genome.fa.s5.2.7.7.80.10.50.1000.226.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Gbar_A05
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  102776486

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71242865--71242903	12	3.2	12	85	7	51	53	0	0	46	1.00
71249153--71249293	43	3.4	42	83	2	167	31	13	24	30	1.94
71249162--71249296	42	3.2	42	84	3	173	30	14	25	29	1.95
71259923--71260029	51	2.1	51	94	0	187	35	14	23	27	1.93
71260019--71260198	31	5.8	31	93	0	297	26	19	27	26	1.99
71260223--71260393	47	3.8	46	77	12	149	29	14	25	29	1.95
71260317--71260431	42	2.7	43	87	4	162	31	13	26	28	1.93
71261539--71261604	33	2.0	33	93	0	114	30	6	27	36	1.81
71269758--71269814	29	1.9	30	82	3	71	28	1	5	64	1.25
71272931--71272969	6	6.5	6	82	11	53	2	12	2	82	0.89
71274121--71274166	21	2.2	21	92	0	74	45	6	23	23	1.76
71283798--71283914	43	2.8	41	78	14	105	25	19	26	28	1.99
71300138--71300175	3	13.0	3	84	15	53	63	0	36	0	0.95
71300138--71300175	11	3.3	11	92	7	58	63	0	36	0	0.95
71300678--71301938	138	9.2	139	80	12	1214	57	8	6	28	1.53
71301915--71301948	16	2.1	16	88	5	50	70	8	0	20	1.13
71307074--71307132	29	2.0	29	86	3	82	35	8	23	32	1.85
71311949--71312120	46	3.8	46	75	13	142	21	20	28	29	1.98
71335297--71335356	30	2.0	30	86	0	84	31	23	8	36	1.84
71340588--71340623	12	2.8	13	91	4	56	25	2	2	69	1.15
71340847--71340921	30	2.8	25	76	18	78	22	5	4	68	1.28
71340556--71341873	147	9.1	145	88	5	1885	27	5	8	58	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71341291--71341347	30	1.9	29	89	3	87	21	3	7	68	1.29
71341869--71341897	14	2.1	14	100	0	58	44	0	0	55	0.99
71342385--71342458	3	24.7	3	86	5	78	0	41	0	58	0.98
71354520--71354648	46	2.8	46	95	0	222	19	21	29	29	1.98
71356911--71357101	96	2.0	96	94	0	337	36	19	18	26	1.94
71364245--71364974	64	11.2	64	67	15	361	35	14	13	35	1.86
71364188--71364979	131	6.1	131	85	1	944	36	14	13	35	1.86
71366508--71366605	49	2.0	49	97	0	187	51	15	12	21	1.76
71367394--71367518	46	2.7	46	81	4	137	29	20	26	24	1.99
71367584--71367710	48	2.6	49	82	3	150	29	22	25	22	1.99
71374809--71374853	20	2.2	20	92	0	72	48	0	15	35	1.45
71375195--71375227	15	2.3	15	89	5	50	24	3	18	54	1.57
71375688--71375726	19	2.0	20	85	5	53	38	10	20	30	1.86
71380719--71380806	28	3.1	28	96	0	167	38	10	22	28	1.87
71387293--71387326	17	1.9	18	94	5	61	47	8	8	35	1.66
71388332--71388369	16	2.4	16	86	4	51	47	18	0	34	1.49
71388572--71388628	22	2.7	21	73	10	62	63	12	3	21	1.43
71391051--71391104	25	2.2	25	96	0	99	31	25	12	29	1.93
71391633--71391669	18	2.1	18	100	0	74	32	27	16	24	1.96
71399834--71399968	66	2.0	66	97	0	252	28	8	15	47	1.75
71407706--71407755	22	2.2	23	79	10	59	24	4	4	68	1.24
71412089--71412240	66	2.3	66	88	1	214	38	20	11	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71417622--71417679	21	2.8	21	83	0	71	24	37	25	12	1.90
71425057--71425143	23	3.8	23	73	14	74	26	19	18	35	1.95
71425092--71425150	23	2.6	22	77	15	75	27	18	16	37	1.93
71425301--71425344	20	2.2	20	84	11	56	43	2	20	34	1.64
71425313--71425351	20	2.0	20	89	0	60	46	0	17	35	1.49
71425314--71425358	20	2.2	20	84	0	54	42	4	20	33	1.72
71425358--71425461	40	2.6	40	80	10	106	40	8	13	37	1.75
71429846--71430071	28	8.1	28	80	2	256	29	18	20	31	1.96
71433763--71434009	55	4.7	53	77	9	220	35	17	23	23	1.95
71437605--71437638	6	5.8	6	86	6	52	73	11	0	14	1.10
71437603--71437641	11	3.5	11	89	6	60	74	10	0	15	1.07
71439226--71439293	4	16.8	4	76	14	52	70	0	4	25	1.05
71452368--71452534	43	3.9	43	77	9	153	28	16	24	29	1.97
71457781--71457825	21	2.1	21	95	0	81	46	6	13	33	1.69
71459711--71459782	34	2.2	33	80	16	87	40	1	1	56	1.16
