	29	21	20	1.98
81145835--81146010	46	3.8	46	79	12	216	28	29	21	20	1.98
81158903--81159095	53	3.6	53	77	3	188	36	18	24	21	1.95
81160910--81161008	28	3.5	29	85	9	116	28	15	27	29	1.96
81167630--81167728	28	3.5	28	87	6	121	27	14	28	30	1.95
81169079--81169141	24	2.5	24	87	10	83	6	11	9	73	1.26
81172497--81172557	27	2.3	27	85	5	88	32	14	22	29	1.94
81186755--81186956	48	4.2	47	90	3	287	27	29	16	26	1.97
81198476--81198658	79	2.3	81	82	9	216	23	22	28	25	1.99
81198476--81198667	40	4.8	40	83	6	203	23	21	28	25	1.99
81198476--81198683	79	2.6	78	78	13	212	24	21	27	25	1.99
81213141--81213192	26	2.0	26	84	3	68	15	21	23	40	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81219861--81219901	16	2.6	16	88	0	55	0	14	2	82	0.76
81219861--81219900	19	2.0	20	90	4	64	0	12	2	85	0.71
81220907--81220953	22	2.1	22	100	0	94	57	12	4	25	1.54
81224809--81224874	27	2.4	27	80	5	80	31	16	21	30	1.95
81225217--81225259	21	2.0	21	86	8	61	6	4	48	39	1.51
81225290--81225346	28	2.1	28	86	3	80	19	26	22	31	1.98
81225302--81225355	28	1.9	28	85	7	74	16	27	25	29	1.97
81235986--81236156	41	4.0	41	69	8	128	28	12	23	34	1.92
81237942--81238004	27	2.3	27	86	0	90	38	20	11	30	1.87
81239367--81239405	12	3.2	12	88	0	60	30	38	0	30	1.58
81246700--81246738	20	2.0	20	100	0	78	46	15	5	33	1.68
81247917--81247976	30	2.0	30	90	0	93	28	25	8	38	1.84
81255376--81255434	30	2.0	29	90	3	91	27	25	8	38	1.84
81268158--81268189	12	2.7	12	100	0	64	21	40	28	9	1.84
81274320--81274352	18	1.9	17	88	11	50	30	15	12	42	1.83
81276096--81276165	27	2.6	27	95	2	113	31	28	12	27	1.93
81276096--81276193	28	3.5	28	90	2	135	31	28	13	26	1.94
81278304--81278439	60	2.3	59	83	10	161	26	25	19	27	1.99
81278303--81278404	28	3.5	27	69	19	71	25	28	19	26	1.99
81278868--81278892	11	2.3	11	100	0	50	36	36	0	28	1.58
81280850--81280893	19	2.4	18	85	7	54	40	9	0	50	1.34
81286618--81286669	26	2.0	26	100	0	104	42	7	11	38	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81289436--81289484	20	2.5	20	93	0	80	30	26	16	26	1.97
81290515--81290733	46	4.7	46	83	7	282	23	19	26	30	1.98
81290516--81290731	93	2.3	91	84	6	274	23	19	26	29	1.98
81290958--81290995	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
81307106--81307136	16	2.0	15	93	6	53	77	9	6	6	1.12
81309386--81309434	10	4.9	10	82	9	64	77	2	0	20	0.87
81309394--81309434	15	2.7	15	82	14	57	78	2	0	19	0.87
81358327--81358479	39	3.9	40	93	3	267	24	28	21	26	1.99
81358335--81358479	79	1.8	78	98	1	281	24	26	22	26	2.00
81366316--81366497	40	4.6	40	93	2	287	23	28	21	26	1.99
81369952--81369999	24	2.0	24	100	0	96	45	0	12	41	1.42
81387770--81387851	27	3.1	26	87	5	101	37	21	23	17	1.93
81387873--81388111	98	2.4	98	90	1	363	35	26	18	19	1.95
81388162--81388244	27	3.1	26	86	5	103	37	22	20	19	1.94
81388470--81388790	27	11.9	27	85	5	366	25	20	17	36	1.94
81388469--81388797	81	4.1	81	88	1	448	26	20	17	36	1.94
81388781--81389093	27	11.7	27	77	8	311	30	9	21	38	1.84
81391284--81391354	27	2.7	26	86	6	97	36	16	23	22	1.94
81391284--81391364	27	3.0	27	82	8	94	37	19	23	19	1.95
81391506--81391546	20	2.0	20	90	0	64	41	29	14	14	1.86
81391394--81391622	98	2.3	98	91	1	361	34	27	18	19	1.95
81391675--81391757	27	3.1	26	86	5	103	37	22	20	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81391981--81392500	81	6.4	81	84	2	641	27	20	17	35	1.94
