genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.302.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   

This is table  302  of  325  ( 38985 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95970343--95970413	25	2.8	25	85	8	74	23	22	15	38	1.93
95970399--95970546	24	6.0	24	69	3	80	19	28	18	33	1.96
95970511--95970575	25	2.7	24	78	7	69	24	24	15	35	1.94
95970539--95970596	25	2.3	25	84	0	71	25	27	17	29	1.97
95971638--95971676	21	1.9	20	94	5	69	46	48	0	5	1.24
95971655--95971787	42	3.1	42	66	23	112	44	42	0	13	1.44
95971666--95971804	46	3.0	49	67	26	149	44	38	0	16	1.48
95971625--95971804	88	2.1	87	97	1	342	44	40	0	15	1.46
95975023--95975188	53	3.1	54	85	9	200	31	28	14	25	1.95
95982527--95982677	53	2.8	53	89	4	214	29	27	16	25	1.97
95992295--95992597	73	4.2	70	79	7	295	26	15	24	33	1.95
95992720--95993112	128	2.9	135	90	5	620	32	16	19	31	1.94
95993913--95993954	16	2.5	17	80	7	50	47	40	0	11	1.40
95993942--95993980	21	1.9	20	94	5	69	46	48	0	5	1.24
95993959--95994093	42	3.1	42	66	22	116	44	42	0	13	1.43
95993932--95994109	88	2.0	88	98	0	347	44	41	0	14	1.45
95995246--95995317	25	2.8	25	81	8	83	36	4	4	55	1.38
95995624--95995666	21	2.0	21	81	0	50	34	9	9	46	1.68
95995865--95995895	13	2.3	14	94	5	55	25	0	16	58	1.38
96003463--96003514	24	2.2	24	85	0	68	34	5	5	53	1.49
96004079--96004147	26	2.6	26	75	11	61	42	5	4	47	1.47
96006275--96006322	19	2.6	19	87	9	64	31	2	0	66	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96006888--96006960	23	3.2	21	79	11	67	52	2	0	45	1.15
96022291--96022330	4	9.8	4	94	5	71	0	2	22	75	0.93
96026846--96026878	14	2.3	15	89	5	50	63	6	0	30	1.18
96033022--96033105	42	2.0	42	100	0	168	38	21	0	40	1.53
96040080--96040104	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
96058774--96058856	42	2.0	42	90	0	130	46	12	8	32	1.71
96058884--96058927	19	2.4	18	88	7	70	43	13	2	40	1.57
96062755--96062798	19	2.4	18	88	7	70	43	13	2	40	1.57
96069967--96070003	17	2.2	17	100	0	74	29	5	16	48	1.68
96070064--96070109	22	2.1	22	83	0	56	47	4	6	41	1.49
96070454--96070496	13	3.7	12	78	15	54	60	0	2	37	1.10
96070447--96070496	22	2.3	22	90	10	77	64	0	2	34	1.05
96070482--96070519	18	2.0	20	85	10	53	60	0	0	39	0.97
96070449--96070520	22	3.3	23	79	12	73	63	0	1	34	1.03
96070623--96070655	5	6.6	5	92	0	57	21	0	0	78	0.75
96070623--96070666	15	2.9	15	89	0	61	25	2	0	72	0.96
96074321--96074396	37	2.1	37	97	0	143	40	6	10	42	1.65
96084398--96084438	21	2.0	21	90	0	64	41	14	9	34	1.79
96087918--96087948	12	2.6	12	94	0	53	32	41	9	16	1.80
96088267--96088346	24	3.3	24	91	3	117	38	5	37	18	1.73
96088267--96088368	24	4.2	24	87	2	107	36	5	39	18	1.75
96090471--96090548	34	2.3	35	82	8	90	28	1	24	46	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96090585--96090654	34	2.1	34	86	5	97	38	0	15	45	1.47
96090643--96090688	7	6.6	7	97	0	83	23	0	32	43	1.54
96094554--96094596	18	2.4	18	88	0	68	44	9	27	18	1.80
96095181--96095205	7	3.6	7	100	0	50	60	12	0	28	1.32
96096173--96096256	18	4.7	18	65	24	52	64	3	2	29	1.23
96096149--96096260	54	2.1	54	91	0	179	62	4	2	30	1.29
96096399--96096459	21	2.9	21	82	0	59	40	3	24	31	1.71
96102557--96102621	31	2.1	31	88	5	96	27	15	7	49	1.72
96102568--96102635	31	2.2	31	81	5	75	39	13	2	44	1.59
96104164--96104264	30	3.4	30	84	2	123	41	33	9	14	1.79
96105589--96105707	21	6.0	20	68	18	61	36	5	0	58	1.20
96109639--96109675	15	2.5	16	87	12	53	21	24	10	43	1.84
96109639--96109688	15	3.5	15	79	15	52	22	24	12	42	1.87
96117678--96118146	205	2.3	205	86	2	665	30	19	21	28	1.97
96118013--96118265	118	2.1	118	97	0	470	30	20	21	27	1.98