71464992--71465018	14	1.9	14	100	0	54	29	11	22	37	1.89
71464792--71465210	223	1.9	223	97	0	802	34	7	21	36	1.82
71471707--71471731	7	3.6	7	100	0	50	56	16	0	28	1.41
71472046--71472124	39	2.0	39	82	4	97	45	7	1	45	1.40
71473942--71473995	25	2.2	24	87	9	74	27	0	3	68	1.06
71474029--71474086	17	3.2	18	76	13	57	29	1	1	67	1.11
71474059--71474130	26	2.7	26	82	8	92	31	4	1	62	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71474025--71474128	40	2.5	41	79	11	106	32	2	0	63	1.16
71474026--71474129	13	7.8	14	68	23	73	31	2	0	64	1.15
71474025--71474148	12	9.5	13	72	16	80	33	3	0	62	1.16
71474050--71474140	26	3.4	27	72	19	84	34	3	1	61	1.19
71474025--71474148	14	8.4	16	66	26	62	33	3	0	62	1.16
71474066--71474148	25	3.2	25	75	14	62	33	3	1	61	1.21
71474093--71474156	32	1.9	34	87	12	98	34	3	0	62	1.11
71486135--71486682	44	12.5	44	78	5	387	31	15	27	26	1.96
71486135--71486682	88	6.2	88	79	3	478	31	15	27	26	1.96
71486162--71486690	132	4.0	132	86	1	657	31	15	27	25	1.96
71488086--71488139	25	2.2	24	90	3	81	31	0	1	66	1.02
71488169--71488230	23	2.5	25	84	10	74	33	3	0	62	1.11
71488170--71488249	15	6.2	13	74	18	69	35	3	0	61	1.14
71488193--71488249	18	3.3	16	75	20	53	35	3	0	61	1.13
71488194--71488257	32	1.9	34	87	12	98	34	3	0	62	1.11
71492138--71492525	93	4.2	92	74	6	289	29	13	18	38	1.89
71496932--71497096	46	3.6	44	80	8	154	24	21	29	24	1.99
71503494--71503567	28	2.5	30	79	14	84	24	4	10	60	1.47
71504107--71504131	13	1.9	13	100	0	50	0	20	0	80	0.72
71505199--71505223	13	1.9	13	100	0	50	8	12	0	80	0.92
71512117--71512211	27	3.5	28	76	12	99	27	13	25	33	1.93
71516816--71516850	16	2.1	17	94	5	63	42	0	11	45	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71518153--71518192	20	2.0	21	85	5	55	42	5	27	25	1.75
71519132--71519239	37	2.9	37	91	2	164	26	30	20	22	1.98
71519358--71519629	47	5.7	47	91	2	411	28	30	8	32	1.87
71524989--71525190	27	7.4	27	85	3	253	27	14	27	30	1.95
71527597--71527686	43	2.1	43	82	8	105	52	10	3	34	1.51
71527686--71527720	18	1.9	18	94	0	61	74	5	0	20	1.02
71527867--71527904	20	2.0	20	84	5	51	63	0	13	23	1.30
71528108--71528257	14	10.1	14	65	25	51	66	1	2	30	1.11
71528148--71528257	26	4.3	26	71	15	77	66	1	2	29	1.16
71528288--71528341	25	2.2	25	86	0	72	74	0	0	25	0.83
71528288--71528362	20	3.5	21	78	12	64	73	0	2	24	0.96
71529240--71529281	20	2.1	20	100	0	84	14	21	14	50	1.78
71529891--71530105	69	3.1	69	86	2	297	26	26	17	30	1.97
71530055--71530287	39	5.7	39	67	21	127	25	27	14	33	1.94
71530043--71530699	44	15.5	44	69	17	215	27	26	14	31	1.94
71530043--71530287	84	2.9	84	90	0	382	26	26	13	32	1.94
71530253--71530321	34	2.0	34	97	0	129	23	24	17	34	1.96
71530253--71530308	20	3.1	20	66	28	61	26	25	17	30	1.97
71530301--71530704	44	9.2	44	76	8	360	26	27	13	32	1.94
71542670--71542761	26	3.5	26	78	19	84	61	1	3	33	1.19
71542627--71542759	28	4.6	29	72	18	100	62	0	3	33	1.18
71542616--71542761	12	11.5	12	70	20	50	63	0	3	32	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71542715--71542760	23	2.0	22	87	4	65	67	0	0	32	0.91
71542691--71542760	17	4.4	16	75	18	58	65	1	1	31	1.10
71542614--71542761	39	3.5	40	68	20	99	62	0	3	33	1.16
71542788--71542843	25	2.2	25	81	6	69	66	0	0	33	0.92
71544214--71544333	48	2.5	48	85	2	154	27	22	15	35	1.94
71548546--71548648	46	2.2	48	85	3	138	27	24	13	34	1.93
71551458--71551513	28	2.0	28	89	0	85	33	5	21	39	1.76
71560031--71560063	17	1.9	17	93	0	57	36	3	0	60	1.12
71560008--71560141	58	2.4	56	82	8	157	43	1	3	51	1.28
71560311--71560354	16	2.8	16	90	10	65	34	15	2	47	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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