81391982--81392500	54	9.6	54	84	2	641	27	20	16	35	1.94
81391982--81392500	27	19.2	27	82	4	582	27	20	16	35	1.94
81392484--81392717	27	8.7	27	76	8	185	31	10	19	39	1.85
81392484--81392717	54	4.4	54	76	8	228	31	10	19	39	1.85
81392480--81392717	81	3.0	81	77	9	245	31	10	18	39	1.85
81395993--81396193	108	1.8	110	85	6	284	23	26	17	32	1.96
81395993--81396201	55	3.8	53	76	6	186	22	26	17	33	1.96
81402860--81403114	53	4.8	52	76	10	207	20	25	18	36	1.95
81402907--81403106	108	1.8	109	85	7	282	21	25	18	34	1.96
81403450--81403508	30	2.0	30	83	6	75	28	25	3	42	1.71
81411999--81412035	13	2.8	13	84	15	58	16	5	2	75	1.10
81416924--81416956	16	2.1	16	94	0	57	39	9	12	39	1.74
81418971--81419022	26	2.0	26	92	0	86	25	28	21	25	1.99
81419021--81419160	69	2.0	69	97	0	262	34	26	15	24	1.94
81421646--81421723	28	2.7	29	78	11	90	28	14	30	26	1.95
81422060--81422088	15	1.9	15	100	0	58	20	17	20	41	1.90
81428705--81428791	29	3.0	29	96	1	158	27	16	31	25	1.96
81428704--81428850	57	2.6	58	81	6	167	29	14	30	25	1.95
81428704--81428837	29	4.7	29	83	9	116	29	14	30	25	1.95
81431303--81431344	17	2.4	18	88	4	59	54	14	11	19	1.70
81431294--81431466	6	28.3	6	69	17	99	49	16	16	18	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81431362--81431429	25	2.7	26	84	6	104	47	17	17	17	1.84
81431359--81431466	31	3.5	31	77	14	123	49	15	16	18	1.81
81431317--81431441	37	3.4	37	76	10	114	47	17	16	18	1.83
81431328--81431466	62	2.2	62	87	0	197	47	16	17	18	1.83
81431393--81431463	19	3.8	19	81	10	92	47	16	18	16	1.82
81431393--81431465	37	2.0	37	91	0	119	49	16	17	16	1.80
81432005--81432178	27	6.4	27	80	2	188	24	19	19	36	1.95
81432005--81432184	54	3.3	54	83	0	225	25	18	18	36	1.94
81431989--81432184	81	2.4	81	80	5	225	26	18	18	36	1.94
81432236--81432277	18	2.3	18	95	0	75	30	9	21	38	1.85
81432254--81432419	27	6.1	27	91	0	242	30	9	21	39	1.84
81434329--81434402	12	6.2	12	85	3	96	56	14	10	17	1.66
81434329--81434398	18	3.9	18	84	3	97	57	15	10	17	1.65
81434338--81434514	6	28.8	6	73	14	130	51	14	16	16	1.76
81434391--81434483	19	4.6	19	71	21	82	49	13	19	17	1.79
81434410--81434492	37	2.2	37	84	0	112	48	15	19	16	1.82
81434447--81434501	25	2.2	25	83	6	67	50	14	20	14	1.77
81434416--81434486	19	3.8	19	77	17	85	49	15	19	15	1.80
81434391--81434513	62	2.0	62	93	0	210	49	15	18	16	1.80
81434635--81434713	27	2.9	27	72	16	72	36	18	21	22	1.95
81435028--81435265	27	8.9	27	83	2	237	25	20	16	37	1.93
81435255--81435570	27	11.7	27	82	2	278	31	8	21	39	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81435365--81435570	27	7.7	27	90	1	288	31	8	20	40	1.82
81444346--81444378	15	2.1	16	88	5	50	54	0	3	42	1.15
81448214--81448291	24	3.2	24	83	0	93	35	3	38	21	1.72
81449723--81449793	27	2.6	27	90	0	106	16	26	23	32	1.96
81449723--81449820	27	3.6	28	84	5	87	18	26	21	33	1.96
81456088--81456165	24	3.2	24	92	0	120	33	3	42	20	1.70
81457150--81457181	16	2.1	15	94	5	55	50	21	18	9	1.75
81457597--81457674	27	2.9	27	82	0	102	17	24	20	37	1.94
81457597--81457707	27	4.1	27	76	7	93	17	21	20	40	1.91
81460131--81460262	49	2.7	49	86	8	189	28	18	28	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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