96117808--96118465	323	2.0	324	89	1	998	31	19	21	27	1.98
96118781--96118889	30	3.6	30	94	0	191	40	33	11	13	1.82
96118771--96118903	60	2.2	61	89	4	207	41	36	10	12	1.77
96120242--96120360	21	6.0	20	68	18	61	36	5	0	58	1.20
96124055--96124128	37	2.0	37	94	0	130	20	14	20	44	1.86
96125227--96125267	20	2.1	20	90	4	66	29	0	0	70	0.87
96127593--96127832	128	1.9	129	90	2	385	44	6	12	36	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96128797--96128829	15	2.3	15	89	5	50	54	3	0	42	1.15
96130902--96130954	11	4.9	11	83	2	63	75	9	3	11	1.16
96130913--96130953	21	1.9	22	90	5	66	73	12	2	12	1.20
96140411--96140505	40	2.4	40	80	3	113	37	35	12	13	1.83
96145871--96145919	20	2.6	18	87	12	64	22	0	2	75	0.90
96145878--96145919	20	2.1	20	91	8	68	21	0	2	76	0.90
96149062--96149100	20	1.9	21	94	5	71	64	2	0	33	1.08
96149044--96149106	18	3.5	17	81	14	65	63	1	1	33	1.13
96155284--96155389	40	2.7	40	80	0	140	30	20	20	28	1.98
96155449--96155563	40	2.9	41	77	5	119	34	18	18	28	1.94
96155284--96155633	194	1.8	191	86	2	513	31	18	20	29	1.97
96156687--96156717	16	1.9	16	93	0	53	9	6	6	77	1.12
96157543--96157591	25	2.0	25	88	8	73	18	4	8	69	1.30
96157548--96157597	25	2.0	24	84	3	64	20	4	8	68	1.32
96158371--96158402	3	10.7	3	93	0	55	34	3	0	62	1.11
96160907--96161012	7	15.0	7	69	9	63	40	34	3	20	1.71
96160903--96160976	21	3.5	21	80	14	89	41	33	2	21	1.67
96161622--96162129	261	1.9	261	88	2	759	28	16	20	34	1.94
96171679--96171714	17	2.1	17	100	0	72	41	11	0	47	1.39
96171672--96171715	17	2.4	19	77	18	56	43	9	0	47	1.35
96182829--96182902	17	4.1	18	77	20	66	14	5	1	78	1.00
96182832--96182909	6	13.0	6	75	10	61	15	5	1	78	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96182837--96182929	5	18.8	5	73	22	65	17	5	1	76	1.03
96182832--96182929	49	2.0	47	82	7	117	17	5	1	76	1.02
96192909--96192950	21	2.0	21	86	9	59	69	0	9	21	1.17
96193895--96193955	30	2.0	30	83	0	77	14	22	34	27	1.94
96199838--96200065	46	5.0	46	91	1	332	23	24	14	37	1.92
96200439--96200522	26	3.2	26	96	0	150	34	5	23	35	1.80
96205530--96205597	30	2.3	30	84	5	84	27	19	4	48	1.68
96206563--96206634	19	3.9	19	85	10	105	38	11	12	37	1.79
96206563--96206641	35	2.2	37	84	13	112	39	10	13	36	1.79
96206941--96206974	12	2.9	11	87	12	50	35	0	0	64	0.94
96206939--96206969	16	2.0	16	93	6	55	35	0	0	64	0.94
96207016--96207061	24	1.9	24	86	0	65	32	4	0	63	1.14
96210448--96210476	2	15.0	2	92	7	51	51	0	48	0	1.00
96212964--96212999	9	3.9	9	96	3	63	88	0	11	0	0.50
96212963--96213020	13	4.3	13	73	16	55	86	0	10	3	0.69
96213898--96214077	44	4.1	44	76	8	195	30	15	26	27	1.96
96214069--96214659	118	5.0	119	95	1	1017	33	18	18	29	1.95
96214073--96214659	237	2.5	236	94	0	1005	33	18	18	29	1.95
96214583--96214852	83	3.2	83	94	1	468	31	21	20	27	1.97
96215586--96215643	26	2.2	26	93	0	98	34	5	24	36	1.78
96217264--96217403	27	5.2	27	88	2	183	18	24	22	34	1.96
96217264--96217403	54	2.6	55	89	2	203	18	24	22	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96217465--96217504	19	2.0	22	85	14	59	17	2	47	32	1.61
96218312--96218373	18	3.4	18	91	4	99	38	11	12	37	1.80
96218681--96218714	12	2.9	11	87	12	50	35	0	0	64	0.94
96218682--96218793	21	5.5	21	67	19	67	36	2	0	59	1.17
96218679--96218709	16	2.0	16	93	6	55	35	0	0	64	0.94
96218730--96218836	7	15.7	7	71	18	59	38	3	0	57	1.16
96218734--96218798	21	3.1	21	80	8	71	33	3	0	63	1.10
96219171--96219229	3	19.3	3	92	3	100	32	0	0	67	0.91
96222052--96222325	46	6.0	46	93	0	415	22	24	15	37	1.93
96224732--96224799	30	2.3	30	84	5	84	27	19	4	48	1.68

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325